Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001115.3
Sequence Length
4421 nt
GC Content
0.5426
AUCCCGGCGCAAUGGAGUUCUCCGAAGGGCGAUGAUUCCAGCCACAUCUGCUAACUUCGCACCCAUCGCUGCCGCCGGUCACCGCCGGCCAGGCCCCCUGCAGCCGCGGAGCAGUGGGCGUCCAAAGCCCAGUGCAGCAGCCAGGACCCGCCCGACGCGCAGCAGAAGCACGGCGCCCAGGCGCUUAGGCGUCUCUUGGAGAGCAAAGGCUGCGCCAAAACGCUGAGCCUAGAAUCAACCAAGGAGCCUGAGCCCAGGAAGGGGCUGCGUGGCUCACAGCGCUGCGGCUCCUGAGGACAAAUAGCCACUGCCGCUGCGUACCCAAGCUGCGCCGGCUGGCGGGAGAGCAGCACGCAAGGACGCCGAGGUCCGCCGCGAUCUUCCAGGUGCCCUUUGCCCCUGGGCACAGUAUGACCCGACCUACAGGGAGCCCUAGCGCAGGGCUCCUGCAACGGGGCAGCCUAGGAUAAAAAGGAUCCUUGCCAAGCUCCUACCAGGCCGCCUUUGAGUCUUUAGGAACCCCUCCUCCGGCUGCCUCCCCAAGGUUCUGGGCCUCCUUCCCUGCGGCCCAGAGCCAUGGAGCUCUCCGAUGUGCGCUGCCUUACAGGCAGCGAGGAACUCUACACCAUCCACCCGACGCCCCCGGCCGGCGACGGCAGGAGCGCCUCCCGGCCGCAGCGGCUGCUGUGGCAGACGGCGGUGCGACACAUCACGGAGCAGCGCUUCAUUCACGGGCACCGGGGAGGCAGCGGCAGCGGGAGUGGAGGCUCGGGCAAAGCCUCGGACCCUGCGGGCGGCGGCCCCAACCACCACGCGCCGCAGCUGUCAGGCGACUCGGCGCUGCCCCUCUACUCGCUGGGCCCGGGAGAGCGAGCGCACAGCACCUGCGGCACCAAAGUCUUCCCGGAACGCAGCGGGAGCGGCAGUGCCAGCGGCAGCGGAGGCGGGGGCGACCUGGGCUUCCUGCACCUUGACUGUGCCCCUAGCAACUCGGAUUUCUUUCUUAAUGGGGGCUAUAGCUACCGAGGGGUCAUUUUCCCCACCCUGCGCAACUCCUUCAAAUCUCGGGAUUUGGAACGCCUCUACCAGCGCUAUUUCUUGGGCCAAAGGCGCAAAUCGGAAGUGGUGAUGAACGUGCUGGACGUGCUGACCAAACUCACUCUCUUGGUCCUACACUUGAGCCUGGCCUCGGCCCCCAUGGACCCGCUCAAGGGCAUCCUGCUGGGCUUCUUCACCGGCAUUGAGGUAGUGAUCUGCGCCCUGGUGGUGGUCAGGAAGGACACCACCUCCCACACGUACCUGCAGUACAGCGGCGUGGUCACCUGGGUGGCCAUGACCACCCAGAUCCUGGCAGCAGGCCUCGGCUACGGGCUCCUGGGCGACGGCAUAGGCUACGUGCUCUUCACGCUCUUCGCCACCUACAGUAUGCUGCCGCUGCCGCUCACCUGGGCCAUCCUGGCCGGCCUGGGCACCUCGCUGCUGCAGGUCAUCCUCCAAGUGGUCAUACCCCGGCUGGCGGUCAUUUCCAUCAACCAGGUUGUGGCCCAGGCAGUGCUAUUCAUGUGUAUGAACACAGCUGGAAUCUUCAUCAGUUACCUGUCAGACCGGGCCCAGCGCCAAGCUUUCCUGGAGACUCGGAGGUGUGUGGAGGCCAGGCUGCGCCUGGAGACAGAGAACCAAAGACAGGAGCGGCUCGUGCUUUCUGUGCUCCCCCGGUUUGUUGUCCUGGAAAUGAUCAACGACAUGACCAAUGUGGAAGAUGAGCACCUGCAGCACCAGUUCCAUCGGAUCUACAUCCAUCGCUAUGAGAACGUCAGUAUUCUUUUUGCAGAUGUUAAAGGAUUUACCAACCUCUCCACGACCUUGUCUGCUCAGGAGCUGGUCAGGAUGCUCAACGAGCUCUUUGCCAGAUUUGAUCGACUGGCCCAUGAGCAUCACUGCCUUCGUAUUAAAAUCCUGGGGGACUGCUACUACUGCGUGUCUGGACUUCCUGAGCCCCGCCAGGACCAUGCCCACUGCUGUGUUGAAAUGGGUCUCAGCAUGAUCAAAACCAUCAGGUAUGUGCGGUCAAGGACAAAACACGAUGUUGACAUGAGGAUUGGAAUCCACUCCGGCUCGGUGCUGUGCGGUGUUUUGGGACUAAGGAAGUGGCAGUUUGAUGUCUGGUCUUGGGAUGUGGAUAUUGCAAACAAACUCGAAUCUGGAGGAAUCCCUGGGAGGAUUCACAUUUCCAAAGCCACGCUGGACUGUCUCAACGGUGACUAUAACGUGGAAGAGGGCCAUGGUAAAGAGAGGAAUGAAUUCCUGAGGAAGCAUAAUAUCGAAACUUACUUAAUUAAGCAGCCUGAGGACAGUCUGCUGUCCUUGCCUGAAGAUAUCGUCAAGGAGUCAGUGAGCUCCUCAGACCGGAGAAACAGUGGGGCCACAUUCACUGAAGGAUCCUGGAGCCCUGAACUGCCCUUUGAUAAUAUCGUGGGGAAACAGAAUACUCUGGCUGCCCUAACAAGAAAUUCAAUAAAUCUGCUUCCAAACCAUCUUGCACAAGCUUUGCAUGUCCAGUCUGGGCCUGAGGAAAUUAACAAGAGAAUAGAACAUACCAUCGACUUGCGGAGUGGCGAUAAAUUGAGAAGAGAGCAUAUCAAGCCAUUCUCACUGAUGUUUAAAGACUCCAGCCUGGAGCACAAGUAUUCUCAAAUGAGGGAUGAAGUGUUCAAGUCAAACUUGGUCUGUGCAUUUAUCGUUCUUCUAUUUAUCACGGCAAUACAAAGUUUGCUUCCUUCUUCAAGAGUGAUGCCAAUGACCAUCCAGUUCUCCAUUCUGAUUAUGCUGCACUCGGCUCUGGUCCUCAUCACCACAGCAGAGGAUUAUAAAUGUUUGCCCCUCAUCCUCCGGAAAACUUGCUGUUGGAUUAAUGAGACCUAUUUGGCCCGGAACGUCAUCAUCUUUGCAUCCAUUUUGAUUAAUUUCCUGGGUGCCAUCUUAAAUAUCCUGUGGUGUGAUUUUGACAAGUCGAUACCCUUGAAGAACCUGACUUUCAAUUCCUCAGCUGUGUUUACAGAUAUCUGCUCCUACCCAGAGUACUUUGUCUUCACGGGGGUGUUGGCCAUGGUGACCUGUGCAGUUUUCCUCCGGCUGAACUCCGUCCUGAAGCUGGCAGUGCUGCUGAUCAUGAUUGCCAUCUAUGCCCUGCUCACUGAGACCGUCUACGCAGGCCUCUUUCUGCGUUAUGACAACCUCAACCACAGUGGAGAAGAUUUCCUGGGGACCAAGGAGGUAUCACUGCUACUGAUGGCCAUGUUCCUCCUGGCUGUGUUCUACCAUGGACAGCAGCUGGAGUACACAGCCCGCCUGGACUUCCUUUGGCGAGUACAGGCCAAAGAGGAGAUCAAUGAGAUGAAGGAGCUGAGGGAACACAAUGAGAACAUGCUCCGGAAUAUCUUACCCAGCCAUGUGGCCCGCCAUUUCCUAGAGAAGGACCGAGACAAUGAGGAGCUGUAUUCUCAAUCCUAUGAUGCUGUUGGGGUGAUGUUUGCCUCCAUCCCAGGAUUUGCGGACUUUUACUCUCAGACUGAAAUGAAUAACCAGGGAGUGGAAUGCCUGCGCUUGCUCAAUGAGAUCAUUGCUGACUUCGAUGAGUUGCUUGGUGAAGACCGAUUUCAAGACAUUGAAAAGAUUAAGACCAUUGGCAGCACCUACAUGGCCGUGUCAGGCCUGUCACCUGAAAAACAGCAAUGUGAAGACAAGUGGGGACAUUUGUGUGCUCUGGCUGACUUCUCACUCGCCCUGACAGAAAGCAUACAGGAGAUCAACAAGCAUUCAUUCAACAAUUUUGAACUCCGGAUUGGCAUCAGCCACGGCUCAGUGGUAGCUGGCGUUAUCGGCGCUAAGAAACCACAGUAUGACAUUUGGGGCAAAACUGUGAACCUGGCAAGCCGAAUGGACAGCACGGGGGUUAGUGGCCGGAUCCAAGUCCCAGAGGAGACCUAUCUCAUCCUGAAGGACCAGGGCUUUGCCUUUGAUUACCGAGGGGAGAUCUAUGUGAAGGGUAUCAGUGAACAGGAAGGAAAAAUCAAAACGUACUUUCUUCUGGGAAGAGUCCAACCCAACCCAUUCAUCUUGCCCCCAAGAAGACUGCCUGGGCAGUACUCCCUGGCCGCGGUUGUCCUGGGACUUGUCCAGUCCCUCAAUAGGCAAAGGCAGAAGCAGCUACUCAAUGAGAACAACAACACAGGAAUCAUCAAGGGUCAUUACAACCGGCGGACUUUGUUGUCACCCAGCGGCACAGAGCCUGGAGCCCAGGCUGAAGGCACCGACAAAUCUGAUUUGCCAUAAAAGCAUUUUCUUUCUGUUUUUUUUUUUUGUAUUUCUUUUAUAUAUAAAAUAAAUAUACUAAUAAAAAGGUUUAAUUUUUUUUAGAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1618.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1699.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 1273.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((((..((((.((....((((((((((((..........)))).)))..))))).)))))))))))((((((((..((((.(((((((...))))..))))))).(((.(((((.......))))).))).((.(((((((....((.(((((((((.((.((((.(.(.((((((.((((((((.((.(((((.((....(((((..((......))..)))))....))..)))))))))))))))((((((((((((((((..(((...)))..))))))))))...(((((((.(((((((.(((.((........)).))).))).))))(((.((((((((((...((((......))))(((((..(((((((((((((((((...(((((((......((.((((.......(((((((((.....)))))))))....)))).)))))))))....)))))..........(((((((.(((.((.(((((((((((((((((((.(((.(..(((.((((((((((..(((((((((((...........)))))))))))(((((((.((((((((((((((((((...)))))))).((.........)).(((..(((.((((.......)))).)))..)))(((((.((..((((((((....))))))))....)).)))))..))))))