Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145252.3
Sequence Length
2489 nt
GC Content
0.6083
CUCUUUCCCUGCUGAUUCCAGGAGCCUAUCAACCCAGAUAAAGCGGGACCUCCUCUCUGGUAGAGGUGCAGGGGGCAGUACUCAACAUGAUCACAGAGGGAGCGCAGGCCCCUCGAUUGUUGCUGCCGCCGCUGCUCCUGCUGCUCACCCUGCCAGCCACAGGCUCAGACCCCGUGCUCUGCUUCACCCAGUAUGAAGAAUCCUCCGGCAAGUGCAAGGGCCUCCUGGGGGGUGGUGUCAGCGUGGAAGACUGCUGUCUCAACACUGCCUUUGCCUACCAGAAACGUAGUGGUGGGCUCUGUCAGCCUUGCAGGUCCCCACGAUGGUCCCUGUGGUCCACAUGGGCCCCCUGUUCGGUGACGUGCUCUGAGGGCUCCCAGCUGCGGUACCGGCGCUGUGUGGGCUGGAAUGGGCAGUGCUCUGGAAAGGUGGCACCUGGGACCCUGGAGUGGCAGCUCCAGGCCUGUGAGGACCAGCAGUGCUGUCCUGAGAUGGGCGGCUGGUCUGGCUGGGGGCCCUGGGAGCCUUGCUCUGUCACCUGCUCCAAAGGGACCCGGACCCGCAGGCGAGCCUGUAAUCACCCUGCUCCCAAGUGUGGGGGCCACUGCCCAGGACAGGCACAGGAAUCAGAGGCCUGUGACACCCAGCAGGUCUGCCCCACACACGGGGCCUGGGCCACCUGGGGCCCCUGGACCCCCUGCUCAGCCUCCUGCCACGGUGGACCCCACGAACCUAAGGAGACACGAAGCCGCAAGUGUUCUGCACCUGAGCCCUCCCAGAAACCUCCUGGGAAGCCCUGCCCGGGGCUAGCCUACGAGCAGCGGAGGUGCACCGGCCUGCCACCCUGCCCAGUGGCUGGGGGCUGGGGGCCUUGGGGCCCUGUGAGCCCCUGCCCUGUGACCUGUGGCCUGGGCCAGACCAUGGAACAACGGACGUGCAAUCACCCUGUGCCCCAGCAUGGGGGCCCCUUCUGUGCUGGCGAUGCCACCCGGACCCACAUCUGCAACACAGCUGUGCCCUGCCCUGUGGAUGGGGAGUGGGACUCGUGGGGGGAGUGGAGCCCCUGUAUCCGACGGAACAUGAAGUCCAUCAGCUGUCAAGAAAUCCCGGGCCAGCAGUCACGCGGGAGGACCUGCAGGGGCCGCAAGUUUGACGGACAUCGAUGUGCCGGGCAACAGCAGGAUAUCCGGCACUGCUACAGCAUCCAGCACUGCCCCUUGAAAGGAUCAUGGUCAGAGUGGAGUACCUGGGGGCUGUGCAUGCCCCCCUGUGGACCUAAUCCUACCCGUGCCCGCCAGCGCCUCUGCACACCCUUGCUCCCCAAGUACCCGCCCACCGUUUCCAUGGUCGAAGGUCAGGGCGAGAAGAACGUGACCUUCUGGGGGAGACCGCUGCCACGGUGUGAGGAGCUACAAGGGCAGAAGCUGGUGGUGGAGGAGAAACGACCAUGUCUACACGUGCCUGCUUGCAAAGACCCUGAGGAAGAGGAACUCUAACACUUCUCUCCUCCACUCUGAGCCCCCUGACCUUCCAAACCUCAAUAAACUAGCCUCUUCGAGUUCGUCUACGAUUCCUUAAAGGAGGAAAAACAACCUAUCCCCUUCCCCAAAAGUAGGGUGAUAGCAUCUCAUAGGGCAAACAGCACAGCACGGGCCAAGACACAGCAGCCUGUUGCGGAAAACAGUAUUUUCCACUGUGGUCGCAGGUUGGCAGGAGUGAAAGCGAGUGUGCAGUCCCAGCCUCUCCCCGCCGCUGCCAUAACCCCAAUGUCUGGGCCCUGCGCAGCCCCCUUAGAGCCUCAGGGCCGCCCGGCACGUUCCUCUGCAGAGCUCCGCGUUACGGGUUUCCUGAUUGGCUACUUGUCCUGGCAGGCACUUCUUGAUUGGCCGGCGUGCUUGUUCGUUGUCUCCCCGUCUCCUGGACCUCCCUAGAUUCCCACCAGCCGGAACCCUGGAGGAGCCUCUGCCGGCCGACUCCGACUCCGCGUCAGUCGAGGAUGAACGGCAGAGGCGUGGCCGAGGCUGGCACCCUGCCGCCCGAGCACCUGCACCCACCCACUCCCGACAGCCCAGCUCCAAUGCCACAAUUACCAGCGACAAAUAGCUCGGCGAGGCGGGGGGCGGGCCGAGGAAGUGCCUGUGUUGCGCUCUGAGCUGAGGAGGGGCAAAGAAGCUAGAGUCAGUAUCCGCCCGGAGGAGCCCCCAAGACAAAUCCAGACACUUUCCUCUGGUAAUUUGUUCAUUCAUUCAACACUUAUUAGCGCCUGCUGUAUGCUAAAGCUGAGUCUGAGCAUCUAGGGUGGAGGAGGGCUGGUAGAAAGAGGACAUCUGAGUGAGGGAACAGACUCAGAAGGUAUUCCUUUCGUGUGAACAUCUAUUCAACACUUAACGCCUACUGUAUACUAACAAUAGUGCUGGACAUCACGGAGAAUAGAGAAGAAGAGGAAUCAGAGCGUUACGUGUCUCCGCAGUAAAGGGAACAAAGCCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1040.