Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001040275.1
Sequence Length
2470 nt
GC Content
0.5146
CUCGGUCUUUAAAAGGAAGAAGGGGCUUAUCGUUAAGUCGCUUGUGAUCUUUUCAGUUUCUCCAGCUGCUGGCUUUUUGGACACCCACUCCCCCGCCAGGAGGCAGUUGCAAGCGCGGAGGCUGCGAGAAAUAACUGCCUCUUGAAACUUGCAGGGCGAAGAGCAGGCGGCGAGCGCUGGGCCGGGGAGGGACCACCCGAGCUGCGACGGGCUCUGGGGCUGCGGGGCAGGGCUGGCGCCCGGAGCCUGAGCUGCAGGAGGUGCGCUCGCUUUCCUCAACAGGUGGCGGCGGGGCGCGCGCCGGGAGACCCCCCCUAAUGCGGGAAAAGCACGUGUCCGCAUUUUAGAGAAGGCAAGGCCGGUGUGUUUAUCUGCAAGCCAUUAUACUUGCCCACGAAUCUUUGAGAACAUUAUAAUGACCUUUGUGCCUCUUCUUGCAAGGUGUUUUCUCAGCUGUUAUCUCAAGACAUGGAUAUAAAAAACUCACCAUCUAGCCUUAAUUCUCCUUCCUCCUACAACUGCAGUCAAUCCAUCUUACCCCUGGAGCACGGCUCCAUAUACAUACCUUCCUCCUAUGUAGACAGCCACCAUGAAUAUCCAGCCAUGACAUUCUAUAGCCCUGCUGUGAUGAAUUACAGCAUUCCCAGCAAUGUCACUAACUUGGAAGGUGGGCCUGGUCGGCAGACCACAAGCCCAAAUGUGUUGUGGCCAACACCUGGGCACCUUUCUCCUUUAGUGGUCCAUCGCCAGUUAUCACAUCUGUAUGCGGAACCUCAAAAGAGUCCCUGGUGUGAAGCAAGAUCGCUAGAACACACCUUACCUGUAAACAGAGAGACACUGAAAAGGAAGGUUAGUGGGAACCGUUGCGCCAGCCCUGUUACUGGUCCAGGUUCAAAGAGGGAUGCUCACUUCUGCGCUGUCUGCAGCGAUUACGCAUCGGGAUAUCACUAUGGAGUCUGGUCGUGUGAAGGAUGUAAGGCCUUUUUUAAAAGAAGCAUUCAAGGACAUAAUGAUUAUAUUUGUCCAGCUACAAAUCAGUGUACAAUCGAUAAAAACCGGCGCAAGAGCUGCCAGGCCUGCCGACUUCGGAAGUGUUACGAAGUGGGAAUGGUGAAGUGUGGCUCCCGGAGAGAGAGAUGUGGGUACCGCCUUGUGCGGAGACAGAGAAGUGCCGACGAGCAGCUGCACUGUGCCGGCAAGGCCAAGAGAAGUGGCGGCCACGCGCCCCGAGUGCGGGAGCUGCUGCUGGACGCCCUGAGCCCCGAGCAGCUAGUGCUCACCCUCCUGGAGGCUGAGCCGCCCCAUGUGCUGAUCAGCCGCCCCAGUGCGCCCUUCACCGAGGCCUCCAUGAUGAUGUCCCUGACCAAGUUGGCCGACAAGGAGUUGGUACACAUGAUCAGCUGGGCCAAGAAGAUUCCCGGCUUUGUGGAGCUCAGCCUGUUCGACCAAGUGCGGCUCUUGGAGAGCUGUUGGAUGGAGGUGUUAAUGAUGGGGCUGAUGUGGCGCUCAAUUGACCACCCCGGCAAGCUCAUCUUUGCUCCAGAUCUUGUUCUGGACAGGGAUGAGGGGAAAUGCGUAGAAGGAAUUCUGGAAAUCUUUGACAUGCUCCUGGCAACUACUUCAAGGUUUCGAGAGUUAAAACUCCAACACAAAGAAUAUCUCUGUGUCAAGGCCAUGAUCCUGCUCAAUUCCAGUAUGUACCCUCUGGUCACAGCGACCCAGGAUGCUGACAGCAGCCGGAAGCUGGCUCACUUGCUGAACGCCGUGACCGAUGCUUUGGUUUGGGUGAUUGCCAAGAGCGGCAUCUCCUCCCAGCAGCAAUCCAUGCGCCUGGCUAACCUCCUGAUGCUCCUGUCCCACGUCAGGCAUGCGAGGGCAGAAAAGGCCUCUCAAACACUCACCUCAUUUGGAAUGAAGAUGGAGACUCUUUUGCCUGAAGCAACGAUGGAGCAGUGACCCUCUAAUCAACUCGGUGGCCUAAAGAAAAAUCUUGGGUAACAUUUUCACUUCAGUUUCCCUCUGGGAUCAUUGUAAUCCAUGAAAAAAAUAAUUUUAAAGAAAGAGUUAAAAUACUUUGAAGUUAGUUAUGUGGUUAAAAACCACCUUCCUUUCUAUUAUCAAUCCAACAAUUUGAUAACUGUAAACGCUAAAGUGAAGACGGAUUCUCUUCAGAUGGUCUCCUUAACUGCCCAGGGCUUGCAGAUGUCUCACCCAUGAGGGGCACCAAUGUAGAAAGCUGAGGCUUCAUCUACUGAUGAGCUUCACUGGUUUCCCCUGAGGUUUGUGCUUUGGCAGAGAAGGGGAGGAGGGGACUGGGAUUGUGUGGUCAGCUGUGCCUGCCAACAGAUGCAGGUUAGGAACUGUGUUCAGUAUCUUCCAAUAAGAAAGGGGAAAUGCCGAUGCCUAUCCUCUUUGUUUAGGUAGAAAGUAAAAUGCUACUGGACUUAAAUGGGCAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-867.