Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001168298.2
Sequence Length
2656 nt
GC Content
0.4767
AGUGGUGAUAGCUGAGAAUAUGCAGCCGUUUUCUCCUUCCUGGGUACAGUGCUAUUCUGCCUAGAGCUCUGACUACCACCCAACCUUGAGGCACAGUGAAGACAUCGGUGGCCACUCCAAUAACAGCAGGUCACAGCUGCUCUUCUGGAGGUGUCCUACAGGUGAAAAGCCCAGCGACCCAGUCAGGAUUUAAGUUUACCUCAAAAAUGGAAGAUUUUAACAUGGAGAGUGACAGCUUUGAAGAUUUCUGGAAAGGUGAAGAUCUUAGUAAUUACAGUUACAGCUCUACCCUGCCCCCUUUUCUACUAGAUGCCGCCCCAUGUGAACCAGAAUCCCUGGAAAUCAACAAGUAUUUUGUGGUCAUUAUCUAUGCCCUGGUAUUCCUGCUGAGCCUGCUGGGAAACUCCCUCGUGAUGCUGGUCAUCUUAUACAGCAGGGUCGGCCGCUCCGUCACUGAUGUCUACCUGCUGAACCUAGCCUUGGCCGACCUACUCUUUGCCCUGACCUUGCCCAUCUGGGCCGCCUCCAAGGUGAAUGGCUGGAUUUUUGGCACAUUCCUGUGCAAGGUGGUCUCACUCCUGAAGGAAGUCAACUUCUAUAGUGGCAUCCUGCUACUGGCCUGCAUCAGUGUGGACCGUUACCUGGCCAUUGUCCAUGCCACACGCACACUGACCCAGAAGCGCUACUUGGUCAAAUUCAUAUGUCUCAGCAUCUGGGGUCUGUCCUUGCUCCUGGCCCUGCCUGUCUUACUUUUCCGAAGGACCGUCUACUCAUCCAAUGUUAGCCCAGCCUGCUAUGAGGACAUGGGCAACAAUACAGCAAACUGGCGGAUGCUGUUACGGAUCCUGCCCCAGUCCUUUGGCUUCAUCGUGCCACUGCUGAUCAUGCUGUUCUGCUACGGAUUCACCCUGCGUACGCUGUUUAAGGCCCACAUGGGGCAGAAGCACCGGGCCAUGCGGGUCAUCUUUGCUGUCGUCCUCAUCUUCCUGCUCUGCUGGCUGCCCUACAACCUGGUCCUGCUGGCAGACACCCUCAUGAGGACCCAGGUGAUCCAGGAGACCUGUGAGCGCCGCAAUCACAUCGACCGGGCUCUGGAUGCCACCGAGAUUCUGGGCAUCCUUCACAGCUGCCUCAACCCCCUCAUCUACGCCUUCAUUGGCCAGAAGUUUCGCCAUGGACUCCUCAAGAUUCUAGCUAUACAUGGCUUGAUCAGCAAGGACUCCCUGCCCAAAGACAGCAGGCCUUCCUUUGUUGGCUCUUCUUCAGGGCACACUUCCACUACUCUCUAAGACCUCCUGCCUAAGUGCAGCCCCGUGGGGUUCCUCCCUUCUCUUCACAGUCACAUUCCAAGCCUCAUGUCCACUGGUUCUUCUUGGUCUCAGUGUCAAUGCAGCCCCCAUUGUGGUCACAGGAAGUAGAGGAGGCCACGUUCUUACUAGUUUCCCUUGCAUGGUUUAGAAAGCUUGCCCUGGUGCCUCACCCCUUGCCAUAAUUACUAUGUCAUUUGCUGGAGCUCUGCCCAUCCUGCCCCUGAGCCCAUGGCACUCUAUGUUCUAAGAAGUGAAAAUCUACACUCCAGUGAGACAGCUCUGCAUACUCAUUAGGAUGGCUAGUAUCAAAAGAAAGAAAAUCAGGCUGGCCAACGGGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAAAAAAAAAUUAGCCGGGCGUGGUGGUGAGUGCCUGUAAUCACAGCUACUUGGGAGGCUGAGAUGGGAGAAUCACUUGAACCCGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUUGUGCCCCUGCACUCCAGCCUGAGCGACAGUGAGACUCUGUCUCAGUCCAUGAAGAUGUAGAGGAGAAACUGGAACUCUCGAGCGUUGCUGGGGGGGAUUGUAAAAUGGUGUGACCACUGCAGAAGACAGUAUGGCAGCUUUCCUCAAAACUUCAGACAUAGAAUUAACACAUGAUCCUGCAAUUCCACUUAUAGGAAUUGACCCACAAGAAAUGAAAGCAGGGACUUGAACCCAUAUUUGUACACCAAUAUUCAUAGCAGCUUAUUCACAAGACCCAAAAGGCAGAAGCAACCCAAAUGUUCAUCAAUGAAUGAAUGAAUGGCUAAGCAAAAUGUGAUAUGUACCUAACGAAGUAUCCUUCAGCCUGAAAGAGGAAUGAAGUACUCAUACAUGUUACAACACGGACGAACCUUGAAAACUUUAUGCUAAGUGAAAUAAGCCAGACAUCAACAGAUAAAUAGUUUAUGAUUCCACCUACAUGAGGUACUGAGAGUGAACAAAUUUACAGAGACAGAAAGCAGAACAGUGAUUACCAGGGACUGAGGGGAGGGGAGCAUGGGAAGUGACGGUUUAAUGGGCACAGGGUUUAUGUUUAGGAUGUUGAAAAAGUUCUGCAGAUAAACAGUAGUGAUAGUUGUACCGCAAUGUGACUUAAUGCCACUAAAUUGACACUUAAAAAUGGUUUAAAUGGUCAAUUUUGUUAUGUAUAUUUUAUAUCAAUUUAAAAAAAAACCUGAGCCCCAAAAGGUAUUUUAAUCACCAAGGCUGAUUAAACCAAGGCUAGAACCACCUGCCUAUAUUUUUUGUUAAAUGAUUUCAUUCAAUAUCUUUUUUUUAAUAAACCAUUUUUACUUGGGUGUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-789.