Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001133.2
Sequence Length
1997 nt
GC Content
0.3891
ACUUUCUUUUGUAAAUGUGGUUUCUACAAAGAUGAAACUACUAAAACUUACAGGUUUUAUUUUUUUCUUGUUUUUUUUGACUGAAUCCCUAACCCUGCCCACACAACCUCGGGAUAUAGAGAACUUCAAUAGUACUCAAAAAUUUAUAGAAGAUAAUAUUGAAUACAUCACCAUCAUUGCAUUUGCUCAGUAUGUUCAGGAAGCAACCUUUGAAGAAAUGGAAAAGCUGGUGAAAGACAUGGUAGAAUACAAAGACAGAUGUAUGGCUGACAAGACGCUCCCAGAGUGUUCAAAAUUACCUAAUAAUGUUUUACAGGAAAAAAUAUGUGCUAUGGAGGGGCUGCCACAAAAGCAUAAUUUCUCACACUGCUGCAGUAAGGUUGAUGCUCAAAGAAGACUCUGUUUCUUCUAUAACAAGAAAUCUGAUGUGGGAUUUCUGCCUCCUUUCCCUACCCUGGAUCCCGAAGAGAAAUGCCAGGCUUAUGAAAGUAACAGAGAAUCCCUUUUAAAUCACUUUUUAUAUGAAGUUGCCAGAAGGAACCCAUUUGUCUUCGCCCCUACACUUCUAACUGUUGCUGUUCAUUUUGAGGAGGUGGCCAAAUCAUGUUGUGAAGAACAAAACAAAGUCAACUGCCUUCAAACAAGGGCAAUACCUGUCACACAAUAUUUAAAAGCAUUUUCUUCUUAUCAAAAACAUGUCUGUGGGGCACUUUUGAAAUUUGGAACCAAAGUUGUACACUUUAUAUAUAUUGCGAUACUCAGUCAAAAAUUCCCCAAGAUUGAAUUUAAGGAGCUUAUUUCUCUUGUAGAAGAUGUUUCUUCCAACUAUGAUGGAUGCUGUGAAGGGGAUGUUGUGCAGUGCAUCCGUGACACGAGCAAGGUUAUGAACCAUAUUUGUUCAAAACAAGAUUCUAUCUCCAGCAAAAUCAAAGAGUGCUGUGAAAAGAAAAUACCAGAGCGCGGCCAGUGCAUAAUUAACUCAAACAAAGAUGAUAGACCAAAGGAUUUAUCUCUAAGAGAAGGAAAAUUUACUGACAGUGAAAAUGUGUGUCAAGAACGAGAUGCUGACCCAGACACCUUCUUUGCGAAGUUUACUUUUGAAUACUCAAGGAGACAUCCAGACCUGUCUAUACCAGAGCUUUUAAGAAUUGUUCAAAUAUACAAAGAUCUCCUGAGAAAUUGCUGCAACACAGAAAACCCUCCAGGUUGUUACCGUUACGCGGAAGACAAAUUCAAUGAGACAACUGAGAAAAGCCUCAAGAUGGUACAACAAGAAUGUAAACAUUUCCAGAAUUUGGGGAAGGAUGGUUUGAAAUACCAUUACCUCAUCAGGCUCACGAAGAUAGCUCCCCAACUCUCCACUGAAGAACUGGUGUCUCUUGGCGAGAAAAUGGUGACAGCUUUCACUACUUGCUGUACGCUAAGUGAAGAGUUUGCCUGUGUUGAUAAUUUGGCAGAUUUAGUUUUUGGAGAGUUAUGUGGAGUAAAUGAAAAUCGAACUAUCAACCCUGCUGUGGACCACUGCUGUAAAACAAACUUUGCCUUCAGAAGGCCCUGCUUUGAGAGUUUGAAAGCUGAUAAAACAUAUGUGCCUCCACCUUUCUCUCAAGAUUUAUUUACCUUUCACGCAGACAUGUGUCAAUCUCAGAAUGAGGAGCUUCAGAGGAAGACAGACAGGUUUCUUGUCAACUUAGUGAAGCUGAAGCAUGAACUCACAGAUGAAGAGCUGCAGUCUUUGUUUACAAAUUUCGCAAAUGUAGUGGAUAAGUGCUGCAAAGCAGAGAGUCCUGAAGUCUGCUUUAAUGAAGAGAGUCCAAAAAUUGGCAACUGAAGCCAGCUGCUGGAGAUAUGUAAAGAAAAAAGCACCAAAGGGAAGGCUUCCUAUCUGUGUGGUGAUGAAUCGCAUUUCCUGAGAACAAAAUAAAAGGAUUUUUCUGUAACUGUCACCUGAAAUAAUACAUUGCAGCAAGCAAUAAACACAACAUUUUGUAAAGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-477.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -516.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 579.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((((((((((.........))))))))(((((((....)))))))......((..(((......))).))(((((.....................)))))...(((.(((.....))).)))....))))))))))))..............((((((...((.(((((..((((..((((.....))))....))))..))))).))....))))))(((((((((((..(((((........))))).........(((((((...)))))))......)))).....))))))).((((................(((((((..((......(((((....(((...((((...)))).)))...)))))...((((((.......))))))......((((((((......))))))))))..)))))))....(((((((..(.....)..)).)))))....(((.(((.((((((((..(((((((....(((((......)))))....(.((((((((..(((((((((................(((..(((.(((((((((((((((..((......((((((((....((........))....((((((......))))))..........))))))))......)).....)))).........(((((((((((((((.((((((((.(((((.......((((((..............))))))..((((((.............)))))).....(((((.......)))))...(((((....))))).......(((((((((((((..(.((((((........)))))).)