..))))....)))))))....((...)))))))))))))))..).)))((((((((....((((..((((((...((((..(((.(((((..............))))).)))..)))))))...)))..))))))))))))((((((((((((((((.(.(((....(((((.((((((((....(((((((((........)))))).))).)))))(((((((((((.(((((((((((...((((.(((.((((.....(((((((((((.......(((......)))...))))))).)))).......((((.......)))).....(((.......((((((((....)))))))).)))......((.((((((((((((.(((...))).))....)))))))))).))...)))).))).(((..((((((..........))))))...)))..(((((((((((..(((((((.(((((((..(..((((...((((((((.......(((........))).((((((.((((((((((((((.((......)))))))))........((((.....)))))).)))))))))))((((((((......))))))))..))))))))...))))..)...)))).)))))))....)))..)))))).).)))).....)))).))))).))).......))).)))))))))))...((((((((((((((((((((.(((......(((((((.(((....))).).))))))....))).)))))))((......))......))))..))))))))))))))))).....(((((....)))))))).)..))))...(((....))).....)))))))))))).......))))))))))))))))))))).))))))...))))))))))))).................))).))))).)))))......))))).))).))))))).)))))).....(((..(.((((.....)))).)..)))(((((((((....(((((((((...((((....))))........((((..((..(((.((((((.((....)).))))))..)))..)).))))...(((...)))......))))))))))))).)))))...((((((...(((((..........)))))....)))).))..(((....))).......)))))).).))))).)).))))))))).))...))))).))...))...((((.((.....(.((((((((...((..(((((.((((.((((...((((..((.(((.(......).)))..))..)))))))))))).(((.(((...))).)))(((((..((((.(((..((((..((((((..(.(((((((((...((((..(((..(((((...(((((...((((((...(((.......)))((((((......))))))......((....(((((.((((((((....)))))..)))...)))))....))(((.(((((((.((((((((((.(((((.((((((((...(((.(((..((.(((......((((((.((((((((....)))))))).(((.(.(((((.(((((((((((((.(.(((((.......(((....(((((((......))))))).....))).))))))))).)))...))))))).))))).).)))....(((....)))))))))......))).))))).)))....))))))).........((((.......)))).(((((...))))).).)))))........(((((((........(((((...((.((((((((((((..((........))..))))..)))))))))).)))))........(((((...)))))......)))))))((((((.((((.((((...........)))).)))).).))))).)))))))))).))))))).)))........))))))(((((((((....(.(((((((..(.((.((..((.(((((.(((((((((....(((...((((((((((((......((((((.(((((................(((((((..(((........)))..)))....)))).((.....))....(((.((((...((((((((((((....((......)).))))))).................((((((((((....))))).)))))...)))))...)))).)))...))))).))))))......(((((((.((....(((((.(.......((((((((((.(((.((((.((.((((.(...(((((....((((((((..............)))))).)).))))).).)))).)).))))..))).))).......((((...(((.(((((((......)))))))...)))...))))......)))))))......)))))).....)).)))))))............((((((...(((((..(((((((((......))))(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((........))))))).)))).))..(((((((..(((((......................)))))