Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001169.3
Sequence Length
1325 nt
GC Content
0.5872
AGCAGGUCCUGUCCCUAGGAGAUAAGAGUAUCUUGCACAGCAGGUGCAGGUUUCCCAGCAGCUCAGGCAAGAGUCCGAUGUUUGUGCCAUCUGAUCCUGAUGUCUGGAGAGAUAGCCAUGUGUGAGCCUGAAUUUGGCAAUGACAAGGCCAGGGAGCCGAGCGUGGGUGGCAGGUGGCGAGUGUCCUGGUACGAACGGUUUGUGCAGCCAUGUCUGGUCGAACUGCUGGGCUCUGCUCUCUUCAUCUUCAUCGGGUGCCUGUCGGUCAUUGAGAAUGGGACGGACACUGGGCUGCUGCAGCCGGCCCUGGCCCACGGGCUGGCUUUGGGGCUCGUGAUUGCCACGCUGGGGAAUAUCAGUGGUGGACACUUCAACCCUGCGGUGUCCCUGGCAGCCAUGCUGAUCGGAGGCCUCAACCUGGUGAUGCUCCUCCCGUACUGGGUCUCACAGCUGCUCGGGGGGAUGCUCGGGGCUGCCUUGGCCAAGGCGGUGAGUCCUGAGGAGAGGUUCUGGAAUGCAUCUGGGGCGGCCUUUGUGACAGUCCAGGAGCAGGGGCAGGUGGCAGGGGCGUUGGUGGCAGAGAUCAUCCUGACGACGCUGCUGGCCCUGGCUGUAUGCAUGGGUGCCAUCAAUGAGAAGACAAAGGGCCCUCUGGCCCCGUUCUCCAUCGGCUUUGCCGUCACCGUGGAUAUCCUGGCUGGGGGCCCUGUGUCUGGAGGCUGCAUGAAUCCCGCCCGUGCUUUUGGACCUGCGGUGGUGGCCAACCACUGGAACUUCCACUGGAUCUACUGGCUGGGCCCACUCCUGGCUGGCCUGCUUGUUGGACUGCUCAUUAGGUGCUUCAUUGGAGAUGGGAAGACCCGCCUCAUCCUGAAGGCUCGGUGAAGCAGAGCUCGUGGGAUUCCUGCUGCUCCAGGUGUCCUCAGCUCACCUGUCCCAGACUGAGGACAGGGGAGUUCCUGCAUUUCCUGCCAGGGCAGAGGCCCAGAGGAGCGACCCCCUGCUUCCACUGCUUGGGCCUGCUUUCUCAGAUAGACUGACUGCUGAGGAGGCUCUAGGUUCUUGGAAUUCCUUUGUGCUCAUCAGAGACCCCAGCCUGGGGAACACGCUGCCCGCACUGCCCAGAGAGCAGUGCAAACACCACAACACGAGCGUGUUUCUUGAGAGGAAUGUCCCCGAGUUGGACAAGGAGGCUGUUUCUGCACAUCAGCUCAUUUCCCGCACCCCAUUUCUUGCUUGAUUGCUUUGUUGGGGGCCUGGCCACUUCCUUGCUUCUCAAGCUGACAAUUCUCACUUUGCAAUAAAUAGUCCAGUGUUUCCUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-555.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -581.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 439.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((...))))....((((((((.((.((((((((((.....))))))).....(((((((((((......((((.((....(((((..(.(..(((((((..((((((((..(((.(((....(((.......)))....))).)))...((((((.(((((..(((.((((..........)))).)))..))((((((..(((......)))..))))))))).))))))..))))))))....)))))))..)..)..)).))).....)).)))).....))))))))))).(((((((((........)))))))))...((((.((((.((.(((.(((((((.........((.(((((((.((....)).)))))))))(((((((...(((((((.(((......)))..))))((((((((((..(((.......))).....)))))))).)).))))))))))..((((.((((((((((((.((.(((.((((.((((...((((((((((((((........(((((((((((((.((((.((((((((.(((((((..((..((.....))))..))))))).)).((((..((.....))..)))))))))).......(((((.(((((((.((((((......(((((((((...)))).....)))))......))))))))))))).)))))(((..(.....)..))).)))).)))))))))).))).((((((.....))))))((((.((((((.((.(((((.(((.(((((..(....)...)))))))).).))))(((((((((.(((.(((((...(((.((((....)))).)))....)))))))).)))).)))))..)).)))))))))).))))))))))))))..))))...)))).)))))))))((((.((((((.(((((((((.....)))..((((....))))..))))))...)))))))))))))))))).)))).((((((((((.(((.....)))))))))))))(((((....)))))....(((((.......))))).))))))).))).)).))))..))))(((((((.......))))))).........(((((....))))).(((((((((..(((((.......))))).((((((((...........)))))....))).((.(((((......((......)).....)))))))..((......))...))))))))).((.(((........)))))....))).))...))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((,..}}},....((((((((.((.(((.(((((.((.,((({(((({{{(((((((((((((((((((,...((((...((((.,..(((..(((((({.,(.((((((((((.,,({{,,(((,......|||..,.,|,.{{{{{((({{((((((({((({(({(({,(((.{(,{{{{{{{{{{{{,,,,||||}}|,|,,,,,.))}|}}},,)))}}||)||||))}||||||,}},{((((((((((((,{({(((,....,.,{{({,,,{,(((,(((((.{.,.(((((((((.,......)))))))))..}{|||}}|||.{{{({{{(((((,,....}}}}}|{.(((((((.({....)).)))))))}}||||||},}}}))})))}}))),...))))))))}.{{((((((((,,(((,......))).}},.}))))))),))||{{||||,||||}}}}.,|||{{{{.{{|||,||{,|,((({{{({...,,,(((((((((((((..((((((((((({((((((((,((((.(.(((.(((((((..((,,(......,})}..))))))).))).))))},).....(((((((((.,,||.......(((((.(((((((,({((((..,...(((((((((...)))).....)))))...,..))))))))))))).)))))(((..(.....)..))))))))))))...{{{||,|,{((((({,.,,,}|||}||{{..,|||}..}}.,,,,({((({(((,,..,.})}))))))))))))).}))))))).)))).)))(((((((((((....(((....)))(((({,...}),}))))))))))))))((({(.,.((({{.{{{|,,,,,,)))),)))))}))}}}.,}}|))))))}.|(((,{(((((({(((((.{,,....{{||..,,))))|{||||{{.{{{{|{..,.,,))))))),}.,}})))})))((((((((((.(((.....)))))))))))))...,}},.,..))))))))}}})}.}}}}.))))),))||,,)}),)})},},))}}))).(((((((,....}.)))))))..........,,,{..,,))))|{{{,..,}}}},{{|||,,,.,..))))}.,,.)))))))))).)))))))).)))......))))..))))))))))))))..)),.,))))))))))))},),,,,.,,,|||,...}))}{{{......})}}}.)))))...))).))...))))))))....
Back