Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001048230.2
Sequence Length
2746 nt
GC Content
0.6143
ACUCAGCUCCUGCGCCGGGGGCGACAGAGCCGCAGGCGCCCGAGUCGAGUCCCAGCCAGCUACCAUCCCUCUGGAGCUUACCGGCCGGCCUUGGCUUCCCCAGGAAUCCCUGGAGCUAGCGGCUGCUGAAGGCGUCGAGGUGUGGGGGCACUUGGACAGAACAGUCAGGCAGCCGGGAGCUCUGCCAGCUUUGGUGACCUUGGGUGCUUGCCUCGUGCCCCUUGGUGCCCGUCUGCUGAUGUGCCCAGCCUGUGCCCGCCAUGCCGCCCUCCAUCUCAGCUUUCCAGGCCGCCUACAUCGGCAUCGAGGUGCUCAUCGCCCUGGUCUCUGUGCCCGGGAACGUGCUGGUGAUCUGGGCGGUGAAGGUGAACCAGGCGCUGCGGGAUGCCACCUUCUGCUUCAUCGUGUCGCUGGCGGUGGCUGAUGUGGCCGUGGGUGCCCUGGUCAUCCCCCUCGCCAUCCUCAUCAACAUUGGGCCACAGACCUACUUCCACACCUGCCUCAUGGUUGCCUGUCCGGUCCUCAUCCUCACCCAGAGCUCCAUCCUGGCCCUGCUGGCAAUUGCUGUGGACCGCUACCUCCGGGUCAAGAUCCCUCUCCGGUACAAGAUGGUGGUGACCCCCCGGAGGGCGGCGGUGGCCAUAGCCGGCUGCUGGAUCCUCUCCUUCGUGGUGGGACUGACCCCUAUGUUUGGCUGGAACAAUCUGAGUGCGGUGGAGCGGGCCUGGGCAGCCAACGGCAGCAUGGGGGAGCCCGUGAUCAAGUGCGAGUUCGAGAAGGUCAUCAGCAUGGAGUACAUGGUCUACUUCAACUUCUUUGUGUGGGUGCUGCCCCCGCUUCUCCUCAUGGUCCUCAUCUACCUGGAGGUCUUCUACCUAAUCCGCAAGCAGCUCAACAAGAAGGUGUCGGCCUCCUCCGGCGACCCGCAGAAGUACUAUGGGAAGGAGCUGAAGAUCGCCAAGUCGCUGGCCCUCAUCCUCUUCCUCUUUGCCCUCAGCUGGCUGCCUUUGCACAUCCUCAACUGCAUCACCCUCUUCUGCCCGUCCUGCCACAAGCCCAGCAUCCUUACCUACAUUGCCAUCUUCCUCACGCACGGCAACUCGGCCAUGAACCCCAUUGUCUAUGCCUUCCGCAUCCAGAAGUUCCGCGUCACCUUCCUUAAGAUUUGGAAUGACCAUUUCCGCUGCCAGCCUGCACCUCCCAUUGACGAGGAUCUCCCAGAAGAGAGGCCUGAUGACUAGACCCCGCCUUCCGCUCCCACCAGCCCACAUCCAGUGGGGUCUCAGUCCAGUCCUCACAUGCCCGCUGUCCCAGGGGUCUCCCUGAGCCUGCCCCAGCUGGGCUGUUGGCUGGGGGCAUGGGGGAGGCUCUGAAGAGAUACCCACAGAGUGUGGUCCCUCCACUAGGAGUUAACUACCCUACACCUCUGGGCCCUGCAGGAGGCCUGGGAGGGCAAGGGUCCUACGGAGGGACCAGGUGUCUAGAGGCAACAGUGUUCUGAGCCCCCACCUGCCUGACCAUCCCAUGAGCAGUCCAGAGCUUCAGGGCUGGGCAGGUCCUGGGGAGGCUGAGACUGCAGAGGAGCCACCUGGGCUGGGAGAAGGUGCUUGGGCUUCUGCGGUGAGGCAGGGGAGUCUGCUUGUCUUAGAUGUUGGUGGUGCAGCCCCAGGACCAAGCUUAAGGAGAGGAGAGCAUCUGCUCUGAGACGGAUGGAAGGAGAGAGGUUGAGGAUGCACUGGCCUGUUCUGUAGGAGAGACUGGCCAGAGGCAGCUAAGGGGCAGGAAUCAAGGAGCCUCCGUUCCCACCUCUGAGGACUCUGGACCCCAGGCCAUACCAGGUGCUAGGGUGCCUGCUCUCCUUGCCCUGGGCCAGCCCAGGAUUGUACGUGGGAGAGGCAGAAAGGGUAGGUUCAGUAAUCAUUUCUGAUAUUUGCUGGAGUGCUGGCUCCACGCCCUGGGGAGUGAGCUUGGUGCGGUAGGUGCUGGCCUCAAACAGCCACGAGGUGGUAGCUCUGAGCCCUCCUUCUUGCCCUGAGCUUUCCGGGGAGGAGCCUUGGAGUGUAAUUACCUGUCAUCUGGGCCACCAGCUCCACUGGCCUGCCCGUUGCCGGGCCUGGACUGUCCUAGGUGACCCCAUCUCUGCUGCUUCUGGGCCUGAUGGAGAGGAGAACACUAGACAUGCCAACUCGGGAGCAUUCUGCCUGCCUGGGAACGGGGUGGACGAGGGAGUGUCUGUAAGGACUCAGUGUUGACUGUAGGCGCCCCUGGGGUGGGUUUAGCAGGCUGCAGCAGGCAGAGGAGAGUACCCCCCUGAGAGCAUGUGGGGGAAGGCCUUGCUGUCAUGUGAAUCCCUCAAUACCCCUAGUAUCUGGCUGGGUUUUCAGGGGCUUUGGAAGCUCUGUUGCAGGUGUCCGGGGGUCUAGGACUUUAGGGAUCUGGGGAAGGACCAACCCAUGCCCUGCCAAGCCUGGAGCCCCUGUGUUGGGGGGCAAGGUGGGGGAGCCUGGAGCCCCUGUGUGGGAGGGCGAGGCGGGGGAGCCUGGAGCCCCUGUGUGGGAGGGCGAGGCGGGGGAUCCUGGAGCCCCUGUGUCGGGGGGCGAGGGAGGGGAGGUGGCCGUCGAGUUGACCUUCUGAACAUGAGUGUCAACUCCAGGACUUGCUUCCAAGCCCUUCCCUCUGUUGGAAAUUGGGUGUGCCCUGGCUCCCAAGGGAGGCCCAUGUGACUAAUAAAAAACUGUGAACCCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1211.