....)))))))....(((((((((.(.((((..((((.....)))).........((((((......))))))(((((..((((.....(((((((...)))))))))))..)))))..((((.(((((((((((...................)))))))))).).))))((..(((((.((((.(((....))).)))).))))).))(((((....)))))((((((....)))))).............)))).)...)))))))))....(((((.......)))))...(((....))).....)).))))).....)))))))))))))))).))..((((..((((...((((...(((((.((((.((((....................)))).))))....((((....)))).......(((((..((((((((...)))))).))..))))).)))))...))))))))......)))).(((((....)))...)))))))..)))))...))))))((((....))))(((..((((....))))...))).)))))))))))).)))...))))))..))).))))).)))))).)..))))))).)....))))))))).............((((((...)))))).))))).))))).)))..)))))))))((((.((.((((((..((.(((......))).)))))))).)).)))))))).)..))))))..)))).)))..))))...).))))......))))).)).)))))))).).....))..))))......)))))))).((.((((((......)))))).))(((((((...)))))))...((((....((....))...))))..(((((((.........)))))))......(((((((.(((((....))))).)))))))....((((((((......))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,((({,,(((((((({{((,,{(((,{{{,.{{{{{{,,,{||{{(({..||||,.,({((..({.((((((((,{{{({,,|(|(((((((..,.({,,.|||.{(((((((((((.,...|{|..,||}.{{.{((((((....((.(((((((((.((.((((.(.(.((((((.((((((((.((.(((((.((....(((((,,({.....,))..)))))....))..))))))))))))))){{{{{,((((((((((..(((...)))..)))))))))).{,(((((,,,(((,..(((({,(((({.....}.})))})))),)))(((.((((((((((...((((......))))(((((..{((((((((((((((((...(((((((......{{.((((.....,,(((((((((.....))))))))),...)))),)))))))))....)))))......{{{..({,(((.(((.(,{(((((((((((((((((((.(((,,{{((,{((((((((((..(((((((((((.........).))))))))))),{({{(({((((((((((((((((((...)))))))).({.........,,.(((..(((.((((.......)))).)))..)))(((((.{(,,((((((((....))))))))...,)).)))))..))))))..)))).}},||}}}},....||,,.,,))))))))))))).}).))|((((((({...{((((..(((,,(,.,((((,,(((,(((({............},))))).))),.)))),},,..)))..))))))))))))|(((((((((((,{{{{{.,({{{..{(({,,{||(((((....(((((((((........)))))).))).)))))(((((((((((.(((((((((((...((((.{{{.((((...,.(((((((((((.......(({......}}}...))))))).)))).....,.((((.......))))..,,.{{{,......((((((((....)))))))).,||......{{.((((((((((((.(((...))).))....)))))))))).}},..)))).))}.(((..((((((..........))))))...)))..{((((((((((,,{((((((.(((((((.,,..((((...((((((((...,...{{{......}}))}.(((({(,((((((((((((((,((......)})))))))........((((.....)))))).)))))))))))((((((((......))))))))..))))))))...)))).,}...)))).))))))),,,.))).,)))))}.),))))....,)))).))))).))}.......))).)))))))))))..{((((((((((((((((((((.(((......(((((((.(((....))).},))))))....))).)))))))((......))......))))..))))))))))}}))))).....{((((....))))}|||{|........,|||},..}}},,...)))))))))))|,...,,.))))))))))))))))))))).)))))),..))).)))))))))},.......,,......,}}.))))).)))))