Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001170718.3
Sequence Length
4114 nt
GC Content
0.6551
AUGCGCGGCGCGGCUGGAGCGGCCGGACAGUCCGGCGUCCGGGAACGCUCAGGAGCCGGAGGAGCCGGAAAGCGCCGGGACCCCUCGCGGGGCCUCUGAGCGGCGCGGGCGGACCCGAGCCCCCAGCCCGCUGGCGCCGCUGCCCGCCAGGCCCCGGGGGCGGCGGCCAAGAUGUCCGUGCCUAACGUGCUGGCCAAAGCGCUCUAUGACAAUGUGGCCGAGUCCCCGGAUGAGCUCUCCUUCCGCAAGGGUGACAUCAUGACGGUGCUGGAGCAGGACACGCAGGGCCUGGACGGCUGGUGGCUCUGCUCGCUGCAUGGGCGCCAGGGCAUCGUGCCUGGGAACCGCCUCAAGAUCUUGGUGGGCAUGUAUGAUAAGAAGCCAGCAGGGCCUGGCCCCGGCCCUCCCGCCACCCCGGCCCAGCCUCAGCCUGGCCUCCAUGCCCCAGCGCCUCCGGCCUCCCAGUACACGCCCAUGCUCCCCAACACCUACCAGCCCCAGCCAGACAGCGUCUACCUGGUGCCCACUCCCAGCAAGGCUCAGCAAGGCCUCUACCAAGUCCCGGGUCCCAGCCCUCAGUUCCAGUCUCCCCCAGCCAAGCAGACAUCCACCUUCUCGAAGCAGACACCCCAUCACCCGUUUCCCAGCCCGGCCACAGACCUGUACCAGGUGCCCCCAGGGCCUGGAGGCCCUGCCCAGGAUAUUUACCAGGUGCCACCUUCUGCCGGGAUGGGGCAUGACAUCUACCAGGUCCCCCCGUCCAUGGACACACGCAGCUGGGAGGGCACGAAGCCCCCGGCAAAGGUGGUGGUGCCCACCCGCGUGGGGCAGGGCUAUGUAUACGAGGCCGCCCAGCCGGAGCAGGACGAGUACGACAUCCCGCGACACCUGCUGGCCCCGGGGCCACAGGACAUCUAUGAUGUGCCCCCGGUUCGGGGGCUGCUUCCCAGCCAGUAUGGCCAGGAGGUGUAUGACACACCCCCCAUGGCUGUCAAGGGUCCCAAUGGCCGAGACCCGUUGCUGGAGGUGUAUGACGUGCCCCCCAGUGUGGAGAAGGGCCUGCCACCGUCCAACCACCACGCAGUCUACGACGUUCCUCCAUCGGUGAGCAAGGAUGUGCCCGAUGGCCCACUGCUGCGUGAGGAGACCUACGAUGUGCCCCCCGCCUUCGCCAAGGCCAAGCCCUUUGACCCGGCCCGCACCCCACUGGUACUGGCUGCGCCCCCUCCAGACUCCCCGCCGGCCGAGGACGUGUAUGACGUGCCGCCCCCGGCUCCUGACCUCUACGACGUGCCCCCUGGCUUGCGGCGGCCUGGCCCGGGCACCCUGUACGAUGUGCCCCGUGAACGGGUGCUUCCUCCUGAGGUGGCUGAUGGUGGCGUGGUCGACAGUGGUGUGUAUGCGGUGCCUCCCCCAGCUGAACGUGAAGCCCCGGCAGAGGGCAAGCGCCUGUCGGCCUCCAGCACCGGCAGCACACGCAGCAGCCAGUCUGCGUCCUCCUUGGAGGUGGCAGGGCCGGGCCGGGAACCCCUGGAGCUGGAAGUUGCUGUGGAGGCCCUGGCACGGCUGCAGCAGGGUGUGAGCGCCACCGUUGCCCACCUUCUGGACCUGGCAGGCAGCGCCGGUGCGACUGGGAGCUGGCGUAGCCCCUCUGAGCCACAGGAGCCGCUGGUGCAGGACCUGCAGGCUGCUGUGGCCGCUGUCCAGAGUGCCGUCCACGAGCUGUUGGAGUUUGCCCGCAGCGCGGUGGGCAAUGCUGCCCACACAUCUGACCGUGCCCUGCAUGCCAAGCUUAGCCGGCAGCUGCAGAAGAUGGAGGACGUGCACCAGACGCUGGUGGCACAUGGUCAGGCCCUCGACGCUGGCCGGGGAGGCUCUGGAGCCACCCUUGAGGACCUGGACCGGCUGGUGGCCUGCUCGCGGGCUGUGCCCGAGGACGCCAAGCAGCUGGCCUCCUUCCUGCACGGCAAUGCCUCACUGCUCUUCAGACGGACCAAGGCCACUGCCCCGGGGCCUGAGGGGGGUGGCACCCUGCACCCCAACCCCACUGACAAGACCAGCAGCAUCCAGUCACGACCCCUGCCCUCACCCCCUAAGUUCACCUCCCAGGACUCGCCAGAUGGGCAGUACGAGAACAGCGAGGGGGGCUGGAUGGAGGACUAUGACUACGUCCACCUACAGGGGAAGGAGGAGUUUGAGAAGACCCAGAAGGAGCUGCUGGAAAAGGGCAGCAUCACGCGGCAGGGCAAGAGCCAGCUGGAGUUGCAGCAGCUGAAGCAGUUUGAACGACUGGAACAGGAGGUGUCACGGCCCAUAGACCACGACCUGGCCAACUGGACGCCAGCCCAACCCCUGGCCCCGGGGCGAACAGGCGGCCUGGGGCCCUCGGACCGGCAGCUGCUGCUCUUCUACCUGGAGCAGUGUGAGGCCAACCUGACCACACUGACCAACGCCGUGGACGCCUUCUUUACCGCCGUGGCCACCAACCAGCCGCCCAAGAUCUUUGUGGCGCACAGCAAGUUCGUCAUCCUCAGCGCCCACAAGCUGGUGUUCAUCGGGGACACACUGUCACGGCAGGCCAAGGCUGCUGACGUGCGCAGCCAGGUGACCCACUACAGCAACCUGCUGUGCGACCUCCUGCGCGGCAUCGUGGCCACCACCAAGGCCGCUGCCUUGCAGUACCCAUCGCCUUCCGCGGCCCAGGACAUGGUGGAGAGGGUCAAGGAGCUGGGCCACAGCACCCAGCAGUUCCGCCGCGUCCUAGGCCAGCUGGCAGCCGCCUGAGGGUGGUGACCCCAGGAGGGAGGCAGGGGAGGGGUGCGGCGGUCCCAGCUCCCUGGCUCCCAUGUCAAGAGUCGCUGUGCCACAGGCUUAGGGACAGGACCCCAGCUCUGCGUCGGUCCUGGUGCCCUGGAUGCCCAGGAAUCUGUAUAUAUUUAUGGCCGGGCAGGGUGUGGGGCCAUGCCUCCUCAGGAGCCGAAGCCCAGGGGCCGGCCAGUGGCCUUCCCCAGCAUGCACCACGGGCCCGGGUUGGGUCACCAGACGGGGCUGGAGUGUGAGGGUCCUGCAGCCUGCAGGACCUCGUGCCACCCCGAGGGCUGAGCCUGGUCCCACGAGGGUGCCGUGUCCCCUGACAGGGCCAGUGCAGUUUGGUGUGUCCUCCGCCUUACCAGGAGAAGAACCUGAAGAACUAUUUUUCGUUAUUGGUUUUCCAAUCAUUUGACUAAGAGUCUCCAUUUAAAUAAAGUUUUUAAAAGGAAGAGCAGCUGCCUGAGGGUGGCAGAUGAGAGCAGCCCGGGGUGGGUGACGGUUCUGGGGAAGGCACCCGGGGGCAAGGGCCAUGCGUGGCAUCUCCCGGGAGGGCAGAGGAGGAGUGGGUCUCUCUAGAAGAAAACCAAGGAACGCCGAGGCUGGGUGUCUCCUGGAGGCGGGGUGAGGCCUGCAGCUGGCCACAAGGCCCUGGGAGCCAGGGCAGAGCCUGGGCCCAAGAAAGGGGGCAGUUUCAGAGCUGCAGGGUCUGGGGCCCAGAAAGCACAGCCUGGGCAUGGCCCCUGCAACCCUAGGGAGCUGCCACAGUGAGCACCUGCCCAUGCCCACAGCUGGCAUCUGGAGUGAGGGCAGAUUGGGGCAGGAACAGCUGCACAAGGGGACGGGUUCCUGUGAGCCGAGGGCACCGCUGGGGGCUGCAUCCAGAGCUCUGCUUAAAAGAAUCUCAUCCCAGCCUGCGGAACUCCCGAAGUGCACAUGGAAUUAUACCUGGACCUGGCAUCUGAGUUGGGAGGGAGGGGCUUGGAGAAGACCCUUGCCCUGGGCAAGUGUGUCCCCCUUCGUGGCUCCCCCACCCAGCAGCCCGCAGCCCAGAUGGAAGCUUCAGGGUGCUUGGAACCCCUGGUGCUGCUCCCAGCCCUGACCGUUCUGCAUAUGAACAUGGGCCUUGGUUUCCCCAUCUGUAUGAAGAAGGGAGUAGGGCUGGGUGAUUCGCAAGCCCUCCUGAUCUUACCUCUACAGAGGUUGUCCCCGUGACAGCAUCUGUCCCCCCACCUCAGCCACAUCAUGCUCAGCCCACCUGCCUUGGUGAGGACACAGAGGUAAAGGUGUAUGCAGUUGCUCUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1917.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1982.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 998.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.(((((.((((((.(.((((((...((((...(((((.(..((((((((..(((((((..((((......))))....)))).)))....)))))))).).)))))))))))).)))))))))))))))))(((((((.((((((((((((((((((..((((((...((((.((.....))(((((......))))).....))))...)))))).)))))))((((.(((((.........)))))..)))).((.((((.(((...))).)).)))))))))))).))).)))))))...((..((((((((((((((.(((((...))))).))...)))))..(.((((((((((((..(((((((.....((((((.((((((.((((((..(((((.(((.((((((((.(((.((.((((((((....((((((((((((.(((((.(((((((.(((((((.((((.............(((((.(((..((((...))))..)))(((((..((((((((((((((......)))))............((((....))))((((((((((.........((...(.(((.........))))...))..................(((((.