Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001136052.3

Sequence Length

2813 nt

GC Content

0.6001

GAAUACCCGGCUAGGGACACGAGAGAGAGGAAUCGGGGUUUCUGGGUGACGGUGAUCUCGGGGUGGGCAGGACUCCAAAGGCCCGUCGACCCGGUGGUGGACUCCUUGCACUGGGAUUGGACAUAUGCAAGCGGGAGAUUUGGGGCCGGCGCUCAAAAUCGGGGGGCGGGGGUGGACUCGGGUUUGGACCCCAGGAUCCGAUCAGCGGACCCUUGAUUCAACGUGAGGUCCCGAAUUGACGUCCUUCCCUCAAAACCUCCGGGUCUACAAACCAGGACCCUCAAGACCCUUCAGGGCUCCAGCGUGACAUGGCUGAAGCGCACCAGGCCGUGGGCUUCCGACCCUCGCUGACCUCGGACGGGGCUGAAGUGGAACUCAGUGCCCCUGUGCUGCAGGAGAUCUACCUCUCUGGCCUGCGCUCCUGGAAAAGGCAUCUCUCACGUUUCUGGAAUGACUUUCUCACCGGUGUGUUUCCUGCCAGCCCCCUCAGUUGGCUUUUCCUCUUCAGUGCCAUCCAGCUUGCCUGGUUCCUCCAGCUGGAUCCUUCCUUAGGACUGAUGGAGAAGAUCAAAGAGUUGCUGCCUGACUGGGGUGGACAACACCACGGGCUCCGGGGGGUCCUGGCAGCCGCGCUGUUUGCCUCGUGUUUGUGGGGAGCCCUGAUCUUCACACUGCACGUGGCCCUGAGGCUGCUUCUGUCCUACCACGGCUGGCUUCUUGAGCCCCACGGAGCCAUGUCCUCCCCCACCAAGACCUGGCUGGCCCUGGUCCGCAUCUUCUCUGGCCGCCACCCGAUGCUGUUCAGUUACCAGCGCUCCCUGCCACGCCAGCCCGUGCCCUCUGUGCAGGACACCGUGCGCAAGUACCUGGAGUCGGUCCGGCCCAUCCUCUCCGACGAGGACUUCGACUGGACCGCGGUCCUGGCGCAGGAAUUCCUGAGGCUGCAGGCGUCGCUGCUGCAGUGGUACCUGCGGCUCAAGUCCUGGUGGGCGUCCAAUUAUGUCAGUGACUGGUGGGAGGAAUUUGUGUACCUGCGCUCCCGAAAUCCGCUGAUGGUGAACAGCAACUAUUACAUGAUGGCAGCUCGCGCUGGGAAUGCCGUCCAUGCCCUCCUCCUGUACCGCCACCGCCUGAACCGCCAGGAGAUACCCCCGACUUUGCUGAUGGGAAUGCGCCCCUUAUGCUCUGCCCAGUACGAGAAGAUCUUCAACACCACGCGGAUUCCAGGGGUCCAAAAAGACUACAUCCGCCACCUCCAUGACAGCCAACACGUGGCUGUCUUCCACCGGGGCCGAUUCUUCCGCAUGGGGACCCACUCCCGAAACAGCCUGCUUUCCCCGAGAGCCCUGGAGCAGCAGUUUCAGAGAAUCCUGGAUGAUCCCUCACCGGCCUGCCCCCACGAGGAACAUCUGGCAGCUCUGACAGCUGCUCCCAGGGGCACGUGGGCCCAGGUGCGGACAUCCCUGAAGACCCAGGCAGCGGAGGCCCUGGAGGCGGUGGAAGGGGCCGCUUUCUUUGUGUCACUGGAUGCUGAGCCCGCGGGGCUCACCAGGGAGGACCCGGCAGCGUCGUUGGAUGCCUACGCCCAUGCUCUGCUGGCCGGCCGGGGCCAUGAUCGCUGGUUUGACAAAUCCUUCACCCUAAUCGUCUUCUCUAACGGGAAGCUGGGCCUCAGCGUGGAGCACUCCUGGGCCGACUGCCCCAUCUCAGGACACAUGUGGGAGUUCACUCUGGCUACAGAAUGCUUUCAGCUGGGCUACUCAACAGACGGCCACUGCAAGGGGCACCCGGACCCCACACUACCCCAGCCCCAGCGGCUGCAAUGGGACCUUCCAGACCAGAUCCACUCCUCCAUCUCUCUAGCCCUGAGGGGAGCCAAGAUCUUGUCUGAAAAUGUCGACUGCCAUGUCGUUCCAUUCUCCCUAUUUGGCAAGAGCUUCAUCCGACGCUGCCACCUCUCUUCAGACAGCUUCAUCCAGAUCGCCUUGCAACUGGCCCACUUCCGGGACAGGGGUCAAUUCUGCCUGACUUAUGAGUCGGCCAUGACUCGCUUAUUCCUGGAAGGCCGGACGGAGACGGUGCGGUCUUGCACGAGGGAGGCCUGCAACUUUGUCAGGGCCAUGGAGGACAAAGAGAAGACGGACCCACAGUGCCUCGCCCUGUUCCGCGUGGCAGUGGACAAGCACCAGGCUCUGCUGAAGGCAGCCAUGAGCGGGCAGGGAGUUGACCGCCACCUGUUUGCGCUGUACAUCGUGUCCCGAUUCCUCCACCUGCAGUCGCCCUUCCUGACCCAGGUCCAUUCGGAGCAGUGGCAGCUGUCCACCAGCCAGAUCCCUGUUCAGCAAAUGCAUCUGUUUGACGUCCACAAUUACCCGGACUAUGUUUCCUCAGGCGGUGGAUUCGGGCCUGCUGAUGACCAUGGUUAUGGUGUUUCUUAUAUCUUCAUGGGGGAUGGCAUGAUCACCUUCCACAUCUCCAGCAAAAAAUCAAGCACAAAAACGGAUUCCCACAGGCUGGGGCAGCACAUUGAGGACGCACUGCUGGAUGUGGCCUCCCUGUUCCAGGCGGGACAGCAUUUUAAGCGCCGGUUCAGAGGGUCAGGGAAGGAGAACUCCAGGCACAGGUGUGGAUUUCUCUCCCGCCAGACUGGGGCCUCCAAGGCCUCAAUGACAUCCACCGACUUCUGACUCCUUCCAGCAGGCAGCUGGCCUCUCCAAGGAAUAAGGGUGAAAUUGCCACAGCUGGCUGACACAGGACAGGGGCAACUGGUUUGGCAACCCCACAUCCAGGCCAAUAAAGAUGUGUGAGCUGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1122.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1172.29

