Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001150.3
Sequence Length
3662 nt
GC Content
0.5841
GCUGGAGGGGCAGGGACGGCGGCGGCGCAGCUCGGAACCCGCCAGGGUCCAGGGUCCAGGUUCCAGCGCCCGGCGGCCCAGGCACCCCCCGAGCCCAGCUCCACACACCGUUCCUGGAUCUCCUCUCCCCAGGCGGAGCGUGCCCCUGCCCAGUCCAGUGACCUUCGCCUGUUGGAGCCCUGGUUAAUUUUUGCCCAGUCUGCCUGUUGUGGGGCUCCUCCCCUUUGGGGAUAUAAGCCCGGCCUGGGGCUGCUCCGUUCUCUGCCUGGCCUGAGGCUCCCUGAGCCGCCUCCCCACCAUCACCAUGGCCAAGGGCUUCUAUAUUUCCAAGUCCCUGGGCAUCCUGGGGAUCCUCCUGGGCGUGGCAGCCGUGUGCACAAUCAUCGCACUGUCAGUGGUGUACUCCCAGGAGAAGAACAAGAACGCCAACAGCUCCCCCGUGGCCUCCACCACCCCGUCCGCCUCAGCCACCACCAACCCCGCCUCGGCCACCACCUUGGACCAAAGUAAAGCGUGGAAUCGUUACCGCCUCCCCAACACGCUGAAACCCGAUUCCUACCGGGUGACGCUGAGACCGUACCUCACCCCCAAUGACAGGGGCCUGUACGUUUUUAAGGGCUCCAGCACCGUCCGUUUCACCUGCAAGGAGGCCACUGACGUCAUCAUCAUCCACAGCAAGAAGCUCAACUACACCCUCAGCCAGGGGCACAGGGUGGUCCUGCGUGGUGUGGGAGGCUCCCAGCCCCCCGACAUUGACAAGACUGAGCUGGUGGAGCCCACCGAGUACCUGGUGGUGCACCUCAAGGGCUCCCUGGUGAAGGACAGCCAGUAUGAGAUGGACAGCGAGUUCGAGGGGGAGUUGGCAGAUGACCUGGCGGGCUUCUACCGCAGCGAGUACAUGGAGGGCAAUGUCAGAAAGGUGGUGGCCACUACACAGAUGCAGGCUGCAGAUGCCCGGAAGUCCUUCCCAUGCUUCGAUGAGCCGGCCAUGAAGGCCGAGUUCAACAUCACGCUUAUCCACCCCAAGGACCUGACAGCCCUGUCCAACAUGCUUCCCAAAGGUCCCAGCACCCCACUUCCAGAAGACCCCAACUGGAAUGUCACUGAGUUCCACACCACGCCCAAGAUGUCCACGUACUUGCUGGCCUUCAUUGUCAGUGAGUUCGACUACGUGGAGAAGCAGGCAUCCAAUGGUGUCUUGAUCCGGAUCUGGGCCCGGCCCAGUGCCAUUGCGGCGGGCCACGGCGAUUAUGCCCUGAACGUGACGGGCCCCAUCCUUAACUUCUUUGCUGGUCAUUAUGACACACCCUACCCACUCCCAAAAUCAGACCAGAUUGGCCUGCCAGACUUCAACGCCGGCGCCAUGGAGAACUGGGGACUGGUGACCUACCGGGAGAACUCCCUGCUGUUCGACCCCCUGUCCUCCUCCAGCAGCAACAAGGAGCGGGUGGUCACUGUGAUUGCUCAUGAGCUGGCCCACCAGUGGUUCGGGAACCUGGUGACCAUAGAGUGGUGGAAUGACCUGUGGCUGAACGAGGGCUUCGCCUCCUACGUGGAGUACCUGGGUGCUGACUAUGCGGAGCCCACCUGGAACUUGAAAGACCUCAUGGUGCUGAAUGAUGUGUACCGCGUGAUGGCAGUGGAUGCACUGGCCUCCUCCCACCCGCUGUCCACACCCGCCUCGGAGAUCAACACGCCGGCCCAGAUCAGUGAGCUGUUUGACGCCAUCUCCUACAGCAAGGGCGCCUCAGUCCUCAGGAUGCUCUCCAGCUUCCUGUCCGAGGACGUAUUCAAGCAGGGCCUGGCGUCCUACCUCCACACCUUUGCCUACCAGAACACCAUCUACCUGAACCUGUGGGACCACCUGCAGGAGGCUGUGAACAACCGGUCCAUCCAACUCCCCACCACCGUGCGGGACAUCAUGAACCGCUGGACCCUGCAGAUGGGCUUCCCGGUCAUCACGGUGGAUACCAGCACGGGGACCCUUUCCCAGGAGCACUUCCUCCUUGACCCCGAUUCCAAUGUUACCCGCCCCUCAGAAUUCAACUACGUGUGGAUUGUGCCCAUCACAUCCAUCAGAGAUGGCAGACAGCAGCAGGACUACUGGCUGAUAGAUGUAAGAGCCCAGAACGAUCUCUUCAGCACAUCAGGCAAUGAGUGGGUCCUGCUGAACCUCAAUGUGACGGGCUAUUACCGGGUGAACUACGACGAAGAGAACUGGAGGAAGAUUCAGACUCAGCUGCAGAGAGACCACUCGGCCAUCCCUGUCAUCAAUCGGGCACAGAUCAUUAAUGACGCCUUCAACCUGGCCAGUGCCCAUAAGGUCCCUGUCACUCUGGCGCUGAACAACACCCUCUUCCUGAUUGAAGAGAGACAGUACAUGCCCUGGGAGGCCGCCCUGAGCAGCCUGAGCUACUUCAAGCUCAUGUUUGACCGCUCCGAGGUCUAUGGCCCCAUGAAGAACUACCUGAAGAAGCAGGUCACACCCCUCUUCAUUCACUUCAGAAAUAAUACCAACAACUGGAGGGAGAUCCCAGAAAACCUGAUGGACCAGUACAGCGAGGUUAAUGCCAUCAGCACCGCCUGCUCCAACGGAGUUCCAGAGUGUGAGGAGAUGGUCUCUGGCCUUUUCAAGCAGUGGAUGGAGAACCCCAAUAAUAACCCGAUCCACCCCAACCUGCGGUCCACCGUCUACUGCAACGCUAUCGCCCAGGGCGGGGAGGAGGAGUGGGACUUCGCCUGGGAGCAGUUCCGAAAUGCCACACUGGUCAAUGAGGCUGACAAGCUCCGGGCAGCCCUGGCCUGCAGCAAAGAGUUGUGGAUCCUGAACAGGUACCUGAGCUACACCCUGAACCCGGACUUAAUCCGGAAGCAGGACGCCACCUCUACCAUCAUCAGCAUUACCAACAACGUCAUUGGGCAAGGUCUGGUCUGGGACUUUGUCCAGAGCAACUGGAAGAAGCUUUUUAACGAUUAUGGUGGUGGCUCGUUCUCCUUCUCCAACCUCAUCCAGGCAGUGACACGACGAUUCUCCACCGAGUAUGAGCUGCAGCAGCUGGAGCAGUUCAAGAAGGACAACGAGGAAACAGGCUUCGGCUCAGGCACCCGGGCCCUGGAGCAAGCCCUGGAGAAGACGAAAGCCAACAUCAAGUGGGUGAAGGAGAACAAGGAGGUGGUGCUCCAGUGGUUCACAGAAAACAGCAAAUAGUCCCCAGCCCUUGAAGUCACCCGGCCCCCAUGCAAGGUGCCCACAUGUGUCCAUCCCAGCGGCUGGUGCAGGGCCUCCAUUCCUGGAGCCCGAGGCACCAGUGUCCUCCCCUCAAGGACAAAGUCUCCAGCCCACGUUCUCUCUGCCUGUGAGCCAGUCUAGUUCCUGAUGACCCAGGCUGCCUGAGCACCUCCCAGCCCCUGCCCCUCAUGCCAACCCCGCCCUAGGCCUGGCAUGGCACCUGUCGCCCAGUGCCCUGGGGCUGAUCUCAGGGAAGCCCAGCUCCAGGGCCAGAUGAGCAGAAGCUCUCGAUGGACAAUGAACGGCCUUGCUGGGGGCCGCCCUGUACCCUCUUUCACCUUUCCCUAAAGACCCUAAAUCUGAGGAAUCAACAGGGCAGCAGAUCUGUAUAUUUUUUUCUAAGAGAAAAUGUAAAUAAAGGAUUUCUAGAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1368.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1428.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 1070.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((((.((.((.((.((((((.....(((.((((((.((((.(........).)))).).))))).))).....))))))...)).)).).).)))))))))...)))))((((.(((((((((.((....(((.......)))..)))))))))))..))))..((((.(((...))).))))..(((.((((((((((((..(((((...)))))....)))))(((((((((..(((.((((((.((...(((....(((((...))))))))((((((........(((.(((.((((((..........)))))).))).)))..))))))..((((((((.(((.((.((..((((.........)))).....).).))))).)))))))).....)))))))).....)))..))))).))))...(((((...((((((((((((((((((((.....((....))..(((((((..((....)).))).))))((((((((.....((((...((.((....(((((........)))))...))))((((((.((((....(((((((((.(((((((((((((((....((((.((((..(((((...(((((..(((((((((((((..((((...((((......(((.....)))......((((((..(((...)))..)))))).....(((((((((((((((((...))))......((.(((((....((((((.(((((((((...(((((((....)))))...))..)))))))(((((........))))).............)).)))))).((((..(((((.....(((((.((((.......))))((((.((...((((((((..((((((...((.(((((..........((((..(((.......)))..(((((.........)))))..((((((((((.....))))).))))).))))........)))))))......))))))))))..)))))).))))......)))))))))).))))..((((((..........))))))))))).))..)))))))))))))....))))...))))....).)))))))).))))..)))))...))).....(((.....(((((((....)))))))...)))))..))))))))(((((...(((.....))))))))..(((......)))..)))))).)))))))))((((.(((((.((((((((((((((((((((((..((((((.((((...((((......)))).(((.((...........)).)))((..(((((....((((((.((.........(((.((((........))))..))))).)))))))))))...)).....)))).))))))....)))).....))))))..))))(((((((((((((((....)))..))))))....)))))).....((.(.(((((.....(((((((((((((.....))))......(((....)))..))))))))).((((((.((((..((.(((((((((((..........)))))..(((.(((((.((((...((((.....((((((..((..((((.(((((.((((((((......