Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001144774.3
Sequence Length
3965 nt
GC Content
0.3695
GAGCCAAUUUCAGCAAGGCUCUGUUCAGUUGUUCUUAUCUACAUCCUAGAAUCGGGGGUUUCAGCUCACUGCUCCUUUUCUUUUUUUUCUUUCUCUCCCCCGCCCACCCCCCCAAAAAUAAUUGAUUUGCUUUACAAUCAUCCACACUGUGUUUUGUGGAUCUUUAAUUAUAUAUAACAAUAGUAGUCAUUUUAAAUAUAUAUUCUGAAAUCUUUGCAAAUUUUAACAGAAGAGUCGAAGCUCUGCGAGACCCAAUAUUUGCCAAUAAGAAUGGUUAUGAUAAUUAGCACCAUGGAGCCUCAGGUGUCAAAUGGUCCGACAUCCAAUACAAGCAAUGGACCCUCCAGCAACAACAGAAACUGUCCUUCUCCCAUGCAAACAGGGGCAACCACAGAUGACAGCAAAACCAACCUCAUCGUCAACUAUUUACCCCAGAAUAUGACCCAAGAAGAAUUCAGGAGUCUCUUCGGGAGCAUUGGUGAAAUAGAAUCCUGCAAACUUGUGAGAGACAAAAUUACAGGACAGAGUUUAGGGUAUGGAUUUGUUAACUAUAUUGAUCCAAAGGAUGCAGAGAAAGCCAUCAACACUUUAAAUGGACUCAGACUCCAGACCAAAACCAUAAAGGUCUCAUAUGCCCGUCCGAGCUCUGCCUCAAUCAGGGAUGCUAACCUCUAUGUUAGCGGCCUUCCCAAAACCAUGACCCAGAAGGAACUGGAGCAACUUUUCUCGCAAUACGGCCGUAUCAUCACCUCACGAAUCCUGGUUGAUCAAGUCACAGGAGUGUCCAGAGGGGUGGGAUUCAUCCGCUUUGAUAAGAGGAUUGAGGCAGAAGAAGCCAUCAAAGGGCUGAAUGGCCAGAAGCCCAGCGGUGCUACGGAACCGAUUACUGUGAAGUUUGCCAACAACCCCAGCCAGAAGUCCAGCCAGGCCCUGCUCUCCCAGCUCUACCAGUCCCCCAACCGGCGCUACCCAGGUCCACUUCACCACCAGGCUCAGAGGUUCAGGCUGGACAAUUUGCUUAAUAUGGCCUAUGGCGUAAAGAGGUUCUCCCCAAUUACCAUUGAUGGAAUGACAAGCCUUGUGGGAAUGAACAUCCCUGGUCACACAGGAACUGGGUGGUGCAUCUUUGUCUACAACCUGUCCCCCGAUUCCGAUGAGAGUGUCCUCUGGCAGCUCUUUGGCCCCUUUGGAGCAGUGAACAACGUAAAGGUGAUUCGUGACUUCAACACCAACAAGUGCAAGGGAUUCGGCUUUGUCACCAUGACCAACUAUGAUGAGGCGGCCAUGGCCAUCGCCAGCCUCAACGGGUACCGCCUGGGAGACAGAGUGUUGCAAGUUUCCUUUAAAACCAACAAAGCCCACAAGUCCUGAAUUUCCCAUUCUUACUUACUAAAAUAUAUAUAGAAAUAUAUACGAACAAAACACACGCGCGCACACACACACAUACACGAAAGAGAGAGAAACAAACUUUUCAAGGCUUAUAUUCAACCAUGGACUUUAUAAGCCAGUGUUGCCUAAGUAUUAAAACAUUGGAUUAUCCUGAGGUGUACCAGGAAAGGAUUUUAUAAUGCUUAGAAAAAAAGAAAAAAAAAAAACAAAAAAUACCUUUGAUGCAUUGAAUGUUCUUUCAUAGCUGUCGUUGUUGAAUAUAAUAUACAUAGAUAGCGAUGUGCAGGGAUUUUUACCCAGCCAGCUAACUUUACUACCUUCCUUGAAGGUGGAUCUUUUUAAGAUGACCAUUCGCUCAUUUGAAGAAGAAAAACAAAAAACAAAAAAAAUAAUAAAAAUAAAACAAUUUUUACAAAGUAAUGGGAUUCAAAGAAAGGAAAAAAAGAUUUUUCUUUUUUGUCAAAAUAUCGAUCCAAUCAGAUUGGUAAAAACCCCCACACAAAUUAAAGAGGAAUAAUAAAAAUUGCAAAAAUAAAAAAAAACUUUUGCAAAUUUUUUUAUUUUUCCUUCUUUCUUUUAUAUCAUGUGAACUAAAACAGUCUUCUGUUAGGGGAUGGGGGCAAGGGGGAUACCUGAUGACAUUAACAAUUUAAUAACAUUAACAUUGUUGCCAAAGAGGUGGUCUCUUUGCUGAAAAUGGGUUUCAAGAAAAAUCUAUUUUUAUAAAAUAUAAAGAAUUUUUACAAGAGAAUCUGGAUUUGAGAAAAAAAUAUUUUGACUGGCUAAUUUAGGGGAAAUUGACAACUUUGUCGCGUUCAUACUGCACUGGUAACUUUUUAGAGAUCAAGAUGUGUGUUUUAAACUGGAUUCGUAGACUGUUUUUUGAAGGAUGGGCUAUAAACAGAUGAUCUUCAUAUCUUUUCAUAGCAUGUAAUAAUAAUUAAAAAACAAUUAUUAAUUACUAGGGGAAAGGAGUGUUCGUUCUACCCAGGGUACCACAGUUCCCCACAGUCAAAACCCAAAAGCAAGGAGAUGAGUUGAAAGACAGUUUUUCUUUAAGUCAUCAGUAUGGGAUGUCAGCAGAACAAAAAUUAAAAAGAUUAAUUUUCCUUUUGAUCUAAAACUUCCUUAGUUUGAGCAGUAGGUGCUACAAAAUUAUUUACAUAUCUUAGUAUCAUAGUUAAAUGUAAUGUGUUUAGGAGAGGAAAACAAAAGAUACAUUUGCUUUAAAUUCAUUAAGAAAUUUUCAAAUUCACUUUGUAGCCCAUGCUGAUAGAAUUGGGCUGUGUUGGUACAUUUGAAACACUGUUUAUGUUGCUUGAAACACUUAUUUAUUUAAUCGCCGAUGUGAUGAUGCCUAUGGCCGAGAUCAAAUAUAGCUAGAUUGGCUAGACUACUUAUUUGUUUACUUAAACUAUGGGAAGAAGCAUAUUAUUGUGUCAUUCUGUUGUGUGUGUAUGUGUAUAUACAAUAUAAAUAUAUAUAUAUAAAGUUAUUUUUUCUUUGGGUUAAUUUAUUAUAAGUUGUAACACUUGGCUAGUUUUGUUUGUAUAUGUCUUAAAAUGUUUUCUUAUGAUAUUUAAGUGACAGUUAAAGAGGUAUCAAGGUAACUUGUGUAGAACUAUUCUUUGAUAUAUUGUCAUGUUUGUUGUGAAUAUUUUUUCUUACUGCACAGUAGAAAAAUAAAAACAACUGAGUCUUUAUUUUAAUGUAACUCAGAUUGGGGAAAACAAAACAGAGCUAAGGGAACAAAAUGACUGAGGGAGCACUCUCCCACGUCCAGUGCACUGAUCAUUUUAGUAUGUUUGUGCUUUGUACGGUUAUAUAUUUAAAACGAAAACAAAACAAAAAAAUACAAGGGUUCAUGCUCUUCCCUGGGUAAUAGAAACAGUUACUCGCUAUGCAUAAUCUAGUUGAUAGUUAAAUUUGCUAUUGCUUUUCUUGUCUUGUUAUAUAAAAUCUUUUCAAUACAAGUUUAGUCUUAAUGGUAAUAAAACGUUAUGGUUAUUUAUAACUUGUGCUUAUUUUGUGCAUUUUUUCCCAUGCUGAACCCACUAAGUGCAUGUAGACAGGACUGUUGUUUUCACACUGAAAAGGCAAACUUUGUAGUAGUCGUUGUAGUGGUAGACAGAUAACGAAUACCAAGGCUGCAUCAUAGACUCCUCCUUUAAAUUUUUUUUCUGUUUUUUUUUCCUCUUUUCGGUUUUGGAUAUAACACCAGAUUUCAGUUCAGAGAACACUCGUUCAACAUUCAGGGAAAGCUUUUUACGUCACCUGCUAUGAAUGAACGUAGUUUGCUGGCAAAGUUUUGAUGCAUUUGCUAAGCAUUAGUGGGAAAGGCAUGCCAAAAUCUUCUCUAUAAUGUGUUCAAUCUUGGGGGAAAAAAAAAGGAAAAAAAAUCUUAGGACCAGGCAGUUGUAUACUUUAGUUAUUAAUGAAUGACUUCAUGUUAAUCUUGCUAGUUUAGAUGAUUUCCAAGGGAAAGUAUUGUAAAUGUUUUUUUUUCAUAAUCUUGUUGUGUUUGAAUUAUUUGUACUUUAUCUGUCCAGACAAUAAAUGAAAGUGUGUAGAAUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-963.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1045.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 1117.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((..((((..((.(((((....(((((((...(((((((((((((..((((((...........)))))).))))..............((((((((((.((.((((.........(((((........))))).......((((((((((..........(((((((((....((((((............(((((((((........((((((.........(((((....)))))............))))))......(((((((((((((.....(((((.(((....)))))))).....(((((...................)))))..................(((((..((((((.((....)).))).......))).))))).............))))).))))))))....)))))))))....((((((((((((((((((((((((((.(((..(((........))).)))...)))).)))))))........(((.((((((((.(((((((((((.((.......)).)))))...(((..(.(((....((((...........)))).))).)..)))