((((((((....(((((...)))))((((...))))(((((((((((.....))........(((((((..((((((((((((((((((...(((.........))).))))))))..((...((((((((((((.((((((...(((...)))...((((((((.((((.(((((((((((...(((.((((((((...(((..((((((((((((((....((.((........)))).))))))((((..((((((.(..((((.(((((..(((((((((...))))))).)).(((..((((...))))..)))(((((.....)))))...))))).))))..)))))))...)))).....)))..))))).))))))).)))))))))))).))))).)..))))))))))))(((...((..((((((((.............(((((((.(.(((....))).))))))))......)))))))).)).))).......))))))...(((((....)))))(((.....)))....((((((((((((((((.....(((((((((.((..(((.....(((((....((((((((.....))))((((....)))).....((.((((((..((((((...((((.((....))..)))).))))))..)))).)).))((((((....)))).))..))))....))))))))..)).)))))))))..)))))).).))..)))).)))...))))))))..))))...)).))))))))))...)))))))..))))))))).((.(((.((.......)).))).))((((..((((....))))..)))))))))))).)))))...))))))))))....))))).)))).....)))))))))).))))))))))).(((((..(((((((..((..........))..)))))))..))))).)))))))))))).)..)).....((.(((((((.((((((.(((.....))).)).)))).)))))))))..(((..(.(((((((((.((.(((((.((......)).))))).))(((((((....)))))))........((((...(((((((((..((...)).))))..)))))...)))).))))).))))).)))))))).))))...))))))))....)).))))))))))).)))...((((.(((((...((((...((.(((((((.((((.(.((((.((......)))))).).))))..)))))))))....))))((.((((....(((......((((((((.(((((....((.((((((.((((((..((((((.(((.((((((((((((........((((..((.........))..))))...((((((((.((.((.(((..(.((((((((((((.((.((((((((((..........((((.(((((.((((((.(((.((.(((((....(.(((.((....))))).)..((.((((....))))))((((((.((((((.......)))))).((.((((((.((.......((((.(((((..(((((((((....(((((.....)))))........((((((..((((...((........)))))).....)))))).(((...((...(((((((((.((......)).)))))))))...))...))))))))))))..))))).))))..((((((((((....)))...))))))).))...))))))))..)))))).......))))))).))).)))))).)))....)).))))((((((((((((((..((((((..((((........))))((((((.....)))))).((((....)))).....((((((........)))))).))))))..))).........))))))))).))..(((((.((((..((((((........)))))))))).)))))..)))))).......((((((.(((((.((((((((..(.(...((.((((.....)))).)).).)..)))))))).))))).)))).))))))))...)))).))).))))).)..))).)))))))))))).))))))))).))).))).))))))))))))..........(((.(((.(((...))).))).))).((.((((((((((((.((((((((((.((.......))))))))..(((((......)))))))))))))))).))))))).(((((((((((.(((((..((((.((((..((((...))))..)))).((((((((..(((.((((..((((....)))).)))).)))..))))..((((((((((...)))))))))).)))).(((((..((((((.(((((((((....((((.((...)).))))....))))))).)).((..((((.(....)))))..))((((.......)))).........