Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164.5
Sequence Length
2666 nt
GC Content
0.6080
GGCCCGCGCGCUCCUGGGCGGGGGAUGUUGUGAUGGAGAAGCCGCGGCGGAGCCCGAACCCCGCAGCCUGAGCCACCUCCGUCAUCUGGGCCCGGGGCCUCACCGCGCAGGAGCUGCCAAGGCCAUGUCUGUUCCAUCAUCACUGAGCCAGUCGGCCAUUAAUGCCAACAGCCACGGAGGCCCCGCACUGAGCCUACCCCUGCCUCUGCACGCUGCCCACAACCAGCUGCUCAACGCCAAGCUGCAGGCCACAGCUGUGGGACCCAAGGACCUGCGCAGCGCCAUGGGGGAGGGUGGUGGGCCUGAGCCAGGCCCUGCCAAUGCCAAGUGGCUAAAAGAGGGCCAGAACCAGCUCCGGCGGGCCGCCACGGCCCACCGUGACCAGAAUCGCAAUGUGACCUUGACCUUGGCGGAGGAGGCCAGCCAGGAGCCUGAGAUGGCACCCUUGGGCCCCAAAGGCCUGAUACACCUGUACUCUGAGCUGGAGCUCUCAGCUCACAACGCAGCCAACCGAGGCCUACGAGGACCUGGCCUGAUCAUCAGCACUCAAGAGCAGGGGCCAGAUGAGGGAGAGGAGAAGGCGGCCGGGGAGGCCGAGGAGGAGGAGGAGGAUGAUGAUGAUGAAGAGGAGGAGGAGGACUUAUCUUCUCCCCCAGGGCUGCCUGAGCCCCUGGAGAGUGUGGAGGCCCCUCCCAGGCCCCAAGCCCUUACAGAUGGCCCCCGGGAACACAGCAAGAGUGCCAGCCUCCUGUUUGGCAUGCGGAACAGUGCAGCCAGUGAUGAGGACUCAAGCUGGGCUACCUUAUCCCAGGGCAGCCCCUCCUAUGGCUCCCCAGAGGACACAGAUUCCUUCUGGAACCCCAACGCCUUCGAGACGGAUUCCGACCUGCCGGCUGGAUGGAUGAGGGUCCAGGACACCUCAGGGACCUAUUACUGGCACAUCCCAACAGGGACCACCCAGUGGGAACCCCCCGGCCGGGCCUCCCCCUCACAGGGGAGCAGCCCCCAAGAGGAGUCCCAGCUCACCUGGACAGGUUUUGCUCAUGGAGAAGGCUUUGAGGAUGGAGAAUUUUGGAAGGAUGAACCCAGUGAUGAGGCCCCAAUGGAGCUGGGACUGAAGGAACCUGAGGAGGGGACGUUGACCUUCCCAGCUCAGAGCCUCAGCCCAGAGCCGUUGCCCCAAGAGGAGGAGAAGCUUCCCCCACGGAAUACCAACCCAGGGAUCAAGUGUUUCGCCGUGCGCUCCCUAGGCUGGGUAGAGAUGACCGAGGAGGAGCUGGCCCCUGGACGCAGCAGUGUGGCAGUCAACAAUUGCAUCCGUCAGCUCUCUUACCACAAAAACAACCUGCAUGACCCCAUGUCUGGGGGCUGGGGGGAAGGAAAGGAUCUGCUACUGCAGCUGGAGGAUGAGACACUAAAGCUAGUGGAGCCACAGAGCCAGGCACUGCUGCACGCCCAACCCAUCAUCAGCAUCCGCGUGUGGGGCGUCGGGCGGGACAGUGGAAGAGAGAGGGACUUUGCCUACGUAGCUCGUGAUAAGCUGACCCAGAUGCUCAAGUGCCACGUGUUUCGCUGUGAGGCACCUGCCAAGAACAUCGCCACCAGCCUGCAUGAGAUCUGCUCUAAGAUCAUGGCCGAACGGCGUAAUGCCCGCUGCUUGGUAAAUGGACUCUCCCUGGACCACUCUAAACUUGUGGAUGUCCCUUUCCAAGUGGAAUUCCCAGCGCCUAAGAAUGAGUUGGUCCAGAAGUUCCAAGUCUAUUACCUGGGGAAUGUACCUGUUGCUAAACCUGUUGGGGUAGAUGUGAUUAAUGGGGCCCUCGAGUCAGUCCUGUCCUCCAGCAGCCGUGAACAAUGGACCCCAAGUCAUGUCAGUGUGGCCCCUGCUACCCUCACCAUCUUGCACCAGCAGACAGAGGCAGUGCUGGGAGAGUGUCGGGUGCGUUUCCUCUCCUUCCUGGCCGUGGGCAGAGAUGUCCACACGUUUGCAUUCAUCAUGGCUGCCGGCCCAGCCUCCUUCUGCUGCCACAUGUUCUGGUGCGAGCCCAAUGCUGCCAGCCUCUCAGAGGCUGUGCAGGCUGCGUGCAUGCUUCGCUACCAGAAGUGUCUGGAUGCCCGUUCCCAGGCCUCCACCUCCUGCCUCCCAGCACCCCCUGCUGAGUCUGUGGCACGGCGUGUAGGGUGGACUGUCCGCAGGGGUGUUCAGUCGCUGUGGGGCUCCCUGAAGCCCAAACGGCUGGGGGCCCAUACCCCAUGAAGAAGCCCCCACCUUCCCUCCACCUGCUUGUGUUGGGCCCCAGGGAACUAAAGGGUGUGGGUCAGGGAGGGGUCUAGAGGCUAUUCCUAGGCCUCAGGCCUCCCAAAUAUGCCCCUCCCCAGUAGCUACGGUUCCCUGCCUAGGAGCUGGGGAGGGAGAGAUCUAAUCCCUUCAAGGAAGUGAUAACACUGGAGUGGUAACAAGAGGAGCAGGAAGCAAGGCCAGCCCUGGUUCUCCAUCCCCAUGUGUUUCAGGUGGAACAGGAGGAACUGGUCCAGGCCAGGCCUCAUCCUCCUGGACCCAGCAGGGGCAGAAGGAGGAAGGGACUGGUCCAGGCAUGGGUCCCUUCCCCCUGCUCCAUGGGCACCUCUGCUGUAUUGAUAUCACUAAUAAAGUCUGUCUGCACUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1132.