(((((...........)))))...))))))....)))))))))))..(((((((((((((((......))))))((.....)).....(((..((((.((((....((((.(((((((..(((.(((.((((((((((((.(((((((..(((((..((((...))))))))).)))...))))))))((.(((.((.((((((((......)))))))).)).))).))......(((.((..((((...((((...((((((.(.((....))).))))))...)))))))).)).))).(((.....((((((((.(((((((.......((((..............(((((......)).)))..............))))))).))))..)))))))).....)))..))))))))))).)))...)))))))))))........((((.....)))).....)))).)))).)))...)))))))))..((..((((.((((.((.(((...(((....)))..))))))))).))))..))...(.((((.((.(((.((..((((.....((((((((.((((..((......))..)))))).))))))..))))..))))).)))))).)((((((((...((((......)))).(((((((((..........))).)))))).(((((...)))))((((((............))))))..........))))))))......))))))))))....)))))..))))))...)))))))))............))))))))))..............(((((....((((((((((((((......))))..((((((((((((....))))...))))))))........((((((((((.((.(((......(((((.(.....))))))...))).)).))))))))))..............................(((((((....((((......))))..((((((..(((............)))..))))))..((((..(((.((((((((...(((....(((((.((((((((...)))))))).(((((((.((((((........)))))).))))))).......................(((((((......))))))).)))))..)))(((...((((((((((((.....)))))))))))))))........((((......)))))))))))).)))..)))).)))))))(((((.((((((((((((((((............))))))))...)))))))).))))))))))))))).....)))))......(((((....))))).))))..))))))..))))))...((((((((..((((((((((((...))))).)))))))......((.(.(((((((((((.....(((((((....((((((...((((((((...))))))))))))))......((((((((.(((((((.....((((((((((((((((...(((..(((..(((((....)))))..)))...)))...)))).......)))...)))))))))...)))))))))))))))...((((((..............(((((.((.(((((.......))))).)).)))))..((((((((((((.......))))))).)))))..((((((.(..((((((..........))))))..)..)))))))))))).)))))))..))))))))))).).))((((((...)))))).....))))))))...))))))).)).))))))).........(((((((........))))))).(((((.....)))))...(((((((.((((((((...((((.....(((((((.......(((((.(((((((((((................))))))).)))))))))....))))))).......))))....)))))))))).)))))))))).))..)))).)))))).(((((...((((((((((((((((.((((....(((((((((.(((.((.((.((((((((((((..(((((((((......((((((((((((((((......((.((((((.((...(((..(((((((.(((((((.((((((..((.((((.(((.(((((((((((((.........))))))))))))).(((((((((((((.((...(((((((...)))))))...))(((((((.(((((((((......((((..(((((((.......)))))))..((((((((.......(((((((((......((.....))....)))))))))))))))))....(((((......(((((((.(((....)))))))))).....))))).