Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145774.3
Sequence Length
4381 nt
GC Content
0.5750
AGUGAGGGAGCAGUGGCUGGGGUGGCCCAGCUUCAAAGUCUCUGUCCUCUUGAAAAAAGGUGGUCGGGGGACAUUGACCCACCAGCCCCGCAGGCUACUGCCUGCAAACAAGAACCCCUCAUCUGCCACGCACGUUCUUAAUGUAUCUAUAGUCUGCCUGAUGCCACAAAGGAGUCCAGGGUCUCGCUCUGUCACACAGGCUGGAGUGCAGUGGUGUGAUCUUGGCUCAUCGUAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCAUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGUGGUGACUUCCAAGAGUGACUCCGUCGGAGGAAAAUGACUCCCCAGUCGCUGCUGCAGACGACACUGUUCCUGCUGAGUCUGCUCUUCCUGGUCCAAGGUGCCCACGGCAGGGGCCACAGGGAAGACUUUCGCUUCUGCAGCCAGCGGAACCAGACACACAGGAGCAGCCUCCACUACAAACCCACACCAGACCUGCGCAUCUCCAUCGAGAACUCCGAAGAGGCCCUCACAGUCCAUGCCCCUUUCCCUGCAGCCCACCCUGCUUCCCGAUCCUUCCCUGACCCCAGGGGCCUCUACCACUUCUGCCUCUACUGGAACCGACAUGCUGGGAGAUUACAUCUUCUCUAUGGCAAGCGUGACUUCUUGCUGAGUGACAAAGCCUCUAGCCUCCUCUGCUUCCAGCACCAGGAGGAGAGCCUGGCUCAGGGCCCCCCGCUGUUAGCCACUUCUGUCACCUCCUGGUGGAGCCCUCAGAACAUCAGCCUGCCCAGUGCCGCCAGCUUCACCUUCUCCUUCCACAGUCCUCCCCACACGGCCGCUCACAAUGCCUCGGUGGACAUGUGCGAGCUCAAAAGGGACCUCCAGCUGCUCAGCCAGUUCCUGAAGCAUCCCCAGAAGGCCUCAAGGAGGCCCUCGGCUGCCCCCGCCAGCCAGCAGUUGCAGAGCCUGGAGUCGAAACUGACCUCUGUGAGAUUCAUGGGGGACAUGGUGUCCUUCGAGGAGGACCGGAUCAACGCCACGGUGUGGAAGCUCCAGCCCACAGCCGGCCUCCAGGACCUGCACAUCCACUCCCGGCAGGAGGAGGAGCAGAGCGAGAUCAUGGAGUACUCGGUGCUGCUGCCUCGAACACUCUUCCAGAGGACGAAAGGCCGGAGCGGGGAGGCUGAGAAGAGACUCCUCCUGGUGGACUUCAGCAGCCAAGCCCUGUUCCAGGACAAGAAUUCCAGCCAAGUCCUGGGUGAGAAGGUCUUGGGGAUUGUGGUACAGAACACCAAAGUAGCCAACCUCACGGAGCCCGUGGUGCUCACUUUCCAGCACCAGCUACAGCCGAAGAAUGUGACUCUGCAAUGUGUGUUCUGGGUUGAAGACCCCACAUUGAGCAGCCCGGGGCAUUGGAGCAGUGCUGGGUGUGAGACCGUCAGGAGAGAAACCCAAACAUCCUGCUUCUGCAACCACUUGACCUACUUUGCAGUGCUGAUGGUCUCCUCGGUGGAGGUGGACGCCGUGCACAAGCACUACCUGAGCCUCCUCUCCUACGUGGGCUGUGUCGUCUCUGCCCUGGCCUGCCUUGUCACCAUUGCCGCCUACCUCUGCUCCAGGAGGAAACCUCGGGACUACACCAUCAAGGUGCACAUGAACCUGCUGCUGGCCGUCUUCCUGCUGGACACGAGCUUCCUGCUCAGCGAGCCGGUGGCCCUGACAGGCUCUGAGGCUGGCUGCCGAGCCAGUGCCAUCUUCCUGCACUUCUCCCUGCUCACCUGCCUUUCCUGGAUGGGCCUCGAGGGGUACAACCUCUACCGACUCGUGGUGGAGGUCUUUGGCACCUAUGUCCCUGGCUACCUACUCAAGCUGAGCGCCAUGGGCUGGGGCUUCCCCAUCUUUCUGGUGACGCUGGUGGCCCUGGUGGAUGUGGACAACUAUGGCCCCAUCAUCUUGGCUGUGCAUAGGACUCCAGAGGGCGUCAUCUACCCUUCCAUGUGCUGGAUCCGGGACUCCCUGGUCAGCUACAUCACCAACCUGGGCCUCUUCAGCCUGGUGUUUCUGUUCAACAUGGCCAUGCUAGCCACCAUGGUGGUGCAGAUCCUGCGGCUGCGCCCCCACACCCAAAAGUGGUCACAUGUGCUGACACUGCUGGGCCUCAGCCUGGUCCUUGGCCUGCCCUGGGCCUUGAUCUUCUUCUCCUUUGCUUCUGGCACCUUCCAGCUUGUCGUCCUCUACCUUUUCAGCAUCAUCACCUCCUUCCAAGGCUUCCUCAUCUUCAUCUGGUACUGGUCCAUGCGGCUGCAGGCCCGGGGUGGCCCCUCCCCUCUGAAGAGCAACUCAGACAGCGCCAGGCUCCCCAUCAGCUCGGGCAGCACCUCGUCCAGCCGCAUCUAGGCCUCCAGCCCACCUGCCCAUGUGAUGAAGCAGAGAUUCGGCCUCGUCGCACACUGCCUGUGGCCCCCGAGCCCGGCCCAGCCCCAGGCCAGUCAGCCGCAGACUUUGGAAAGCCCAACGACCAUGGAGAGAUGGGCCGUUGCCAUGGUGGACGGACUCCCGGGCUGGGCUUUUGAAUUGGCCUUGGGGACUACUCGGCUCUCACUCAGCUCCCACGGGACUCAGAAGUGCGCCGCCAUGCUGCCUAGGGUACUGUCCCCACAUCUGUCCCAACCCAGCUGGAGGCCUGGUCUCUCCUUACAACCCCUGGGCCCAGCCCUCAUUGCUGGGGGCCAGGCCUUGGAUCUUGAGGGUCUGGCACAUCCUUAAUCCUGUGCCCCUGCCUGGGACAGAAAUGUGGCUCCAGUUGCUCUGUCUCUCGUGGUCACCCUGAGGGCACUCUGCAUCCUCUGUCAUUUUAACCUCAGGUGGCACCCAGGGCGAAUGGGGCCCAGGGCAGACCUUCAGGGCCAGAGCCCUGGCGGAGGAGAGGCCCUUUGCCAGGAGCACAGCAGCAGCUCGCCUACCUCUGAGCCCAGGCCCCCUCCCUCCCUCAGCCCCCCAGUCCUCCCUCCAUCUUCCCUGGGGUUCUCCUCCUCUCCCAGGGCCUCCUUGCUCCUUCGUUCACAGCUGGGGGUCCCCGAUUCCAAUGCUGUUUUUUGGGGAGUGGUUUCCAGGAGCUGCCUGGUGUCUGCUGUAAAUGUUUGUCUACUGCACAAGCCUCGGCCUGCCCCUGAGCCAGGCUCGGUACCGAUGCGUGGGCUGGGCUAGGUCCCUCUGUCCAUCUGGGCCUUUGUAUGAGCUGCAUUGCCCUUGCUCACCCUGACCAAGCACACGCCUCAGAGGGGCCCUCAGCCUCUCCUGAAGCCCUCUUGUGGCAAGAACUGUGGACCAUGCCAGUCCCGUCUGGUUUCCAUCCCACCACUCCAAGGACUGAGACUGACCUCCUCUGGUGACACUGGCCUAGGGCCUGACACUCUCCUAAGAGGUUCUCUCCAAGCCCCCAAAUAGCUCCAGGCGCCCUCGGCCGCCCAUCAUGGUUAAUUCUGUCCAACAAACACACACGGGUAGAUUGCUGGCCUGUUGUAGGUGGUAGGGACACAGAUGACCGACCUGGUCACUCCUCCUGCCAACAUUCAGUCUGGUAUGUGAGGCGUGCGUGAAGCAAGAACUCCUGGAGCUACAGGGACAGGGAGCCAUCAUUCCUGCCUGGGAAUCCUGGAAGACUUCCUGCAGGAGUCAGCGUUCAAUCUUGACCUUGAAGAUGGGAAGGAUGUUCUUUUUACGUACCAAUUCUUUUGUCUUUUGAUAUUAAAAAGAAGUACAUGUUCAUUGUAGAGAAUUUGGAAACUGUAGAAGAGAAUCAAGAAGAAAAAUAAAAAUCAGCUGUUGUAAUCACCUAGCAAACUGGCGUAAGCAUUUUGGGUCAUUUCCUUCUGAGCUUUUUCCUGUGCUUCUAUUGAAAGAGUCACUGAUACUAAUACAAAUACCUUGGGGCCAAUCAGGAAACAUGAAAGAGAGAAGAGGGCUGUGUGUGAAGAAAAAAAAAAAAUCGACUGCUGGAAACCUCAUCAACCAGGGCACAGGGGAAGAUAAAUGGCAACUUGGUGUCUGUGCUGGGGAGGCAAUGGGGAGUGGUGGGGCCUGUGGCGAACUGGAGACUCCCAACCCCAUGCUGAGAGCGUGGCUGCUCAUCAGCUCCAGCUGGUCACUACCUUGCAGGGAUGAGGGCCCAUGUAGCCAGACCACCUGCCUUUUAUGAGAAAUGGGAAAUCCAGACUGUGGUUUGACAUCCCCUGAUUUUAAAAUUUUGGCGAAUCCAAAACAUUUUCUGGCCAAAGAGAUUACAGUCAAAAGCUGCCUGGUCCUGGGAUUUAUGCAACCAGUUUACUGAUCACUCUGCAGCAGGUGGGCUGCAAGAAUUAAAUCACUGGACUUCUCUCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1669.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1747.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 928.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((((((((((.(((...)))....((((....((((((.((.....((.(((.(((((.......))).)).)))))((((((....))))))....((((((..................))))))...(((((............)))))......((((((((((((...))))))((((((..((((.....)))).))))))((((((.(((((...((((..((((...))))....(((((((.((.(((((........)))..))))))))))))))))))))...))))))..)))))).))))))))....))))))))))))))))))((((..((..(((((((((.((.(((((.((((((((((((....((((...)))).)))))...))))))).......((((((.....)))))).))))).)))))))))))..)).....................))))...((((....)))).(((....))).)))))))((((((((.....(((..(((((((((((((((.....((((..((((((....)))))).....................(((((((.((...(((((((((........))))...(((....((.((((......)))).))