Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001081752.3
Sequence Length
3256 nt
GC Content
0.6072
GCAUUUCUCCCCGAGAUGGCGGGUCUGACGGCGGCGGCCCCGCGGCCCGGAGUCCUCCUGCUCCUGCUGUCCAUCCUCCACCCCUCUCGGCCUGGAGGGGUCCCUGGGGCCAUUCCUGGUGGAGUUCCUGGAGGAGUCUUUUAUCCAGCGCUGGGGCCUGGAGGCAAACCUCUUAAGCCAGUUCCCGGAGGGCUUGCGGGUGCUGGCCUUGGGGCAGGGCUCGGCGCCUUCCCCGCAGUUACCUUUCCGGGGGCUCUGGUGCCUGGUGGAGUGGCUGACGCUGCUGCAGCCUAUAAAGCUGCUAAGGCUGGCGCUGGGCUUGGUGGUGUCCCAGGAGUUGGUGGCUUAGGAGUGUCUGCAGGUGCGGUGGUUCCUCAGCCUGGAGCCGGAGUGAAGCCUGGGAAAGUGCCGGGUGUGGGGCUGCCAGGUGUAUACCCAGGUGGCGUGCUCCCAGGAGCUCGGUUCCCCGGUGUGGGGGUGCUCCCUGGAGUUCCCACUGGAGCAGGAGUUAAGCCCAAGGCUCCAGGUGUAGGUGGAGCUUUUGCUGGAAUCCCAGGAGUUGGACCCUUUGGGGGACCGCAACCUGGAGUCCCACUGGGGUAUCCCAUCAAGGCCCCCAAGCUGCCUGGUGGCUAUGGACUGCCCUACACCACAGGGAAACUGCCCUAUGGCUAUGGGCCCGGAGGAGUGGCUGGUGCAGCGGGCAAGGCUGGUUACCCAACAGGGACAGGGGUUGGCCCCCAGGCAGCAGCAGCAGCGGCAGCUAAAGCAGCAGCAAAGUUCGGUGCUGGAGCAGCCGGAGUCCUCCCUGGUGUUGGAGGGGCUGGUGUUCCUGGCGUGCCUGGGGCAAUUCCUGGAAUUGGAGGCAUCGCAGGCGUUGGGACUCCAGCUGCAGCUGCAGCUGCAGCAGCAGCCGCUAAGGCAGCCAAGUAUGGAGCUGCUGCAGGCUUAGUGCCUGGUGGGCCAGGCUUUGGCCCGGGAGUAGUUGGUGUCCCAGGAGCUGGCGUUCCAGGUGUUGGUGUCCCAGGAGCUGGGAUUCCAGUUGUCCCAGGUGCUGGGAUCCCAGGUGCUGCGGUUCCAGGGGUUGUGUCACCAGAAGCAGCUGCUAAGGCAGCUGCAAAGGCAGCCAAAUACGGGGCCAGGCCCGGAGUCGGAGUUGGAGGCAUUCCUACUUACGGGGUUGGAGCUGGGGGCUUUCCCGGCUUUGGUGUCGGAGUCGGAGGUAUCCCUGGAGUCGCAGGUGUCCCUGGUGUCGGAGGUGUUCCCGGAGUCGGAGGUGUCCCGGGAGUUGGCAUUUCCCCCGAAGCUCAGGCAGCAGCUGCCGCCAAGGCUGCCAAGUACGGGUUAGUUCCUGGUGUCGGCGUGGCUCCUGGAGUUGGCGUGGCUCCUGGUGUCGGUGUGGCUCCUGGAGUUGGCUUGGCUCCUGGAGUUGGCGUGGCUCCUGGAGUUGGUGUGGCUCCUGGCGUUGGCGUGGCUCCCGGCAUUGGCCCUGGUGGAGUUGCAGCUGCAGCAAAAUCCGCUGCCAAGGUGGCUGCCAAAGCCCAGCUCCGAGCUGCAGCUGGGCUUGGUGCUGGCAUCCCUGGACUUGGAGUUGGUGUCGGCGUCCCUGGACUUGGAGUUGGUGCUGGUGUUCCUGGACUUGGAGUUGGUGCUGGUGUUCCUGGCUUCGGGGCAGUACCUGGAGCCCUGGCUGCCGCUAAAGCAGCCAAAUAUGGAGCAGCAGUGCCUGGGGUCCUUGGAGGGCUCGGGGCUCUCGGUGGAGUAGGCAUCCCAGGCGGUGUGGUGGGAGCCGGACCCGCCGCCGCCGCUGCCGCAGCCAAAGCUGCUGCCAAAGCCGCCCAGUUUGGCCUAGUGGGAGCCGCUGGGCUCGGAGGACUCGGAGUCGGAGGGCUUGGAGUUCCAGGUGUUGGGGGCCUUGGAGGUAUACCUCCAGCUGCAGCCGCUAAAGCAGCUAAAUACGGAGUGGCAGCAAGACCUGGCUUCGGAUUGUCUCCCAUUUUCCCAGGUGGGGCCUGCCUGGGGAAAGCUUGUGGCCGGAAGAGAAAAUGAGCUUCCUAGGACCCCUGACUCACGACCUCAUCAACGUUGGUGCUACUGCUUGGUGGAGAAUGUAAACCCUUUGUAACCCCAUCCCAUGCCCCUCCGACUCCCCACCCCAGGAGGGAACGGGCAGGCCGGGCGGCCUUGCAGAUCCACAGGGCAAGGAAACAAGAGGGGAGCGGCCAAGUGCCCCGACCAGGAGGCCCCCUACUUCAGAGGCAAGGGCCAUGUGGUCCUGGCCCCCCACCCCAUCCCUUCCCACCUAGGAGCUCCCCCUCCACACAGCCUCCAUCUCCAGGGGAACUUGGUGCUACACGCUGGUGCUCUUAUCUUCCUGGGGGGAGGGAGGAGGGAAGGGUGGCCCCUCGGGGAACCCCCUACCUGGGGCUCCUCUAAAGAUGGUGCAGACACUUCCUGGGCAGUCCCAGCUCCCCCUGCCCACCAGGACCCACCGUUGGCUGCCAUCCAGUUGGUACCCAAGCACCUGAAGCCUCAAAGCUGGAUUCGCUCUAGCAUCCCUCCUCUCCUGGGUCCACUUGGCCGUCUCCUCCCCACCGAUCGCUGUUCCCCACAUCUGGGGCGCUUUUGGGUUGGAAAACCACCCCACACUGGGAAUAGCCACCUUGCCCUUGUAGAAUCCAUCCGCCCAUCCGUCCAUUCAUCCAUCGGUCCGUCCAUCCAUGUCCCCAGUUGACCGCCCGGCACCACUAGCUGGCUGGGUGCACCCACCAUCAACCUGGUUGACCUGUCAUGGCCGCCUGUGCCCUGCCUCCACCCCCAUCCUACACUCCCCCAGGGCGUGCGGGGCUGUGCAGACUGGGGUGCCAGGCAUCUCCUCCCCACCCGGGGUGUCCCCACAUGCAGUACUGUAUACCCCCCAUCCCUCCCUCGGUCCACUGAACUUCAGAGCAGUUCCCAUUCCUGCCCCGCCCAUCUUUUUGUGUCUCGCUGUGAUAGAUCAAUAAAUAUUUUAUUUUUUGUCCUGGAUAUUUGGGGAUUAUUUUUGAUUGUUGAUAUUCUCUUUUGGUUUUAUUGUUGUGGUUCAUUGAAAAAAAAAGAUAAUUUUUUUUUCUGAUCCGGGGAGCUGUAUCCCCAGUAGAAAAAACAUUUUAAUCACUCUAAUAUAACUCUGGAUGAAACACACCUUUUUUUUUAAUAAGAAAAGAGAAUUAACUGCUUCAGAAAUGACUAAUAAAUGAAAAACCUUUAAAGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1492.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1549.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 805.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((..((((.(((((((.(((.....(((((((.....(((.(((.((((.(((((...))))).)))).))).)))....))))))).........((((.(((((((((((.(((((...((((((((((....((((.(.....).)))).(((((((((((((((((((((((((((.......(((((((((..(((((.((....)).))))).)).)))))))..(((...(((((.......)))))...))).)))))))))))).....))))))))).))))))))))))))))))))).))))..........)))))))))))))).)))))..))...)))).....))))))))))))))))).).)))(((((..((.(.((.((((....)))).)).).))..)))))(((((((((((.(((.....)))..))))))((((((........)))))).((((((((((((((....)))......(((((.((.(..(((....)))..).))..))))).(((((....(((((..(((.(...((((....((((((((((.(((.......((((....(((.((((......)))).)))....)))).......))).))))).)))))))))...).))).)))))....)))))((((((((..(((((((((((((((.(((((((.(((..((((.((((...))).).))))..))).)))....((((((........)))))))))).))))....)).)))))))))))))))))((...((((((((.((((((((.((((((.((((((((..((((((((.((((.((.(((.....))).))...)).)).))))))..(((((.....)))))..((((((.....))))))))..)))))))).))))))(((((....))))).((((..((((((((((.(.(((((((((((((..........))))))))))))).)(((.(((.(((((((((.((..((((....((((((((....))))))))...((((((((....((((((((((((.(((((((((.(((((.((.((((.((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))))))).)))))).)))...)).))((((.(((.((((((.((((.(((((((((((.(.((....)).)))))))....)))...)).)))).)).))))..))).))))((((((.(((((((..(((.((....((((.((.((((.(((.(((((.(((((.(((..((((((.((.(((.....))).)).)))))).)))..))))).)))))..))))))).)).)))))).)))))))....))).))))))))))))).))).)))))))))((((((((((....)))))