Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001166.5
Sequence Length
3764 nt
GC Content
0.3743
AUCGUGCGUCAGAGUGAGCCCGGAUGGGGCGGCGGGCUUCGGGAGCGCCCGGGCUGAUCCGAGCCGAGCGGGCCGUAUCUCCUUGUCGGCGCCGCUGAUUCCCGGCUCUGCGGAGGCCUCUAGGCAGCCGCGCAGCUUCCGUGUUUGCUGCGCCCGCACUGCGAUUUACAACCCUGAAGAAUCUCCCUAUCCCUAUUUUGUCCCCCUGCAGUAAUAAAUCCCAUUAUGGAGAUCUCGAAACUUUAUAAAGGGAUAUAGUUUGAAUUCUAUGGAGUGUAAUUUUGUGUAUGAAUUAUAUUUUUAAAACAUUGAAGAGUUUUCAGAAAGAAGGCUAGUAGAGUUGAUUACUGAUACUUUAUGCUAAGCAGUACUUUUUUGGUAGUACAAUAUUUUGUUAGGCGUUUCUGAUAACACUAGAAAGGACAAGUUUUAUCUUGUGAUAAAUUGAUUAAUGUUUACAACAUGACUGAUAAUUAUAGCUGAAUAGUCCUUAAAUGAUGAACAGGUUAUUUAGUUUUUAAAUGCAGUGUAAAAAGUGUGCUGUGGAAAUUUUAUGGCUAACUAAGUUUAUGGAGAAAAUACCUUCAGUUGAUCAAGAAUAAUAGUGGUAUACAAAGUUAGGAAGAAAGUCAACAUGAUGCUGCAGGAAAUGGAAACAAAUACAAAUGAUAUUUAACAAAGAUAGAGUUUACAGUUUUUGAACUUUAAGCCAAAUUCAUUUGACAUCAAGCACUAUAGCAGGCACAGGUUCAACAAAGCUUGUGGGUAUUGACUUCCCCCAAAAGUUGUCAGCUGAAGUAAUUUAGCCCACUUAAGUAAAUACUAUGAUGAUAAGCUGUGUGAACUUAGCUUUUAAAUAGUGUGACCAUAUGAAGGUUUUAAUUACUUUUGUUUAUUGGAAUAAAAUGAGAUUUUUUGGGUUGUCAUGUUAAAGUGCUUAUAGGGAAAGAAGCCUGCAUAUAAUUUUUUACCUUGUGGCAUAAUCAGUAAUUGGUCUGUUAUUCAGGCUUCAUAGCUUGUAACCAAAUAUAAAUAAAAGGCAUAAUUUAGGUAUUCUAUAGUUGCUUAGAAUUUUGUUAAUAUAAAUCUCUGUGAAAAAUCAAGGAGUUUUAAUAUUUUCAGAAGUGCAUCCACCUUUCAGGGCUUUAAGUUAGUAUUACUCAAGAUUAUGAACAAAUAGCACUUAGGUUACCUGAAAGAGUUACUACAACCCCAAAGAGUUGUGUUCUAAGUAGUAUCUUGGUAAUUCAGAGAGAUACUCAUCCUACCUGAAUAUAAACUGAGAUAAAUCCAGUAAAGAAAGUGUAGUAAAUUCUACAUAAGAGUCUAUCAUUGAUUUCUUUUUGUGGUAAAAAUCUUAGUUCAUGUGAAGAAAUUUCAUGUGAAUGUUUUAGCUAUCAAACAGUACUGUCACCUACUCAUGCACAAAACUGCCUCCCAAAGACUUUUCCCAGGUCCCUCGUAUCAAAACAUUAAGAGUAUAAUGGAAGAUAGCACGAUCUUGUCAGAUUGGACAAACAGCAACAAACAAAAAAUGAAGUAUGACUUUUCCUGUGAACUCUACAGAAUGUCUACAUAUUCAACUUUCCCCGCCGGGGUGCCUGUCUCAGAAAGGAGUCUUGCUCGUGCUGGUUUUUAUUAUACUGGUGUGAAUGACAAGGUCAAAUGCUUCUGUUGUGGCCUGAUGCUGGAUAACUGGAAACUAGGAGACAGUCCUAUUCAAAAGCAUAAACAGCUAUAUCCUAGCUGUAGCUUUAUUCAGAAUCUGGUUUCAGCUAGUCUGGGAUCCACCUCUAAGAAUACGUCUCCAAUGAGAAACAGUUUUGCACAUUCAUUAUCUCCCACCUUGGAACAUAGUAGCUUGUUCAGUGGUUCUUACUCCAGCCUUUCUCCAAACCCUCUUAAUUCUAGAGCAGUUGAAGACAUCUCUUCAUCGAGGACUAACCCCUACAGUUAUGCAAUGAGUACUGAAGAAGCCAGAUUUCUUACCUACCAUAUGUGGCCAUUAACUUUUUUGUCACCAUCAGAAUUGGCAAGAGCUGGUUUUUAUUAUAUAGGACCUGGAGAUAGGGUAGCCUGCUUUGCCUGUGGUGGGAAGCUCAGUAACUGGGAACCAAAGGAUGAUGCUAUGUCAGAACACCGGAGGCAUUUUCCCAACUGUCCAUUUUUGGAAAAUUCUCUAGAAACUCUGAGGUUUAGCAUUUCAAAUCUGAGCAUGCAGACACAUGCAGCUCGAAUGAGAACAUUUAUGUACUGGCCAUCUAGUGUUCCAGUUCAGCCUGAGCAGCUUGCAAGUGCUGGUUUUUAUUAUGUGGGUCGCAAUGAUGAUGUCAAAUGCUUUUGUUGUGAUGGUGGCUUGAGGUGUUGGGAAUCUGGAGAUGAUCCAUGGGUAGAACAUGCCAAGUGGUUUCCAAGGUGUGAGUUCUUGAUACGAAUGAAAGGCCAAGAGUUUGUUGAUGAGAUUCAAGGUAGAUAUCCUCAUCUUCUUGAACAGCUGUUGUCAACUUCAGAUACCACUGGAGAAGAAAAUGCUGACCCACCAAUUAUUCAUUUUGGACCUGGAGAAAGUUCUUCAGAAGAUGCUGUCAUGAUGAAUACACCUGUGGUUAAAUCUGCCUUGGAAAUGGGCUUUAAUAGAGACCUGGUGAAACAAACAGUUCAAAGUAAAAUCCUGACAACUGGAGAGAACUAUAAAACAGUUAAUGAUAUUGUGUCAGCACUUCUUAAUGCUGAAGAUGAAAAAAGAGAAGAGGAGAAGGAAAAACAAGCUGAAGAAAUGGCAUCAGAUGAUUUGUCAUUAAUUCGGAAGAACAGAAUGGCUCUCUUUCAACAAUUGACAUGUGUGCUUCCUAUCCUGGAUAAUCUUUUAAAGGCCAAUGUAAUUAAUAAACAGGAACAUGAUAUUAUUAAACAAAAAACACAGAUACCUUUACAAGCGAGAGAACUGAUUGAUACCAUUUUGGUUAAAGGAAAUGCUGCGGCCAACAUCUUCAAAAACUGUCUAAAAGAAAUUGACUCUACAUUGUAUAAGAACUUAUUUGUGGAUAAGAAUAUGAAGUAUAUUCCAACAGAAGAUGUUUCAGGUCUGUCACUGGAAGAACAAUUGAGGAGGUUGCAAGAAGAACGAACUUGUAAAGUGUGUAUGGACAAAGAAGUUUCUGUUGUAUUUAUUCCUUGUGGUCAUCUGGUAGUAUGCCAGGAAUGUGCCCCUUCUCUAAGAAAAUGCCCUAUUUGCAGGGGUAUAAUCAAGGGUACUGUUCGUACAUUUCUCUCUUAAAGAAAAAUAGUCUAUAUUUUAACCUGCAUAAAAAGGUCUUUAAAAUAUUGUUGAACACUUGAAGCCAUCUAAAGUAAAAAGGGAAUUAUGAGUUUUUCAAUUAGUAACAUUCAUGUUCUAGUCUGCUUUGGUACUAAUAAUCUUGUUUCUGAAAAGAUGGUAUCAUAUAUUUAAUCUUAAUCUGUUUAUUUACAAGGGAAGAUUUAUGUUUGGUGAACUAUAUUAGUAUGUAUGUGUACCUAAGGGAGUAGUGUCACUGCUUGUUAUGCAUCAUUUCAGGAGUUACUGGAUUUGUUGUUCUUUCAGAAAGCUUUGAAUACUAAAUUAUAGUGUAGAAAAGAACUGGAAACCAGGAACUCUGGAGUUCAUCAGAGUUAUGGUGCCGAAUUGUCUUUGGUGCUUUUCACUUGUGUUUUAAAAUAAGGAUUUUUCUCUUAUUUCUCCCCCUAGUUUGUGAGAAACAUCUCAAUAAAGUGCUUUAAAAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-978.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1057.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 949.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((..(((.((((((((.....)))).(((((((((((((((((.(((((......(((((((((((((((((......)).)))).)))))......)))))).((((..(((....)))..))))(((((..........))))))))))....)))...................)))))..((((((((((((.(((((((((((....(((((.((((((((.........)))))))).)))))((((........))))....(.(((((((((((((..(((((((((((.....(((((((.(((.(((((((...(.((((((((((((((((((((.......(((...)))........)))))))).))))..)))))))).).))))))).)))..........(((((......))))).............(((((...))))).((((........((((((((((.(((............)))))))))))))........))))(((((.(((..((((((((...))))))))..)))...)))))...........))))))).....)))))).))))).))))))))))))).)................)))))))))....))..)))))..(((((((.((((........(((((((((.......)))))))))....))))))))))).....(((((((.(((((..((((((((......)))))))).....((((....((((((((.(.(((((((((....))))))............(((((((..(((.((((((........))))))))).)))))))((((.......))))........((((((((....))))))))))).).))))))))..))))))))).))))))))))))))..)))))))))..........)))).)))..)))).....(((.(((((........((((((....))))))..))))).)))......(((((((.(((((((((.........((((((((((((((..((((((((.((((.(((....))).)))).))).)))))..)))))(((....)))((((((((..(((((((...((((..(((......)))...))))..)))))))...))))))))......((((((........)))))))))))))))(((((((...........)))))))......)))))))))....((((.((....)))))).......((((((......)))))).......(((((((((((...(((((((((.....((((.(((((((((((.....)))))))))))((((........)))).......(((((..(((((..(((((.((((((..((..(((((.....)))))..((((((((((((......(((((((((((((.((((((((..(((((......)))))..................(((((((.(((..(((.((((.....))))))).))))))...)))).....((((...)))).((..(.(((......))).)..)))))))))).)))))))))))))((((((((((...........(((..(((((.((((.(((.(((((((..(((((...(((((.....)))))....(((((....