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1257.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 796.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(.(((((((((((((((((((.((.(((..((((((((((((((((((((((.((..(((.((((.((((.((.((((..((((.((((((((((...(((((....))))))))))).)))))))).)))).)))))).)))).))).((((.((......))))))..)).)))).))).((((....)))))).))))))))))))))))))))))).))))))..((((((((.......(((((((((((((((.....((...........))...(((((.((((((((...((((....))))(((((((((.((((.(((.((.((....)).))))).)))).))))))))).((....)).((((..(.((((((((((((.(.(((.(((((.((((((...))))))))))).))).).)))).....)).)))))))..)))).......(((((((((((((((((((..((((((...((((((((.(((((((((.....(((((((.((((.(((.....(((((((....((.((.(((....(((((((((((((.((((((((.....((((((((........))).)).))).....))))))))..))))))..)))))))..))))).))..(((((((((..(((((((.((((((((.(((((((((.(((((..((((.((((((.(((((((((.(((((((...(((((((...((((((((...(((....((((((........((((..(((((.(((((((.......)))))))((((((....(((((((((((...((.....((((..(((........)))..))))..............))...)))))............((((((......)))))))))))))))))).....(((((((((..(((((..((((......))))........))))))))))).)))...)))))..))))))))))....)))...)).)).))))...))).)))).))))).)).)))).)).))).........(((((...............)))))...(((.(((.((......)).))))))..)))))).)))).)))))))((((..((((.........))))))))......((((((.(((((((((((.((........)).((((((((....((((.(((..(((((((((((((.....(((......))).........))))))))).))))))).)))).............(((((((((((((((.((((...(((((((((....)))))))))))).).)))))))))......(((((((.........((((((((((..(((((........((((...(((((.((((((...)).))))..)))))...))))))))).)))))))))))))))))...(((..(..((((((.(((((((....(((((.(((.(((..((((........))))..))).))).)))))....))).)))).)))..)))..)..))).))))))))))))))))))))..)))))...))))))(((((((....)))))))....))))))).)).))).))).)))...)))).....)))))))))(((((....))))).....))))))).)).).)))).)))))))...((((((.(((((.....))).)).))))))))))))))).))))))))......(((((....)))))..(((...)))((((((...(((((((.....(((((((....)))))))((((((.(((((((((....))))))...))).).)))))((((((((.((((((((.((((..((((((((.(.....((((((((....)))))).))..).))))))))((.....))((.((.((.(((((.....(((.....(((((((.((((((((..(((((.....(((((.......)))))))))).))))))))...))))))).....)))))))).)).))))))))))))))))(((.(((((..(((..((((...((((..(((.(((((((.(((....)))..).)))))))).)..)))).))))..))).))))).))).)))))))))))))))..))))))......))))))))))))..)).))))))))))).))))))))..))))))))))))...))))))))))))))))..)))))....(((((((((.((((...(((......))))))).))).......(((((..(((.((((((.....))))))....((((((((((((..(((((.((((..((.(((((((.((((((.((((((((.(.((((..........)))).))))))..))))))))).)))).......))).))...)))).))))))))))))))))).))).))))).((.(((((((..((.(((.(((((((.(.(.....).).))))))).))).))..))))))).)))))))).((((((((((.((.(((.(((((((((((.(((.......))).))))))))...)))..))).))