Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001159694.2
Sequence Length
3927 nt
GC Content
0.3596
ACAUUCACUACACCUUUUCCAUUUGCUAAUAAGGCCCUGCCAGGCUGGGAGGGAAUUGUCCCUGCCUGCUUCUGGAGAAAGAAGAUAUUGACACCAUCUACGGGCACCAUGGAACUGCUUCAAGUGACCAUUCUUUUUCUUCUGCCCAGUAUUUGCAGCAGUAACAGCACAGGUGUUUUAGAGGCAGCUAAUAAUUCACUUGUUGUUACUACAACAAAACCAUCUAUAACAACACCAAACACAGAAUCAUUACAGAAAAAUGUUGUCACACCAACAACUGGAACAACUCCUAAAGGAACAAUCACCAAUGAAUUACUUAAAAUGUCUCUGAUGUCAACAGCUACUUUUUUAACAAGUAAAGAUGAAGGAUUGAAAGCCACAACCACUGAUGUCAGGAAGAAUGACUCCAUCAUUUCAAACGUAACAGUAACAAGUGUUACACUUCCAAAUGCUGUUUCAACAUUACAAAGUUCCAAACCCAAGAGUAGUGUUCUACAACCAGAUGCAUCACCUUCUAAAACUGGUACAUUAACCUCAAUACCAGUUACAAUUCCAGAAAACACCUCACAGUCUCAAGUAAUAGGCACUGAGGGUGGAAAAAAUGCAAGCACUUCAGCAACCAGCCGGUCUUAUUCCAGUAUUAUUUUGCCGGUGGUUAUUGCUUUGAUUGUAAUAACACUUUCAGUAUUUGUUCUGGUGGGUUUGUACCGAAUGUGCUGGAAGGCAGAUCCGGGCACACCAGAAAAUGGAAAUGAUCAACCUCAGUCUGAUAAAGAGAGCGUGAAGCUUCUUACCGUUAAGACAAUUUCUCAUGAGUCUGGUGAGCACUCUGCACAAGGAAAAACCAAGAACUGACAGCUUGAGGAAUUCUCUCCACACCUAGGCAAUAAUUACGCUUAAUCUUCAGCUUCUAUGCACCAAGCGUGGAAAAGGAGAAAGUCCUGCAGAAUCAAUCCCGACUUCCAUACCUGCUGCUGGACUGUACCAGACGUCUGUCCCAGUAAAGUGAUGUCCAGCUGACAUGCAAUAAUUUGAUGGAAUCAAAAAGAACCCCGGGGCUCUCCUGUUCUCUCACAUUUAAAAAUUCCAUUACUCCAUUUACAGGAGCGUUCCUAGGAAAAGGAAUUUUAGGAGGAGAAUUUGUGAGCAGUGAAUCUGACAGCCCAGGAGGUGGGCUCGCUGAUAGGCAUGACUUUCCUUAAUGUUUAAAGUUUUCCGGGCCAAGAAUUUUUAUCCAUGAAGACUUUCCUACUUUUCUCAGUGUUCUUAUAUUACCUACUGUUAGUAUUUAUUGUUUACCACUAUGUUAAUGCAGGGAAAAGUUGCACGUGUAUUAUUAAAUAUUAGGUAGAAAUCAUACCAUGCUACUUUGUACAUAUAAGUAUUUUAUUCCUGCUUUCGUGUUACUUUUAAUAAAUAACUACUGUACUCAAUACUCUAAAAAUACUAUAACAUGACUGUGAAAAUGGCAAUGUUAUUGUCUUCCUAUAAUUAUGAAUAUUUUUGGAUGGAUUAUUAGAAUACAUGAACUCACUAAUGAAAGGCAUUUGUAAUAAGUCAGAAAGGGACAUACGAUUCACAUAUCAGACUGUUAGGGGGAGAGUAAUUUAUCAGUUCUUUGGUCUUUCUAUUUGUCAUUCAUACUAUGUGAUGAAGAUGUAAGUGCAAGGGCAUUUAUAACACUAUACUGCAUUCAUUAAGAUAAUAGGAUCAUGAUUUUUCAUUAACUCAUUUGAUUGAUAUUAUCUCCAUGCAUUUUUUAUUUCUUUUAGAAAUGUAAUUAUUUGCUCUAGCAAUCAUUGCUAACCUCUAGUUUGUAGAAAAUCAACACUUUAUAAAUACAUAAUUAUGAUAUUAUUUUUCAUUGUAUCACUGUUCUAAAAAUACCAUAUGAUUAUAGCUGCCACUCCAUCAGGAGCAAAUUCUUCUGUUAAAAGCUAACUGAUCAACCUUGACCACUUUUUUGACAUGUGAGAUCAAAGUGUCAAGUUGGCUGAGGUUUUUUGGAAAGCUUUAGAACUAAUAAGCUGCUGGUGGCAGCUUUGUAACGUAUGAUUAUCUAAGCUGAUUUUGAUGCUAAAUUAUCUUAGUGAUCUAAGGGGCAGUUUAGUGAAGAUGGAAUCUUGUAUUUAAAAUAGCCUUUUAAAAUUUGUUUUGUGGUGAUGUAUUUUGACAACUUCCAUCUUUAGGAGUUAUAUAAUCACCUUGAUUUUAGUUUCCUGAUGUUUGGACUAUUUAUAAUCAAGGACACCAAGCAAGCAUAAGCAUAUCUAUAUUUCUGACUGGUGUCUCUUUGAGAAGGAUGGGAAGUAGAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGGAAAGGAAGAGAGGAGAGAAGAAGGCAGGGAUCUCCACUAUGUAUGUUUUCACUUUAGAACUGUUGAGCCCAUGCUUAAUUUUAAUCUAGAAGUCUUUAAAUGGUGAGACAGUGACUGGAGCAUGCCAAUCAGAGAGCAUUUGUCUUCAGAAAAAAAAAAAAUCUGAGUUUGAGACUAGCCUGGCCAACAUGUUGAAACCCCAUAUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCUGGUGUGGUGGCGCACGCCUGUAGUCCCAGCUACUCUGGAGCCUGAGGAACGUGAAUCGCUUGAACCCAGAAGACAGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUGGCACUAUUGCACUCCAGCCUGGGUGACACAGCAAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGUCCCAGCACACCUAGAUAAUUUACCGAGCUCUUCAGCAAAAACCAUGUUACAUACAGCAUAUUCCAAAGAAAUGAACUCUUCUGCAAUUUAAAUUAUAAGUAAUAUGUUAUUUUGGAUCCUAGAGAAACCAUUUUCUCUACAUUUCAUGAGCAUGGUUAGAAAAGAGUUUACAAGAAUUAGGAAGAGGGAACAAUUUUAAUGGUCAGAAAAGAAUAAAAUUUAUUCUAGUUCAAGAAGUGCACACAAAGAAUAUGCAUUAAUCUAACAACUAUGAGAUUAAAUCUUUCAAAAAGGUCAAAGGAGGAUUGAGAAGUUUACAGAGAUGUCCACGGCAUUUUAUAUCAAUCUCAAAGGUAAGGUCUGCAUUUUUAUAAACCAACUUAAACUUCUGUUGAGAUAGGAUAUUUUGUUUUCAAGCCAAAAUUACCAUUAAUCAAAUAUGUUUUAAUUAUCUGAUUUAGAUGAUCUACUUUUUAUGCCUGGCUUACUGUAAGUUUUUUAUUCUGAUACACAGUUCAAACAUCAUUGCAACAAAGAAGUGCCUGUAUUUAGAUCAAAGGCAAGACUUUCUAUGUGUUUGUUUUGCAUAAUAAUAUGAAUAUAAUUUAAGUCUAUCAAUAGUCAAAACAUAAACAAAAGCUAAUUAACUGGCACUGUUGUCACCUGAGACUAAGUGGAUGUUGUUGGCUGACAUACAGGCUCAGCCAGCAGAGAAAGAAUUCUGAAUUCCCCUUGCUGAACUGAACUAUUCUGUUACAUAUGGUUGACAAAUCUGUGUGUUAUUUCUUUUCUACCUACCAUAUUUAAAUUUAUGAGUAUCAACCGAGGACAUAGUCAAACCUUCGAUGAUGAACAUUCCUGAUUUUUUGCCUGAUUAUUCUCUGUUGAGCUCUACUUGUGGUCAUUCAAGAUUUUAUGAUGUUGAAAGGAAAAGUGAAUAUGACCUUUAAAAAUUGUAUUUUGGGUGAUGAUAGUCUCACCACUAUAAAACUGUCAAUUAUUGCCUAAUGUUAAAGAUAUCCAUCAUUGUGAUUAAUUAAACCUAUAAUGAGUAUUCUUAAUGGAGAAUUCUUAAUGGAUGGAUUAUCCCCUGAUCUUUUCUUUAAAAUUUCUCUGCACACACAGGACUUCUCAUUUUCCAAUAAAUGGGUGUACUCUGCCCCAAUUUCUAGGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-930.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1012.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 1043.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((........(((((..((((((((((.(((((.((((........)))).)))))(((((......))))).(((((.(..((..((((((((..((((.(((......)))..))))...........))))).)))..))..))))))......)))).))))))..)))))............(((((((....)))))))((((((...(((((.............................((((((((..((((((((.(((.....)))....((........)).......((((((....(((((.(.((.((((((.(((((.......))))).....(((((..................((((((..((((((((((.....)))))......((((((........)))))).)))))......(((...((((((((..................))))))))..))).......)))))))))))...((((((((............))))))))....((((.....((.(((((..((((........))))..))))))))))).(((((((.(((((((((((((((.(((((...................)))))))))...))))(((.(((((((....((((((((((..((((.((((......))))))))))))))))))(((((.....((.(((((((..((((((((((......)).(((((((.((((.(((.....)))))))...))).)))).))))).)))...))))))).))..)))))....(((((.((((((((((((.....((((..(((((((((.....(((((.........))))).(((((...((((((((.....))))))))..))))).(((((.((((........................)))).)))))......((((((((..........(((.(((((..(((((((((.......(((((((((.............(((((......))))).............)))))))))((((.......)))).((((((......))))))((((..(((((.....((((((((((((((((((((...(((..(((((..(((((((((((((...........)))))))((((((((..((..(((....)))..))..))))))))...........))))))..)))))....))).))))))).)))))))))))))............(((((((.(((.(((..((((((............((((.......))))..........))))))....))).))).))))))).(((((((...(((((((((...((....)).........((((((((((......(((((.((((.....((((((...))))))....)))).)))))..))))))))))....))))))))).)))))))))).))..))))..)))).........)))))....))))))))...........))))).)))..)))))))))..))))))))))).))))).))))).((((((((.........))))))))..(((((((((....))))))))).(((((.(((((..(((((((((((((((.(((((((....))))....(((......)))...........(((((((((..........)))))))))