...))).)))))....)).).))))))((((((((((((((..(((((.(.(((.....))).).))))).))))....))))))))))..(((((((.........(((((..((((..(((((((......(((((.((((((((.((..(((((.(((.((((((((.((((.((((((((.((....)).....((((((((.((((.((((((.(((((((((((((.(((((((((((...((((((((((((.(((.......))).(((.(.((((((((..(((((((.(.....((.(((((((((...))))))))).))((((((..((((.(.....)))))...))))))((((((((..((....))))))).)))).)))))))..))))).....))).).))).((.(((((((.(((((........(((((..((((.((....)).))))..)))))(((((.(((.((.(((..(((..((((.(((((((.((((((.(((.((((.(..((...(((((((((.......(((((((...............)))))))(((((..((((((.((..((.((...)).))..)).)))..)))...)))))..((((((((((((((((((((((((((((((..(((.......(((((...((((...(((((....(((((...))))))))))...))))(((((((..(((((((((.(.((((((.(((((((((((((..............))))((..((((((..............)))))).)).)))))))))...(((((((((((..(((((((....)))).....(((....)))........((((.(........).)))).))))))))))..)))).....)))))).).))))))))).......)))))))....((((.....)))))))))....)))..))))).........)))))))...((((.....))))...(((..(((((((..(((((((((...(((.....)))))))).((((((......((.(((((((...(((((((..........)).)))))...))))))).))((((((((((.....))))))))))...))))))...))))...)))))))..)))))).)))))))))))))))(((((((((.(((((.((.(((.((....)).)))..)).))))).))).......)))))).....)))))))))....))..).)))).))).))).)))........(((((((((..(((((....)))))))))).))))......(((((((....((((...((((..........(((((((((((........))))))(((((((.((....))))))))).((((........))))...)))))((((...((((((.((....((((((((((.((.((((((((((((((((......)).....((((...))))...(((((((((..((((((((((....((((..................(((((..((.((((((..((((..((((((((((((((((.((((.(((((((((.(((...(((((........)))))..((..(((((.............((((((...........(((.......)))...........)))))).((((((((.((.((...)).)).))))))))....)))))..))....)))...))))..))))).)))).).)))))))).....))))....)))...)))))))))))).)))))))))....)))))).))))...))))))))).......(((.((((((((..(((((.((((.......))))..((.((((..((((.((((.((((((((.....((((((((((...((((((((((((((.((((((..((((.((((.(((..............))).)))).))))...)))))).((((((((((........))))))))))................((....)).)))))))))..)))))...))).))))))).....))))))........))))))))))..)))).))..............)))))..)))))))).))))))))))))))))).))...)))))))).))(((((((((((......))))))))))).)).)))))))))).)))).....)))))))))))............)))))))))))..)))..)))...)).))))))))))))).))))))).))))))))))))))..)))))....(((((..((((((...))))))...)))))....))))))...)))).))))))))).)))).))..))))........((((....).)))((((.((((((((.(((((((...)))))).......).)))))))))))))))))))).)))))))).))))..))))..)))).))..((..((((.(((...))).))))..)).((.((((((((((.....)))))).)))).))...).)))))..)).))))))))....(((((......)))))......(((((((((((..(((..((((...(((((....