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -841.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 678.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(.(((((((((.(((....))).)))))....(((((((.(((...))).))))))))))).).)))))(((((((((((..((...(((((.((((.(((.(((((...(((..((((((((((.((((((.((.((((((((((...((((((.((....(((((((..((((.(((((...((((((.((........)).))))))..((((((.(.(((.((.((..(.(((.....((..(((.(.(((.((..(((((....))))))).))).))))..)).....))).).)).)).))))))))))...((((.....))))......((((.....))))((.(((.....))).))......)))))))).)..)))))))....))))).))).(((((...........)))))((((((((((...((((...)))).......((((....))))..))))))))))..((........))....((((....))))))))))).))).)).))))))........(((((....))))).(((.(......).)))((((........))))...(((((((...)))))))))))))).((((((((...(((....((((..........)))).)))))))))))((((((.((...((.(((......)))...))....)).))))))...)))..)))....))))))))..)))))))))...)).))))((((((.(((..(((.(((((.(((((((((......))).).)))))......((((((..(....)..))))))......((((.(((((((((..((((........))))(((.(((((..(((((((((((..((.((((((((((((.((.(((((..(.(((....))).)..))))).)).))...(((((((.((((((((...((((((((.....((.(((((((((.(.((........)).)..))))))))))).....))))))))...)))))...))).)))))))((((.(((...((.....)).))))))).(((((((.(.((...)).)))))))).....(((((((............(((..(((......))).)))......((((((.......................))))))....((((((((((...(((((.........)))))...))).))))))).((((((.(((((((((((.....(((...........((((.((((...((((((.((.((((((((....(((((((((((...............(((((...(((((.....(..(((((((.((((....((((((((((((((((.(((((..(((..((.(((....((((.((((((.......)).))))..)))).....)))))..)))((((((((.((((............((((((..((((((..((((......((......))....))))......))))))..))))))..........(((((((((...((...))...)))))).)))((((((((....................))))))))(((((((...))))))).....................................)))).)).))))))..))))).))))))).....)))).)))))....(((.............))).((((((((.(((.(((((........)))))))).)))).)))).((....)))))).)))))))..)..))))).)))))...))).))))))))...)))))))))).).))))))))).))))..)))....)))))).)).))).))))))......)))))))...................(((.((((.....)))).)))(((((((.......))))))).................))))))...)))).)).......................((((((.((((..............((....)).........((((((......))))))))))))))..))....(((((((((((........((((..(((((.(((.....)))..)))))))))..))))))))))).((.((.....)).))...((((((((.((.(((..((((((.....(((....))).....)))))).....))).)))))))))).(((.((((......)))).)))........)))))))))))))))).))))))))).))).)))).))))).)))))))))))).....((((.((((((((((.(.((((((.........)))))).).))))))...(((.(((.((((...))))))).)))..((((.((.((((((((..(((((.....)))))...)))))))).))...)))).(((((........))))).....)))).)))).....(((...((((((((....).)))))))))).