Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001135040.3
Sequence Length
4380 nt
GC Content
0.5733
AGAGUGAGACUCAUCAGCUGGCAAGCAGGAUUCUGUGUCUCUGGGUUCAGGAAUCCUCAGGCAGCAGAGGGGACUUGCUCCUCAGCCCCCAUCACUGCCCCCACCCCUACCCGUGUAGGCCACCGAGUGAGGCCCAUGGACUGGGGAGGGCUGUGCCUGACGACUCCUGUGUCCCUCUAUGAGGGCCCAGCGCCCUGACCCUCCUGCCUAGGUUUCUACCUUUUCUCUCUGUCUUUGGCCAGCUGGGGGAGGGGGUAGAGGCCGGGUGAGCAACAUGGCACAGAGCAAGAGGCACGUGUACAGCCGGACGCCCAGCGGCAGCAGGAUGAGUGCGGAGGCAAGCGCCCGGCCUCUGCGGGUGGGCUCCCGUGUAGAGGUGAUUGGAAAAGGCCACCGAGGCACUGUGGCCUAUGUUGGAGCCACACUGUUUGCCACUGGCAAAUGGGUAGGCGUGAUUCUGGAUGAAGCAAAGGGCAAAAAUGAUGGAACUGUUCAAGGCAGGAAGUACUUCACUUGUGAUGAAGGGCAUGGCAUCUUUGUGCGCCAGUCCCAGAUCCAGGUAUUUGAAGAUGGAGCAGAUACUACUUCCCCAGAGACACCUGAUUCUUCUGCUUCAAAAGUCCUCAAAAGAGAGGGAACUGAUACAACUGCAAAGACUAGCAAACUGCCCACGCGCCCAGCCAGUACUGGGGUGGCUGGGGCCAGUAGCUCCCUGGGCCCCUCUGGCUCAGCGUCAGCAGGUGAGCUGAGCAGCAGUGAGCCCAGCACCCCGGCUCAGACUCCGCUGGCAGCACCCAUCAUCCCCACGCCGGUCCUCACCUCUCCUGGAGCAGUCCCCCCGCUUCCUUCCCCAUCCAAGGAGGAGGAGGGACUAAGGGCUCAGGUGCGGGACCUGGAGGAGAAACUAGAGACCCUGAGACUGAAACGGGCAGAAGACAAAGCAAAGCUAAAAGAGCUGGAGAAACACAAAAUCCAGCUGGAGCAGGUGCAGGAAUGGAAGAGCAAAAUGCAGGAGCAGCAGGCCGACCUGCAGCGGCGCCUCAAGGAGGCGAGAAAGGAAGCCAAGGAGGCGCUGGAGGCAAAGGAACGCUAUAUGGAGGAGAUGGCUGAUACUGCUGAUGCCAUUGAGAUGGCCACUUUGGACAAGGAGAUGGCUGAAGAGCGGGCUGAGUCCCUGCAGCAGGAGGUGGAGGCACUGAAGGAGCGGGUGGACGAGCUCACUACUGACUUAGAGAUCCUCAAGGCUGAGAUUGAAGAGAAGGGCUCAGAUGGCGCUGCAUCCAGUUAUCAGCUCAAGCAGCUUGAGGAGCAGAAUGCCCGCCUGAAGGAUGCCCUGGUGAGGAUGCGGGAUCUUUCUUCCUCAGAGAAGCAGGAGCAUGUGAAGCUCCAGAAGCUCAUGGAAAAGAAGAACCAAGAGCUGGAAGUUGUGAGGCAACAGCGGGAGCGUCUGCAGGAGGAGCUAAGCCAGGCAGAGAGCACCAUUGAUGAGCUCAAGGAGCAGGUGGAUGCUGCUCUGGGUGCUGAGGAGAUGGUGGAGAUGCUGACAGAUCGGAACCUGAAUCUGGAAGAGAAAGUGCGCGAGUUGAGGGAGACUGUGGGAGACUUGGAAGCGAUGAAUGAGAUGAACGAUGAGCUGCAGGAGAAUGCACGUGAGACAGAACUGGAGCUGCGGGAGCAGCUGGACAUGGCAGGCGCGCGGGUUCGUGAGGCCCAGAAGCGUGUGGAGGCAGCCCAGGAGACGGUUGCAGACUACCAGCAGACCAUCAAGAAGUACCGCCAGCUGACCGCCCAUCUACAGGAUGUGAAUCGGGAACUGACAAACCAGCAGGAAGCAUCUGUGGAGAGGCAACAGCAGCCACCUCCAGAGACCUUUGACUUCAAAAUCAAGUUUGCUGAGACUAAGGCCCAUGCCAAGGCAAUUGAGAUGGAAUUGAGGCAGAUGGAGGUGGCCCAGGCCAAUCGACACAUGUCCCUGCUGACAGCCUUCAUGCCUGACAGCUUCCUUCGGCCAGGUGGGGACCAUGACUGCGUUCUGGUGCUGUUGCUCAUGCCUCGUCUCAUUUGCAAGGCAGAGCUGAUCCGGAAGCAGGCCCAGGAGAAGUUUGAACUAAGUGAGAACUGUUCAGAGCGGCCUGGGCUGCGAGGAGCUGCUGGGGAGCAACUCAGCUUUGCUGCUGGACUGGUGUACUCGCUGAGCCUGCUGCAGGCCACGCUACACCGCUAUGAGCAUGCCCUCUCUCAGUGCAGUGUGGAUGUGUAUAAGAAAGUGGGCAGCCUGUACCCUGAGAUGAGUGCCCAUGAGCGCUCCUUGGAUUUCCUCAUUGAACUGCUGCACAAGGAUCAGCUGGAUGAGACUGUCAAUGUGGAGCCUCUCACCAAGGCCAUCAAGUACUAUCAGCAUCUGUACAGCAUCCACCUUGCCGAACAGCCUGAGGACUGUACUAUGCAGCUGGCUGACCACAUUAAGUUCACGCAGAGUGCUCUGGACUGCAUGAGUGUGGAGGUAGGACGGCUGCGUGCCUUCUUGCAGGGUGGGCAGGAGGCUACAGAUAUUGCCCUCCUGCUCCGGGAUCUGGAAACUUCAUGCAGUGACAUCCGCCAGUUCUGCAAGAAGAUCCGAAGGCGAAUGCCAGGGACAGAUGCUCCUGGGAUCCCAGCUGCACUGGCCUUUGGACCACAGGUAUCUGACACGCUCCUAGACUGCAGGAAACACUUGACGUGGGUCGUGGCUGUGCUGCAGGAGGUGGCAGCUGCUGCUGCCCAGCUCAUUGCCCCACUGGCAGAGAAUGAGGGGCUACUUGUGGCUGCUCUGGAGGAACUGGCUUUCAAAGCAAGCGAGCAGAUCUAUGGGACCCCCUCCAGCAGCCCCUAUGAGUGUCUGCGCCAGUCAUGCAACAUCCUCAUCAGUACCAUGAACAAGCUGGCCACAGCCAUGCAGGAGGGGGAGUAUGAUGCAGAGCGGCCCCCCAGCAAGCCUCCACCGGUUGAACUGCGGGCUGCUGCCCUUCGUGCAGAGAUCACAGAUGCUGAAGGCCUGGGUUUGAAGCUCGAAGAUCGAGAGACAGUUAUUAAGGAGUUGAAGAAGUCACUCAAGAUUAAGGGAGAGGAGCUAAGUGAGGCCAAUGUGCGGCUGAGCCUCCUGGAGAAGAAGUUGGACAGUGCUGCCAAGGAUGCAGAUGAGCGCAUCGAGAAAGUCCAGACUCGGCUGGAGGAGACCCAGGCACUGCUGCGAAAGAAGGAGAAAGAGUUUGAGGAGACAAUGGAUGCACUCCAGGCUGACAUCGACCAGCUGGAGGCAGAGAAGGCAGAACUAAAGCAGCGUCUGAACAGCCAGUCCAAACGCACGAUUGAGGGACUCCGGGGCCCUCCUCCUUCAGGCAUUGCUACUCUGGUCUCUGGCAUUGCUGGUGGAGCCAUCCCUGGGCAGGCUCCAGGGUCUGUGCCAGGCCCAGGGCUGGUGAAGGACUCACCACUGCUGCUUCAGCAGAUCUCUGCCAUGAGGCUGCACAUCUCCCAGCUCCAGCAUGAGAACAGCAUCCUCAAGGGAGCCCAGAUGAAGGCAUCCUUGGCAUCCCUGCCCCCUCUGCAUGUUGCAAAGCUAUCCCAUGAGGGCCCUGGCAGUGAGUUACCAGCUGGAGCGCUGUAUCGUAAGACCAGCCAGCUGCUGGAGACAUUGAAUCAAUUGAGCACACACACGCACGUAGUAGACAUCACUCGCACCAGCCCUGCUGCCAAGAGCCCGUCGGCCCAACUUAUGGAGCAAGUGGCUCAGCUUAAGUCCCUGAGUGACACCGUCGAGAAGCUCAAGGAUGAGGUCCUCAAGGAGACAGUAUCUCAGCGCCCUGGAGCCACAGUACCCACUGACUUUGCCACCUUCCCUUCAUCAGCCUUCCUCAGGGCCAAGGAGGAGCAGCAGGAUGACACAGUCUACAUGGGCAAAGUGACCUUCUCAUGUGCGGCUGGUUUUGGACAGCGACACCGGCUGGUGCUGACCCAGGAGCAGCUGCACCAGCUUCACAGUCGCCUCAUCUCCUAAGCACUCCUUUCCCCUGCUGUCCCCUUCGACCCUCAGCCCUCUGGUGCCGCUCUGCCCGAUGCACAGCCACCUCAGCCAGCCCCCAGGUAGAAACGUGGGUUAAGCUCUUCCUGCCCCGUUCAGCUUCACUCCCACCCUUUCAGCGUCCUGCCCCUUCACCUUGACCCGGGUUCCCCCACUCCCAUUCCCUGGCCUCUGCCAUAAUUUGUUGUUCAACUGCUCCCUCCUUCCUGAGGGGCCUCAGGGCUUGUGGGGGGUAGGCUGAGACCCCACCACCAAAGGUUAAGUGAGGUCCCCUUGAUUGAGGACUUCACCCCUUGAUUAAAGCAACUUCUGCUUCAGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1741.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1815.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 886.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((...))))....((((..((((((((.((.(((((((((((...((((.((.(((((((((.((((((.....)))))).))..........((((...((((...(((((..((((.........)))))))))...)))).))))..))))))).)).))))(((((.((((((.(((((.....))))).....((((((((.(((((((((((((((((((.(.((......))).))))))))))))))))))).......(((((((((((((.((....(((((.(.((((.(.(((.(((((.(.((((.(((.((.((((........)))).)).))))))).).)))))))).))))).).)))..(((......)))))...)).)))).))).))))))..(((((.(((((((((...))))))))))).))).((.(((.....))).))..(((((.............))))).))))))))....(((((((((.(((...((((.((((..........))))))))...))))))))....))))))))))..)))))......)))))))))))..))...))))))))...((((((((((..(((.((((.((.((..((((((........)))..((((....((.((((((((.(.....).))))))))))