..))).))))..(((.(((((.......))))).))).....))))))(((((((...........))))).))..........)))))((((.....)))).................(((.((((((((...)).))))))))).((((((((....((((((...))))))...((((.((......)).))))...........))))))))(((((((((..(((((((..(((..(((((((........)))))...)).)))..))))))).((((........)))).(((..((((((......(((.....)))......)).))))..))).((((...))))....(((((((...........((((......))))(((((.((((.......))))..)))))...)))))))(((...((((((((((.....((((.(((....)))............(((((.((((((((((....((((((....((.(((((((((.((.((((((......)))))).)).))...))))))).)).(((((((((..............)))))))))))))))))))))))..)).))))).))))....))))))))))..)))(((.((((....)))).)))....))))))))).))))))))))))...(((((((....(((((.((.....((....)).....)).))))))))))))................)))))))))))......))))))))))).)))..)))..)))))))))..)))))))).)...(((((.(((((.((..(((.(.(.((((((((..(((((....((((((((((((.(((((.((...(((((((((...((((....))))....))))((.(.(((.((((...))))))).).)).....((((.......)))))))))))))))).))))))...........))))))...)))))..)))))))).).).)))..))))..)))))))).......)))))))..)))))))).))).))))))).........(((((.....)))))....((((....)))).))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{,((((((((((((((((((((.........))))))))(((((((....)))))))......{{..(((......))).},(((((......{{.............)))))...(((.(((.....))).)))....))))))))))))......,{,.....{{{{{{...((,({{((,,((((,.{{((,{{{.,||}.|,,|}}}..}))}),},..},)||}||,{{,,,{({{({.({(({........))))},,,|,.,..(((((((...))))))).....,,,||,....,||||||.{{{{{{|,,,..((((((.{{,.((,....)).}...)))))).}}|,|..,,,{{({(((({.,((({,{{{{|,,.{(((((.......}))))}......|{{|{{{{,.,..{|||||||||....{{(((,,...((((({,..{.....)..}}.)))))....,||}||,.{|||||||,,||{{{{{..,,((({{......}||||{{..{.((((((((..(((((((((................(((..(((.(((((((((((({{{((((......{(((((((..{,{{........|,....((((((......)))))).....,,},.))))}})}......|}..,,,},,,.........(((((((((((((((.((((((((.,,,((...{{{{((((({...,,,.,,.....,|,,,|..{{{{{|.....,,{,,,,,||||||,,,,.{(((({...,{(((|||,.,{{{{{.,,,)))||{,.....{,||||(((((((..(.((((((........)))))).)..))),}))}.,(((.{({{|,....,|))))}.}))....{|||,||(((((((...,,......))))).)}..,,,,.........((((.....)))).................(((.((((((((...)).))))))))).{|{{{{{{....{(((({...}))))}..,{{{||({,.....},.,}}|||...,},,},}))))))}{,{{{{{{,..{((((({..{{|,,{{(((((........)))))...}}.)}),.}}}}}}}.{{||........)})}.,.|,,{{{{|{,..,..(((.....)))..,...}),,}))|{{{{.((((...))))..}})}},}||..,,.,.....{(((......)))},|{||,||||,,...,,||},..)))))|||,,..,}||||,..((((((((((.....{{{{.(((....}))........,...(((((.{(((((((((....(((((({...((.(((((((({..,.((((((......)))))).},.))...))))))).)}.{((((((((.,,...........))))))))))))))))))))))),.,).))))).}}))....))))))))))..}}},{{.{{|,..}}).)).|||,,,,,}})))))),))))))))))))...{(((((({...{((((.((.....((....)).....)).)))))))))))}................))))))))))),,,,.,))))))))))).)))..))).,)))))))))..)))))))),}}}}|||||,||{{{,{{..(({.|,{,((((((({..{{{{({{{{(,((((((((({.(((({.,|,,,{{,||||||,,,,)))))|(((((((...........)))))))}...,,,.,,,,|||,....,{(((,......))))),))))))))}}.)))}}}.,......,,{||,|}||..}}})),,)})))))),)}),}}}..)))).})))))))),,,,...}}}})))..)))))))}.,})}))})))},.....,,,||})|)))}.))))}....{{,,....,))).}})}..
Back