Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145526.3
Sequence Length
1701 nt
GC Content
0.5315
GUAGACGCCAUGAUGGAUGUGUCUGGUGUGGGUUUCCCAAGCAAGGUUCCUUGGAAGAAGAUGUCUGCAGAGGAGCUGGAGAAUCAGUACUGUCCCAGCCGAUGGGUUGUCCGACUGGGAGCAGAGGAAGCCUUGAGGACCUACUCACAGAUAGGAAUUGAAGCCACCACAAGGGCCCGGGCCACCAGGAAGAGCCUGCUGCAUGUCCCCUAUGGAGACGGCGAAGGGGAGAAAGUGGACAUUUACUUCCCCGACGAGUCGUCUGAAGCCUUGCCUUUCUUCCUGUUCUUUCACGGAGGAUACUGGCAGAGCGGAAGUAAGGAUGAGUCUGCCUUCAUGGUCCACCCGCUGACGGCACAGGGAGUGGCCGUGGUAAUAGUGGCUUACGGCAUCGCCCCCAAAGGCACCCUGGACCACAUGGUAGACCAGGUGACCCGCAGCGUUGCGUUUGUCCAGAAGCGGUAUCCAAGCAACAAGGGAAUUUACCUGUGUGGACACUCAGCCGGGGCCCACCUGGCUGCCAUGAUGCUCCUGGCCGACUGGACCAAGCAUGGGGUCACGCCCAACCUCAGAGGCUUUUUCCUGGUGAGUGGGGUCUUUGACCUGGAGCCCAUCGUGUAUACUUCACAGAACGUUGCUCUCCAGCUGACCCUGGAGGACGCUCAGAGGAAUAGCCCCCAGCUGAAGGUGGCCCAGGCACAGCCGGUGGACCCCACCUGCCGUGUGCUGGUGGUCGUGGGCCAGUUCGACUCCCCCGAAUUCCACCGACAGUCCUGGGAGUUUUACCAGGUACUCCCAGUGCAGACCCUGUGUCAAGGAGAGUGGAAAGCCUCAUUUGAAGAGCUCCACGAUGUGGACCACUUUGAAAUUGUUGAGAAUCUGACCCAGAAGGACAACGUGCUCACCCAGAUUAUCUUGAAAACAAUCUUCCAGUAGUUCUGACGAUACUUGGAGCCUGGUCCACGUGCAUCCCACCUUGGGAAGCCUCUCCAAAGAGCUUUCGGAGCUGACACUGACAGCUUCAGUUUCCCCCAGCACCCAGGAGAGCCUUGCUGUGUCUGUCUGCCCGGCAAGAGUCCAUUCUCACUGCUGGGACACUCAUGAAAAUCUCCACGUCCUCCCUCUUCCCAGCCUGGAUGGAGCUCCAGGGCUGGGGAACGUCCGCAAGUCAAUGCUCAGAGAUGCCCGGAGCUGCCUCUUAGACUCGUCUGGCCCAUCUACCUGCUGACAGAGCAUGACAAAGAUGACGCUCAAAAGUAAUGCCAUUACUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUUACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGCAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCAUCAUGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCAACAUAUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUAACCUUGUGAUUCGCCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUCCAGGCGUGAGCCACUGCGCCCGGCCAGAAUGGCAUUAUAUUUAAAUAGUUCAUAAAGAAGCACAAAAGAAUAUUAUUUCAUAACAUGUAAAAAUUAUAUAAAACGUAAAUUUCCAUGUUGAUAAAUAAAGUUGUAUUGGAACACGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-606.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -641.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 504.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((.....)))))))))(((((((...))).((((.(((....(((.(((.((.(((((.((((((((((((((....((.((((....(((((((((((.(((..(((....))).)))..(((((((......)))).....)))........(((...(((((((((.(..(((((((((((((((.(((....((((((.((.......)).))))))(((.((((((.(((((((((..((((...))))....((.(((((..((((((((......)).))))))....))))).))))))))))).....)))))).))).(((((((...(((...((....(((....((((((((.......)).))))))....)))))...)))....)))))))((((((((.(((((((.((((....((((.((..(((((.(...(((((((..........)))...))))..).))))))).))))))))...)))))))))))))))(((((..(((((....)).))))))))(((......))).....))))))).)))))))))))..).)))))))))...)))))))))))).)).......)))).)).....)))))))))......((((((((....(((.....