Frequency: 0.0000

Diversity: 944.32

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((((.(((...((..(((((((((((((((((.((((((...((((.....((((.(((((((.((((...(((.((.....(((((.((((.(((((((((.((........))..)))))).))).(((((.((((....)))).)))))..(((((((((((((.((((((..(((((((.(((((.((((..(.((((((.((......)).).))))))..))))..)))))...............)))))))....(((((((((((..(((((.((((((((.((((........)))).)))((((..(((..((((.(((((..((((((((....))).)))))......)))))))))..)))...)))).(((((((((.((((.....((....((.(((.(((((.(..........).)))))))).))....)).....)))).)))))))))((((...(((..(((((((((((...(((((.((((((((((.....((.....)))))))))).........))))))).))))))).)))).)))..)))))))))....((((.....))))..))).))..)))))))))))((((...))))...(((.(((((.((((((((.......))))))))..))))).))))))))).))))))))))))).)))).))))).....)).)))....)))))).))))).))))))))...))))))..))))))))).....))))))))...))...)))(((((((.........))))).))..(((((.((((((((.((...(((((((((((...(.(((((.((.(((....(.(((((((((...(((((......)))))....).)))))))))))).)).))))).)...))))).(((((((((..((((((...))))))..))))))))).(((((..((((((.(((...((((....))))(((((((((((((.((...((((((.(((.......(((.(((((..((((((((..(((((....)))))..))).(((((.(((((((.((((.((((.....((((.....(((((((((((.......(((((((..((((.(......).)))).....((((((((((..((((((((((.(((.............(((((((((...((((((((......)))..(.((((((.(((((..((((((((.....)))))))).......(((((((((...(((((((.(((.(((((.(((..........((((((...)))))).((((.(.(((((((((((((....(((((((.(((.((...((......))...))))).)))))))...)))))).)))))))))))))))...))))))))..))))))).)))((((......)))).......))))))))))).)))))).)((((((((((((((((....(((((((.(((((((...)))))))..(((((((....((((((((((.((((.((((...(((((((.(((((((..(((.((((.......((((((..(((........))).((((...(.((((((....)))))))))))..)))))).(((....))).((((((..((((((....(((....((..(((((((....((((....))))..)))))))..))((((..((....)).)))).)))...))))))..))).))).......)))).))))))))))..)).)))))......(((((.(((((.....((((.((((.........))))))))....))))).)))))..((((.((((......))))...))))...((.....))..)).))))))..)))))))))).)))))))...........)))))))....((((.((..((((((.(((((((((.((((((((.....(((.((((....)))))))..)))))).))...)))))))))....(((((((....(((((((((.(....).)))))).))).))))))).)))))))))))))))))))).)).))).)))...........))))).)))))))))..(((......)))....))))))))..))))).)))))).))))(((((.(((...(((((.((((.((((........)))).((((.......(((((..((((.......)))).)))))....))))))))))))).((((.....))))))).)))))(((.((((........)))).)))((((..........))))..))))))))))))))))))...))))..(((((..((...((((((((.((((((((((......)))))))))).)))))))).........))..)))))...................(((.....(((((..(((((..((((((.((.(.....).)).))))))))))))))))))).)))))))).))))))).)))))..)))))....)))))))).(((....))).))).))))))..)).))).))))))))))..((((((((...))))))))..))).)))))))))))(((........)))(((.((((((.(((.....)))......(((......))).)))))).))).)))))).)).))))...)))).)))))....((((((............))))))