Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001172897.2
Sequence Length
2426 nt
GC Content
0.4085
GUGCACGGAGCCGUAGCUGUCGGAGCGGGACAUCUCUACACCGUUCCCAUCCGGGAACAGGGCAACAUCUACAAGCCCAACAACAAGGCCAUGGCAGACGAGCUGAGCGAGAAGCAAGUGUACGACGCGCACACCAAGGAGAUCGACCUGGUCAACCGCGACCCUAAACACCUCAACGAUGACGUGGUCAAGAUUGACUUUGAAGAUGUGAUUGCAGAACCAGAAGGGACACACAGUUUUGACGGCAUUUGGAAGGCCAGCUUCACCACCUUCACUGUGACGAAAUACUGGUUUUACCGCUUGCUGUCUGCCCUCUUUGGCAUCCCGAUGGCACUCAUCUGGGGCAUUUACUUCGCCAUUCUCUCUUUCCUGCACAUCUGGGCAGUUGUACCAUGCAUUAAGAGCUUCCUGAUUGAGAUUCAGUGCAUCAGCCGUGUCUAUUCCAUCUACGUCCACACCGUCUGUGACCCACUCUUUGAAGCUGUUGGGAAAAUAUUCAGCAAUGUCCGCAUCAACUUGCAGAAAGAAAUAUAAAUGACAUUUCAAGGAUAGAAGUAUACCUGAUUUUUUUUCCUUUUAAUUUUCCUGGUGCCAAUUUCAAGUUCCAAGUUGCUAAUACAGCAACAAUUUAUGAAUUGAAUUAUCUUGGUUGAAAAUAAAAAGAUCACUUUCUCAGUUUUCAUAAGUAUUAUGUCUCUUCUGAGCUAUUUCAUCUAUUUUUGGCAGUCUGAAUUUUUAAAACCCAUUUAAAUUUUUUUCCUUACCUUUUUAUUUGCAUGUGGAUCAACCAUCGCUUUAUUGGCUGAGAUAUGAACAUAUUGUUGAAAGGUAAUUUGAGAGAAAUAUGAAGAACUGAGGAGGAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAACCAACAACCUCAACUGCCUACUCCAAAAUGUUGGUCAUUUUAUGUUAAGGGAAGAAUUCCAGGGUAUGGCCAUGGAGUGUACAAGUAUGUGGGCAGAUUUUCAGCAAACUCUUUUCCCACUGUUUAAGGAGUUAGUGGAUUACUGCCAUUCACUUCAUAAUCCAGUAGGAUCCAGUGAUCCUUACAAGUUAGAAAACAUAAUCUUCUGCCUUCUCAUGAUCCAACUAAUGCCUUACUCUUCUUGAAAUUUUAACCUAUGAUAUUUUCUGUGCCUGAAUAUUUGUUAUGUAGAUAACAAGACCUCAGUGCCUUCCUGUUUUUCACAUUUUCCUUUUCAAAUAGGGUCUAACUCAGCAACUCGCUUUAGGUCAGCAGCCUCCCUGAAGACCAAAAUUAGAAUAUCCAUGACCUAGUUUUCCAUGCGUGUUUCUGACUCUGAGCUACAGAGUCUGGUGAAGCUCACUUCUGGGCUUCAUCUGGCAACAUCUUUAUCCGUAGUGGGUAUGGUUGACACUAGCCCAAUGAAAUGAAUUAAAGUGGACCAAUAGGGCUGAGCUCUCUGUGGGCUGGCAGUCCUGGAAGCCAGCUUUCCCUGCCUCUCAUCAACUGAAUGAGGUCAGCAUGUCUAUUCAGCUUCGUUUAUUUUCAAGAAUAAUCACGCUUUCCUGAAUCCAAACUAAUCCAUCACCGGGGUGGUUUAGUGGCUCAACAUUGUGUUCCCAUUUCAGCUGAUCAGUGGGCCUCCAAGGAGGGGCUGUAAAAUGGAGGCCAUUGUGUGAGCCUAUCAGAGUUGCUGCAAACCUGACCCCUGCUCAGUAAAGCACUUGCAACCGUCUGUUAUGCUGUGACACAUGGCCCCUCCCCCUGCCAGGAGCUUUGGACCUAAUCCAAGCAUCCCUUUGCCCAGAAAGAAGAUGGGGGAGGAGGCAGUAAUAAAAAGAUUGAAGUAUUUUGCUGGAAUAAGUUCAAAUUCUUCUGAACUCAAACUGAGGAAUUUCACCUGUAAACCUGAGUCGUACAGAAAGCUGCCUGGUAUAUCCAAAAGCUUUUUAUUCCUCCUGCUCAUAUUGUGAUUCUGCCUUUGGGGACUUUUCUUAAACCUUCAGUUAUGAUUUUUUUUUCAUACACUUAUUGGAACUCUGCUUGAUUUUUGCCUCUUCCAGUCUUCCUGACACUUUAAUUACCAACCUGUUACCUACUUUGACUUUUUGCAUUUAAAACAGACACUGGCAUGGAUAUAGUUUUACUUUUAAACUGUGUACAUAACUGAAAAUGUGCUAUACUGCAUACUUUUUAAAUGUAAAGAUAUUUUUAUCUUUAUAUGAAGAAAAUCACUUAGGAAAUGGCUUUGUGAUUCAAUCUGUAAACUGUGUAUUCCAAGACAUGUCUGUUCUACAUAGAUGCUUAGUCCCUCAUGCAAAUCAAUUACUGGUCCAAAAGAUUGCUGAAAUUUUAUAUGCUUACUGAUAUAUUUUACAAUUUUUUAUCAUGCAUGUCCUGUAAAGGUUACAAGCCUGCACAAUAAAAAUGUUUAACGGUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-648.