Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001146627.2
Sequence Length
1989 nt
GC Content
0.4354
ACGCCACCGGUGACCUCCGACGCCCCGGGCAAGAGAACGCCAGGAGGGAUAACGGGAGGAAGGCCGGCCGGGGCCGCCAAGGCAGUCCCAGGCUCGCGUAGGAGGCGCGCAGACCUUGCACCUUGCACCUUCGCAGCGCCCUGCACCCCGCCACCAUGUGCGAGCUGUACAGUAAGCGGGACACUCUGGGGCUGAGGAAGAAGCACAUCGGGUAAGGGCACCCUGGCCCGGAAUGGGACACUGUCACCCAGGAGUGGUCAAAGCUGCCCUGAAACAGAUGGAACUGCUAAAUACAAAUUCUCGAUUCCUCCACGACAACAUUGUUGAGUAUGCCAAACGCCUUUCAGCAACUCUGCCGGAGAAACUCUCUGUUUGUUAUUUUACAAAUUCAGGAUCCGAAGCCAACGACUUAGCCUUACGCCUGGCUCGGCAGUUCAGAGGCCACCAGGAUGUGAUCACUCUUGACCAUGCUUACCAUGGUCACCUAUCAUCCUUAAUUGAGAUUAGCCCAUAUAAGUUUCAGAAAGGAAAAGAUGUCAAAAAAGAAUUUGUACAUGUGGCACCAACUCCAGAUACUUACAGAGGAAAAUAUAGAGAAGACCAUGCAGACUCAGCCAGUGCUUAUGCAGAUGAAGUGAAGAAAAUCAUUGAAGAUGCUCAUAACAGUGGAAGGAAGAUUGCUGCCUUUAUUGCUGAAUCCAUGCAGAGUUGUGGCGGACAAAUAAUUCCUCCAGCAGGCUACUUCCAGAAAGUGGCAGAAUAUGUACACGGUGCAGGGGGUGUGUUUAUAGCUGAUGAAGUUCAAGUGGGCUUUGGCAGAGUUGGGAAACAUUUCUGGAGCUUCCAGAUGUAUGGUGAAGACUUUGUUCCAGACAUCGUCACAAUGGGAAAACCGAUGGGCAACGGCCACCCGGUGGCAUGUGUGGUAACAACCAAAGAAAUUGCAGAAGCCUUCAGCAGCUCUGGGAUGGAAUAUUUUAAUACGUAUGGAGGAAAUCCAGUAUCUUGUGCUGUUGGUUUGGCUGUCCUGGAUAUAAUUGAAAAUGAAGACCUUCAAGGAAAUGCCAAGAGAGUAGGGAAUUAUCUCACUGAGUUACUGAAAAAACAGAAGGCUAAACACACUUUGAUAGGAGAUAUUAGGGGCAUUGGCCUUUUUAUUGGAAUUGAUUUAGUGAAGGACCAUCUGAAAAGGACCCCUGCCACAGCUGAAGCUCAGCACAUCAUCUACAAGAUGAAAGAAAAACGAGUGCUUCUCAGUGCCGAUGGACCUCAUAGAAAUGUACUUAAAAUAAAACCACCUAUGUGCUUCACUGAAGAAGAUGCAAAGUUCAUGGUGGACCAACUUGAUAGGAUUCUAACAGUUUUAGAAGAAGCUAUGGGAACCAAAACCGAAAGUGUGACCUCUGAGAAUACUCCAUGCAAAACAAAGAUGCUGAAAGAAGCCCACAUAGAACUGCUUAGGGACAGCACCACUGACUCCAAAGAAAAUCCCAGCAGAAAGAGAAAUGGAAUGUGCACGGAUACACAUUCACUGCUCAGUAAGAGGCUCAAGACAUGACUGAUUUGCAUUUUAAAGCAAGAUGCGAUGUCCAGAGUUACAGAGAAUGAGUAGAUGUGUCUCAUCGGUUAAUAGCUCUAUUAUACCUCUAAAGGUGGAAUUGUCAGUUUAGAUUCAUAAAUGAAAAGGUAAAUGAGUAAUCAGAAUAAACCAAGUGAUAAUCAAACCAUGUCAAGAUUAUUAGUUCAGACUCUAGCCUGUUAAUUUUCUUAGUUGAUUUCUGAAGCUACCUGAUUUAUUCUAUUAAAUUGUAAGCUUGCAAACUCAAAAUAAAUUGGCAGAUUUACCUCUCAUGUUUUAAUGUGUCAAAUUAGAGAGCAAAGUAUAACAGGUGCCUUCACUUUUGAGACUUAGUGCCUUAAAAUAUGUAUUCUAUAAUGAUUUCAUAUAUAAAAGUAUAUUUAUUGACUGUAAUAAAAUAAAAUAUGAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-549.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -588.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 498.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...((((..(((((....((((.(((........))).)).)).......)))))...))))((((((((.((....)).))))).)))..))))..((((((((((.....)))....(((..((((.((((.(((.....(((((.....(((((.....)))))....))))).......)))))))..))))..)))...(((((.(((....))).)))))..(((((.((((((....((((.(((((....)))))))))..)))).))((((((((............(((..((((...........((((((((...((.....))..))))))))......((((((...))))))(((((......)))))...))))..)))............((((........)))).))))))))((((..(((......)))....))))((((((((.....))))))))....(((........)))......))))).((((((((((((..(((.(.((((((((......)))).)))).)((((((........((((((..(((((.....((((((..(((((((.((((.((.(((.((.(((((((..(..(((((......)))))..)..)))..)))))).))).(((((..((((((((...(((.(((........))))))...))))).)))....))))).(((((((((((((((.(...((((((.....))).)))....).))))))).))))...))))....(((((..(((((((((((((...(((.........((((((...))))))