((.((....((((...))))......)).))...))))))))))))..((((((...((((..((((((((....((((((......))).................(((((((((.((((.((((.(((.((((((((((((.(.(((((.(((((((.....))))...((((((((((((.....)).))))).).)))).(((((((((..((((((((((....((.(((((.((((((((....((((((((..(((((((......)).)))))))))))))....))))...)))).))))).))......)))).)))))))))))))))...(((((((.(((((((.......(((....((((.......)))).....)))........))))))).))..)))))...........))).).)))).).))))))).)).))).)))...)))).))))........((((((...(((((((.(((..((((((((.....(((.((((................))))))))))).)))).))).)))))))...)))))))))))))))..............(((..((.(((....(((........)))...))).))..)))....))).....)))))))).))))))).))).....)))))))))))(((...))).....))))).............(((((((((......)))).)))))...))))))))))).....)))))..)))))))(((.((((((((((((((((..((((((.....))))))....)))...))))))))........(((((.(((..(((((((...................)))))))...))).)))))...))))).)))..((((...........))))......)))).....))))..))))))))))).)))......)).)))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((,((,((((({((((,{{,...|,,{({{.(((((((.(({(((......}}}.}}.)}}}}})).}})),.,.}},})))}((((((....)))))).....(((,,......,,|||,,,))|,||||||..,||,,,........,,,,|}||}.,,,.||(((,{,{{{{{|}||}}||||..|}}})))|||,(((((((((((((.((((((.(((((,..{(({,,{{({...|}}}....((((,,({{{.{{(((........)})..)))))))))))}))))))))...))))))..{||,..}}}((((|.....,.}})),,,|||||||..,}}}.}}}}.(((((((((.((.(((((.((((((((((((....((((...)))}.))))),..})))))).....,.((((((.....)))))).))))).)))))))))))..}}...........)))))))...))))}}.{(((....)))).{{{,...))),)))))))((((((((.....{({..((((((((((((((({,{{{,,..,.{(((((....|||{((((.(((((((((((((((((.((((.((.((((((((.(((((........)))))..))),...((.(({{,.....)))).))...(((..,..{,(((((((.(((((((((((((((({(({..(((((.(.(((.....))).}.))))).,})).,..)))))))))|....||(({..{((.(((((((((((((((((((((.,....(((((...((((((((.((..(((((.{((.((((((((.((((.((((((((.(,.....,.....((((((((.((((.((((((.(((((((((((((.(((((((((((...((((((((((((.((((({....),))))).,..{,(((((..(((((((,{,....{(.(((((((((...))))))))).},{((((({{(({..,},,},)}|}}...,}})),,(((((((..((....))))))).)))),)))))))..)))))......||.,.}}..(({(((((((.(((((........(((((..((((.((....)).))))..))))){((((.(((.((.(((..(((..((((.(((((((.((((((,(((.((((.(..((...(((((((((.,,,...(((((((...............))))))){{{{{..{(({{({((..((,((.,,|}.....)),.}),.})),,,))))}..((((((((((((((({{,((((((((((((..{(({.,....(((((...((((...(((((....(((((...))))))))))...))))(((((((,.(((((((((.(.((((((.(((((((((((((..............}}},((..((((({..............)))))).))})))))))))...(((((((((((..(({((((....)))).....{((,,,.},),,....,.||||,|.|....}.}.)))}.))))}}}}},..))}).....)))))).).))))))))).......)))))))....((((.....)))))))))....),)}}))))).........)))))))