..))))..(((((((((((((..(((((((.(((.....))))))))))((((((((((..((((....(((((((.(.((((((((((((.(((((.((((((..(((.(((((((((((((..((((((((((.((.(((((((........))))))).)).))))))....))))......(((.(((((........)))).).))).....(((.......))).......(((...))).....(((((((...........))))))))))).))))).)))).)))..........(((....)))(((((....)))))..(((((((((.....(((..........)))...)))))))))..(((........)))...))).)))))))).))...)))))...((((((....((.(((...))).))....)))))).....)))))))))))))((((...)))).(((((((((...(((((((.(((.(((...((((........(((...((((.(((....)))))))...))).(((((((((..((((((((.(((.....((((((.....))).))))))))))..))))...)))).....)))))(((((((..(((((((.((((((..((((((...(.(((((.......))))).)...))).)))..))))))........((((((((..(((((((...((((((.......((((((((((((..((..(((..((((((.((((.((..((((...))))..)).)))).))))))(((.(((((((...(.(((.(....((..((((((((...))).)))))..))......).))).)((((((((.(((.(((((.((...(((.((.......(((((((.((((((((((...(((.((((..((....((...(((((((((.((((((((((...(((((((((((((((((((.....)))))....))))))((((.(.(((((((.((.((((.....((((((((((................(((((..((((((((((.((((...)))).)).)))...........(((((((..((((.(((.((..(((.......((((((((((....((((....((((...((((..(((((........(((....)))..)))))))))..))))...))))....))))))))))....)))..)).))).)))).)))))))...((((((.((((((...(.(((((((((((.(((..((((...(((.(((......))).))).(((((((((((((((((((....(((((.((((.(((((..((((.((((((.....(((((((..(((....))))))))))....))))))))))(((((....(((((((((...(((((......)))))...((((((...((((.(((((...))))))).))))))))((((((.(((....((((((((((((((.((...(((.(((......))).)))))))))))..))))).)))))).))).))))))))))))...)))))........(((.((((..((.(((((.....)).)))))..)))).)))((((((((.(((((...........(((((((((((.......(((((((((...((((((...)).))))..((((((((((.((.(((........(((((((...((((........))))..)))))))))).)).)))))))))).......)))))))))(((((((((..........).))))))))(((((((((((....((((.(((((.(((........)))))))).)))).(((((((((.(.(((..(((((((......)))...))))....))).).)))))))))(((((((((........((((((...((((((.(..(((..(((....))))))....).))))))(((.(((((((....)))).))).)))..((((.....)))).......))))))))))))))).((((.((((((......)))))).))))......))))))).)))).((((((((.(((...........((.(((.((((((((((..((..........))..)))).....))))))..))).))))).)))))))).((((((.....((((((((..(((..((((......))))...))).)))))))).....)))))).......))))))))))).))))).)))(((...(((((...)))))...)))........((((.((.....))))))........)))))(((((....((..((((.......))))..)))))))..........))))))))).)))))..))))).))))))).)))).)))...))))..))).))))))))))).).))))))((.((........)).)).....((((....))))......(((.((((((.(((........))))))))))))..))))))........(((((.(((((((....(((((.........)))))((((.((....)))))).....))))))).)))))