(((((((.(.......(((((((((....((((((.(((....(((.((((((.((((((((...))))).))).((((....))))......(((((.....((((((.(((.(((((.(((..(((((((((((((...((((...((((......(((((((..(.(((((((((..(((......(((((..........))))).......))).....((((((.......(((((((((((..........((((((((((.....((((((((.....))))))))...)))))))))).........))))))))))).......(((.....))).)))))).))))))))).).)))))))((((((...))))))........((.(((((....))))))).))))))))......))))).))))))))...))))))).).)))...))))))....))))).)))))))))...)))........((.((((...((((((....))))))...))))))...........)))))).)))).)))))).)))))))...)))...))))....)))))))))...)))))(((..(((((((.....))).............))))))).............(((((((........))))))).(((((((......(((((..((((........(((((((((.....)))))))))))))..)))))........))))))).)).))))))).)))).....))))))....)))))..(((((((.(((((((((((..((((....)))).((((....((((.....((((........((((((((............))))))))))))..))))..))))(((((((.....)))))))...(((((((((..((((((......)))))))).))))).)).........))))))))))).)))))))....((((((...((.....))...))))))))))))....)))))))))..)))))))))))))))))))...(((((...((......))...)))))...........(((((((....))))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((,.{((((..(((((....((((.(((........))).}).))}......)))))...}))}|(((((((.((....)).))))).))},.}}||..{{(({(((({{.,,||||,...{((..((((.((((.(({.{...(((((.....(((((,...,)))))....))))).......)))))))..))))..))}..,(((((.(((....))).))))),.,{(((.,..,||,.,,||((((((((({..,{{{{((({,..,.,..{{{{{(({,.........,,,{{{.,{{{{,...{.,,...{(((((((...((.....))..}))))))}..,||,((((({...})))}|(((((......))))),..}}}}..|}},{{{,.,,....,{{{....,..,)))),)))}))))}}.))}...,})}..,)))})})))}{(((((((.....)))))))}....{{,{{{,,...||||||,,,}}},,.{(((((((({{{,|(({.{.((((((((......)))).)))).)((((((........{{{{{{..(((((.....((((((..(((((((.((((.({.(({.((.{(({(((..(..(((((......)))))..)..)))..}}}}}}.|||.(((((..((((((((...,(({(((....,,.}))),}}...))))).)))....)))))}}},|.,(((((((.....})))))).,.,,.|||{}.,|||||||||{{|||||{{.,{{({{{.{.(((((..(((((((((((((...(((.....,...((((((...))))))(((((((.{.......(((((((((..,.((((({.{{({....((,...||,.,||{{{{{.,.))))),})).|(((..,.{(((..{{,.(((((.....((((((.(((.(((((.(((..(((((((((((((.{,((((...((((......(((((((..(.(((((((((,.(((.,.,..(((((..........)))))....,,.))).}.{.((((((......,(((((((((((.,....,...((((((((((.....((((((((.....))))))))...))))))))))..}}.....))))))))))).},....,{{.....))..)))))),))))))))).).)))))))((((((...))))))........((.(((((....))))))).)))))))).},...))))).))))))))...))))))).).)))...))))))....)))))..))}.)))),.}))},,.,....((.((((,..((((((....)))))).},))),))....}}....,)))))}.)))).)))))).)))))))...}}}...)))),...))))))))).}.))))),|||,|||||||},,,.))}.,,}}..,,....|||,.||,............{{,|{||}..,,.,,))|)))).(((((((......(((((..(((((..,...,((((,,,,,...}})))}})},)))))..))))).,......))))))).)).))))))).)))).....)))))}....)))))..(((((((.(((((((((((..{(({....|}},.,(((...{(({{..{{{{{,......,,.((((((((............)))))))},}}|,{},,,..,,}}|{||||,..,,.,,||||.,|.||((((({{..((((((......)))))))},})))).,,.,.}}},..))))))))))).))))))).,,.{((((({,{,{.,,..}},,}}}}}}}}}}}}}....))))))))).,))))))))))))})))))}...(((((...((......))...)))))......,|||,((((((,....,,}},,},}},,,}}}}...
Back