((((((((((............(((((((((((...............)))).....((((((((((.(((....))).))))....))))))....)))))))))))).))))).....))))...(((..((((.(((((..(((((((.(((..((((.((((((...(((..(((((((((.....((.((((((((...(((((..((.((((((((..((((.(((((((..((((((.......)))..)))))))..))).))))....)).))))))))......(((((((.(((((((((((...........((.....(((((((......(.((((((........)))))).)((((.(((((((((((...))))).......((((((((((((((.(((((...((.(((((..(.....)..)))))))....))))).)....))).)))))))))).......)))))).))))......))))))).....))...........))))))))........(((((..(((((.(((.....((((.....((....))...((((((...(((....))).(((........)))..))))))....))))...))).)))))..)))))........((((((......))))))..........))))))))))((((((((.(((((((.((((((......)))))).))).....)))).).)))....))))...(((((.......((((((((.(((.......))))))).))))))))).........(((.....))).)))))..............)))))))).))))))).((((...(((.....)))..)))).))))..))).)))))).)).)).)))))))))).))))).........(((((((((((.(.(((.((........................)).))).).)))))))))))...((....))...))))))))))).)).)))))))..))..))))))))))))))...))))))))......))))))))..)))).)))))))))))).))....))))))))))))).)))).((((...((((...(((...(..((((...(((((.....)))))...))))..)....)))))))....)))).............)))))))))..)))).))))))))))((((.(((((.....))))).)))).....)))))))).))))))))))).((((((((((((((..........(((.((......))..(((((((((.....((((((((..(....)..))))))))....))..............(((((..((((.(((......)))...))))))))).))))))).......))).........)))).))))))))))...))))))).))....))))).))))....))))))........))))).((.((((((....((((((((.(((((((.....(((.((((((((...(((((.(((((.((((.((((....))))))))(((((.....((((((.......))))))..)))))..((.((((..(.....)..)))).))(((........)))........(((((...(((...))).))))).........(((((((...((......))..)))))))))))).)))))...(.((((((((((((..((......))..))))))))))))).((.((((....)))))))))))))))))....)))))))))))))))(((((((..((((.............................)))).....)))))))..........(((((((((((....))))))))))).......)))))).))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{((((({{(((((((((.((.((.((.((((((.....(((.((((((.((((.(........).)))).).))))).))).....))))))...)).)).).).)))))))))...))))}|{((.(((((((((.((....(((.......))).,)))))))))))..))}}.{(((({........)}){{({((({{((((,({(((((..(((((...)))))....))))){|{((((((((((((((..........((((((.((.,.((((((((((((.....((((((((((((.,((((((((((.....((({.(((((((((...))))))))).((((((((.(({{((.((,.((((.........)))).....},),))))).)))))))).............,,....((((....((((,,.,,,||}}...(((,((({{{,{{{({,((,,{{(({(((,(((({,,....|}}.}}...,...{(((((|,..,{....}}..|||....|}}}}},..(((((........)))))..,,{((((({(((((,,..({((,.......||||,,,|||||,||,},.((((|{,.{{...(((({,(((({{.,..,(({({((..(((.((({{(((({............{(((({....((((((..(((...)))..))))))(((.{({{{{(((((((.((((...)))).))).})}}}}.}}.)))})))))(({((,,,||}}},.||,,,}}}})))),}}.))}.}))))))|||||},,}},}.