(((((((.....))))))).))))).))))).))))))).))))))).(((.(((......))).))).....((((....)))))))))....))))))))).))))((.(((((((((((((....((.(((((.((((.((.(.((((((...(((.((((..((((.......(((..(.(.((((((....)))))).)..)..)))....((.((((..(......)..)))).))..((((.((..............)).)))).............((((((((((.(....((((((((..(...(((((((....((((((.(((((((..((((.(((((((.......(((..((((((.((((((((......(((((((((((..(((((...(.(((((.(((((((...............)))))))))))).)....)))))....)))))))....))))((((.((((......))))))))(((((....)))))...((((((....))))))))))))))....))))))..)))))))).)).)))))))))).).))))))...)))))))...)....))))))))).))))))))))..))))..))))))).))))))).)).)))).....))))).))...)))..)))))))))).))))).))))))))).))..))))....)))))))..))))).((((((((((((....(((......))).((((.(((.((..((((((......))))))..)).)))))))..((((....((((((((...((((((((((....)))))))........)))..)))))))).....))))....))))))))))))...(((((((...)))).))))))))......(((((...((.......))...)))))))))..))))))))).))))))))))).....((((((........)))))).((.((((.((((((((((......((((.(((((.(((((....((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((...(((((((((.((...((((((.(((......)))............(((((....(((.(((((((((((((.((((...))))...........((.(((((((((((((.....(..((..(((..(((....(((((..((......))..)))))((((((((.......(((...........)))((((((..(((........))).))))))...(((((((...))))))).....))))))))(((((........)))))..............)))..)))..))..)...))))))))).)))).)).........))))))))).)))).))).....)))))..((((((...))))))((((((((((.((((...)))).(((((((.......)))))))......)))))).))))))))))...))..((((((.((((((.....)))))).((((........))))))))))...))))))))).....).))))))((((((((.....(((((.((((((.((.(.....).)).)))))))))))....)))))))).......(((((.((((((((((.((((.....(((((...((((((..(((((......)).))).)))))))))))..((((.(((((((....))))).)).))))..((.(((((((...))))))).))...)))).))))))))...)).)))))..)))))))))).)))..((((..((((((.....))))))...))))..((((...)))).(((((((........))))))).))))).)))))))))..))))))))))))))))).))))..........)))))))))).)))))).......(((((((((....)))).)))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...({(({,{{,.,{{{(((,{{{..|(({(((((((..{((((({(({{((({{.....{||||{{{|||||{|,,.,,,...),)}}),)))))...,,,}))))).((((..(((....)))..))))(((((..........)))))})}}||{{{..{{{..(((((((.((((((((((....,,..,{{(((((,(.(((((((({....(((((.((((((((.........)))))))).))))),{{{........||}}....{.(((((((((((((.{{({{(((((((.....(((((((.(((,((((({{...(.(((((((((({{(((((({{.,,....(((...}}),,,.....}}}))))).)}},.,})))))}).}.}}))))).})).||.,..,,,{{{({.,,,,,|}}}}}}}}}|,,,.,,.{({({...}}}}}.((((....,,,.((((((((((.(((............)))))))))))))...,....)))),{{,,.(((..((((((({...))))))))..)))...}}}}},,,,.......))))))),,.,.))))))},}}}).))))))))))))).}.......|||...,,,)))))))))....}},.,}}}}..{{{{{{{.{{{{........{{(((((((.......})))))))),||,,,,|||||}||...,,..(((((((.,.((((..((((((,,({.(((((((,(({{{{.(({{.......{((,,{,,.((((((....)))))),,}}}}}}||.,}}})|.,..,.})))))).})))))))).))))