....)))))........)))))))).((((((((((.(.....).))))))))))))))...))))))))))).))).)))(((((((((((((.((((((.((((..(((.((((((((((((((...(((....(((((((.((((((.(((((((((......))))))))).(((((((.......))))))).....)))))).)))))))..((((((((...((((((((((((((((.(((....((((......(((((((((((((.......))))))).))))))))))(((((....))))).((((((.........))))))))).)))))))).)))))))).))))))))(((((((((((((((((....))))).(((((((((((.(((((....)))))((((((..........))))))...........(((.(((((....(((........))).....(((((((((((((...))))))))))))).))))).)))(((((..........))))).))).)))))))).........(((((....))))).....((.((((((.(..((((((...))))))..))))..))).)))))))))))))))))..))))))).(((.((((.((..((((((...((..((((.(((((((((((......(((((((.((((((((((.((((...((((((............(((((.((((((....))))))((((.(((..(((.(((((((((.((((((((.........(((.((((........(((((....)))))........)))))))........))))))))))))))).)).)))..))).))))....(((((.((((......)))).))))).......(((((.......((((((((((............))))))...)))).......((((.(((((......))))).)))))))))....)))))...((((((.....))))))...))))))....))))..)))))))))))))))))..........(((((((((......(((((.(.((((.......)))).).)))))....)))))))))..)))))))).))).).))))).))))))..)))))).)))...))))))))))....)))).))))..))..)).)).)))))))))........))))).))))))))).(((((...)))))((......)).))))))))...)))))))).))))).)))))))))))))((((.(((.((((.((((((((((((((((..(((.....)))...)))))((((...)))).....)))).))))))).)))))))))))...((((....))))....))))((((.........)))))))).)))))))...((((((.(....((((((..((((((...)))))).))))))).))))))..)))))((((((((((..((((((..(((((((...((((((((....((.(((..((((((((((.....))))))))))))).))(((((......)))))...((((((((........(((.((((.........)))))))........)))))))))))))))))))))))))))))....))))))))))...............(((....)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,{,.((((((((((((((((....({(.(((((((((((({{(((((..(((({(,(((((.((({....(((((((.....(((.(((.((((.(((((...))))).|))).))).)))....)))))))..,.....,((({.(({{{{(((((.(((((...(((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((...)))))).)))))},...,})))))...})}}}))))))))|{{{{|{((,||,,.,|||||,{{{(((({{{|((({{....||||||,..,}),)))))))))|||||}}}}}}))))))..,,,,}))))))))))))))).))))},,},,,}..}},))))}}))))).))))},,.,.,.}}}}.....))))))))))))))))).|,||}((((((.(((((.{.(((({{(((....(((((((((({...{((({{{({{(((((.(((((..,,,,((({(({(({..{{|..,.|||||,}}}...}}),.}||}}}})))))))).)))))})}.,.})))))))))))))))...))))))))}))))).)))))).{|{|{..(((,.,,..{..|||)))})),,.{(((((((((....(((.((((......)))).)))....))))..((.(((((({{,((({{(((,{,{..{||}|{||,{((....))}.