Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145873.1
Sequence Length
3177 nt
GC Content
0.5345
CUCUGUAAAAUAAAUGCGCUGGGCCGGAUCUUUUCUGAGUUCUCUUCUCCCCUACGAAUUCUAGAUCCCUCCUCUGUCCUCCCUGCGCCAGGGACCUUCGGGCGACCCUUCCCUGUACCCCCACCCCACCCUCUCUGGACCCCGUUUCUGCCUCAGUACGGCGCGCUGAGCUCUGCCCCCUGCCCAGGCCCUGACCCCCUCAGGAGCCGCGGUUUCCUGGGGUAACAGUGGGAAACGUGUCGGCCGUCUCCGCUCAGGCGCUUGCUGUGUACAGAAAGGCUGAUUCAGGCACACCGGCUCUCGUCGCCUUGGUGGCCCUCCCCAGCCCUCCUCCGCGCCUGCUCCGGGUGGCGCUCCGCUGGGCUCCUCGUGCGCCUGUCCGCGACCGCACCCACCUCAUCCUGGCACCCCCAUCGUGGCAUCACGUGUUCCCUCAUCUGUCCUCAUGGCUGGCGUGCCCCUCUGCGGUGAGACCUGCAGAACAGGAAUUGGUGCCGGGUCAGCAGCCGGCGAUGAAGCCGGACGAAGCCUGCAAACCCCACCCAUACGCCAGCUUCACAUAGCUCCUAUCCAUUGCACAGCAGCGUGGGGAAGCACCGUUCUCUACCCUCCAAACAAAAGCAUGAACCAGGUGCAGUGGCUCACGUCUGUAAUCCCAGCAUUUUGGAGGCCAAGGUGGAUGGAUGGAUUCCUUGAGUCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGGCAACAUGGUGAACCCCCAUCUCUACAAAAAUUUAGCCAGUUUUCAGCUGCCCCCAGUUGCCUGGCCAGGCUGCCUCGACGGCCCUAUUCACGGGCCCCAGCCUCCUCGCCGGGCUGGAAGGCGACAACCGCGAAAAGGAGGGUGACUCUCCUCGGCGGGGGCUUCGGGUGACAUCACAUCCUCCAAAUGCGAAAUCAGGCUCCGGGCCGGCCGAAGGGCGCAACUUUCCCCCCUCGGCGCCCCACCGGCUCCCGCGCGCCUCCCCUCGCGCCCGAGCUUCGAGCCAAGCAGCGUCCUGGGGAGCGCGUCAUGGCCUUACCAGUGACCGCCUUGCUCCUGCCGCUGGCCUUGCUGCUCCACGCCGCCAGGCCGAGCCAGUUCCGGGUGUCGCCGCUGGAUCGGACCUGGAACCUGGGCGAGACAGUGGAGCUGAAGUGCCAGGUGCUGCUGUCCAACCCGACGUCGGGCUGCUCGUGGCUCUUCCAGCCGCGCGGCGCCGCCGCCAGUCCCACCUUCCUCCUAUACCUCUCCCAAAACAAGCCCAAGGCGGCCGAGGGGCUGGACACCCAGCGGUUCUCGGGCAAGAGGUUGGGGGACACCUUCGUCCUCACCCUGAGCGACUUCCGCCGAGAGAACGAGGGCUACUAUUUCUGCUCGGCCCUGAGCAACUCCAUCAUGUACUUCAGCCACUUCGUGCCGGUCUUCCUGCCAGCGAAGCCCACCACGACGCCAGCGCCGCGACCACCAACACCGGCGCCCACCAUCGCGUCGCAGCCCCUGUCCCUGCGCCCAGAGGCGUGCCGGCCAGCGGCGGGGGGCGCAGUGCACACGAGGGGGCUGGACUUCGCCUGUGAUAUCUACAUCUGGGCGCCCUUGGCCGGGACUUGUGGGGUCCUUCUCCUGUCACUGGUUAUCACCCUUUACUGCAACCACAGGAACCGAAGACGUGUUUGCAAAUGUCCCCGGCCUGUGGUCAAAUCGGGAGACAAGCCCAGCCUUUCGGCGAGAUACGUCUAACCCUGUGCAACAGCCACUACAUUACUUCAAACUGAGAUCCUUCCUUUUGAGGGAGCAAGUCCUUCCCUUUCAUUUUUUCCAGUCUUCCUCCCUGUGUAUUCAUUCUCAUGAUUAUUAUUUUAGUGGGGGCGGGGUGGGAAAGAUUACUUUUUCUUUAUGUGUUUGACGGGAAACAAAACUAGGUAAAAUCUACAGUACACCACAAGGGUCACAAUACUGUUGUGCGCACAUCGCGGUAGGGCGUGGAAAGGGGCAGGCCAGAGCUACCCGCAGAGUUCUCAGAAUCAUGCUGAGAGAGCUGGAGGCACCCAUGCCAUCUCAACCUCUUCCCCGCCCGUUUUACAAAGGGGGAGGCUAAAGCCCAGAGACAGCUUGAUCAAAGGCACACAGCAAGUCAGGGUUGGAGCAGUAGCUGGAGGGACCUUGUCUCCCAGCUCAGGGCUCUUUCCUCCACACCAUUCAGGUCUUUCUUUCCGAGGCCCCUGUCUCAGGGUGAGGUGCUUGAGUCUCCAACGGCAAGGGAACAAGUACUUCUUGAUACCUGGGAUACUGUGCCCAGAGCCUCGAGGAGGUAAUGAAUUAAAGAAGAGAACUGCCUUUGGCAGAGUUCUAUAAUGUAAACAAUAUCAGACUUUUUUUUUUUAUAAUCAAGCCUAAAAUUGUAUAGACCUAAAAUAAAAUGAAGUGGUGAGCUUAACCCUGGAAAAUGAAUCCCUCUAUCUCUAAAGAAAAUCUCUGUGAAACCCCUAUGUGGAGGCGGAAUUGCUCUCCCAGCCCUUGCAUUGCAGAGGGGCCCAUGAAAGAGGACAGGCUACCCCUUUACAAAUAGAAUUUGAGCAUCAGUGAGGUUAAACUAAGGCCCUCUUGAAUCUCUGAAUUUGAGAUACAAACAUGUUCCUGGGAUCACUGAUGACUUUUUAUACUUUGUAAAGACAAUUGUUGGAGAGCCCCUCACACAGCCCUGGCCUCUGCUCAACUAGCAGAUACAGGGAUGAGGCAGACCUGACUCUCUUAAGGAGGCUGAGAGCCCAAACUGCUGUCCCAAACAUGCACUUCCUUGCUUAAGGUAUGGUACAAGCAAUGCCUGCCCAUUGGAGAGAAAAAACUUAAGUAGAUAAGGAAAUAAGAACCACUCAUAAUUCUUCACCUUAGGAAUAAUCUCCUGUUAAUAUGGUGUACAUUCUUCCUGAUUAUUUUCUACACAUACAUGUAAAAUAUGUCUUUCUUUUUUAAAUAGGGUUGUACUAUGCUGUUAUGAGUGGCUUUAAUGAAUAAACAUUUGUAGCAUCCUCUUUAAUGGGUAAACAGCAUCCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1117.