...........((((((...)))))).......(((((((((..........))))))))).........((((((...........))))))...............((((((.(((((((((((((.....(((.(((..(((.(((((....(((((..((((..(((((((.(((....((((((((.((....))..)))))))).))).)))))))..))))..))))))))))..)))..))).))))))))))))..))))))))))...(((......)))...))).)))..))))))))))))........))))).)))))(((((((((..((((...((((((((((...(((((....))))).)))....))))))))))).))))))))).(((((...((.(((((...))))).))..)))))((((((((((((........((((((((((((..((......................))..))))))))..)))).....((.((((.(((((((.......((.(((..(((....((((((.(((.....(((((((((..((((......((((((((((((((((((...(((((((....))))))).....)))))).(((((........))))).))))...))))))))......))))...)))))))))................((.((((((.......(((((((....((((...(((....(((.((((........((((((....((((((.(((.((......(((((....)))))(((((.(..((((((.......)).))))..))))))((((((((.((((.(((.(((.((.(((............)))..)).)))..))).))))..))))))))...........................................)).))).))))))....))))))...((((((((.......(((((((((.(((..((((((((....((((........))))...(((((.....))))))))))))).....(((...((((((((....))))))))...)))))))))))))))....)))))))).......))))..))))))..)))).....)))))))....((((((((..(((((((.((((((((((.........(((.(((((...((((.((..((.(((((((.((((((((............))))))))............((((((((...)))))))).....))))))).)))).)))).))))).)))..............))))))..)))).))))))))))))))))))))))).......(((((((((.(((.........))).)))))..)))).))).))))))...)))..))).)).....))))))))))).))....)))))))))))))))))))))).))))))).)))))))............((((((....(((((((((.(((.....))).)))))))))....)))))).........................((((......)))).)))))).)).).)))))))))))...)))))))).))))).)))((.((((.((((((.(...(((((...))))).).))))))..)))).))....)))))...)))))).......((((((((((((((((((((....((((((..((.......((((.(((((.(((((..((((((.......(((.(.((....)).).))).......))))))))))).)))))))))))..))))))..(((((.(((....))).))))).))))))).)))))....................(((((((((((((((..............)))))))....)))))))).(((((.(((((...((((((((............))))))))))))).)))))((((((...((((.(((.((((((.....)))))).))).))))...))))))..)))))))).......(((((......)))))))))))......(((........)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
........((((((({((((.,,{(((.....|||,,.{{(((((,((,({({{...,|||||||||}(((((,,....}|}||....,,....,,,,,.,||||,,.{(((.(((......)))..))}|{{((({{{{{((,{{{.,,.{{{|..|.((((((({{{,{((((..(((.{(,...))..)))..)))))))))))))).}..))},.{,,{{(,{,,.....((((((((((...,......,.....{((((......}}))).,,|{,{,((((((((((({,{,.,((({{{.,{{{{,..{{{{{,.,{,.(((((((((.,,..{{(((,,,....})))).,,.,,..((.{{{.......}}}}}..}))))))))},.((((((.....)))))}.....((((((.{....,.))))))..........(((((({.,{.,.(((((.((((({......,{.((,({{{{{{,,....|||,||||.|||,,....((((((((............))))))))....{(((,....,(.(((((..((((........))))..))))))))))}.,{{((({.((,.,,,,||,{{(,,(((((...{,.........,....)))))))||{{((((.......)))))},,.((((((((((..((((.((((......))))))))))))))))))(((((...,.((.(((((((..((((((((({......}).(((((((.,{((((((.....)))))))...))),}))).})))).)))...))))))).)).,))))).,,,(((((.((((((((((((.....