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -692.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 742.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((....))).)))((((((((............((((((....)))))).((((...........)))).....((.(((.((((((((((.(((((((((((((.((((((....((((...((((.((.......))))))....))))........(((.(((....))).)))((((....))))(((((((((..((((((.....(((((((((((.........(((((((..(((((((((((.(((..(((.......)))..)))...)))))))).)))..)))))))((((......)))).((.((((.....)))).))(((.........)))......((((((.((((....((((((((((.........((((.((((((..(((.(((...((..((....))..))....))).)))...(((.(((.....)))))).........)))))).)))).........))))..))))))........))))))))))............(((..(((((.(((((..........))))).)))))..))).....(((.((.........)).))).((((((.....)))))).(((((((((((((.......(((((...........))))).....)))))..))))))))....)))))))))))........((........))))))))...)))))))))..........(((((((((.(((((((((.....(((((((..(((....(((((.....))).))....))).)))).))).)))))))))...)))))))))..(((((((..((((((...............((((..(((((((......................)))))))..))))(((((((((..((((((.(((((((.((((((((((.(((.(((..(((((((((.(..((.((.((((((((...........)))))))).)).))..))))))......(((.((((.....((((((....)))))).....)))))))..))))..))).))).))).))))...........))).)))))....)).))))))..))).)))))).......((((((...((((((((....))))))))...)))).)))))))))))))))))))))..)))))).....(((((.....(((((((((......((((..(((.....)))..)))).......((((((.((((...........)))).))))))..(((((((.....))))))).(((((((((((....)))))))))))(((...((.(((((..(((..(((((.((((....))))))))).....)))...)))))))..)))..((((((((((((.....)))))..)))))))(((((.....)))))((((((((((.....)))..)))).))).......((((((...(((((((((....))))))..))).....))))))....(((((.(((((.....))))).)))))(((((((((.((.(((.(((((((((((..((..(((....)))..))..)))))..)))))).))))).))).)))))).....))))))))).......)))))..)))))))...((....))...))))))))))))).)).......(((((((((((.....(((((((.(((.....))))))).)))((((......)))).....)))))))).)))(((((..................)))))((((((((((((........))))))...(((.(((...............))).)))......(((((((...(((.....)))..)))))))))))))))))))))......(((((.(((....(((((((..............((((((((........))))).)))...(((((....((.........))...)))))(((.....))).................((((.......)))).....(((((((.((((((((.((.(.((((.(((((((.......)))))))(((((((..(((((((((((......))))).)))))).(((((((((((....)))))))))))..(((.((((((..((.......))..))))))...)))......))))))))))).).)))))))))).....)))))))..)))))))...)))))))).....((((..(((((((((.