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1168.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 847.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((........(((.((((((.((((((.....((((((.............)))))).))))))(((((((((((((((((...)))))).....))))(((((((...(((((.((((((((.(((((.(((((.....((((((...(((((.(((((.((((((..((((((..(((..((((((((.....))))).)))..))).....))))))......(((.(((.......))).)))))))))))))))))))....))))))(((((...(((((...((((((.(((((((((((.((((((.....(((((......(((((..(....)..)))))......)))))....(((((...(((...)))))))).((((...(((((((((..(((((((((...((.(((......))).))...)))))).))).))))...(((((((......))))))).)))))...))))..)))))).)))..)))))))))))))).....)))))...................((((......))))........(((((((((((.((((((...((((((........(((((((.......(((.......(((((((.....)).))))).......))))))))))(((.((((...(((.(((((((((.(....))))))))))...))))))).)))...))))))...)))))).............((((((((...(((..(.(((((...((((((((((((.((((.((.(.......((((((((.((((((((((((..(.((((.((((((....((((....(((((((...)))))))..))))((((...(((((......))))).......((((....((((.(((((..(((((..((((((...............))))))...))))))))).).))))....))))))))..((((......))))...(((((((..((.((......))))..)))).))))))))).(((((((((((((((.........((((((.(((((((((.((((...(((......))))))).)))).)))))...(((((((.(((((.((.((((((((((..((((..(........((((....)))).(((((((((((.....))))))(((((...)))))..(((((.((..((((....................(((...)))(.((((((((((((....)))))..))))))).)..))))..)))))))......(((((((...)))).)))....((((((((((..((.....))..)))).))))))...))))).)..))))..))))))))))..((((((((.((....)).))..)))))).......((((((..((((((.(..........)))))))........))))))....)))))))....))))))).))))))..)))))))))))))))...)))).)...)))))))))))).....))))))))......).)).)))))))..)))))))).)...))))).....)..)))..))))))))..........)))).((((((((..(((..(((((........)))))..)))))))))))......(((((((.......(((....))).......))))..)))))))))))))))............((((..(((....)))..))))((((((.(((.(....................).))).))))))..(((.((((....)))).)))...))))).))))).))))))))(((((........)))))...(((((......)))))....(((((...)))))..)))))....)))))))....((((((.(((....))).))))))(((((.(((((((((..(((....)))..)).(((..(((((((.......)))))))..)))((((((....)))).))....))).)))).)))))..........)))))))......)))))).).))((((......)))).....(((.((..(((....((((((((((((.(((((...)))))))))))..((((((((.(((((.......((((((((..((((((((((((((((...))))).((((((((((..((.((........)))).)))))))))).......(((((........))))).)))))).)))))...(((..(((((((((((.(((((...)))))((((..(((.((....)).)))..)))))))))))))))...))).((((............................((.(((.......)))))(((.......))).(((........)))......(((((.........((.(((((((....))).))))))((((((((...)))..)))))........((((...((((..(((((((((((........((((((((((((.......(((.((..(..(((.(((((.......))))).)))....)..)))))..))))))))).))).......))))))))).........))..)))))))).)))))(((((...((((((.....))))))..)))))...)))))))))))).........)))))..))))))))..))))))..)))..)).))).............((((((.((....)).))))))(((((((((((((...........(((((..(((((........(((.((((...........(((((......)))))....))))))).......)))))........)))))....((((((...)))))).............((((.......))))..(((((((((((...............)))))))))))..)))))))))))))..))))..................................................................................................................