}...,,))))),)))})))}}))}))))}}.....,{{..(.((((.....)))).)..}}|(((((((((....(((((((((...((((....})))........(((({{{{..|{,.||||...||,|||}},.,|((|........,.,,}},..|||...)))}}}...))))))))))))).))))),..((((((...(((((.,......,,)))))....)))).}}..,,,....}},.......)))))).).))))).)).))))))))).)).,.))))).)).,|}},.))||.,,))))))))))})))})....))))))...((((.((((...((((..((.(((.(......).)))..))..)))))))))))).(((.(((...))).))))))}}))))))).))))}))..}))).,,.,|)))))||||}...|.})}}|||||||||({{,{{(({.{{{{{,.,...{{{....,},))),,||||,}.,}})))))).}}}},||...|{{{,{{((({({(({...|||,,,,}.....}|||},,,,,}{||,{{{{{{,.,{(((((,,,.|||||..(((((((...(((.(((..{(.(((......((((({.((((((((....)))))))),(((.,.(((((.((((((({(((((.(.(((((...,.,,{{{....(((((((......)))))))..,,.))}.))))))))),})).,}))))))).))))).}.)))...,(((....)))))))))......))).}.))).)))....))))))).........|({{,..||.,}))},|||||},.}))))}}}|||||,,..,{{{(((((,({{{{,...{((({...((.((((((((((({..,(,,.......,,.}}}}..)))))))))).}}}}}......,.(({({,..|||}||....,}},}|}|{{{((({(((({(((({{,{,,{,,,.}}})})}}},}})))},.))))))))),,))}}}}}.|||,..{{{{{{{||||{..,{({{,.,||,(((((({{..{((,,,{((,(({({,{((..{{{.,|.|{{{{,.,.|((({{((({{(|{{{|{((((((((((((({...,,,,...{{.{{{{{(,|{{{((....{,|.||}|.(({...{{(|{,.{,,,.(((((((((,,{{.{(({{....({{{{{{...,||.....,)},})))))),,,,.......,,,.,.((((((((({....})))).)))))}|{||||,....,,,})))},|||||||{{{|{|,,,,|{|,,{{{{|(({...,{{{|}|,..,|||((({{{((({,(((.((((,{(,((((,{,,,({{((,,,,.{((((((...,,,,,,.,,,.||}|||,||,}}||}...}))}.)),)))).,}||{||||{,.,,,((((.,,(((.(((((({......}))))))...)))...}}}}.,,,{{||||||,.,|{{{|||||}..,,.||||||,,.{,,,,|||,,,.}))|..||{,}||||}((((((((,({.,{{.||,,,.}}|}))))).}))}}))}.{{{(({,((((({{{{{{,,,..,,,))}}}}),)))),}}..|||||||..|||||}}}}}},......|||,,.,},)|)))}}....,,,,.....|||}.}})),.,.,|}}||||,,.}}}))},}}}.}}..}}||)),)).,,,))}}})|||||..,.,,||||||{|||||,((((((.(((......)))...)))))},{((((((((.................},))))))))||{(,({.((((((((((.,,....((((((({..{(({.|{,{((({(((((....|,|,,{(((((....)))))}.,......}})}..))))))....{({.((((......))))})),,.,})},...)))))))))},,}.)))))),)).))}}|||||||||||||||,.....,..}}))),,},,)),..))))))}((((.((({....................)))).))))||{{(((,,,{.||||||||||,}|}||,|{{|}|||..(((((((({.{....((((((.{{.{......,.}}..))))))...}))))..))))),,}..)))}))}})))),.})))),}))}||,,||||{{{{{((((....}})).}}))}.,))))}}))|||(((((((((.,{{..((((((,{,,....{{({{((((..........,{(((((({..........,...)))))))|{((..,..,,}..))),}))).)})))||||,,||||,||.(((,(({{((.(((......))).))),))),})),|||||,,..,},))))))))..}),.)))))))))}.))}}},,.}}},,)))))).....,,,,))}.},,)))..)),))})))..,,))})))))))))}))).,||,}}}||....{{{{{{{.,,))))))),..{||{..,,{,....,}...))))...,,,||,......,..)))))},}}}|}}|||||||,||{{{..,.}}}}}.}})}}}},,||.{{(({||.....,)))},)))),....
Back