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -910.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 503.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..((((((.(.(((.((((((....)))))).))).)..))))))((((((((...((((((.((((((((...........(((.(((((((((((((((....(((((...))))).....)))))))))))))......)).))))))))))).))))))((((.(((((((((((.....)).((((((((.((........)).)))).))))(((((((((((((.(((..(((((.((((((((((..(((.((((..(((....))).)))))))(((((((.((.(((....)))(((......)))....)).)))))))........((((((((.(((..((((.((((....(((((........)))))(((.(..((((.(((((((.......((((((((((........))))))).)))........)))..))))))))).))).......)))).)))).))).))))....))))...)))))......))))))))..............((((((...))))))..(((..((((((((..((((..(.....)..))))....(((((...(((((((((.......((((((((....)))))))).....)).))))))).....))))).(((((((((((((....)))))...(((((...((((((....)))))).)))))................))))))))..((((..((...(((((.(((((...(((....))).....((((((.(((......)))....))))))....))))).)))))..)).))))...))))))))..)))))..)))..)))))))))))))..)))))))))))))..(((.((.(((........))))).)))((((((((((((((..(((((((((.(((((((.((..(((.(((((((.((((.((((((...................(((((.............)))))...((((......)))).............((((((((..(((((((..(((..((.((((((.........)))))).))...))).(((.((((..((((.(........).))))..)))))))((.(((..((......)).)))))).))))))....)))))))).))))))......((.((((.((((((((((((....)))).)).)).).))).))))))(((....(((((.....)))))...)))((((.((((((.(.((.......)).).))))))...)))))))).)))))))))))).))))))).))))))))).((.((.((..((((((.....))))))..)).)).))(((((((...........)))))))....(((((((((...(((.(.(((.(((((.....((((..((((((((..(((((((((...((.(((((((..((((((......)).))))..))))...((((((((((.((((((......)))))))))))))))).((((.((.((((....((((((.((((((((.((..((((...))))......)))))))))).))))))......((.(((((.(((...))).)))))...))........)))).)).))))........)))))(((((((.(((...(((....))).((((((((((...))))).....)))))..))).)))))))..((((((((..........))).))))))))))))))..))))))))..))))))))).)))).)))...)))).))))).((((((.(((.....(((..((((((((.((..(((.((.....(((((......))..)))...))))).)).))))))))...)))...(((((((((((((((.......((((.((((((((((.((....))))))))........))))..)))).......))).)))))))..)))))........(((((((((((..............))))))))))).....((((((...))))))...(((((((.(((((((.........)))))))........((((...((((((.......))))))..))))((((((..(((((.(((((..((((((.((.........(((((.((((.........(.(((((((.((((....))))))))))))))))..))))))).))))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))).)))))((((((........)))))).)))))))).(((((((((((.((...((.