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{{{........{(({({((({.(((({,..,,,((((((.............)))))).)))}}},,||,,,{{{{((((((...)))))).....||}}{{{{({{,,,(({((.{{{{{{{{.{{{((,((((,...,((,{,,(,{,|||.,||(,((.(((,((.,((((((,,{{({,{(((((((,,.,,|||||,||}..}))..,,,))))},,{{{.{(,,.((({({{{{{,||{||||||||||||||,((((((((,,({,{(({{{...(((((...((((((.(((((((({((.((((((....,(((((..,...(((((.,(....)},)))))...},,)))}}....(((((...(((...)))))))).((((...(((((((((,{({{((((((...((.(((......))).))...}))))).,)).)))),..(((((((......))))))).}))))...))))..)))))).))}..)))))))))))))).....)))))......,,........,,.((((......)))),,,.,,...|||}}}))})}((((((({......}))))))){{{{{{{,.....,{,{|,....|||||{{{{,..,,)).}})},..,|}}}},}}}))))))|||.}}})}.{{{.(((((((({.{.,,,})}}}))))}...)}}))))))))...,.(({{,....,}}},............((((((((...(((..({(((((,..,((((((((((,{((((.((.(.......((((((((.(((((((((((({{((,(((((((,(.....,((({...,((((((,,.}||}|||,{||||,,||,..|||{|,.....))))),,,...,|||......||)}}|||,}}|||(({.(((.(........,,)}.)))||||||{..,|||||,,|{(((,,,.....)))))..},})},.,|||,{{|}.{|(((((((.|((.((......)))),.)))).)))})}}}}||||((((((((((((..,......{(((((.(((((((((.(((({..(((.....,))))))).)))).)))))...(((((((.(((((.((.((((((((((..((((..(,{{,.,,.((((....)))).||{,{((((((.....))))))(((((...)))))..(((((.((..((((....................(((...)))(.(((((({(((((....)))))..})))))).)..))))..)))))))......(((((({...}))).)))....((((((((((..((.....))..)))).))))))...))))).,..))))..))))))))))..((((((((.((....)).))..)))))).......((((((..((((((.{..........,))))))........))))))...,)})))))....))))))).)))))),.))))))))))))))))))).,..,...}))))))))))).....))))))))......).)).))))),)},)))))))).}.,,,)))),....,..)))..)))))))),,,||......,,..((((((((..(((..(((((........)))))..)))))))))))......,)))))}..))),,||{....)))..}}}}))),,..))))))||,,}})).............,,.{{{((({,...,|,.,,,|((((((.,,,.,.,,},,,...,,,,,,,,{{,,||,,||||||{.({{.((({....}))).}},...,,))).))))).)))}))))|||||,.......|||||...{{{{{......))))}....,|||,...)))),,,))}}}.,..}}))))}....,{||||}||(,{..,,,.))))))||||,}||,,|||||,}|||}}}.)),..}}|(((..(((((((.......)))))))..))){,((({....}))).}}....,}}}}}||{|}}}}..........)))))))}|..,,))))))}}}..((((......))))....,{{{.{{,{({{,,{{((((((((((((.(((((...)))))))))))..((((((((.(((((.......((((((((.{((({(((((((((({{,,,)}))|,((((((((((..(({((........})}}.)))))))))),,,....(((((........))))).)}}))),}))|||..{{{,.{((((((((((,(((((...))))),{||||{{{.((....}}.)}}.}}}})}))))}})))},,.}}},||||....,,,,.,}}},,.............{{,|||..,,,,.))))}||,.......,}},|||.,,,....|||....,}|||,|,........{(.(((((({....,)).)))))}||||{|||.,,)))}))))||{{.,,,,|||||...||{{.|||(((((((((,,......((((((((((((..,....{{.,((,.,..(((.(((((.......))))).)))....}..)})})..))))))))).)))....,..))))))))).....,}},))||)))}}||||},||.(((((...((((((.....))))))..))))).,)))).)))))))).........)))))..))))))))..}))))),},)),.,}.,||,....,,})},..{{{(({,{{....)).}})))|(((((((((((((......({{{......}}}}......,{,.{(((((((({{.....,,,.(((((......}))))....,},}}}|{{,,...,||||{,,{{...,.,||,...{{{{{{...))))))...........,,,|}))}.,}}}),,,,,,))))))))))),}}},{{{......})}),}}}}}...))))))))))))),.,}}),.................................................................................................................................
Back