(((((((((((((....))))).....((((...))))(((.((((((.......)))))).)))......((((((....)))))).)))))))))))))))))))))))..))))))))))).)))))((((((((.....((((....))))..)))))))).)))))).)).......))))).))).)))))......)))...))))..)).))))).)))).))))))))))).))))))...))))))......(((((((...))))))).....((((((((.(((......((((((....))))))....))).))))))))...((.((((.(((((((((.(((((......)))))((.(((((...)).))).))..)))))))))..))))))...(((..(((((.......((((((((....(((((((..((((((((((((....)))))((((((...((((.(((((((...(((((((..(((......(((.((((....((((.(((.....))).)).))..)))).)))......)).)..))).))))...((((.(((.(((((((((((..((((((((((...)))))).).)))...))))).))))))))).))))))))))).))))((....)).(((.((((((.(.......))))))).))).(.((((((((((.((.((((.((((((...(((((..........))))).)))))).)))).))..)))))))))).)........))))))........(((((....))))))))))))))).)))).))))))))....))))).))).)))))))...)))))))((((((.(((....))).))))))))))).)))))))).))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((,(((((.((((((.(.((((((,..{((({,{,((((,(..{{|||{||,||||||((..((((......))))..}}|||},||||||.,}}}||||,|,|}|||||}}}}}.}}}}}}})})))))}))||||||||||||{|||{{((((((((..((((((...((((.((,....,,(((((......)))))..,,,))))...)))))).)))))))|((((..(({((({.....)))).)),.)))},.,(((,(((,.,|||,|}.}||,||||||||.,|||{||||||,,{{{,,({(((((({{,{({,((((,..,||}||||{,.,|(((.........,|||||{||||},,,,..,|{.||||({,(((({.{{{{..|||,,,...|||.....))))},)))}}.)}})})).))),)))})}}}}}}}}}})))}})))))}.}.,)}}|.,||,|,,..,,,,,,.,,.{{{(((({{,{,(,{,,|||..}}|}(((((.(((((((...((((..((,{((((((.(((..((((((((.((((((({{{.(((((.((((...........}.))))......(((((.(,,(.((((.(((((.(((((........((((((((((((((((((((((((.((..((((((((.,..((((((((((.({.......}){(({,,,})),..{((((((((((((...(((.........))).)))))))).))).),{((((.{{{(((.((((((...{{(,((......)).))).)))))).}}}}})))})))})))}|.........(((((({((((((((..(((((((.((((,,(.(((.(((((.((((.(((((....)))))))))(((((...)))))(((((((...))))))).{{{{,,,,((({...|||}..||,|||{{.,,,,|}}}|},,,,}))}))}},.(((((,{.......).)))))))))).))),))))))..))).(((((((((((.({...(((((((..(((((....((((((.((.((((...(((,,((((((((((((.((((((..((((.{..,.((((.{((((((({,(((...))),},.{(((((....(((((((((({(((...||}|.,,}.((((((((((((((({.,{(,(((((((((((((...((((...((((((.(((((.(((((((((.((.((((((....)))).....}}.}}))),,))).}},,.))))).)))).)).))))...)))),{{({{{.{(({.{(((((({...{||,(((({(.....)))))),)))}})).)))}.,))))}))).}|{((({.((((((((,,,..,,.(((,...,...,||,,{}},.),)))}..})))}}}))))},....}))))},))))})}}||,))))))))}}}||,,||.}..,))})))})).))))))))(((((....))))){((........))}))))))))...)))))}.,.))))))))),}),.))))