Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001040649.3

Sequence Length

580 nt

GC Content

0.4914

GCCUCUGCGCGCGGGAAGAUGGCGGAACAGGCUACCAAGUCCGUGCUGUUUGUGUGUCUGGGUAACAUUUGUCGAUCACCCAUUGCAGAAGCAGUUUUCAGGAAACUUGUAACCGAUCAAAACAUCUCAGAGAAUUGGAGGGUAGACAGCGCGGCAACUUCCGGGUAUGAGAUAGGGAACCCCCCUGACUACCGAGGGCAGAGCUGCAUGAAGAGGCACGGCAUUCCCAUGAGCCACGUUGCCCGGCAGGUACCGUCCUUGGACUUGAAGUUGUGUGUUUUGUGUUUCAGUGGGUCAUUGACAGCGGUGCUGUUUCUGACUGGAACGUGGGCCGGUCCCCAGACCCAAGAGCUGUGAGCUGCCUAAGAAAUCAUGGCAUUCACACAGCCCAUAAAGCAAGACAGGUAGACAAGCUCUUGUUCAAUUUCUAAUAUAUAGAGUCCAGUAACUUGAGAAGUAGCGAAAGGAUUAACCAGACUUGUAUAUUAAUGAAUGUGUUUAUUUAGGGUGAGCUUAACCAGCUAUGGUGUGUCCAUUUUGUUUCACUUCUGGUUGCACGGUGUUGAAAGACUUGCCUGAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-172.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -186.95

Frequency: 0.0000

Diversity: 145.69

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.(......).))).)))....(((((....(((((...(((((((.((((..(((((..............))))).)))).)))))))((((((.(..(.((((((((((......)))..........(((.((((....((..((((((.(((.((((.(...(((((.....))))).)))))..)))....(((.((((..(((((...)).))).)))))))...))))))..))...)))).)))(((((((((((((((..(((((((((......((((((...(((..((((.(((((((.....)))))).).)))))))....))))))...((((((...((((...........))))....)))))).))))))))).((((((.((.....))))))))))))))).........)))))))).......(((((((((((((((((..((((..............((((((....)))))).....((((.....)))).))))..)))).)))))))..))))))))))))).).).))))))))))))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{{((({(,{{{,{|..},,|||....{{{||},.,,,,||}}|||,.{(({,(.(((((((......{(((((((.((((((((.{{{,((((((((...}}}})}{{{.(((..(({{..,.{{...,}}..))))..)))..|||(((({{(((((({,((((...((.(((((.....))))).)).((((((((.((.((((.{(....((((((((.{,,....},))}.,),}))))})))).).).)))))))))))))))))))))))),.}}),))})))))))).)))))))}((((.(((((((.....)))))).).)))),,.)))))))}))}|,||(((({(.((((...........))))}}},))}})).,....,}}|,||{{{{{,,.,,,{,|||}}||,,,,,((((.....))))}.,,.((((((..(((((((((((((((((..((((..,{,,,,,,,,..,,||||,,,,}}}}}},|}},|||,..,,,))},.))))..)))).)))))))..))))))))))))..)).}))),,}))))))))))..