....))))).))))).)))))))))))))).))))))))).).)))).(((((((...))))))).....((((((.....))))))((((((...))))))....)))))))).))))))...)))).)))))))))..))...)).)))).))).((((((((..((((....))))...))).)))))........((((.(((((........(((....))).(((((..((.(((.(((((((((.((((((..((.(((((((((((...((((.((.............)).)))).......((((((((.((...(((((.((.(((..((((((((...((((((....(((((.....))).))..).))))).......(((((((((.(((..(((((((...)))...))))..)))))).))).))).(((..((((.(..(((......)))....).))))...))).......(((((....(((((....)))))...))))).))))))))..(((...)))....)))))..))))).)).)).)))))))))))))))))))))))).).)))))))))))).))))))).))))))))).))))))....))))..)))))))....))..)))..)).))))).))).))))))))))))))))))..((((..(((.(((.....))).)))))))...))).)).((((.((....)).))))...))))))))))))))))))..))))))).......)))))))))))))))..))))))).......)))))))))).))))..)))....)))))))))......)))))))).))))))...........)))))))).)))))((((((((((((........))))).))))..))))))..)).)).)))))))..)))))))))).............(((((.....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((...})))....(((({.((((((((.((.(((((((((((..{((((.((.(((((({((.((((((.....}}}}}).)),,,.....,.((((...((((...(((((..((((.........)))))))))...)))).)))).}))))))).)).))))|{({({(((,,,,||||{.....|||||....,(({{((((.(((((((((((((((((((.(,{,......})).))))))))))))))))))),}}},,,(((((((((((((.((....(((((.(.((((.{.(((.(((((.(.((((.(((.{(.((((........)))).)}.))))))).).)))))))).))))).).)))..(((......)))))...)).))))}})).))))))..(((((.(((((((((...))))))))))).))).{{.{((.....)),.},.,||||,.......{{{,.{|||||{,}|||||}.,..{{{{{||||,{{|,,,((((.((((........,.)))))))),,,}))))}||,,,||}}},}}}}},,))))),.....)))))))))))..)).,,}})))))},..{(((((((((..(((.((({.((.{(,,{{((((........))}.,((((....((.((((({{{.,.,,,,).))))))))))}})),},.(((((((((((((.{(((((((.(((.....}}}}))}}}}((((((((((..,{({....(((((((.{.((((((((((((.(((((.((((((..(((.(((((((((((((..,{{{((((((.((.(((((((........))))))).)).))))))...,}}||{(,,.,{({.|(({,,{......)),},).}))}}...|||...,.,,|.........{{{...))).....(((((((...........))))))))))).))))).)))).)))....,,....|||....||.(((((....)))))..(((((((((.....(((..........)))...)))))))))..(((........)))...))).)))))))).))...)))))...((((({....{{,(({,,,|}}.}}....)})))),....)))))))))))))((((...)))).(((((((((...(({((((.(((.(({.{,({((,....,,.|||.,.{,{{{(({,,,,||}},||,..}}}.{({(({{{{..{{{{|{((.{{{.,|,.|||||{...,.}})}})))))|}}}..}))}}|,}}},,,|..}})))(((((((..(((((((,{((((((,{{,(((...{.(((((.......))))).}...))).})),..,)))),.......((((((((..(((((((...((((((.......((((((((((((.{(({.(((((((.(((((((({(....,||},{((((((.......)))))))(((.(((((((.{{.{(,({(.,.{(,..((((((((...))),,))))..||,{..,{|{|,,{{(,(((((,.((({((((({(,,.,((,.((.......,,,{{,,.{{,{{((((((,,(((.((((..((....((...(((((((((.((((((((((...