}}}||{,||}},|||||,|||}||||},|||||.|||||,.{.,{..,,}||||||.,{,.}}||{({{.{{,..{{{{{(((..{|{{{{...||}||,|}}},},...,,,.||{,{|||}},,,,||||{((({,..,,.....|||||,.((((((((((.....))))).))))).}}||,,|},..,||,|||,..|||,}}|}}}}}}}}}}))},},})}}{{{{..||||||{{{..{{{{{.((((((..{....,..))))}|,}},...,,||||},,|,,,|{{{...,.|.(((((((((((((((((.......)))))))))}......))))))).|..,,|||{{({,.{|||||||||,...((,,||(((({{{||||,,.{||.....||||||||,.(((,.....)))..},,.||..}))))}}.,}}}....,.,,...,((((((,...{||,....................|||.}}}}}),,}|||}}|||.,.,.,,...,,.))))}}}})}})}},))))}.}})).)}}})...))}}{{{(||{,{{{{|||,({{,.,,.}}},,,,},,}}}}},.....}}}||}||||||,.,|||||,.{{|},||,|||||,{{{,||||||{{{{||,.||||}}||||,|.|,|||||}|,.{{{{{,{{((({{....,(((({{{((((((,..,,||||{.{.,,({{.|{,.,,..})))})))),..{(({|{||{..,{,(({,{(((((({,.{{,{{,{||,|||,}|{||((((({(,,..}}}|||}|,,((((((..((..((((.(((((.((((((((......((((((((((..........{((((..((.,,....}}..}}))}.,{|||,..,..|||||(((((.(((....))).))))}...})))}),...,,,.}},))))).))))).....))))...,,,..{{{{.(((((..{((((((.(((.,.(((,(((({{..||||,|||{{(({(({....,{.((((((({...,((((,,({.{{|||{||,,{{{{,{{,{{{(,,(({(((,,..,,,))}..}}})))),,))}.))}),...)).))}}||||......(((((((.((,((((((((....,..|,..{{....|(((((((......,.{((((,.{....,))))))}.}((((.(((((((((((...)))))..{,...((((((((((((((.(((((.,.(({(((((..(.....)..))))),,,}},))))).),...}))}))))))))))....},.)))))).))))......))))))}.,...,,.,..,.,....))))))))........{((((..(((((.({{.....(({{,,,,,||,,.,)}..,{{{{{|...|||....,}}.(((........)))},)))))),...))))...})).)))))..))))}........((((((......)))))).}...,....))))))))))|||{||||,{{{||||,((((((......)))))).)))..,,,)))).}.))),...)))).,.{((((,...,,,(({{{{{{,|||,......}}))))),)}},||||||........{{,....,))),)||,,..}}},|.....}})})))))).)),))}}|{(((...,||}.,}.}})},)))),))))..,)),)))))).}).)).)))))))))).))))).........(((((((((((.(.(((.((........................)).))).}.)))))))))))...{{....)},..))))))))))).)).)))))))..})..))))))}))}})))...,}))))}.,))),,.))))))}},),,|||}|||||}.,...})))))})})...||||||{||,{.((((...((((...(((...{..((((...(((((.....)))))...))))..)....)))))))....)))).,,..}}..}}}},}}.,((((((((((((......)))))))))))))}))...))))))))))))))....).))))))))))))((((((.(((((((..(((....((((((((((..{{...,..,,{......)})}.}}.))))).....))))),..)))..))))))).)))))).....}))}...)))))))).,)))))))).}))))),,)))))))...........}}}..,.....,,(((((((((((.{({{((.{,{(({(((.,{(,((({....,....,..,.....,,..,,))))}))).}},))))(((((((((.(((((((.....(((.((((((((...(((((.(((((.((({{((((....))))))))(((((.....((((((.......))))))..)))))..({.{{{(,.{.....|..})}).)},,({{......,,)..},,.,,(((((...(((...))).)))))...,.....(((((((..,(,......))..)))))))))))).)))))...{.((((((((((((..{{......}}..))))))))))))}.((.((((....)))))))))))))))))....)))))))))))))))),}})}}...))))))))))},,,({,..{({.......})).})),..,.,))}))))))}}}.}}}(((((((((((....))))))))))).....,)),,}}}}}}....
Back