Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001099736.2
Sequence Length
1480 nt
GC Content
0.5135
GCAUACACUUCUUGGCUGUGUGCGCUCAGCAGGACGUGGGAGGCUCCGGCUUCAAGGUCGACACUCAUCCAAGAGGAAGGAUGGCCAGUAUCUUUUCUAAGUUGCUAACUGGCCGCAAUGCUUCUCUGCUGUUUGCUACCAUGGGCACCAGUGUCCUGACCACCGGGUACCUGCUGAACCGGCAGAAAGUGUGUGCCGAGGUCCGGGAGCAGCCUAGGCUAUUUCCUCCAAGCGCAGACUACCCAGACCUGCGCAAGCACAACAACUGCAUGGCCGAGUGCCUCACCCCCGCCAUUUAUGCCAAGCUUCGCAACAAGGUGACACCCAACGGCUACACGCUGGACCAGUGCAUCCAGACUGGAGUGGACAACCCUGGCCACCCCUUCAUAAAGACUGUGGGCAUGGUGGCUGGUGACGAGGAGUCCUAUGAGGUGUUUGCUGACCUUUUUGACCCCGUCAUCAAACUAAGACACAACGGCUAUGACCCCAGGGUGAUGAAGCACACAACGGAUCUGGAUGCAUCAAAGAUCACCCAAGGGCAGUUCGACGAGCAUUACGUGCUGUCUUCUCGGGUGCGCACUGGCCGCAGCAUCCGUGGGCUGAGCCUGCCUCCAGCCUGCACCCGGGCCGAGCGAAGGGAGGUAGAGAACGUGGCCAUCACUGCCCUGGAGGGCCUCAAGGGGGACCUGGCUGGCCGCUACUACAAGCUGUCCGAGAUGACGGAGCAGGACCAGCAGCGGCUCAUCGAUGACCACUUUCUGUUUGAUAAGCCAGUGUCCCCUUUAUUAACAUGUGCUGGGAUGGCCCGUGACUGGCCAGAUGCCAGGGGAAUCUGGCAUAAUUAUGAUAAGACAUUUCUCAUCUGGAUAAAUGAGGAGGAUCACACCAGGGUAAUCUCAAUGGAAAAAGGAGGCAAUAUGAAACGAGUAUUUGAGCGAUUCUGUCGUGGACUAAAAGAAGUAGAACGGUUAAUCCAAGAACGAGGCUGGGAGUUCAUGUGGAAUGAGCGCCUAGGAUACAUUUUGACCUGUCCUUCGAACCUUGGAACAGGACUACGAGCUGGUGUCCACGUUAGGAUCCCAAAGCUCAGCAAGGACCCACGCUUUUCUAAGAUCCUGGAAAACCUAAGACUCCAGAAGCGUGGCACAGGUGGUGUGGACACUGCCGCGGUCGCAGAUGUGUACGACAUUUCCAACAUAGAUAGAAUUGGUCGAUCAGAGGUUGAGCUUGUUCAGAUAGUCAUCGAUGGAGUCAAUUACCUGGUGGAUUGUGAAAAGAAGUUGGAGAGAGGCCAAGAUAUUAAGGUGCCACCCCCUCUGCCUCAGUUUGGCAAAAAGUAAACUUUCCCUUUCCCAAUUUAUAAAUAAUCUGUCUGCUGGUACGACAGACAUAAAUCUCUACUCUGAGAGUUUUUAUACACUUGGAAAAAUAUAAAAUUGUAGAUCCUGCCUAUCUUUACAAUAAAACUCUCCUUAAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-512.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -539.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 262.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((..((((.((....((((((((((.((((((((....)))))..((((((((((........((((((((((.....))))))))))..(.((((...(((..((((.((......))...))))..)))..)))).)))))))..)))).))).)).)))))))))))))))).))))))))))((.((((((((.((((.((((((...(((..((..((((((...........))))))...(((.....((((..((((.(((((..(((((.((((.((..(((........)))..))))))....(((.((......)).)))....((((((((((((((..((((...((((((((((((..((((((.....))))))...))))))((((((((.((.(((....(((((........)))))...)))))))))))))..............((......)).)))))).......).)))..))).))))))))))).............((((((((.((..........)).))))))))...))))).))))))))))))).....)))))..)))...))))..)).)))).))))))))...)).(((((((((((((...((((((((((.((((....))))...((((((((((((((((((((((.((.....(((((((......)))).)))....)).))))))).(((((..............))))).)))))).))))))))).............(((....))))))).)))))).((((((((....))))))))...........((..((((((((........))))))))..)).(((((((.(((((((.((.((....(....)..........((.((((((((((((((((.(((((((....((..((((..(.((...((((((..((((((((((.((((((.....)))))).)))))((((..........)))))))))...)))))))).)..))))...))...))))))).)))))))...(((((((((...((((....((..((((.....(((((...........)))))....(((((...(((((((....)))))))...)))))((((((.....))))))......)))).))....))))........)))))))))))))))))).)).)).)).)))...)))))))))))((((((......(((((((.((((((..(((.((((....(((((......(((...)))..)))))...))))..)))..)))))))))))))....))))))(((((((......).))))))....)))))))((((((.((......)).))))))..........((((((((...........))))))))......))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((,(..((((.((....((((((((((.((((((((....)))))..((((((((((..{{(.,{{{{{{{,{((((((((,.({{....}}}......)))))))|..,},|}}}}}}||....|||,.....,))},..))))))..)))).))).)).))))))))))))))}),)))))))))){,.((((((((.((((.((((((.....,......((((((.,,.....,..))))))...({{.....((((..((((,{((((..(((((.{(((.{,..(((........)))..,}))))....(((.((,.....}),))}....((((((((((((((..(((,.{,((((((((((((,{({(({{.....))})))...))))))((((((((.((.(((....(((((........)))))...)))))))))))))..............((......}},))))))..,,...}.)))..))).)))))))))))....,..,,{{,.,{||{{{{.{({{.,,,,,..})}))))))},...))))).))))))))))))).....)))||,.},)}},))))..)).)))).))))))))...,,,(((((((((((((...{(((((((((.((((....))))...((((((((((((((((((((((.((.....(((((((......)))).)))....)).))))))).(((((.,{.........,,))))).)))))).))))))))).............(((....))))))).)))))}.((((((((....))))))))......,....{{..{(({(({{........)))|||||{{||.((((((({(((((((.,(.{{.......,.|.....,....((.((((((((((((((((.(((((((....{{..((((..(.((...((((((..((((((((((.((((((.....)))))).))))){,,{,.........}))})))))...)))))))).)..))))...}}...))))))).)))))))...(((((((((...{,.(((((((({{...,{.{{.(((.....}},.}},),.))))))))))..,.(((((((....))))))),{,..{||,|,|||,..},})}}}}{|,.....,,..,,..,}}}}..}}....)))))))))))))))))).)).)).)}.)))...}))))))))))((((((......(((((((.((((((..(((.,,{,....(((({......,((...,}}..}))))...,}},..)))..)))))))))))))....))))))(((((({......).))))))....||||}}}{{{|||,{(.,,...}}.}}))))..........{{{{{{||},,,.,,,.,})))))}},....}})}))))......
Back