Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001178009.3

Sequence Length

2368 nt

GC Content

0.5895

CCCGGGCCCGCGACACACGCCCUCGGGGUCGGUCCUCGAGGACGCGCAGGGCCCCCCACCCACCAGGACGCACGUUUCAAGCUCAUCAGUAAAGGUUCCUUAAAUUCCCGAAGGGCAAGAAGUUAACCAAGUAAAACAGCAUCGGAACACCAGGAUCCCAUGACAGAUUCUGUUGUCACGUCUCCUUACAGAGUUUGAGCGGUGCUGAACUGUCAGCACCAUCUGUCCGGUCCCAGCAUGCCUUCUGAGACCCCCCAGGCAGAAGUGGGGCCCACAGGCUGCCCCCACCGCUCAGGGCCACACUCGGCGAAGGGGAGCCUGGAGAAGGGGUCCCCAGAGGAUAAGGAAGCCAAGGAGCCCCUGUGGAUCCGGCCCGAUGCUCCGAGCAGGUGCACCUGGCAGCUGGGCCGGCCUGCCUCCGAGUCCCCACAUCACCACACUGCCCCGGCAAAAUCUCCAAAAAUCUUGCCAGAUAUUCUGAAGAAAAUCGGGGACACCCCUAUGGUCAGAAUCAACAAGAUUGGGAAGAAGUUCGGCCUGAAGUGUGAGCUCUUGGCCAAGUGUGAGUUCUUCAACGCGGGCGGGAGCGUGAAGGACCGCAUCAGCCUGCGGAUGAUUGAGGAUGCUGAGCGCGACGGGACGCUGAAGCCCGGGGACACGAUUAUCGAGCCGACAUCCGGGAACACCGGGAUCGGGCUGGCCCUGGCUGCGGCAGUGAGGGGCUAUCGCUGCAUCAUCGUGAUGCCAGAGAAGAUGAGCUCCGAGAAGGUGGACGUGCUGCGGGCACUGGGGGCUGAGAUUGUGAGGACGCCCACCAAUGCCAGGUUCGACUCCCCGGAGUCACACGUGGGGGUGGCCUGGCGGCUGAAGAACGAAAUCCCCAAUUCUCACAUCCUAGACCAGUACCGCAACGCCAGCAACCCCCUGGCUCACUACGACACCACCGCUGAUGAGAUCCUGCAGCAGUGUGAUGGGAAGCUGGACAUGCUGGUGGCUUCAGUGGGCACGGGCGGCACCAUCACGGGCAUUGCCAGGAAGCUGAAGGAGAAGUGUCCUGGAUGCAGGAUCAUUGGGGUGGAUCCCGAAGGGUCCAUCCUCGCAGAGCCGGAGGAGCUGAACCAGACGGAGCAGACAACCUACGAGGUGGAAGGGAUCGGCUACGACUUCAUCCCCACGGUGCUGGACAGGACGGUGGUGGACAAGUGGUUCAAGAGCAACGAUGAGGAGGCGUUCACCUUUGCCCGCAUGCUGAUCGCGCAAGAGGGGCUGCUGUGCGGUGGCAGUGCUGGCAGCACGGUGGCGGUGGCCGUGAAGGCCGCGCAGGAGCUGCAGGAGGGCCAGCGCUGCGUGGUCAUUCUGCCCGACUCAGUGCGGAACUACAUGACCAAGUUCCUGAGCGACAGGUGGAUGCUGCAGAAGGGCUUUCUGAAGGAGGAGGACCUCACGGAGAAGAAGCCCUGGUGGUGGCACCUCCGUGUUCAGGAGCUGGGCCUGUCAGCCCCGCUGACCGUGCUCCCGACCAUCACCUGUGGGCACACCAUCGAGAUCCUCCGGGAGAAGGGCUUCGACCAGGCGCCCGUGGUGGAUGAGGCGGGGGUAAUCCUGGGAAUGGUGACGCUUGGGAACAUGCUCUCGUCCCUGCUUGCCGGGAAGGUGCAGCCGUCAGACCAAGUUGGCAAAGUCAUCUACAAGCAGUUCAAACAGAUCCGCCUCACGGACACGCUGGGCAGGCUCUCGCACAUCCUGGAGAUGGACCACUUCGCCCUGGUGGUGCACGAGCAGAUCCAGUACCACAGCACCGGGAAGUCCAGUCAGCGGCAGAUGGUGUUCGGGGUGGUCACCGCCAUUGACUUGCUGAACUUCGUGGCCGCCCAGGAGCGGGACCAGAAGUGAAGUCCGGAGCGCUGGGCGGAUGUUUCACCAAGGAAAUAUUGAGAGAGAAGUCGGCCAGGUAGGAUGAACACAGGCAAUGACUGCGCAGAGUGGAUUAAAGGCAAAAGAGAGAAGAGUCCAGGAAGGGGCGGGGAGAAGCCUGGGUGGCUCAGCAUCCUCCACGGGCUGCGCCGUCUGCUCGGGGCUGAGCUGGCGGGAGCAGUUUGCGUGUUUGGGUUUUUUAAUUGAGAUGAAAUUCAAAUAACCUAAAAAUCAAUCACUUGAAAGUGAACAAUCAGCGGCAUUUAGUACAUCCAGAAAGUUGUGUAGGCACCACCUCUGUCACGUUCUGGAACAUUCUGUCAUCACCCCGUGAAGCAAUCAUUUCCCCUCCCGUCUUCCUCCUCCCCUGGCAACUGCUGAUCGACUUUGUGUCUCUGUUGUCUAAAAUAGGUUUUCCCUGUUCUGGACAUUUCAUAUAAAUGGAAUCACACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-957.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -999.51