(((((........)).)))((((((((.((.(((((...))))).)).)))).))))..((((((((...(((((.......))))))))).)))).((.((((((((..........)))))))).))....(((......))).(((((((((((.((.((((.((((.......((((((((((((((((.((((((.((((((((.....(((((.....((..(((...(((...))))))..))..))))))))..)))))))))))..))))))..))))))))))((.(((((...))))).)))))).))))))))))))(((((((.......))))))).......(((((((...(((((.(((((((((.((......)).))))))).)).).))))...))))))).)))))........)))..))))))))...(((((((((((((......)))).)))))))))...((((((..((........))..)))..)))....)))))))))))).)))...)))...)))))))....((((..............))))....(((((((((((.((................................((((((((...)))))))).....((((((.((((((((((((((.......))))((((((((.........)))))...)))..((((((((.((((....))))))))..)))).....(((....))).((((((((((..................((.(((((...))))).)).....((((((((.(((.....((..........)).....))).))).)))))(((((......)))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..........(((.....)))...(((.(.(((.((((((..(((((((...(((((.(((.....)))))))).)))))))..)))))).))).).)))..))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((({({.....}})))))))(((((((...))).(((,,(((....{((.{({.((.(((((.((((((((((((((.(((....((((((((({({((((((.{{(..((({{,{|,|.||,..{{{({((..,,,,}}},.,,.,}}}..,}.,.||{{||.(((((((((.(.,(((((((((((((((.(((,.,({((((,.{{,{{{{{{{,..(((({,.,{((({....|}}))))))),,,,.}}))))}...((,(((((,.{(((((,(,,,,..|}.|}}}}}..,,))})),))))))),}}}}.||,||}}||,}||,((({(((,{{{(({..||..},|{|.|||||||||{{......,))}})})))..,|)|}},..,)})....,|||}||((((((((.(((((((.{((,,.,.((((.(,.{(((((.,.,.(((((((..........)))...))))..).))))))).))))))})}..))))))))))))))),||{|,,{{{{(....)).)))}}))}||||.,,.,)}}.....})))))))))))))))))).,).)))))))))..,|||||}}||}||{{,......|}}.|,,|{,,,.,||||||......}}}|||}|}},||,|,||....{{,,|,.,}||..))})))|{{{((((,((.(((((...))))).)).})))})}}}||(((({(((..{(({{{,,,.,,.)))}}})))))),}.{{,(((({{{{....,,,}}.)))))))),}}.||||},.,}}}.|{(((((((((.((({((....|.,)|))},....((((((((((,{,,{{.(((((({((((((((....,{,,{{....,,|.,||,..}|||}..})})},.,))},),}||{||||||||}}},}}},,))))))..))))))))))((.(((({...})))).))||||{|...|,{({,..((((((({..{,...}),,)))))}})}...})).,...))))))|(((((((.({,.....)).))))))).|}}}}})))).}})))))))))....)))...)))))},,|,,,,....(((((((((((((......)))))))))))))).||{({(({.,((........}},,)}}.,}}}}}}.))))))))))}).)))...)))...)))))))....((((.,.,,.....,,,.)))),,,.(((((((((((.{,..............................,.((((((((...)))))))).....((((((.((((((((((((((.....,.}))){({{((({.........))))}...))}..,{{,((({{((((....)))))))).,)))}.....(((....))).(((((((((({,{(,....,.....,..{{.(((((...))))).}}.....((((((((.(((.,|,.,,..........)),,...))).)))}}))))(((((......)))))..)))))))))))))))))))))))))),}))))))))))).,,,.....{{({.....}}},}.(((.(.(((.((((((..(((((((..,({,(({(.......)))),))).)))))))..)))))).))).).)))..))))..
Back