((((.((......))))))......((((((((((((......)))..........)))))))))..........)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((.(.(((((((((.(((....))).)))))....(((((((.((,...,}}.))))))))))).).)))))(((((((.,,,.{(({{{((((.((((({((((((({,{((((...,.(((((,,..,,,)))}}..,.|||||{{{,,.{(((((.((....(((((((.,{(((.(((((...{(((((.((........)).)))))}..((((((.(.(((.((.((..{.(((.....((..(((.(.(((.((..(((((....))))))).))).))))..)).....))).,.)).)).)))))))))),,.((((.....))))...||.{(((,...,))))((.{({.....))),),.}},,.)))))))).)..)))))))....))))).))),{{{{({{{,,,,....}}}})||||{|||||,,..}||}}}))))}}}...,}|}}...{{|||{{{||,,}}}||...,...{(({{{....{(((({{..|||||||||,|,,||,||,{|||||{,....||(({(|,.,,}}))}.||||||||.|||..||{{,({{,(....)))),.,(((((({...})))))))}},},}.||||{|||||||{{.,,.|{||}|,.,,,,},)))).,}})}}||}||((((((.((,..{,.(((......}))...)}....)).))))))|}},}|{{|||{{{{,|||,,.)}},|||||.|,...,,,,)))|((((,.((,,,(((..((((.(((((((((......))).).)))))}}},..{(((({..{....),,))}})).,,}}.,(((.(((((((((..((((........))))(((.(((((,.{((((((((((..((.((((((((((,..{{.(((({..(((((....||}{|..,,)),}))}))}..(((((((.((((((((...((((((((.....((.(((((((((.{.((........)).,..))))))))))).....))))))))...)))))...})),)))))))((((.(((...((.....)).))))))).(((((((.(.({...}).)))))))).....(((((((.{{{((((((((.(.(((({,(({.,(((.,{,...,|,}}}}||}}((((((..,,.{{.(((({....))))).))|(((((((((...(((((.........)))))...))))}}))))|{{,.{({,(((((((((.,({.....(((.((..((((({{(((((........,(((,..(((((((((((.((((..................,,..{{(,..((((((..({....))..}))))).,.,,}{(((((((((((((((.((((({{,((({((((,,....|}}}},))},))}}|...(({.((({,...}}})}})),..|||{|((((((((.((((..........,{((({,,,,(((,((,,.{,..,....||....}})),,)})))}.,,,..,,,,,,,})||||,.......},,{((((((((...((...))...)))))).))}((((((((....................))))))))(((((((...)))))))..............................,,,,...)))).)).)))))),}))))).))))))).....)))).)))))))).)))))........))))))))))))))))))))..)).)))..}.)).)))))))|||{.{{{..,,..))).|,|}}{(((((...))))))},,.,}))))},},.)))))).....,|,..,,)),.)))).).)))))))).}})......|{|},,}})|{{{{....}.)))}..))))))}.............,,,...,,|.,,,.....,}),}.}}}(((((((.......))))))).............,...))))))...)))).))..,{({({...,.,.,,,.....,,.(((((((({,.....,.....}||....||...{{,...((((((......))))))},.))),,..}}....(((((((((((......{.((((..(((((.(((.....)))..)))))))))}.))))))))))).{{.((.....)).}}...{{{{{{{|.|,.|||||||||||.....(((....))).....||||||..||,,||,|,}}}})))).,{|,|,||},},..}}}}.},,........)))))))))))))))).))))))))).))).))))})))),}))}}))))))))},.}}))))}}))))},..{{({((,,.(((.((,....))).)))..)))))}..{((.({{,((((...}))})}).))}..{{{{.({.{(((((((..{((((.....}))}}..,)))))))}.))...}}}}.,,{||,,......}}}},....{|||..,,,.....}))}..{((((((((....).))))))))))}||||}||......,)))))......,{(((({(({({......},}.......,..})))))))}..........}))))))....
Back