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1178.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 671.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((((((.((((........(((((((((..(((((.((((.(......).)))).))..).))...)))))))))..(((((...)))))..)))).))))))))))...))))...((((((((.((((((((...(((((.(((.......))).............((((((((((((((..((((((((((((((((((((.(((((..(((((((.....))..)))))..(((....((((((((.((...)).))..)))))))))..(((((.(((.((((((((((.....((((((......(((....)))......)))))).((((..(((((((.((((((((((((....)))))((((((((....(((((.(.........((((((((((((..(((.(.(((((((((..(((...(((((((.....))))))).....((((....((((((((.....))))))))....))))....((.((((((...))).)))))((((.((............)).))))((((((..((((((((((((((((((...((((.(((((((((((.((......................((.((((((((.....)))))))).)).(((((.....)))))((((((.((.(((.((((.......))))))).)).))).)))...((((..((((...((((..((((.....((((....(((((.((((......)))))))))....))))))))..))))..........)))).))))..)))))))).)))))..((((((((.......))).)))))..))))..)))))))..((((.((.(((((((..(.((.((((((.(((((((.((((.(((((..(((.(((((((((((..(((((.....(((....))).((.((......)).)).((((((((((......))))))..))))((((((....(((...((((.......(((((((.(((...))))))))))))))...)))...))))))..)))))...)))))))).))))))((((((..(((((.((((.((...(((((..(((((........)))))..)))))..)))))))))))..))))))((((((.(((.((.(((((....(((..((........))..))).......))))).))(((((.((((((((((.(((.......))).))(((((((((((....(((.((((...(((........))).)))).))))))))))).)))................(((((....))))).((.(((((((((.((.(....((...((((.(.(((((.((((.(((.(.((((..(((...(((((((((.((((.((((((((((((.(((((.((((.((((..((....))..)))))).)).))))).).))))))...............))))).....)))))))....)))...)))...)))..)))).).))).)))))))))).))))....)).....).)).)).))))))).))...(((((......)))))...(((((.(((((.......))))).))))).((((((((((..(((((((((((....((((.((.(((....((((....))))......)))))))))...))).)))))))).)).....)))))))).)))))))).)))))...........))).))))))..(((((((((..(((((.((.....(((...((((......))))...))).....)).)))))))))))))))).)))...))))..))))))))))))).)).((((((...........)))))))..)).))))))).)))))))))))))))))))))(((((((....))))))).....)))..)).))).)))).).)))...)))))).))))))).)))))))))))))))).))))....(((((((((((...))))))).))))((.....))(((((((.......)))))))))))).))..)))).)))))..))))).))).)))))(((((.....)))))....)))))..)))))))))))).(((...))))))))))))))))))....)))))))((((((..((((((..((.(((((((.................))))))))).......(((......)))))))))..))))))....(((((..((((((..((.(((((((.((((((.......)))))))))))))))........(((((((((((..(((.(((.....))))))..)))))))))))...))))))..))))).......((....))))))))))))).....)))))))))).(((((((...((((.((((((((....((((.((...)).))))....))).)))))((((((((..(((......))))))))))).....(((((((..((.((((((((((.