(((((...(((((........))))))))))))))))))))))).((.((((((....)))..))).)).))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((....((((((......((((((({{.........((((((....)))))).((((...........)))).....,..(({(((((((((((.((((((((,(,.(({.({((,{{{{(({,..{{({(((.,,,,,,||}|||{...,,,||||,,...{{{.{(,....})),)))|||,.,,})}})},,|{((((((({..((((,,..{((((({({.....,....(((((((..(((((((((((.(((..(((.......)))..)))...)))))))).)))..)))))))((((......)))).(({(((({...|)))).))(((.........)))...,,||||{,.|||||,}},||{||,||||},}},}}},,,,|,{|{{{{,,{{,,{,{,{||||,{|,.,{||,{{{|.,,,,,.......|,.,{{|..,..))))||,||||,..|||||}|||||||,..,,,{|||||,,|||||{{{......}}}|{{{(({{{(.{{,,{(,.,,,{{(((((.(((((,,....,,|||||||,}}}||{{{{{,,,{.,({{({(({,{{{{{,,.{,,.((((((.....))))))|{{{{{.,}},))}}}},.,,|}}}}))}}..,,,}|||},,,,,,((((({,,{((({,....,}}}.,,,..}}))).,,....,,}}....,)))}}.}..}}}..,||||,...,,)))).}||||||||.{{((({{{{.,...{{(((((..{{{....{{(({.....))|,}},...}}}.}}}}|,}},|}}}}}}}|..,|}||||||||}|||||||||||||||...............((({..(((((((......................)))))))..)))){{({{((((,,((((((,{((((((.(({,{((((({{{{.{,,,.{{{{(((((...,((,{(.((((((((...........)))))))).})|))..,)))))...,,}|||,|,,,...{{((((((....)))))},}}.,|}|||||..,.....,))}))}})},.}}})......,...,))).))))}}.,,}),))))))..))).))))}),}}},,,||||||,..|(((((((....)))))))}.,,))))),))))),))))))))}))}})))}}}}}},,,}}|||||...,,|((({{{{{,,,,,.((((..(((.....)))..)))).,,,.,{({{{{{.{{{{..,..,,,.,.}})),)})}}}},(((((((.....))))))).(((((((((((....))))))))))),{,,,,|}.|||{{,.,{,,,|||||.,((({,..,,}})))}|,,,{{{{{{{.,.,{{((({{....((((((((((((.....|||}}..})))))}|{{{|,,,,})))},{{((((({{{,,...,)}..)))).))),..}}}}}||,,|.}}||||||||{,,..})}}}..,}}),..,,}))))}.,..(((((.(((((.....))))).)))))((((({(((,{({({({(((((((((((..((..(((....)))..))..)))))..}))))).))})),,))}))))))..,,||}|||)}}}..,,,},))}}}.})))))))...||....))...}))))))}}}}}},}}...,}}}|||((((((((.....((((({{((((.....))))))).)))((((......)))).....)))))))).|||{{,{{,....,,,,{{,{{{{..,,|},((((({(({{{(,{,,,,{,}}}}},....|,}|||}}}},...{{{{{..|,,.,)}..}}}}|((((((...(((.....)))..))))))))))))),}}}))))}..,,.|{|||,|||},.,(((((({..............((((((((........))))).))}...(((((....((.........))...)))))(((.....))).................||||.......,}||.....(((((((.((((((((.((.{.((((((((((((.,,....}}}}}}}|{,{{{,..(((((((((((......))))).)))))).(((((((((((....)))))))))))..{((.((((((..((.......))..))))))...))},,,,,}))))},.}))).}.)))))))))).....)))))))..)))))),,}.|||,}}},.....||||..(((((((((.((((({..{((((........)))))))))))))))))))}}}},}})))))))))...))))))...))))))).......................
Back