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1083.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 538.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.((((((((.((((((((((......))).....)))..))))(((((((((((((.(((((((((((((......((((((...(((((.((....)))))))))))))))))))).)).)))).))).))))(((((((((((((((((((((.....((((((((.((((...(((((......((..(((...((....))..)))..)))))))((((((((((.(((((..((((....))))...))).))....((((((((.........))))))))...((((((.(((((.((((...(.((((((((((((((((....((((((..((...(((((((((((((.(((((((((((((.(.((.(((((.(.....).))))).)).)((((.((.(((((..(.((.(((((((....)))).))).)).))))))))))))..((((((((.....(((((......)))))))))))))))))))))))))).)))))...))...)))))).....))..))).)))))).))))))).((........)).....(((((((....)))))))....((((((((((((((((((...(((((((((((........))))))))(((((......)))))..(((((((..((((((((.((.(((((.....(((((((.((((((((((...((..((((((..((..........))...)).))))(((((((..((..((((((.......))))))((((((....)))))).((......)).))..)))))))..))....))))).......))))).))))))))))))))..))))))))))).))))))).)))))).)))))..)))))))..)))))).)......)))).)))))...((((((((....))))))))...........))))))))))))))))((...((((.(((.....))).)))).))(((((((((..(((((((.((((.(((((((.(((.(.(((((((((((((((((((...(((.....)))...)))))......(((((.(..........).))))))))..))))))))).((.(((((((.((.....(((((.((..((....)).))))))).((((.((((.........)))).))))..(((.((((.(((.(((((((((((((..(((.((((((.((((.((.(.(.(((((((....((((..(((...((((((((...(((((....(((((((((((............(((((....))))).((((((((.(..........).))))))))..))))))...(((.((((...))).).)))..)))))))))).)))))))))))))))...........))))))).).)...)).)))).)).)))).))).((((((..........)))))).))))))))))).))...))))))).))).)))))...)))).))....)).).))).)))))))((((((....))))))..........)))).)))))))......(((((....))))))))))))))...)))).))))))))............)))))))(((((...(((((.......)))))..))))))))))))))).)))).((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((....((((.....))))...)).)))))((((((((((((((((((..(((((..((((..(((....)))....))))..))))).))))))..)))).))(((....((((((((((((...((((((((((........))))(((.((((((((((((..(((((...(.((((........)))))...))))).((((((((((..((.((.(((((.......))))).)).))..))))))))))(((((.(.((((((....(((.((...(((....((....))....))).)).))).)))))).)...))))).......(((........)))))).)))))))))))).))))))))))))))))))...)))(((......)))))))))...(((.((((((.(((((....((.((((((.((....((((((((((((((........)))))..))))))..............)))....)).))).)))...))....))))).))).))).)))..))))).))))))))))..(((((...((.(((((((..(....)..)))))))..))....)))))(((((((......))).)))).........))))))))))