Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001127242.3
Sequence Length
1248 nt
GC Content
0.6178
AGAGCAGGGCAGGAAGUAACAAUGAGAAACUGAAAAAGAAACGGAAUGGAAAGCUAUGAGACAGGAUGAAAUUUGGCAUGGGGUCUGCCCAGGCAUGUCCAUGCCAGGUGCCCAGGGCUGCUUCCACGACGUGGGUCCCCUGCCAGAUUUGUGAGACAAGAGGAGCAGCAGCGGCACCGCCCCUCACCCUGGAGGGUCCUGUACAAUCUCAUCAUGGGACUCCUGCCCUUACCCAGGGGCCACAGAGCCCCCGAGAUGGAGCCCAAUUAGGUGCCUGCACCCGCCCGGUGGACGUCAGGGACUCGGGGGGCAGGCCCCUCCCACCUCCUGACACCCUGGCCAGCGCGGGGGACUUUCUCUGCACCAUGUAGCAUACUGGACUCCCAGCCCUGCCUGUCCCGGGGGCGGGCCGGGGCAGCCACUCCAGCCCCAGCCCAGCCUGGGGUGCACUGACGGAGAUGCGGACUCCUGGGUCCCUGGCCAAGAAGCCAGGAGAGGGACGGCUGAUGGACUCAGCAUCGGAAGGUGGCGGUGACCGAGGGGGUGGGGACUGAGCCGCCCGCCUCUGCCGCCCACCACCAUCUCAGGAAAGGCUGUUGUGCUGGUGCCCGUUCCAGCUGCAGGGGUGACACUGGGAGGGGGGGGCUCUCCUCUCGGUGCUCCUUCACUCUGGGCCUGGCCUCAGGCCCCUGGUGCUUCCCCCCCUCCUCCUGGGAGGGGGCCCGUGAAGAGCAAAUGAGCCAAACGUGACCACUAGCCUCCUGGAGCCAGAGAGUGGGGCUCGUUUGCCGGUUGCUCCAGCCCGGCGCCCAGCCAUCUUCCCUGAGCCAGCCGGCGGGUGGUGGGCAUGCCUGCCUCACCUUCAUCAGGGGGUGGCCAGGAGGGGCCCAGACUGUGAAUCCUGUGCUCUGCCCGUGACCGCCCCCCGCCCCAUCAAUCCCAUUGCAUAGGUUUAGAGAGAGCACGUGUGACCACUGGCAUUCAUUUGGGGGGUGGGAGAUUUUGGCUGAAGCCGCCCCAGCCUUAGUCCCCAGGGCCAAGCGCUGGGGGGAAGACGGGGAGUCAGGGAGGGGGGGAAAUCUCGGAAGAGGGAGGAGUCUGGGAGUGGGGAGGGAUGGCCCAGCCUGUAAGAUACUGUAUAUGCGCUGCUGUAGAUACCGGAAUGAAUUUUCUGUACAUGUUUGGUUAAUUUUUUUUGUACAUGAUUUUUGUAUGUUUCCUUUUCAAUAAAAUCAGAUUGGAACAGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-554.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -575.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 291.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((.((..((((((((..(((.........))).((((....))))...((((((.......(((((((((...(((....)))..)))))))))((((((....(((((((((((((..(((........)))...)))))........))))))))...))))))..(((((......)))))))))))....))))))..))..)))))))))))..(((((((((......))))((((((.(((((((....(((.((((((.(((..((((.(..(.....)..)))))))))))))).)))(((.(((((((.((((((.((.(((((((((((...)))).((((((....(((((((((....))))(((.((((((((...)))))))).)))((((((..(((.(((((((......)))))))(((((.....)).)))(((((....)))))(((((......)))))((((((((..(((((.....))))).))....((((((((((...((((((((((........)))))).))))))))).))))).)).)))).)))..)))))))))))))))))))))....))))).)))))).)...))))))))))))))))..)))))).((((((((.(((((((((((....)))))))((((...(((((((((((((...(((..((((((((......(((((((((((........(((((...(((.((....))))))))))))))))))))))))..)))))..)))(((.(((.....(((((((...(((....)))(((((((((((...((((.(.(((((((....)))))))).)))).(((((.(((..........))).)))))))))...)))))))((((((((.((((......(((...((((..(.(......).)..))))....))).....)))))))))))).((((..(((((.........)))))..))))(((((.((...)).))))))))))))..))).))).)))))))))))))...)))).)))))))))))))))))..(((((((((((((((.(((.((((.......((((.(((......))).))))(((((......))))))))).))).))))).........(((((.......)))))..))))))))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{((((((((((,{((..((((((((..{(,.........|,,.((((....))))...((((((.......(((((((((...(((....)))..)))))))))((((((....(((((((((((((..(((........)))...)))))........))))))))...))))))..(((((......))))))))))).,..))))))..))..)))))))))))..(((((((((......))))((((((.(((((((....(((.((((((.(((.(((((.(..(.....)..)))))))))))))).))}(((.(((((((.((((((.(,{(((((((((({...}))).((((({...{(((({((((....))))(((.((((((((...)))))))).)))((((((..(((.(((((((......)))))))(((((.....)).)))(((({....))))|(((((......)))))|{{{{(({.,((((({{...,,,,)}))}}..((((((((({...((((((((((........)))))).))))}))))))}))).)).)))).)))..)))))))))))))))))))))....))))).)))))).}...)))))))))))))))},.)))))).((((((((.(((((((((((....)))))))((((.,.(((((((((((((.,,(((..((((((((......(((((((((((........(((((...(({,((....))))))))))))))))))))))))..)))))..)))||{.,.({{{{{{{{((((,,.(((....))){(({((((((({..,,||}|.|||||||....))||||||.||||.{((((.(((..........))).))))),})).,},))))))((((((((.{(((..,,,.(((,,.{(((,...,.,.,,.}.},,))})..,,))).....)))))))))))),}}...}|||}}..}}|.((((((((((.((((...}))).})).)))))))}),,|||,}}}.)}}.)))))))))))))...)))).)))))))))))))))))..,(((.,(((...,))),.}}|{{,....,,.(({{.{{{,..,,}))}.}}}}{((((......}}}||||||.,},.}},..........}|||||.,,....}))}}},}}||.{((({{{........))))))),,},.
Back