((((...(((......)))))))))))......)))))))))..))))))))))).)))))))))..(((((....))))).(((.(((.((((.((.(((......))))).)))).))).)))(((.((....)).)))....))).)))).))..)))))).)))..)))))))))))..)))...)))))))).))....))).)).)))))))))))...(((....(((((((((((...(((((.(((................))).)))))...)))...))))))))...)))(((((((....))))))).(((((.......)))))((((((((((((((...((((((((.(((..((((((.((..((((((.((((.((((((((((((..(((((..(((.(((((((..((.....)).))))))).)))))))).)))...(((((....................)))))...........)))))))))..)))).))))))))........((((...))))...((((((.(((.((((((............)).))))..)))..))))))..))))))(((((((((......)).))))))).)))))))))))...))))))........(((((((..((.......))..)))))))........)))))))).))))).)).))))))).)))).))).)).)).)))))))))))).)))).))....((((..((((.....))))..))))(((.((((..(((...((..(((...((((((...))))))...)))..))...)))..)).)).))).))).))))))...)))))...)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((...........)))))...........{({..((((((({((......|||({{..(((((..(((.((((....((((((((((((...(((((({((((((((..,.........||{,({({,....,,,,(((((((........)))))))...,,,,{(({((({.....,{,....,,,....,}}}}}},{{{{|{{,....|,,,||,,...,,},{((((....))))}{{({{{.....,|||,||{{.......}))),,,}}}},||.(((((.(({....})))))))....,(({{{,....,.......,},,.|||||,(((({{.....,{({...}))|{{{((({((.((....}}||}|........(((((..............}}))){{{{.,(((((...,,.|}}}}}|}|{{..({{,,.,||.||.|||||||||||.{,|,|{({||..,.,..||{|{|....{((({|||||,........{((.((((((({.(((((((((((.({.......},.))))),..(((.,(.(((....((({...........}))).))).}..)))(((((...........)))))...})))))....}))))))))))......((({(((((((......))))))).,,,)))).......||..{{||,,,,..)))),},,...,}))))))}|,,,.},.}}}},,||,,|||,||,.|{|||,,|{{{...))}})})))},))},,}.))))))))....{{(({..{(((.{((((((..(((((((((((({.....(((((((((...(((.....)))))))(({.{,...|.}}|(((((((({((((((((((.........,(({.{..{,,,,{,..|}}.,||{{.....})}.....((((((........((((((((((({(.((.(((.((((.((((((((.(((...((..(((,,{({{,(({..{{{,{({...))))))}))))))).}})}}....))).))),,{......,.})))).))))))))).}}...((((......))))..))))))))))).....((((((({..,{((({{{{{...{{{..{(({(((((,...))}},)))}}|||,,,,,((((((((.((((..((......))..)))))).)))))}{{|......))),.,|||||{,{(({{{(({{.{{{{......}}}}.||{{{((({,,((({.,,.))),|}|||,.{((({...))))){|||{|.|{{{{{,.{{{||,,,,......{{{{|||,||||{,...,|||((({..((((((,,{{,,,,.......{{(((((....})))))}.{,,,,...,,,,,{,{,(((,((,,..............,.{,((({,......)))))..((((((((((({....})))...)))))))).)))))))