..)).)))).)))).(((((((..(((.(((.((((((((.(......).)))))))).))).....{.(((((((.((((((.(((.....))).)).)))).))))))),}}})))))))||||,|,,}}||((((((((((((((({..(((((((((((((((....)))))},.......,)))))).,)))..),})))))...))))))))).,....)))))))))))).....))))))))))))...)))))))))))))).)))))))..)))).((((....)))).,({....)).))))..)))))))))))))).,.,,(((((...|)))},|(({((,,{{.{{{{||,.|||{|{,,||||(((,.,||,...,{({({{...|{|||,.|,,||||.|}))),}((((((..((((((.(((.((((((((((((........((((..{{.........}}..)))}...(((((((({((.((.(((..(.((((((((((((.{{.((((((((((.....,{{{,,{{,{,.(((.((((((.(((.((.(((((.,..,.(((.((,...}))}|,|||((.((((....})))}}{{{{((.((((((.......)))))).{{.((((((.,({,.....((((.(((((..((((((((((...(((((.....))))).....{{.((((((..((((...,{........}}))))....,)))))).,||...,{,..(((((((((.((......)).)))))))))...))...},))))))))))..))))).))))..((((((((((....)))...))))))).))...)))))))}..)))))),......))))))).))).)))))).)))....,,,}|||(((((((((((.({,.{{{{,{,,((((........))))((((((.....)))))).{(((,..,||||,{...((((((........)))))),|||}}}..,,,...}.,}}.))))))))).))..(((((.((((..((((((........)))))))))).)))))..)))))),,.....((((((.(((((.((((((((..,.{...{{.((((.....)))).)),},)..)))))))).))))).)))).)))))),)...)))).))).))))).}..))).)))))))))))).))))))))).))).))).))))))))))))...|||.,,,||{,|{{,||{...})).}}),))}}})),,))))))})))))})))))))).))))))).}},.})))..))))}.........})))))))).))))))))))((((.(((((((..{.((((..(((....)))))))|....(((((((((((.,{((((..(((.((((..{(((....)))}.)))).)))..))))|.((((((((({...})))))))))|{{,(((((((..((((((.(((((((((....((((.((...)).))))....))))))).)).{(..((({.,...,||}}}..}}{{||,,....,))}|,,{{{....||||}|,,{((((....))))}.....((({...))))(((.((((((.......)))))).)))....{,,(((((....,,,))))).))....))))))))))))),}.}))},.))))))))))).((((((((.....((((....))))..))))))))....,.))))))).))))))))))).)))))........)))))...)}))))))).....))))).)))..))))))))))))})))((((....))))))))))){{,||}}.,,})})))}|((......)))}|||,|,..,}}))))|,,)}.)))))))(((({..((.((((.((((((((({(((({......)))))|{|({{|...,}}.))}.}}}}}))))))))..)))))).))))).,((((({{.{..{(((({,((,.,,(((((((..(((((({(((((....)))))((((((...((((.(((((((..,{(((({(,{,{,....,||...,,.{,{,.((({.(((.....))).}).))..,})}..,.....,,}}.,,,))}.}}}}.,.((((.(((.(((((({((((..((((((((((...)))))).).)))...))))}.))))))))).))))))))))).))))((....)).(((.((((((,.......,})))))).))).(.((((((((((.((.((((.((((((...(((((..........))))).}))))).)))).))..)))))))))).}........))))))........(((((....)))))}))))))))).)))).,)))))))}}},,,))}|}}.,.,,}}}},,.||{(((({{{{{,,|||.,,.)}}.})))),.})))),,}))})),))......
Back