Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130867.2
Sequence Length
1704 nt
GC Content
0.6197
GGGUCGACCCCGCUGCACAGUCCGGCCGGCGCCAUGAAGUGAGAAGGGGGCUGGGGGUCGCGCUCGCUAGCGGGCGCGGGGGGUCUUGAAGAUGGGGUCAUCGGUGGGCGCGCCUGGGUCCCCAAGGGGGCGAGGGGAGGGUGAAGGGGUGGGACGGGGGCAGCCGCAGGGAGCAGCAGUGAUAGCGAGGAGACACUGAGGGGGCCCCGAGGCUCCUGAGGACCUGAGGGUUACCGGGGGCGCCGGGCCCGUCACCCUUCUCUGGGCUCGACGACCGGGCACUGUGGAGGCGGGAGAGGGGCUGAGGGGACGGGAACUGACCCAGCAGCCCCUGCCGCCAGGCUCAACGUGGACGGGCUCCUGGUCUACUUCCCGUACGACUACAUCUACCCCGAGCAGUUCUCCUACAUGCGGGAGCUCAAACGCACGCUGGACGCCAAGGGUCAUGGAGUCCUGGAGAUGCCCUCAGGCACCGGGAAGACAGUAUCCCUGUUGGCCCUGAUCAUGGCAUACCAGAGAGCAUAUCCGCUGGAGGUGACCAAACUCAUCUACUGCUCAAGAACUGUGCCAGAGAUUGAGAAGGUGAUUGAAGAGCUUCGAAAGUUGCUCAACUUCUAUGAGAAGCAGGAGGGCGAGAAGCUGCCGUUUCUGGGACUGGCUCUGAGCUCCCGCAAAAACUUGUGUAUUCACCCUGAGGUGACACCCCUGCGCUUUGGGAAGGACGUCGAUGGGAAAUGCCACAGCCUCACAGCCUCCUAUGUGCGGGCGCAGUACCAGCAUGACACCAGCCUGCCCCACUGCCGAUUCUAUGAGGAAUUUGAUGCCCAUGGGCGUGAGGUGCCCCUCCCCGCUGGCAUCUACAACCUGGAUGACCUGAAGGCCCUGGGGCGGCGCCAGGGCUGGUGCCCAUACUUCCUUGCUCGAUACUCAAUCCUGCAUGCCAAUGUGGUGGUUUAUAGCUACCACUACCUCCUGGACCCCAAGAUUGCAGACCUGGUGUCCAAGGAACUGGCCCGCAAGGCCGUCGUGGUCUUCGACGAGGCCCACAACAUUGACAACGUCUGCAUCGACUCCAUGAGCGUCAACCUCACCCGCCGGACCCUUGACCGGUGCCAGGGCAACCUGGAGACCCUGCAGAAGACGGUGCUCAGGAUCAAAGAGACAGACGAGCAGCGCCUGCGGGACGAGUACCGGCGUCUGGUGGAGGGGCUGCGGGAGGCCAGCGCCGCCCGGGAGACGGACGCCCACCUGGCCAACCCCGUGCUGCCCGACGAAGUGCUGCAGGAGGCAGUGCCUGGCUCCAUCCGCACGGCCGAGCAUUUCCUGGGCUUCCUGAGGCGGCUGCUGGAGUACGUGAAGUGGCGGCUGCGUGUGCAGCAUGUGGUGCAGGAGAGCCCGCCCGCCUUCCUGAGCGGCCUGGCCCAGCGCGUGUGCAUCCAGCGCAAGCCCCUCAGAUUCUGUGCUGAACGCCUCCGGUCCCUGCUGCAUACUCUGGAGAUCACCGACCUUGCUGACUUCUCCCCGCUCACCCUCCUUGCUAACUUUGCCACCCUUGUCAGCACCUACGCCAAAGGCCAGGCUCAGCACUGUGGAAGCAGCAGGAACCAAAAAAGAUCUCAUCCCUAACCCCCCAGAACUUAUAUUCCAGAUGGGAAAACCAGUAGCAAAGAUGCAGCCAAAUAAACAAGGAAAUAAUUCCAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-723.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -752.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 524.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.....)))((((((..(.((..(((((.((.............)).))))).)).)(((((((....)))))))(((((((......(((((((((.....((((((.((((((((...((((((((((((((((((((((..(((.((((.(..((((((.(((((((.(.(..(((.(((((.((((...((((((((.(((((.(((.(((.((...)).))))))..)))))((((.(((((.....(((.((((((((((((.....))))).))..))))).)))..((((((((..(((.(((...))).)))..))))))))(((((((((...((.((((.((((((((((..(((((((((((.((((....(((..(((((((((..........(((((((((((.........(((((.((((((((((......((((((...((((....)))))))))).(((((.....))))))))))).....)))).).))))(((((...(((..(((......)))...(((..((((.(((((...(((...)))...)))))..))))..))).((((..(....)..))))..(((((...)))))((((((((((......)))).)))))))))...)))))))))))))))).......(((...(((((....))))))))..))))...)))))