...))))))))))((((((..(((((((.(.((((((...)).))))).))))).))..)))))).....))).).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.(((((((((((((((((((,,(.(((..(((((((((((((((((({(((.(({((((.(((......,||}|||,..{|||.||{|||||||,..(((((....)))))||{{,,{||||||||,.}}|(((.((((((....)))))).))).,....}))))))}))))},))))},{(({....)))))},,))))))))))))))))))))))}})))))..((((((((.......(((((((((((((((..{,.,{....,......}}...(((((.((((((((..(((,,.{{{|,|,(((((((((.((((.(({.((.((....)).))})).)))).))))))))).((((,.{{{(((({,(,(({{{(((((({,(.(({.(((((,{{{{{,.,.)))))),))}),))),),))))},,,)))}))))}})}}))))....,..(((((((((((((((((((..((((((...((((((((.(((((((((,,...(((((((.((((.(((.....(((((((.,.,{{.((,(((....(((((((((((((.((((((((,,,..{{(({(((........))).)).}})}},..})))))))..))))))..))))))).,))))),))..(((((((((,.(((((((.((((((((.(((((((((.(((((..((((.((((((.(((((((((.(((((((...(((((((.,.((((((((...(((....((((({,.....{{((({,,(((((.{(({(({,,,,,,.}|||||,,(((({,,{({((((((((((....,.....((((..(((........)))..||||,,....,,,,.....||..}}}})||.,,,,}}}}|||{{||||,.,.,,)))}})}}}}}))))),,,,,|((((((((..((,((..((((......))))..}},,}.))))))}}},),)})...))))).}))))))))))....)))...)).)).)))).,.)))}}})).))))).)).)))).)).))).........{((((...........,...))))}...(({.(((.{{......)),,}))))..)))))).)))).))))))}((((..((((.........)))}))))......((((((.((((((((((({((......,.)).((((((((....((((.(((..(((((((((((((.....(((......))).........))))))))).))))))).)))).,........,},(((((((({((((((,({({{,(((((((({(,,,.}}))))}}}))),}})))}))))||.....((((((({,{...,},((((((((((..(((({.......,((((...(((((((((({{...,}.))))),)))))...))))))))).)))))))))))))))))...{{(..(..({{(((.(((((((.,,.(((((.(((.(((.{((((........))}},,))).))).)))))...,))).)))).)))..)))..),,))).))))))))))))))))))))..)))))...))))))(((((((....,})})))}}},})))))).)).))).))),))),..}))).,...)))))))))(((((....))))).....))))))).)).).)))).))))))),,.((((((.(((((.....)))}}).))))))))))))))).))))))))......{{,(({.{{|||||{,{{,...|||{({((({,{({{{(({....}|,|||{|},}}))}))}|{((((({(((((((((....))))))...))).,.)))))||{|||{{.{(((((({{((((,{{({.,.,})),..,}|||||||,|{,,||{{{.{,|,,|,|}}}}},}||,,{{,{|{{|{(({(,{({{,,,...,|||||{.(((((({.((((((((,,(((({{,,,|{{|,{,,,..,}}))))))))),)))))))}...,}}}}}}{{{{{|||||..,,|||}||||}}||||||}}}{{{.{||||,,|||,,||{||||||||,|.{{.{{{|{|{,{{{...,)))..),}))))))).,..},))}))))..))}.))))).))).})))))))})}))))}})))))),..,,.))))))))))))..)).))))))))))).))))))))..))))))))))))...)))))))))))))))).,)))}).,..(((((((((.((((...(((,.....))})))).))}.,,...,((({(,.,,,.((((((.....))))))....{(((((((((((..(((((.((((..,{|(((((((.((((((.((((((((.,.((((..........)))).,)))))..))))))))).)))).......}}))))}..)))).))))))))))))))))).},},)))))|((.(((((((..((.(((.(((((((.(.(.....).).))))))).))).))..))))))).)))))))).((((((((((.((.(((.(((((((((((,(((.......))).))))))))...)))..))).))...))))))))))((((((..,,(((((.(.((((((...))},)))).))))).,)..)))))).....}}}.}.......
Back