...((((.....)))).,.(((..(((((((..(((((((((...(((.....)))))))).((((((......((.(((((((...(((((((..........)).)))))...))))))).))((((((((((.....))))))))))...))))))...))))...)))))))..))),}).)))))))))))))))(((((((((.(((((.((.(((.((....)).)))..)).))))).))).......)))))).....)))))))))....))..).))))}))).))).)))........(((((((({..(((((....)))))))))).))))......(((((((....{(((...((((...{{{,...,{{((((((((........))})}}(((((((.,{....}}))))))).|{{{........)))),,.},}}}{{||,,.||{{{{}|,....||((((((((.((.(((((((((((((({{......}}.....((((...))))...{((((((((..((((((((((....((((..,,,,..,,,,......(((,,{{{{.((({{{..{(((..,(((({{(((((((((.((((.(((((((((.......(((((........)))))..{,,,{.((({,.......{{{,(((({(.....,,....(((,......|||.....},,...}})},}.{(((((((.((.{{...,).)).)))))))}..,.)),})}))}....)))},.))))..))))).)))).).)))))))),,,,.}))}...,)}}...))))})))))))}))},,))))....)))))).))))...))))))))}.......(((.((((((((..({{,.,(((...(((({{{.(((....)))}}..},}))).)))|(((((.....((((((((((...((((((((((((((.((((((..((((.((((.(((..............))).)))).))))...)))))){(({(((((({.{....,.)))))))}||,{{..........,},||,...)),)))))))))..)))))...)))},)))))).....)))))},,.,((((((......{(((.....)),,,......))))))))))..)))))))).))))))))))))))))).))...)))))))).||(((((((((((......))))))))))).)).}))))))))}.)))}...,.)))))))))))............)))))))))))..)))..)))...)).))))))))))))).))))))),),))))))))))))..)))))....(((((..((((((...))))))...)))))....))))))...)))),})))))))).)))).))..)))).....{,,{(({....).))}|||(.((((((((,{((((((...)))))).......).)))))))))))})))))))).)))))))).))))..))),.,)))).))..{(..((((.(({...})).))))..},.((.((((((((((.....)))))),}))).))...,.)))))..)).))))))))....(((((......))))).(((.(((((...((.(((((.,,((((.((({{{{{{.,(({(,,...((((...)))).}.,,|}|.,,..})))|||,||{|,..,,{((,...((((((((((.(((((..(((((({(.{{.(((((..(((((((.............|)}|))}....))))))).)),.))))))}))).,..,,.{((((,...,))))}|.((((((((((((.....)).))))).).)))).}{((.....))}....}.))))))))))..))).|||||||||...((((((((..{(((|{{.,....)}.))))})))))))),}}.},}}}.))))).))))).)).))))).))).(((((((((((({.((((((((({,,((((((.......})))))..,{{{.......}}}))))))}})))..}},)))))))))))}..}))))..............((((.{(....})..})))...))))))...))))..)))))......{((((...(((((((.((({,((((.,{{,..|,{({.{{{{................}})})}},..)))))),)}}.)))))))})))),))))))))).)}}.,..................))))))).(((........))),..))))))).)......)))......))))).)).)))))))))),...})))))))))))))),(((((.{.((((((..........{{{{(((,,,|||}}}}..},,,.,,)))))))).).)))))..}},.|}})))}.}((((((,{.((((((((((((({{{,{(({{....,..,|||}.....))}...))))))))........{((({.{{{..(((((((.{............,,,..))))))},..))).))))}...))))).}))))))}))}.....{{,..|{{,...,,}.,,,,,.}))))))))))))))))).)}}......)).)))))).........
Back