....)))))))||,|,.,}}}|)))}......,,||||||{{...,)}))))}}.))))))))))))))))).,.}}},.))))){{,(((({...((((((((...{{{{{...,,{{{.,|{|||,...,,,|},.,,}}|.,}}}}}.))))))))..,|}}}}}},,..............||||,,.{((((((({.........{((((((({(((((..((((((((.((((.(((....))).)))).))),}))))..))))}(((....}||((((((((,,(((((((...((({..(((......)))...})))..))))))),..)))))))).,....{(((((......,.))))))})))))))|(((((((,,....,||..})))))),.....)))))))))....((((,({,...,|||}},.,,,..((((((......))))))..,,,|,{{{{{{{||||,,}|{{{(((((....|||||.|((((((((((,...,))))))))))}||||,.,}},.,))}}}|,,,||{{{{{..{((({.,{|{{{{{{((({..{{..(((((.....||}||..(((((((((.{(,,....(((((((((((((.((((((((..(((((......)))))..................{((((((.(((..{{.(((((.....)))))}}.)))}})...)))}.....((((...)))).((..(.(((......))).)..)))))))))).)))))))))))))||||{(((((...((((({...((....}},.}))))}(({,{(({({{{{(({{...(((((.....))))}}}}.{((((....(((((((.....))))))).))))),}||||,.,|{||||,||)},}}}}}}||}.,....,,,.,||,,...((((....))))..,,})),),},)))))},.,,|((.(((((((((((.{....((.(((((.((((.((.{.((((((...(((.(((({(((((......,,|,,|,.{.((((((....}))))).|,,{{......,|{{,(({{..{...,,.|{{|||}.||,,(({{.{{......,,,,,,,,|}.}|||.............(((({(({{{.,...{((((((((.{(,,.((((({{...,{{((({.{{{((({..,{||.|||||||,,,,,,}|||..((((((,((((((((,,,,..((((((((((({.(((((...,.(((((.(((((((.{{..........,.)))))))))))).}....))))).},.})))))|,{...{,,((((.((((......))))))))}|{||,|.,||,,..,,|,{|,,.}}})),}))))))))))..,.)))))).,)))}}})),)),}))),}}}},.),)))))).,.})))))).,.,....))))))))),))))))))))..)))).}))))))).))))))}.)).)))).....))))).))....}}},)))))))))).))),,.))))))))).}}..}))}....}})))}}..))))).((((((((((((....(((......))).((((.{({.((..((((((......))))))..)).}}}))))..((((....((((((((.,,((((((((((....)))))))........)))}.)))))))).....))))....))))))))))))...{|{|{{|...,))),)))))}))......|||||,..,,,....{{|,,...,},))}},,,))),,,,,|,|||}},}}}})}}}}.((((((........))))))..,.,,....,(((((((((((({{((({.(((((.(((((,...{(((((((((((((((.(((((,((({((,(((({,.(((((((...(((((((({.((...((((((.(((......)))............(((((..,.{({.(((((((((((((.{{.,....,},...........((.(((((((((((((.....,..((..(((..(((.,,{(((((..((......))..))))}{(((((((.......(((...........)))((((((..(((........))).))))))...(((((({...})))))).....)))))))|(((((........))))),........,,}}.)))..)))..))..}...))))))))).)))).)).........))))))))).)))).))}.....)))))..((((((...))))))((((((((((.(({,...,||,.(((((((.......)))))))..,,..)))))).)))))))))).,.|}..,,,,|||{{{{{{.....||||||,((((........)))),,,))),,,))))))))).....)}})))))((((((((.....((((,,((((((.{,.{.....}.}}.)))))))))))....)))))))),,,,,,,{{(((,,{{{{{{{{|,|||{{({{{(,((({..((((((..({(((......))},)}.)))))).)))}.}||||.{{{{|||,,,,}||}|{||{||},..{(.(((((((...))))))).))}}})))).}|||||||{{..|{||,|{{.|,||||||||,||...,|||},((((((.....))))))...})))}}|,|,}}})))).{||||||}}}}}}.))}))))),}}))).)))))))))}.})))))))))))))))).})}}..........)))))))))).)))))).,,,}}.|{{{(((((....))))}.}})}))))}}}.......
Back