Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001040033.2
Sequence Length
1547 nt
GC Content
0.4551
GAAGAAACAUCCAAGGUGGUCUUGAAGGACACUGGGAUCCUGUAACACAGCCCCGGAUAUCUGUGUUACCAGCCUUGUCUCGGCCACCUCAAGGAUAAUCACUAAAUUCUGCCGAAAGGACUGAGGAACGGUGCCUGGAAAAGGGCAAGAAUAUCACGGCAUGGGCAUGAGUAGCUUGAAACUGCUGAAGUAUGUCCUGUUUUUCUUCAACUUGCUCUUUUGGAUCUGUGGCUGCUGCAUUUUGGGCUUUGGGAUCUACCUGCUGAUCCACAACAACUUCGGAGUGCUCUUCCAUAACCUCCCCUCCCUCACGCUGGGCAAUGUGUUUGUCAUCGUGGGCUCUAUUAUCAUGGUAGUUGCCUUCCUGGGCUGCAUGGGCUCUAUCAAGGAAAACAAGUGUCUGCUUAUGUCGUUCUUCAUCCUGCUGCUGAUUAUCCUCCUUGCUGAGGUGACCUUGGCCAUCCUGCUCUUUGUAUAUGAACAGAAGCUGAAUGAGUAUGUGGCUAAGGGUCUGACCGACAGCAUCCACCGUUACCACUCAGACAAUAGCACCAAGGCAGCGUGGGACUCCAUCCAGUCAUUUCUGCAGUGUUGUGGUAUAAAUGGCACGAGUGAUUGGACCAGUGGCCCACCAGCAUCUUGCCCCUCAGAUCGAAAAGUGGAGGGUUGCUAUGCGAAAGCAAGACUGUGGUUUCAUUCCAAUUUCCUGUAUAUCGGAAUCAUCACCAUCUGUGUAUGUGUGAUUGAGGUGUUGGGGAUGUCCUUUGCACUGACCCUGAACUGCCAGAUUGACAAAACCAGCCAGACCAUAGGGCUAUGAUCUGCAGUAGUCCUGUGGUGAAGAGACUUGUUUCAUCUCCGGAAAUGCAAAACCAUUUAUAGCAUGAAGCCCUACAUGAUCACUGCAGGAUGAUCCUCCUCCCAUCCUUUCCCUUUUUAGGUCCCUGUCUUAUACAACCAGAGAAGUGGGUGUUGGCCAGGCACAUCCCAUCUCAGGCAGCAAGACAAUCUUUCACUCACUGACGGCAGCAGCCAUGUCUCUCAAAGUGGUGAAACUAAUAUCUGAGCAUCUUUUAGACAAGAGAGGCAAAGACAAACUGGAUUUAAUGGCCCAACAUCAAAGGGUGAACCCAGGAUAUGAAUUUUUGCAUCUUCCCAUUGUCGAAUUAGUCUCCAGCCUCUAAAUAAUGCCCAGUCUUCUCCCCAAAGUCAAGCAAGAGACUAGUUGAAGGGAGUUCUGGGGCCAGGCUCACUGGACCAUUGUCACAACCCUCUGUUUCUCUUUGACUAAGUGCCCUGGCUACAGGAAUUACACAGUUCUCUUUCUCCAAAGGGCAAGAUCUCAUUUCAAUUUCUUUAUUAGAGGGCCUUAUUGAUGUGUUCUAAGUCUUUCCAGAAAAAAACUAUCCAGUGAUUUAUAUCCUGAUUUCAACCAGUCACUUAGCUGAUAAUCACAGUAAGAAGACUUCUGGUAUUAUCUCUCUAUCAGAUAAGAUUUUGUUAAUGUACUAUUUUACUCUUCAAUAAAUAAAAGUUUAUUAUCUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-451.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -478.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 360.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((........((((((((.....(((((..(((.....(((((((((..........)))))))))...)))))))).))))))))..((((((((((.........((.(..((((.(((((((((..(((((((((((((((((........((((.(((((((..((((........))))...))))))))))).........)))))))))))(((..(((((..(..((((((((((..((((((((........))))).)))....)))))))))).)..)))))...))).......((((...(((((.....)))))..))))(((.((((((...))))))..)))...)))))).((((((((.......................))))))))))))))))))))).).))))))))))))...((((..((((.((((((((((..((((((((((......)))))........))))).))))))))))((((((.....(((.......))).....)))))).....))))..))))(((((((...((((((((((((((.....(((((((.......))))))))))))))))))....))))))))..))(((((((((.(((((..((((...(((((((((...(((....))).(((.(((((...........((((........))))..((((((((......))).))))).((((((((((...((((.((((((.(........).)).))))..))))...)))))...(((((((((((((........)))))))))))))...((((((.((((.((....((((((((((((..(((((((((((((............))).)))((((((..........))))))...(((....)))....((((((...(..((.((((.(.((((((.(......)))))))).)))).))..).))))))...((((((.((((((((((....)))..)))......))))))))))......(((..((.((((((....)))))).))..)))....((((.(((....((((.........))))))).))))..))))))))))))))).))))....)).)))).))))))..))))).........(((((....((((((((((((........))))..)))..)))))..))))).((((.....))))))))).))).))))))))).))))..)))))....(((.((((....))))...)))...................)))))))))..((((.(((..((((...(((((((.......((((.(((.....(((....)))....)))))))(((.(((....))))))........((((......))))(((((..(((.(((....))))))..))))))))))))......))))..)))..))))...........)))))(((((((....))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((......,.((((((((.....{(({{,,(((...{{(((((((((..........))))))))),}}}}}})))),))}|||||,,((((((((((.........((.{..((((.(((((((((..(((((((((((((((((........((((.(((((((..((((........)))}...))))))))))).........))))))))))}(((..(((((..(..((((((((((..((((((((........))))).)))....)))))))))).)..)))))...))).......((((.,.(((((.....))))),.))))(((.((((({...})))))..)))..,)})))).((((((((........{.....,........))))))))))))))))))))).,.))))))))))))...,{{||}||||.|||{||{((,,,{((({(((((,,,...||||},||,{..,},|||,,||||,,|||(((,{..{({..((((((.(((.((((..{((.{({...((({|,,{{|,(,(((((.{,,{,(((((((((((.(((.,{{({{,...,,,,}}.))).)))))))))))...},))))))),.|},{||||{(((((..,.......,,.))))){{{|,.{{{....)))|{{..(((((...(((((.,,..........,.))))).}||)),|}}}}}}},))).)))..}.)))).))))))))},.,}}),.,.))))}}.....)))).}|,||||,,..}}}}...(((((((((((((........)))))))))))))...((((((.({(({,,,...((((((((((({..(((((({{(((({.........,}.},,.,}}((((((..........))))))...(((....)))....((((((...{..((.((((.{,(((((,|{,,...,)))))))).)))).))..).)))))}...((((((.((((((((((....)))..)))......)))))))))}......(((..((.((((({....}))))).))..))}....((((.{{{....((((.........))))}}}.))))..)))))))}))))))).))))....),.)))}.))))))..,,,,,...{{((((((.((((((((..,....(((.,(((((.((((.((((({||,,,{(((((({..(((((...,(((((((({......(((((((.,.....{{{{....,((((((((....{((((({....})))).}}....)),.,))))),,,.,},,..,}}}.........}))))))......})))).))))..)))))}))))))}.....},...(((.(((....))))))..}))))).)))).))).))))}}.......}..))))))))...)))))))}.,.,,|...}}},,}},}})))}}}}}|||,.....,,.)))))(((((((....))))))).......
Back