((((((((((.{{.{{{.,.{{.(((((.{.....}))))).,.))).}}.))))))))))....................,,,,.......}}}}.,||,.||{{,|}}}|}}||,.((((((..(((.........,..)))..))))))..||,{{.(((.......||}.||||,.........((((((((...)))))))).(((((((.((((((.,....}.)))))).))))))).......................(((((((......)))))))..}))}}})))}}}}},.(((((((((((,....}))))))))))).......((((((((......))))))))....{(((({,,{,,,..(((((((((.((((((((((((((((............))))))))...)))))))).))))}}))))..}||,,....}}}),.,,..{((((....))))).)})}.})))))|{,|||||}|{{(({,{{{{..{(((((((((((...))))).))))))},{....||}|,{||||||||{(,,,,,(((((((...,,.||||}},||||||{,...,}}}}}}},}}}}}....,.{{{{{{{{.{(({{{{.....{{{{{{{{{||,|||{....{||,{{{..,((((....))))}..)))...||},,.,))),.||,.,}}),,.)))))}))),,.))))}}}})))}))),}.((((((..............(((((.((.(((((.......})))).)).)))))..((((((((((((.......)))))))},))))..((((((.,,.(((,{{.,..,.....}))})},.}..)))))))))))).,}}}||}..}}}}}))}|||{{.{{((((((.......)))))}},)))))}},||||||.|||||{{|{{..{{{{{{{,..,,,||||}}}}..,})))}}||.,{{{{..,,.}||||.,,(((((((.((((((((...((((..,,.(((((((.....,,{((((,((({{{(((((.........,,,},..}}}))))))))))}}}}....))))))).,,....})))....)))))))))).)))))...}},,)))))),})))))).,,|,,}||{{,..,,,,,|||,})}}}.}))))},.......,.(({({....)))}},|||{|.||))),|,,}}}}..,.(((((((((({(({((.,....,{.((((((.((...{((..((((((,,((((((,.((((((..{{.((((,((((((((((({(((((....}}}}.))))))))))))}.(((((((((((((.,{...(((((((...}))))))...),(((((((.(((((((((......{(({,.(((((((.......)))))}),.(((((((({{{{{{,(({{((((,...}}}|......}}...}))))))),,,}))))))....{((((...{{{((((((,{(((....))))))))))}}...))))|(((((...(({......)}}))))))}),.....)))))))))..))))))))))).)))))))))..(((((....))))).(((.(((.((((.{{.(((......))),}.)))).})).)))(((.{{....}}.}}}....,},.}))).}}..)))))).,)}..))))))))))),,)}}...)))))))).}}...}))).)).))))))))))},},|||....{((((((((((...(((((.(((..,..........,..))).)))))...))}...))))))))...,,,(((((({....})))))).{((((,,,....|}|||{....,,.,}})),},,,,,..,,}}}))})))))))))))))).,,{(((({...}))))}))))))))))}))))))))|.{(({((((((..{.......}..)))),..}))))}.,...,.....,))))).....}))))))))))))....))))))}.)))}..,|||}}......},,|},,,,.{,{{.,,||||(((((((((.(((.(((({,..,.........}}.))))..)))..)))))).))).{(((((((((((......)).))))))},))|{{{.,((({{,{{..,.......,})))))..}}))))}}},.....,)))))).....})))))))))))}....)))).)))..))))).}.|}}},(((((((....})))))){{{{.|,|,.(({{..||{|,,,}}))}|,,|,}}||||{(((,.{{(,{,(,.,({{...((((((...))))))...))).,)),,,))),,)},}},}}}..,,,.....,,,.}).)))))))..)),
Back