(((((((((((((((((((,....)))))....)))))|((((.(.(((((((.((.((((.....((((((((({................(((((..(((({{(((({(,{,,,,))})..|,||}..,,,......(((((((..((((.(((.((..(((.......((((((((((....((((.,,.((({...((((..(((((........(((....)))..)))))))))..)})).,,))))....))))))))))....)))..)).))).)))).)))))))...((((((.((((((...{,(((((((((((.(((..{{{|,..{{{.{{{.,{{{{,||{,,,.(((((((((((((((((((....(((((.((((.((((,..((({{((((((.....(((((((..(((....)))))))))).,..))))))))))((((({.,.(((((((((...{((((......))))}...((((((..,({((.(((((...))))))),)}))))))((((((.(((,...{(((((({((((((.((...(((.(((......))).))))))))))}.,))))).)))))).))),}))))))))))),.})))))......({.((.((..(((.(((((((.((,....{.((,.{.{((..(((((({((.(((((...........(((((((((((.......(((((((((.{,((((((...)).))))..((((((((((,((.,(({{{{...,((((,((,..{{||..,,..,,}},).,)))))),))).},.))))))))))...,,..)))))))))(((((((((..........)}))))))))((({(((((((....((((.(((((.(((........)))))))).)))).(((((((((.{.({({,((({(((......))),..)))),|..))).).))))))))),((((((((.,,.....{(((({...((((((.{..{{(.{(((....)))),)....).))))))(((.(((((((....))))))}).)))..((((.....))))}.....,})))))))))))))|{((((.((((((......)))))).)))},}}...))))))).,))).((((((((.(((......,{{,{{{,,(({(,,,{{{{{|,.||...,,,.,.,}}..}})),....||||||..}}))}}))).)))))))).((((((.{,..((((((((..(((..((((......))))...))).)))))))),,.,.)))))).......))))))))))).))))).)}},{{...(((((...)))))...}},,,......((({{((.....)))))).....,....))))))..))}.}))),},...,)).))))))).)))..)).)).}}...})))))))).)))))..))))).))))))).)))).)))..,)))),,))}.))))))))))).}.))))))((.((.,....,.)).)).....((((....))))......(((.((((({{(((........))))))))))))..))))))........(((((.(((((((.....{(({,....,,..,,.,|{{||,||..,|||}}}}},},.))))))).)))))....})))).))))).,))))))))))))).))))))))).).)))),(((((((...))))))).....{(((((.....)))))}((((((...))))))....)))))))).))))))...)))).)))))))))..))...)).)))).))).((((((((.,((((....)))),}.))).))))),,,{(((({(,,.{{{||..,)}.....,,.))))),(((((..((.(({,(((((((((.(((((((.{(.{((((((((((.,.((((.((..........,..)).)))).......((((((,(.(({..(((((.((.(((..((((((((...(((((,....(((((.....))).))..|.))))).,,,...(((((((((.(((..(((({{{...}}}...))))..))))))},)).))).||...,(((.,..|||},,,..|||,....,))),....}}.......(((((....(((({....}))))...))))).))))))))..(((...)))....)))))..))))).,,})),)))))))))))))))))))))))).).)))))))))))).))))))).)))}))}).})))))))}}}))),}}))),)))....))}))})}))),}}.)),,))})),)),,,)))))))))).})))))..)))))))....}|...|||||,{,.|||.,..,,{{}||.,,.,},))))}}.))))))))))))))))))..))))))).......)))))))))))))))..)))))))......,)))))))))).))))..}))...,)))))))))......)))))))),,))))),........,.)))))))).))))){{,(((((((((........))))).))))..,,)))}..)),}),}))))))..))))))))))......,}},...{((((.....))))))))).
Back