Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001168394.2
Sequence Length
2470 nt
GC Content
0.4162
GAGUCACGCGAUUUCCGGGAACCCGUCAGGAAGGACAUAAACAAAACAAACCCGAGGCAGCAUGGAGAGGGGCCGUGGCCCCUGCAGCGGAACCGGACCCAGUCCCUGAGCCGCCCCUACACCCACAGACAGCAUCGCACAGAAUUAUUUUAAAAAAAAGCAGUGAUCCAAGCAAUUGAAUUGGAAGCACUCUGGGGAAACCUGCUGUUUAUUGUGGAAAUCAUCUUCGAUCUUGGAAUUGAAAGUAAAGCUGGAAAGGAAUUUACAAACAAGAAAAAAAAGAAGUUUGGAAUCGGAUUCACAGGAUCUGGGCUUGGAAAUGCCUCAGCCUAGUGUAAGCGGAAUGGAUCCGCCUUUCGGGGAUGCCUUUCGAAGCCACACCUUUUCGGAACAAACUCUGAUGAGCACAGAUCUCUUAGCAAACAGUUCGGAUCCAGAUUUCAUGUAUGAACUGGAUAGAGAGAUGAACUACCAACAGAAUCCUAGAGACAACUUUCUUUCUUUGGAGGACUGCAAAGACAUUGAAAAUCUGGAGUCUUUCACAGAUGUCCUGGAUAAUGAGGGUGCUUUAACCUCAAACUGGGAACAGUGGGAUACAUACUGUGAAGACCUAACGAAAUAUACCAAACUAACCAGCUGUGACAUCUGGGGAACAAAAGAAGUGGAUUACUUGGGUCUUGAUGACUUUUCUAGUCCUUACCAAGAUGAAGAGGUUAUAAGUAAAACUCCAACUUUAGCUCAACUUAAUAGUGAGGACUCACAGUCUGUUUCUGAUUCCCUUUAUUACCCCGAUUCACUUUUCAGUGUCAAACAAAAUCCCUUACCCUCUUCAUUCCCUGGUAAAAAGAUCACAAGCAGAGCAGCUGCUCCUGUGUGUUCUUCUAAGACUCUGCAGGCUGAGGUCCCUUUGUCAGACUGUGUCCAAAAAGCAAGUAAACCCACUUCAAGCACACAAAUCAUGGUGAAGACCAACAUGUAUCAUAAUGAAAAGGUGAACUUUCAUGUUGAAUGUAAAGACUAUGUAAAAAAGGCAAAGGUAAAGAUCAACCCAGUGCAACAGAGCCGGCCCUUGUUGAGCCAGAUUCACACAGAUGCAGCAAAGGAGAACACCUGCUACUGUGGUGCAGUGGCAAAGAGACAAGAGAAAAAAGGGAUGGAGCCUCUUCAAGGUCAUGCCACUCCCGCUUUGCCUUUUAAAGAAACCCAGGAACUAUUACUAAGUCCCCUGCCCCAGGAAGGUCCUGGGUCACUUGCAGCAGGAGAGAGCAGCAGUCUUUCUGCCAGUACAUCAGUCUCAGAUUCAUCCCAGAAAAAAGAAGAGCACAAUUAUUCUCUUUUUGUCUCCGACAACUUGGGUGAACAGCCAACUAAAUGCAGUCCUGAAGAAGAUGAGGAGGACGAGGAGGAUGUUGAUGAUGAGGACCAUGAUGAAGGAUUCGGCAGUGAGCAUGAACUGUCUGAAAAUGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAUUAUGAAGAUGACAAGGAUGAUGAUAUUAGUGAUACUUUCUCUGAACCAGGUAUUAUAAUGCUUGCAAGCUUACCAGACUGACCUUUGUAUUACUAUUUUGAAAUAGAAAGGUUUUUGUUUCUGUUUUGUUUGGAUAAUUUCUUUAUUUUAGUUUGGGAAUUAAAUGACUUAAACCUUGGAUUGGAUAUGUAAUUGGUUUUUCUAUUCAAAUAGCUCUAAAAUGAUCACUUUUGCUCACAUAGGGAUUCAUAAGCUGAUUCCUUGAGGGCUUAUUUUUUAUUAUUUUAUUUCUUAUUUUUAAAAUUAAAAUAGAGAUGAGAGCUUGCCACUGUGCCCAGCUGAGGACUUAUUCUUAAUGUAUCUUAUGUUAAGUGACCUGUUUUGUCACUCUCUUGAGCAUUUAUGCAAAGACACCAAUAAUUUAUUGGUUUAAAAAAUAUUCCUGUUUAGGGCCAGGCGCAGUGGCUCACGUUAGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUAAAGACCAGCCCGGCCAACACAGCGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUCAGAUGUGGUGGCACGCAUCUGUAAUCCCAGCUACUCCAGAGGUUGAGGCGGGAGAAUCACUUGAACCCAGGAGGCUGAGGUUGCGGUUAGCUGACAUCGCACCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGGAGUGAAAGUCUGUCUCAAUAACAACAAAAAAUAAUAAAUAAAAAUAUUACUGUUUAUGCAUGUGUCUCUCUAUUAUAGUUGAGAUAAGUUAGGAGUAUAUAGAAUGUUGAACCAAGUGAUGAUGGUUUAUAUUACUCAUUCCAAUACCCAACAAAGUCUAUUUAUGAAUAAUGUAAAAGCAUUUUCUUUGUGUCUGCUAACAUUUUAAUUUACAUCGUAUUUUCCUAUUUAAGAAAAAUACAUGCUGUAAUUUGGUGAGCAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-667.