Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001142460.1
Sequence Length
1820 nt
GC Content
0.6346
AGGUCCUAAGGGCUUGAGUGAAAGGAGAAGCCCCCGGCUGUUUCUCCCCGACCUCAAAGCUUGCCCAAUAGCCUACACCUUGGCCCAAGAACACAGUCAUGUGGAGCCCAGAAUAGCUCCUGCUGGAUGCGUGGCCAGGUCAGCCUCGGAGCGUGGGACACAGGGGCCUUCUGUCUGUCUGUAUUUCCCUCCUGCUCUCUCUCUCUCUCUCUGCCUUUGGCAUAUACCUCUCCUCCUCCCCACUCCCCUUUCCCUGCCCACAUGCUCAUGAGUUGGUCUCCAGAAGAGUGCAAGGGGCAGGGAGAGCCCCUCGAUGACAGACACCCCCUCUGUGCCAGGCUGGUGGAGAAGCCCAGCAGAGGGUCUGAGGAGCACCUCAAGUCUGGCCCGGGACCCAUCGUCACCCGCACAGCCUCAGGACCUGCCCUUGCCUUCUGGCAGGCAGUGCUGGCUGGGGACGUGGGCUGUGUCUCCCGCAUCCUCGCGGACUCCAGUACUGGCCUGGCUCCUGAUUCCGUCUUUGAUACCAGCGACCCAGAGCGAUGGAGGGAUUUCCGCUUCAACAUCCGUGCUCUGAGACUCUGGUCUCUGACAUACGAAGAGGAGCUGACCACCCCACUGCAUGUGGCAGCCAGCCGUGGCCACACGGAAGUCCUGCGGCUGCUGCUGAGGCGGCGAGCAAGGCCAGACAGUGCCCCUGGGGGCCGCACCGCCCUGCACGAGGCCUGUGCUGCAGGCCACACUGCCUGUGUUCAUGUGCUGCUGGUGGCAGGAGCCGACCCCAACAUCGCUGACCAGGAUGGGAAACGCCCCCUGCAUCUCUGCCGGGGGCCUGGCACCCUUGAGUGUGCGGAGCUGCUCCUCAGGUUUGGAGCGAGAGUGGAUGGUCGGUCCGAGGAAGAAGAGGAGACCCCUUUGCAUGUGGCCGCCCGGCUUGGCCAUGUGGAGCUGGCAGAUCUGCUUCUAAGACGGGGGGCAUGUCCUGAUGCCCGCAAUGCCGAAGGCUGGACCCCACUGCUGGCUGCCUGUGACGUCCGCUGCCAGUCCAUCACCGAUGCCGAGGCCACCACCGCCCGCUGCCUGCAGCUGUGCAGCUUGCUGCUUUCAGCUGGAGCAGACGCUGAUGCUGCGGACCAGGACAAGCAGCGACCCCUGCACCUGGCCUGCCGCCGUGGCCAUGCAGCUGUCGUGGAGCUGCUCCUGUCCUGUGGUGUCAGCGCCAACACCAUGGACUAUGGGGGACACACGCCCCUGCACUGUGCUCUGCAGGGCCCAGCUGCAGCCCUGGCCCAGAGCCCCGAGCACGUGGUUCGGGCUCUGCUCAACCAUGGCGCCGUCCGUGUCUGGCCAGGGGCCCUCCCCAAGAAACAUCAGCGUUUCUACUCCUCCCUCUUCGCCUUGGUGAGGCAGCCCAGGUCGCUGCAGCAUUUGAGCCGCUGUGCGCUCCGCUCCCACCUGGAGGGCAGCCUGCCCCAAGCGCUGCCCCGCCUCCCCCUGCCACCGCGCCUGCUCCGCUACCUGCAGCUGGAUUUUGAGGGCGUGCUCUACUAGAUGUCCAUGGCCUUUUGAGAGGGCCUGAAAGCAGAUGCCCCAGCCUGCAGAGGGCGCGCCUCUGCACUAACUCAGGCCAGGUAGCCCUGGCAGCAGGAGGCCCAGCUCCGCAGGCAGGUGUGGAUGCUGCAAUUCCCAAUGCAGAGAAGCGGACCGACAGCGGCAGCCGGGUGAUGUCUGAUGAAGACACACUCCUACUGGGGCUCUCCUGAGGCCCCCUUCUAGCCUGUGCAAACCCUGUAUGUGCAUUAAAAAUCUCCAGGUCUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-811.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -838.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 565.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((...(((((((((.....((((((((........)))))))).....))))).....))))......(((((((((((((...(..(((.(((..(((((((........))))).))..)))..)))..).)))))((((((((((.(((((((.(.((((.....)))).).))).....((((((((((((.(((...((((((((....(((.......(((((.((..((.......((((((((((((.(.(((.......((((...))))......))).)))))))))))))..........(((((.......)))))....))..)).))))).)))..))))))))...))))))...((((((...((((..((((..(((.......((((..((((((((((((((..((((....))))))))((((.(((.(((((.(((((........))))).)))))((((.((((((..(((((((.(((((((..(((.((((((((..(((.((((((((((.(((((..((........))....))))))))))).......)))).)))..)).)))))))))((((.((((..........))))))))((((.((((((.((.((....)))).)))))).))))...))).)))).))))))).........)))))).))))...)))..))))..(((((((...)))))))((((.....))))......(((((.((((((.