((((((((...((....))...)))))))).))..)).)))...........))))))))......))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((,...,(((((,(.(((.((((((....)))))).))).)..)))))).,((((((((.((((((.((((((((,....,,...,(((.(((((((((((((((....(((((...))))).....)))))))))))))......)).)))}))))))).))))))((((.(((((((((({.....}}.((((((((.{{...,,,,},),)))).)}}|(((((((((((((.(((..(({{,(((((((({(({{(((.((((..(((....))).)))))))(((((((.((.(((....)))(((....,.)))....)).)))))))|||,,..,((((((({,(((,.((((.((((....(((((........)))))(((.,..(({(((((((((.......((((((((((........})))))).)))........)))..)))))))),.))).......)))).)))).,}}.))))}...})))...})))},.....)))))},...............|(((((...)))))}..,{(..((((((((..,,{{,.,....,,,.|,|}....(((({...((((((({{...,...((((((((....)))))))).....}).)))))))....,}}))).(((((((((((((....))))}...(((((...((((((....)))))).)))))..............,,)))))))).,{{{{..{{...(((((.(((((...(((....))).....((((((.(((......)))....))))))....))))).))))),.}}.))))...))))))))..)))))..)))..)))))))))))))..)))))))))))))..(((.((.(((........))))).)))((((((((((((((..(((((((((.(((((((.((..(((.(((((((.((((.((((((........||,....,,..(((((.{{{,....,}}}))))).,.{(({......}))}.............((((((((..((((((,..(((,.((.((((((.........)))))).))...))).{((.((((..((((.(........).))))..))))))|((.(((..((......)).)))})}.))))))....)))))))).))))))......,(,(((({({,,(((({{{{.,,,))}).|||||{|||{(.,||,,...}}.,,{||||}}..,}|))),.,|||{{{|.{|{{||,|.{{.....},)).}.}))))),,,})}})))).)))))))))))).))))))).))))))))),((.((.(,.,((((((.....)))))).,}}.)).))|((((((...........))))))}....(((((((((...(((.(.(((.({(((.....((((..((((((((..(((((((((.,,,,,(({((({..{{|||,,,....}),))))..||||,,,((((((((((.((((((......)))))))))))))))).((((.((.((((..,,((((((.(((((((({((..((((...))))......)))))))))).)))))}.....,||.(((((.(((...))).)))))...},........)))).)).)))).,{..,,,,|||,,((((,,.,,|}}},||}.}})},,|{{{((((((...)))))}..,,}))))..|||{,,|||||{.,,,|||||}..}}}}..,|||,.,}}})))))))))..))))))))..))))})))),)))).)))...)))).))))).((((((.{((,,,,.(({,,(((({{{,.{{.,|{(,|,.....{{,((......))..})}.}.,}))).}).)))))))),..))}...(((((((((((((((.......((((.(((((((({({((....))))))))........))))..)))).......))).)))))))..)))))........(((((((((((..............))))))))))).,,..((((((...)))))),{(((({{{{.(((((((.........)))))))..,.....((({...((((((.{....,))))))..}))}((((((..((({{{(((((..((((((.((.,.......(((((.((({.........{.(((((({{((((....)))))))))))}))))..))))))).))))))))))))))))..)))))))))))))))}))))))))))))))).)))))((((((........)))))).,{({((((....)))).|||}||......,..)))))))}))))){(((({{....,..{((({{{({{..,,,......}))))}))).,,,))))))}...............
Back