........))))........)))))).............))))))))....(((((((....))).))))))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((,(((((((({({{{{{((((......)}},....})|.,|||}{(({{{{{{{(((.(((((((((((({..,,{{(,{(((...(((((.((....)))))))))))))))))))).)).)))).))),))}}((((((((((((((((((((({....((((((((.((((...((({{.,,(,.(,.,(((,..((....}}.,}}},,}}))))}(((((((((((((((({{(({{.,,,}}},...}}|{|,,...((((((((.........))))))))...|,|||,.(((((.((((...(.((((((((((((((((....((((((..{(,..(((((((,(((((.(((((((((((((.(.((.(((((.(.....).))))).)).)((((.((.((((,.,(.((.(((((((....)))).))).)).))))))))))))..((((((((....((((({...,,,))))}))))))))))))))))))))).)))))...,,...)))))).}...,,..))).))))))))}))))).{{....,...,}.....(((((({....)))))))....((((((((((((((((((...(((((((((((........))))))))(((((......)))))..(((((((..((((((((.((.(((((.....(((((((.(((((,((((...|}}}....,...{{,{{(((..........))))))|{{{{{{..|{..((((((.......))))))((((((....)))))).{{......)).|||{}|||||}..||,..}}}}}),,)),..))))).))))))))))))))..))))))))))).))))))).)))))).)))))..)))))))..)))))).)......)))).))))}...((((((((....)))))))),,..}}}}}}})))))),.,)))))))((..,((((.(((,....}}|.}}}}.}}((({{(({({{{({{({{,{({{{{{{,((({(,{{(({.(((((((((((((((((...(((.....)))...)))))......(((((.(......,,..).))))))))..))))))))),||,.{,||||||||{.{,,,.{{{({(((,....||.||...}))||||,{(({...,,,...,))}.)))),.{((.((((.(((.(((((((((((((..(((.((((((.((((.((...{.(((((((....(({{.{((.,.,((((((((...(((({...,(((((((((.({....,{{.{,{(((((....}}))}.((((((((.(.,.....,..).)))))))).}}}))}}||{{,,,,..})))})).)))))...))))))))).)))))))),)))))},....,,....))))))).).)...)).)))).)).)))).))).((((((..........)))))).))))))))))).}}.,.))))))).))}..........,,,.,)},},,)))))}||,}..)},{(((((....)))))}......,||{||||||}}},},...,.}))),|}}}})}))})))))))}}...)))).))))))))....,.......)))))))(((((...(((((.......)))))..))))))))))))))).)))).,|}.((((((((((.((((((.((((((((((((((((....((((.....))))...)).)))))((((((..((((((((((,.(((((..((((..(((....}))....))))..))))).,||}},..|||}.}..||,...((((((((((((...{((((({(((........)))|(,(,((((((((({{{,.(((((..,(.((((........))))..,,))))).((((((((((..((.((,(((((.......)))))}),.))..))))))))))(((((,{.(((.(({,..,|)})))},|{(|..,{||.........,,,.,}.}}|,|.|))},....))))).......{((........)))})).)))))))))))),))))))))))))))))))...)})|||}}}}}},,,))))))...(((.((((((.(((((.{{{,,.,|||((.,...,,..((((((((((((........)))))..))))))).................,{(((,,,..},}..,)),,,.))))).))),})).)))..))))).))))))))))..((((({(,((.(((((((..(....)..)))))))..)}.})})))))(((((((......))),}))).........))))))))))..,....}},}}|,,...,.)))|}|..,},}.......))))))}}....{{{{,{{,...))),))},))))))..........
Back