((......)).)))))))))))))))))))..)))).))).))))(((..((((..(((.....))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(((((((.((((.,......(((((((((..((,((,({((.,......),)))).))..}.}}...)))))))))..(((((...))))}}.)))).))))))))))...))))...,(((((((.(({{{{{({.{((,{{.(({.......)}}.,,.}||,.,,.{((((((((((((((..((((((((((((((((((((.(((((,,(((((((.....)}..)))))..(((....((((((((.((...)).))}.}))))))))..((((({((({(({(((((((.....((((((......(((....)))......)))))).((((..(((((((.((((((...)))))).))).}|{(((,.{{{{.,,|||,..........((((((((((((..(((.(,(((((((((..(((...{{(((((.....))))}},....{((((.,{,((((((((,,,..,})))))}....}}}|,,...,.||||||...,)).)))))|{((..,..,,}...,,.,)}}))))((((((..(((((((((({(((((((...((((.(((((((((((.({.,{.,,................((.(((((((,.....}))))))),)}.(((((.....)))))((((((.((.(((.((((.......))))))).)).))}.)))..|{{{{,.{({{...{(((..((((.....((((....(((((.((((......)))))))))....))))))))..))))||,,.}},..)))).)))}.,)))))))).)))))..((((((((.......)))}}))))..))))..))))))).,((((.(,{(((((((.,(.((.((((((.(((((((.((((.((((,..(((.(((((((((((..(((((...{,(((....))).|{(((,.,,{|||{{..((((((((((......))))))..))))||,.|.}}.||||},.{{(,{{{.{,.,((((((.(((...))))))))))),))}.,}}},..,,})),..)))))...)))))))),}))}))|{((((..(((((.((({,((...(((((..(((((.,....,.)))))..)))))..)))))))))))..))))||((((((.(((.({((..,{||||(({..((..,.,...||{{|||.,,.,,((({{{{((..{((((((,((.((,{(({...{{{{,||.{((.((.,,,..)))))})..(((((((((((((..,......,,.(((((.((((({,,{{{.{{..........(((.((.{.(((({....})))).})),)))...}}.,}}}...{((....)))))))).)))))...(((((....)))))..........)))..}))))))))).,{{{{.,,,{.||||}.,{,}}})).}),))))})).,))))}}||}.|{||{,.(({(({.,({(({(({,.((((((((((.{,.((((.....((((.((..||(||{.(((((((|...}))))))).})})..)).)))).....)))).)})))))(((((......)))))...(((,,.{|||{.....,,})))),}})))}||{{{{||||,.(((((((((((....((((,(({..({{{{(,,,,}}.)))..}}}..},},,,}))...))),}))))))).,}.,,,.,})))}}}.)})))),},.)}.})}.},.},...))).))))))),(((((((({..(((((.((.....(((...((((......))))...))).....)).)))))})))))))),},)))...))))..))))))))))))).)).((((((...........))))))}..)).))))))).)))))))))))))))))))))(((((((....))))))).....)))..)).))).)))).),)))...))))))}})))))}.}||||.{((((((((((((.,.,,((((((((((((...))))))).)))},,.,}})}...))}}))).))))))}))))}})),.))..)))).)))))),))))),))).))))}(((((.....))))).},.)))))..)))))))))))).(((...)))))))))))))))))}...,)))))))|(((((..((((({..((,(((((((...,.......,.....)))))))}}.......{,{..,,..))}})))))..)))))}.,,.(((((..((((((.{((,(((((((.((((((.......)))))))))))))))........(((((((((((..(((.(((.....))))))..)))))))))))...))))))..)))))...}..{{{{,..,||}}||,||||}.....|||||}||||.,((,{{{...||||,|,|||||{.{{{((|{|||...))})}))}.,,))}}}}.||((((((((..(((......)))))))))))|||..(((((((..((.((((((((((.((......)).)))))))))))))))))))..)))).))),))))|{,..((({..{{{.....))).)))).},,....
Back