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -719.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 699.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.((.......((....))(((......)))...............((((((((((((....((((((....))))))...((((....((((...)))).....))))........((((((((((((((.(.((((...................(((.(((((.........)))))..)))))))).))....)))))))...))))).((((.(((((.(((((((............((((((..(((..((((((..............((((((((((.((((((((..(((((((((((((.((((.((.((..(((.......(((((.....))))).....))))).)).)))).)))))....(((.(((((......))))).)))..)))))).))..).....))))))).))))))))))((((((..((((..(((.(((.((((.((((..((..((((.((.((((........(((.(((((((((.((...............)).))))))))).)))))))))))))..))..)))).))))..)))...)))....))))...))))))..))))))..)))....................))))))...((.(((..........))).))((((((...(((((.....)))))...))))))...)))))))))))))))).........((((((((((...(((((((((((((.((((...(((.(((..(((((((((((((((.((.((((..((((.((((((..((((..(((.(((((((..((((((((((.(((((..............(((((((.(((((..(((((((.(((.......(((((...((((.(((.((((((((....(((((.......((((((......))))...)))))))...((((((....(((((((((..((((.........)))).....)))))))...))....)))))).......)))))))).........)))))))....)))))..(((.(.....).))))))..)))))))..)))))..(((......)))((((((((...))))))))...................(((((((.((((.....))))....))).))))))))))).............)))))................((((((((((((...))))))).........))))).((((((.((((.....))))..)).......))))...(((((((.((....((((((((..........))))))))(((...)))..)).)))))))(((...(((......))).))).....))))))))))...))).)))).))).))))..(((((........)).)))((((((........))))))))))))))))..)).)).)).)))))....)))))).))))..)))....(((((((...((((((((.((((((((...(((((((....)))))))(((((..(.((((..(((((((.((((.(......).)))).)))))))......)))).)..)))))(((((.....))))).(((((.((((............(((((...(((((......))))))))))..((((....))))...(((((((((.......((((...((((((.(((.....))).)))))).)))).........))))))))).((((((((((((.........))))))))))))...(((((((((((..(((..((((.......(((((((...)))))))((((((.......)))))).((((..(((....))).)))).(((((((...)))))))...............))))..)))..))))))))))).....((((((.((((((....))))))(((((.(((.(((....(.((((....)))).).....).)).))))))))...((((.(....)))))...))))))............((((((((......))))))))...)))))))))...)))))(((((((((((....((((((...((((((((((...(((.(((((........))))))))...)).))))....))))......))))))...))))))))))).....................))).)))))))).)))).)))))))))).)))))).)))))))..))))).)))))...((((((((((.((((((.((.((((.(((((((((.((((......((........))