..))).)))))))))))..(((((....((((.(((((((...(((((((.((((.((.....((((((((.((((....((......((((.((((.((((.(((((....))))).))))(((((...((...((((((((.....)))))).))....))....)))))(((((((....)))))))..........(((..(((.....)))..))).......(((((((((...)))))))))..)))).)))).....))...))))..))))))))...)).))))))))))).((((.((((.(....).))))))))..............((((((..((...(((.((((((((..(.((...((((((........))))))(((((....)))))..........)).)..))))))))))).....))..)))))).(((((.(((((.(((((........))))).))..))).))))))))))))((((((((((((((((((((..(((.....))).....))))...(((((..((((((((.(....(((.((((..((......)))))).)))))))))))).))))))))))).)))))).))))......)))).))))).(((((....)))))..))))..)))))..))))).)))).)))))).)))))..))))).)))).(((((.....)))))..)))))))).)))).)))))..)))..).).))))))).))......(((......)))....))))..).)))))))..))))))))).......))))))).))))))...)).(((.......))))))))).).)).((((.......))))...))).....)))))))))....)))))))...(((....((((.....))))....)))........))))))...........((((....)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,.,,{|||(((({,,.{.((..{((((.((.,...........)).)))))})),)(((((((....)))))))(((((((...,..(((((((((.....(((((,.(((((({(.,.(((((((((((((,,(({(,{,.{((({(((.((((((.(((.((((((,{({({{(,({(,(,({(((({..((((((((.(((((.,(((((({,{{{{|,.,,))))..)))))||,,}|||(({.(({(((((((((,(,(((,{{,..,},,,.})}},))),},))})|||||,||}.|||.(({...}}}.|||.{||||||||,(((((((({.....(((({(,((,,,||,}}||||(((((((.((((....(((.{((,((((,(,.......,.(((((((((((,........((((,.((((,{(((({.{{.{((((((.,.(({{.,,,)))}))|||,.(((((.....))))),,))))}}}}.)))).}.)))){((((...(((,,.{,{((({(,,...,||||||.|{||{(({...{|}.,,|}},,,}))}}..)))..}}},.((((..(....)..))))..(((((...)))))((((({((({......)))).)))))))))...)))))))))))))))).......(((,..{((((....))))))))..,,}}}}}),))).})),.))))))))))).{((,,,.{(((((({.,,,,,..}}}|,||||,||(({(((((..{.,,{{,((({((((((..(((...((,.,.(((.....((((((..{(((...((((....))))))))..)))))).....))).}..},......)))..)))))))),}},.}}))))))))...........,((.{(,({{{{..{{(((((.{(,...((((((((,...,}}}))))),,}.((((((((.(({.{...,.,,.,.))),)))),,))},,,||||||||.((({,{,((|{,||||.,})})))),,,.....,}....((((((..((,,.(((.((((({,,..,,,,...((((((........))))))(((((....)))))....,,{...,..}..))))))))))),,...))..)))))).|||||}|,})))))|,|}}}}.})))))))})))))))))))))))),||((((,((((({((((((,(((.,(({,.{,,|||...,,}|||{{{(({(,..(,,((((,,,.((((.(((...))).))))..}.))}}{||||||}}}}}},}})))}}}}}}.}||}}},})})}.,,.,},}}.))))))|||||,,,.))))),,)})),,)))).,.))})).))),,}})))).))))))}))))}.|}||.{((((.....)))),.,)))))))).,))).|}}},.,),)}}),,,)),))))}))......|((......}}}.}}}))),).)),)}))))}))))))))}},}.}}..))))))).))))))...|,,||,..||,...)))))))).}.)).((((....,)})}}}...))).....)))))))))....)))))))...{{{....{(((....,)))}....)}}.,,.....)))})),..........((({....}))).....
Back