..)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....(((((((.((({..,{(((({({(((((((((({,.{{{(((,,,((((.....(((({,((({((.(({{...||||{||}.||||(((((({({((((({((.{{{|,.,{(..{{,.{{{,,{({({,,,,,{{((((,(({(({,....,,(((((..(((((.(((((((({(({(((((,{(((.({((,,...))}}.))},}..,.....}).)))))}))})))}.))))..))))}....)))))((((((........)))))}....{,{{{.,,,|||{|,(((({,,....{||,|{((({((({.(((.,{(({,{{{{{,||{{||{{{....))),}||||{,{,,{}|||}})}},.}}).,.{|{{.(({(((((....,,}}}}}.}}..}}}},{{,{{{{{,(|{,...,.,.,.,,,}}))},||...,,.}},.,))))})))))}})}||||,,,{{{.,{((((((((((...(((((.{|(((((((,....{((.....)))))))))){{{.....}))))))).))))))).}}},.}}|,,|||||||,..,{||||{|,||.,.....,||{||{{||||,||,,||,((({{.||||{..(((.(((((.((((((((.......))))))))..))))).)))...|{{{|,||....)})},.,,))))))))}),),.)},)))).})))))).))))).))))))}}...))))))..))))))|||||,..||||||||,|{|.{{,...{.{(((({,.....,.|)))|,|},,{((((,(((((,,{,(({{{{{(((((((({..,|.|||||,{|.||{,{|,,,(((((((({...(((((......)))))....).))))))))|||||||||||||{|...}))}}.(((((((((.,((((((...)))))),.))))))))),,{((({.{{{|||,{{(,..,,,,,,{,|,}}|||||||{|||{{.|,.,,{,{{{|,|||{{{...{{{(|{|{,{|,||,,||||,.{{{{,.,,,|||||{{}||{{{{{{,||{,|||,||||,||{{...,,{{((..,{{((((((((((......,|||{{{{,...,,,..,{{{{{|{,(((,..{,(({{(({,{{,,({(({{|{{|.(((,....,}},..,.{{{{|||||...{{{{((((......)))....((((((.(((((..((((((((.....)))))))).......((((((,,,...(((((((.(((.(((((.{({..........((((((...))))))(((((((((((.{,.((((((...,({(((((.(,((((...((......))...))))}.)))))))...)))))),.))))))))})))))...))))))))..)))))))..||((((......))))..,.,,,))))))))))).)))))).}|||{{||{{{{{{{(({,,.(((((((.(((((((...)))))))..(((((((....((((((((((.((((.(({,...(((((((.(((((((..(((.((((..,,,..,{{{((..{({........}}},{{,...,{.((((((....))))))||}||..,})))},(({....}}},((((((..((((((.,..{{(....{{.,(((((((....((((....))))..))))))),,))((({..{{....)}.)))).)})...))))))..))).))),......)))).))))))))))..))},))))......(((((.(((((.....((((.{(((.........))))))))....))))).)))))..{(((.((((......))))...)))}...{{.....))..}).))))))..)))))))))).)))))))...........)))))))...,|{{{,|,.,((((({.{((((((((.((((((((....,({(,((((....))))))},})))))).))...)))))))))}}}}|,{||||.}}}||||||{{{,|,.,,),)}||||,|||.,,,))}).))))),})),))})},))))))),))),))}..,},},,..}))))),)))))}}})}}|||,.}}}.,.}}}}{||||||||..,})))}}},)))}}}))}||}}}},.,))|||{||||,,.{|||}|}.}}}}}}}}}||||}}}}}}.,((((.,(({,,,.,,{{{|||,|||||{{{,||}}|||||||}}.((((.{{.,|||||,,.}}}}.,.}}}||},,.}|...,||,||,.{{{{.......,,,||||,.||||}}}}}))))))))).,,))))..((((({,({...((({{({(,(((((({{{(,.....}))))))))).}}}))}))....,..,,))..))))}......,..,,........|||...,,{{{||}}|||||}}|{{{{{.{{.,..,,,),)),))))}))))),,|||,.||.||||}}}}.}},,}},.}})))})),,))).))))}})))}.{({,,,.}|)|})|.}}})))))}}.)))})))))|||||{{((((((((...)))))))}..}},.}}}}}})}}}}{{{.,{{{{,{{,{(((.(((((({({(,,,..,,}.....,|||,.....))).}})))).))).},,}))}})))))),.,}))),)))),....((((((............)))))).})))))))