......)))).)))))))))..)))).)))))).))....)))))))))).........(((((((.((.....)).))))))))))))))..)))))...)).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((.{{,.,{{{({(,...}},,|.}},,},,,..............{({{{,((((((((...((((((....))))))...((((..,.((((...))))..,..))))........((((((((((((((.(.((({.....,,........,,.{(((.(((((.........)))))..)))))))}.))....)))))))...))))).((((.(((((,{((((((........,,...{(((((((((..,,,.{,,,,...........{{{|||||{{.{(((((({..,{{||{(((((((.((((.((.{{..(({.,.,...(((((.....))))),,..,))))).)).)))).)))))....(({.(((((......))))).)))..}}}}|}|||..|.....||||}|}.|||||}}}||{{{{,|,,||||,,|{({({(.((({.((((..((..((((.((.((((........(((.(((((((((.({.,,,.........},)).))))))))).)))))))))))))..))..)))).}))}.})))..,|||....)))),,.},,}}}.}}||,{{{{|{{{{.,..,,.,.||,..,|..{{{|.|{...}).))))............}}|||||,,}}|||||}}.,,}}))),,,))))}},}.))))))))))))))))....,,,..((((((((({,,.(((((((((((((.((({{{.{{(((((({.,(((..(((((((({((.{{((..,(((.((((((..(((({{((...((((((..((((((((((..{({{{....,,|,|{{,.(((((((.,,,||}.|||||||,(((((...(,{,((({{(((((.,,,(((,((((({(({(((((.......(,{(({......})))...)}))))).....((((....)))){(((...(((..(((((({(.....)))))))..)))}}}}..{{{{{{{{{,.,{{{||||||||.........,,||,||,{..,,},)},||{.({{{{{,.||||,,..|||||||..||||}...{{......}))||{,||||,.,),},)))).....}}}}}}........(((((((.((((.....))))....))).)))),))))))})}}}.,{{..{{{(((({,((.......,,},,((((.,,||||,.},)))))))}..}}},,.(({{{{{{{{,,..,.}))))))))),,,}}}}}.}})}}....{{{{.,,.,|,,,,((((((((........},)))))))}|||}..))))}...))),,,.}}}}}.......)))))},,})}))},))))))))))..)))).}}.))))))),.))}}}},,.}}}....)).|||((((((........))))})))))))))))}.)),)}.))))}||}||,.}}|{{{{.,{{,{|,({{{.{{.{{{{{{{{{||{|,.,,,)),)}|...{{{||||,,,.))}))))|,,,{..,.|||||}|((((((.((((.(......).)))).))))))|,,{{||}}}}||,,|||||{{{{{..,,,}}}},.{(({{{((({,||,...,....{{{{{,{{{(({({,.,..,},,,}}}}}.,}}}}}}},..((((((,{((((({....,..((((.,.{(((((.(((.....))).)))))).))))..,......)))}}}}|((((({{(((((.......)))))))))))))))))}.(((((((((((..(((,{((({....,,||{{{({{...})}}}}}((((((.......)))))).{(((..(({....})).)))).(((((((...)))))))............,,,}}}},,)))..))))))))))).....{(((({.((((({....})))))(((((.((({(,{....,.((((....)))).}.....}.)),})))))))...((((.(....}))))...}))))}............((((((((......)))))))),,,))))))))}.,.}}}}}(((((((((((....((((((...((((((((((.{.(({{(((((........)))))))).,.)).))}}..}}))))......))))))...)))))))))))....,,,.,,...,{{|||,,....,,,,,.|||,,,,}},})}))))).)))))).))))))).,))))).)))))...((((((((((.((((((.((.((((.(((((((((.((((...,,,(,........),.,,,,.)))).)))))))))}.)))).)))))).))....})))))))))...,,,...{{{((((,{{.....,),)))}}}))))))))..})}))},.}}.}},.
Back