Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001166284.2
Sequence Length
1586 nt
GC Content
0.5202
AUUGUGGGUUGCUGGGCGGCCCGGUCUCGGAGAAGAGGGGAGAGUGGCGGGCCGCUGAAUAAGCUUCCAAAAUGAUGGUGGGUGAUGGCACCACCUCAGUGACCUUGCUGGCUGCAGAGUUUCUGAAGCAGGUGAAACCCUAUGUGGAGGAAGGUUUACACCCCCAGAUCAUCAUUCGAGCUUUCCGCACAGCCACCCAGCUGGCAGUUAACAAGAUCAAAGAGAUUGCUGUGACCGUGAAGAAGGCAGAUAAAGUGGAGCAGAGGAAGCUGCUGGAAAAGUGUGCCAUGACCGCUCUGAGCUCCAAGCUGAUCUCCCAGCAGAAAGCUUUCUUUGCUAAGAUGGUGGUGGAUGCAGUGAUGAUGCUCGAUGAUUUGCUGCAGCUUAAAAUGAUUGGAAUCAAGAAGGUACAGGGUGGAGCCCUCGAGGAUUCUCAGCUGGUAGCUGGUGUUGCAUUCAAGAAGACUUUCUCUUACGCUGGGUUUGAAAUGCAACCCAAAAAGUACCACAAUCCCAAGAUUGCCCUUUUGAAUGUCGAGCUCGAGUUGAAAGCUGAGAAAGACAAUGCUGAGAUAAGAGUCCACACAGUUGAGGAUUAUCAGGCAAUUGUUGAUGCUGAGUGGAACAUUCUCUAUGACAAGUUAGAGAAGAUCCAUCAUUCUGGAGCCAAAGUUGUCUUGUCCAAACUCCCCAUUGGGGAUGUGGCCACCCAGUACUUUGCUGACAGGGACAUGUUCUGUGCUGGCCGAGUACCUGAGGAGGAUCUGAAGAGGACAAUGAUGGCCUGUGGAGGCUCAAUCCAGACCAGUGUGAAUGCUCUGUCAGCAGAUGUGCUGGGUCGAUGCCAGGUGUUUGAAGAGACCCAGAUUGGAGGCGAGAGGUACAAUUUUUUUACUGGCUGCCCCAAGGCCAAGACAUGCACCUUCAUUCUCCGUGGCGGCGCCGAGCAGUUUAUGGAGGAGACAGAGCGGUCCCUGCAUGAUGCCAUCAUGAUCGUCAGGAGGGCCAUCAAGAAUGAUUCAGUGGUGGCUGGUGGCGGGGCCAUUGAGAUGGAACUCUCCAAGUACCUGCGGGAUUACUCAAGGACUAUUCCAGGAAAACAGCAGCUGUUGAUUGGGGCAUAUGCCAAGGCCUUGGAGAUUAUCCCACGCCAGCUGUGUGACAAUGCUGGCUUUGAUGCCACAAACAUUCUCAACAAGCUGCGGGCUCGGCAUGCCCAGGGGGGUACAUGGUAUGGAGUAGACAUCAACAACGAGGACAUUGCUGACAACUUUGAAGCUUUCGUGUGGGAGCCAGCUAUGGUGCGGAUCAAUGCGCUGACAGCAGCCUCUGAGGCUGCGUGCCUGAUCGUGUCUGUAGAUGAAACCAUCAAGAACCCCCGCUCGACUGUGGAUGCUCCCACAGCAGCAGGCCGGGGCCGUGGUCGUGGCCGCCCCCACUGAGAGGCACCCCACCCAUCACAUGGCUGGCUGGCUGCUGGGUGCACUUACCCUCCUUGGCUUGGUUACUUCAUUUUACAAGGAAGGGGUAGUAAUUGGCCCACUCUCUUCUUACUGGAGGCUAUUUAAAUAAAAUGUAAGACUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-576.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -607.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 437.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((...)))))))((((((..((..(((((((((((...(((((((((...((((((....(((((((((((((.....((((..(((((.(((.((((.....)))).))).))).))..))))..))))....(((.((..(.....)..))))).))))))))).))))))......))))((((((((.(.((((((....((((.....))))(((((((..(((......((......((((((((((......)))))......(((.(((((((((((.....((.((((((((..((((((...(((((((((.(((((((......)))))))((((((((((.(.((((.((((((....((........))....))))))....(((.(((((((....((....)).(((((((((..(((((.(.((((((((((((((((.....)))(((..((((((........))))))....)))...(((((....)))))...))))))))))..))).).)))))..))))))))).(((((((((..((((...((((.((....)).)))))))).))).))))))........(((((.(.(((((((........)))))))).))))))))))))