((((((((({{((((((((((((((({(((((((.(((..((((.((({...}}}.).))))..})).)))|{,.{(((((,,......}}))))|))),)))},},,)).})))))))))}))))))}....{(((((((.((((((({.{(({{{.||{(((((.|({{{,{{(|({{{,((.(((.....))).,((,....})},)))))}}||{{|,....))))},.||||||}.,.}))))))||..))))))||,||||||(,((({{{.|||||{(((,,{((.(((((((.(.(((((((,,,,,,.}}}}}}}.},))))))),)))}.,(({.{{{.(((((((({,((..((((,...((((((((....))))))))...((((((({....((((((((((((.(((((({(({(,(((.,,.||||.||||.(((.(((((((((((({....})))))))))))).)))||}|{}}|||..,}),}.)).))((((.(((.((((((.(((({(((((((((((.(.((....)).)))))))....)))}}})).}))).)).))))..))).))))((((((.(((((((..{((.{{..,,((((.((.(((,{(((,(((((.(((((,(((.,((((((.((.(((,...,))).)).)))))),))).,))))).)))))}.))))))).)).)))))),))}))))....))).))))))})))))).))).)))))))))((((((((((....)))))....)))))........)))))))).,(((((((((.(.....).))))))))))))))...))))))))))),))).))}(((((((((((((.((((((.((((..(((.((((((({((((((...(((....(((((((.((((((.(((((((((......))))))))).(((((((.......))))))).....)))))).)))))))..((((((((.{,,{((((((((((((((.(((....((({.....{(((((((((((((.......)))))))}})))))))))(((((....))))).((((((,{......}))))))))).)))))))).)))))))).))))))))(((((((((((((.(((.,..,,|{(,(((((((((((,(((((....)))))|(((((..........)))))}.....,{{{{{{{{,{{,,,.,},||}},}|,.,,,,,,,,..(((((((((((((...))))))))))))),||,},})),(((((..........))))).))).))))))))....,|||,{{{{,..,.,}}}|,..,.}}.,|||{{.{..,,,,,.....,,,,..,,}}}}}))).)))))))))))))))))..))))))}.(((.((((.((..((((((...((..((((.(((((((((((......({((((({((((((((((.((,(...((((((.......{{({{(.,((.((((((..,.||||||((((,(({.,(((.(((((((((.((((((((.........(((.((((......,.(((((....))))).,......)))))))........)))))))))))))))}}).)))..))).))))....(((((.((((,.....)))).)))))....,.{(({({,,.....,,((((({{{.,,,,,......))))))}.,)))),,}}},,||((.(((((......))))).))},))..)))}}).......((((((.....))))))...)))))).,,,})))..)))))))))))))))))..........(((((((((......(((((.{.,,,{.,,.,..,,)}}).)))))....)))))))))..))))))))}})).)},)))).))))))..)))))).)))...))))))))))....)))).)))}.,))..))},)}))))))))),,,}}},,))))).}))))}))),,|,||,}}),))}||.,,,.,)}}))))))))...)))))))}...,}}.},..}))))),)}((((.(((.((((.((((((((((((((((..{((.....})}...)))))((((...)))).....)))).))))))),)))}))))))).....)))))){{|,...)))).||||,........))))))))))}))))}...((((({,,..{.((((((..((((({...}))))).))))))).)))))).,)))))((((((((((..(((({,,{((((((({,{(({(((((.,((((.(((..((((((((((.....))))))))))})}.}}(((((......)))))..{{{({,,.....,,,..|||,,,||..,.,}}...,))))),,}.,,.,,|,||,,..},.)))))))))))))))))....))))))))))......,,,}.....(((....)))...
Back