{{{{,,(((((((((.,.,,(((((.........))))}.(((((...((((((((.....))))))))..))))).(((((.((((........................)))).)))))...,,.{(((((((.....,,...{({((((((..(((((.{{{,.....,((((((({{..,,.{{{{{...((({...,}},)))))......,,,....}}}}}}}}}((((.......)))).,(((((.,,,..,}}}})}|||||||||,.....((((((((((((((((((((...(((..(((((..(((((({((((((...........))))))|((((((((..((..(({....})}..))..)))))))),..........))))))..)))))..,.))).))))))).)))))))))))))............(((((((.(((.{((..((((((.......,,...((((.......)))).}}.......))))))....))),})).))))))).{((((((...(((((((({...,{....||........,((((((((((..,{{{((({,{(((,...}}||{,||}}}))}))},|,.}},,.}}}}),.}))))))))),},.))))))))).))))))},|}.},,,}},...,}}},}}},....)))))....))))))}).....,,....))))).))).})))))))),,,)))})))))))}}}))).)))))..|||{({({(((,...,))))))),,.{((((((((....))))))))}.(((((.(((((..(((((((((((((((.(((({((,,..|||,.|,.||,..,}},}}},,,,}},....{((({{{{{,(,,,,,...)))))))|},.....}}}..((((({...}))))).....,,{{{{{||||....,.....}}}||}|}}..,.,,,.,{(({{{.,....,.,,.}}}}}}..||,..........((((((.(((((((((((((.....(((.(((..{({.(((({...{(((((..((((..(((((((.(((,,..,{((((((.((....))..)))))))).))).}))))))..))))..))))))))))..}}}..))).)))))))))))).,)))))))))),,,{{{,,,,.,)}},.}))).))}.,))))))))))))........))))).)))))....)))))).))))).}}.})))))).}}}},,,,.,,))}}..})))))))}.,,..,......,,,.,))))))))))).,,.{((({...})))}.}}},}}}))).))))))).....}},,,.{(((((((((((..((.{.{{{.,......,.},,...))..))))))),},}})),,,)))))),.,}},,....................}}|,||||||||||||||||||{||||||||}|,|||.,,..({((((((((((((((((...(((((((....))))))).....)))))}.(((((........))))),}}||.,,|}}}}}}),,.,,,}}}}||.},,||||(((((...........))))},...,}}})}}}}|||||({....{{{{...,{({.,.((,.{{{,........,,{|||,.,,((|(({,{((,{({{{{{{,{(({.{{{|,,,,,||||.},,}|||}..}}}}..,)})}},..}}))}}((((((((.((((.(((.(((.((.{(({,....,),..,))),.)).)))..))).))))..)))))))).....................}},,,............,,...||{|}}.}}}}}},,|.||||||...((((((((...,...(((((((((.(({..,{{{{{{(.,..((({........}}}}...,,,,,.....,,,},})))))))...,||{{...((((((({....})))))))...})))))))))))))).,..})))))))....,,,,}}}|,,,|))}.,||||,{{,,,||||||...(((((({...})))))),{||,.{{{{(((((...........)))))|,,|||...,,,,.,{||||,..||||||,..,{{{{{,{.,{{{(((,((((((((((((((.{{.(.(((.(((((...{{(((.(((((((,((,{((,,..,................,,,...)))}}.)))))))..)))}|{(((.....,}}.,}}},,...,....,..,...,.,.....{(((((({...}))))))).........)))))))))}}.)))))))))))))).))|(((((((((.,,...{(((({((.((((.{{.(((((((((((,{,{,,,,,.{{{,((((((....(((((((((.{{{.....,}}.))))))))}....))))))..,..,,|||.........,,...{(((({..{{{.,,|{{{.,.{((......)))..))))...)))}))))))}}.))))))))((((.((((({.(...(((({...})))).,,))))))..))))})}.}}.)))).)).))))}}}......)))))))))|{||||||{{{.,,,((((((..,,.......((((.(((((.(((({.,((((((.......(((.{.{{....)).).)))....,..))))))))))).)))))))))}}..)))))},.(((((.(((....))).))))).))}}))).}},,.))))),)),,,,}}}}},,.(((((((((((((((..............))))))}...,)))))))).||,,,.((((({{{(({((({{............,}}}}||||.|{|{||...,}}}})}.}||||,|}|))))||}}}}}})}.)))})))))}.,...}}}}||{......,,))))))))}.}))))}....,,,))))))}....,.(((........)))..
Back