..)))...(.(((((..((((.(((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((((.(((...(((..((((..((((.((..(((...(((.............)))..)))..))..))))...))))..))).....)))))))))))))))).)))))))))....((.(((((((((.((((..(((..((((.(((((((((......))))))..(((((.......))))).(((.(((.(..((.(((((((((((.((.....)).).))))))))))))..).))))))(((((.....(((((((((((((((..((......))..).))))))..)))))))).....)))))))).))))..)))..)))).)))))))))))(((((..(((((((.((...((((...(((((...)))))..))))(((....)))..)))))).)))...))))).(((.((((...(((.((((.((((......))))....)))).)))...)))))))))))..)))).))))).)))).....))).))))..))))).).....)))).))))))))).)).....)))))))))...)))))).))))).))).)).(((((..((((.....(((((((...))))))))))).)))))...(((...((((....)))).))).((((.((((..((((((......))))))..)..))).))))..))))))))))))))..))))).....))....)))...))))..))))))))).).)))))))).(((..(((((((((...(((.....))).....))))).))))..)))....)))))))))))))))).)).))))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((...)))))))((((((.{.,((((((((((((((((.(((((((.....}||..{{,..,((((((((((((..(((.(({((({,({{(({((,(,{(((|(((.|||,}}},,},.((((((((({{......,},..})))).))))..|{{|||{||,,|,||((||{{,{({{.((((((,,,{{{{(((((,.,,.{{((.....))))}}}}||}|,{{{..{,,|||.......,{{{(((((,{,,,{|||||{{....{{{.{|||,|{||||},,..||||||{((((..,,,|||}}.,,,{||||}}}}}|||,....}})))),}.|||,|,||,,.,}}}}}))})}}}}))))}}}}.....{({{....}}))},})))),},})}))}.)))(((.(({{(((((((((..(((((.(.((((((((((((({(,.....,,.{,,..((((((,{.....}))))))....}},...(((((....)))))...))))))))))..))).).)))))..))))))))}.(((((((((..((((...((((.({....}).)))))))).)))},))))).....,{,{((((.,.(((((((........))))))),.))))))))))).))).((((((((((.(((((..(((((((..{(((.((((((((((((((((((((((((((((((.(((..,({{.{((((..{(({.(({.,{,}}}.{||.....||,....||,,{|||..,,}}))))..,))}).}))),..,.)))))))))))))))).)))))))))....{,{(((((((((.((((..(({..((((.((({,{.((({.,,...,},)}}},,||}}}}}},}}}},.,,|.,|{.|||{{.(((((((((((.((.....)).)}}}))))))))}}..}.}}||||(({,({(.{.(((((((((((((((..((......))..),}))))),.})))))))).})),})))))).},}},,}))..)))).)))}))))))}(((((.,(((((((.((...((((...(((((...)))))..))))(((....))).,),))))}}))...))))).(({{((((.{.(((.((((.((((......))))....)))).))),},))))))))))}..}))).)))}}))))))...,}},.||}},,...)}}}..,..,,,))))).....)))))))))),,}|||||{,{||||,|{|||||{|||.||,(((((..((((.....(((((((...))))))))))).))))),,.{{{...((((....)))).}},.{(((,((({..((((((......))))))..)..))).))))}})))))},)))),}},)))))}}})}},),,,}))}}})))),,)))..)))).))))))((((..(((..(((((((((...(((.....})).....)))))},)))..)))....,)))),)))))))))).,).))))))........................
Back