(((((............(((....((((..((((...((((((.(((....))).))))))..((((.(((((.(.(.((((.(((((((.((((((..((((((.(((((.((((.((((((((((..(((((((((........((..((((..(((((((((((....(((((.(((((((.(((.......)))..(.((((((......)))))).)...(((...)))(((((..(((.((.....))..)))..)))))))))))))))))..)))).)))).)))..)))).))...((((.(.((((((.((((....))))...)))))).)))))..(((((((((((((((.((((..(((.(((((..(((((..(((((.........))))))))))..)))))...)))..)))))))).)))))))))))((((....(((((((...((((........))))(((((((.((((....)))).))).))))(((.(((..((((((((.((((.....)))))))))))).....))).)))...)))))))..))))..((((....)))).((((((......))))))....)).))))))).))))))((..(((((.......)))))..)).....)))))))).))))))))))).)))))).))))))))))))))))).).)))).....)))))))).....)))...))))))))))).))))).)).))))))))..)))).......)))))))..)))).)))))).(((((((....)))..)))).....((((((((.....)))))))).........((((((....))))))))))))))))))))))))).))))))))))))...(((((........)))))......))))).......(((((((((((.(((((.....)))))))))).....(((((((....)).)))))......((.((((((.....)))))).))..............)).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(({,,...(((((((((.....(((((((({...}}},}}}))))).....))))).,,..}})}....||{|,,{{{{{|||{...,..((({(,{.,{{(((((........))))).||{{||,{{|||{.,.|||{{((((((({,,{((((.({((((((({{{((((((,,,,(({..{(,,.((,((((.,{(,{,({(({({((((,..|||,....,{{{{{{.{{.,,{,,,,...((((((((((((.{.(((.(.,...((((...))))..,,}.))).}))))))))))))....,,,...,((({,...{{{{{|||....||{{,,.,,,,.))))..)))))))).{((((({{{{,{{{..(((({{{{..|,...,.(((((.(({((((((((.(((((((((((..((((....))))))))).,{{{(((((({.((((((.((((.....)))).)).))))..)}))))).{((({,,(((((((..(({.(({...((.(((((.(.(.((((((.(((((,.((........))..,.))))))))))).).).))))).)).)),...,))}.)))))))}.,,,..((((.....))))}})))))(((((....)))))..)))))).))))).))).}.)).)))))}}..)))))))),|{||,,,,}(((((......)))))||||..(((((((...))))))){{{(..,,,|}|},,,.|||}((,,((((((,{,,|}||..,|||.}},|}}},,,}})).}}}}....((((((.(((....))).))))))..,((({,{,,,.|.|}||{|}|,|||}|}||||||,,||{|||,|||||}{{||.,||||{||||.,|||||||||}.......,({{(((({{({,,,{{,|||}}}}|||||}|,||,{|}..|}}.....))))))}||||,,.}}}}},)))))})...,||}.,)))}||||}}|||.||.{{{{||{.}||.,||||{|||||,}|||||{.|})),)}}}.)))..}|||.||.,,(((((({((((((.((,,{{{{||||,..}||},|{|||||.{((((((((((((((,{((((..(((.(((((..(((((..(((((.{,....},))))))))))..)))))...)))..)))))))).)))))))))))|(((......|||,,...(((((,.....{||||((((,,,.,,,,}}}})))).,,|{||||((({(((..(((((((((((((.....)))))))))))).....|||.|||{{.|,,,))),,)))}..((((....)))).((((((......))))))....|||||,,,,,.)),)))||}}|{||{,,}}}..)))))}})....{{|||||,,,,))))),}}|||.,,,,)),|||||||||,,,,,,)).)}))))}.}.,)))}))|||,,,,))},|||||||((((((((,.{((((..,.{({(((((((((({.,.....,,.{{.(((((((...)))))))}}...(({{..||.,,,)}})))|||||}}}}}))})),)}..,..})})}})))))))).,,))}))))))..)),))))),,)})))))))))))).,.(((((........)))))...))))))}}}.}}..))}}))}(((((.(((((.....)))))))))).....(((((((....))}}))))..,,,,||.{(((((.,,..,)),))})),..........,}))),)))),
Back