Frequency: 0.0000

Diversity: 538.85

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((((((.....((.((((((((.....)))))))).))))).))))))........(((((((((.((((((...(((.((((((....((((((.....(((((((..((..(((((((...........((((((((....((.(((((((....((((((((((..............))))))))))...((((((((....))))))))........(((((((...(((((.............)))))....)))))))..((((((.((((...((((.((.......)).))))..))))))))))....((((((.((....((.........))..)).))))))).)))))))).))))))))...((((.((.(((((.(((((((((((((((((..((((.((((((.......((((((.....(((..(((((((...(((((((...(((..(((((.....((.((((...)))).))..))))))))..))))))).)).)))..))..)))...))))))((((((((.....((((.(((((((((((((((((.((.(((........))).)).))))))).....))))))).)))..))))..))))).))).......)))))).(((...)))..(((.....)))......))))..))))))))))).)))))).(((((((.......))))))).((.(((.((.((((.......)).)))))))))))))).)).))))((((..((((((((.((((((((.(.(((((..(..((.(((((((((..((((((((........)).)))))))))))))))..))..)..))...))))))).)))))...)))...))))).))))...(((((.......)))))......((((((((((((((((((..(((((.....((((..(((...((((((..((((.(((.((.....)).)))...(((((((((((.((((....((((((.(((........))).)))))).....(((((.........))))).((((((((((((.((.(((..((((((((.(((..((....))..)))....((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((.((.((....)).)).)))).))).)))).)).....)))..))))..(((((......)))))(((.(((((((.((((((((..((...))..)))))))))))).))).)))(((((((((((((.(((..((((((((((((((..(((((......).)))).))))))(((((((((((.(......).))))).....)))))).(((((((((((.((.((.((.((((((...((((((((((....((((....))))....)))..)))))))....)))))))).))))))))))))))).))))).))))))))))).)))))))))))..)))))...)))))).............))))))))....(((((((.(.((.((((.(((((((((((..((((((((((.(((((((..(....)..)))))))...)))))))))).(((((((...(((.(((...((((...........))))...))).))).))))))).........)))))))..))))...)))).))))))))))........))))))))))))).))))))))))))))))).))))))..)))))).)))..)))))))))..))..))))))))....))))).))).(((((...))))).)))))))..))..))))).))(((((((((..(.((((((....))..)))).)..).))))))))..........)))))).))))))))).)))).)))).(((.(((((......((((((((...(((((((((.((((...((((......((..(((...(((((((((.(((((((.(((.(((((......)))))..((((((((((.(((((.(((((....))))).)))))..))))))..))))((((((((.(((((((.......)))).))).))))))))......(((((....))))).........)))..........(((((((...((((((((.......)))).)))))))))))......(((..((((...)))).)))....))))))).)))..)))))).)))..))......)))))))).)))))))))...)))))))).......))))).))))))))))..(((((((....))))))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

...(((((((((.....((.((((((((.....)))))))).))))).))))))..{,,(,{((.((.((,{(,{(((...(((.(({{{,..,.((((({.....(((((((..((..(((((({...........((((((((....((.(((((({,.,,((((((((((..............)))))))}))...((((((((....)))))))).,}},,,.(((((((...(((((...{.........)))))....))))))),.((((((.{(((,..((((.(({....,.)).))))..))))))))))....((((((,((....({.........))..)).))))))).)))))))).)))))))),,,((((.((.(((((.(((((((((((((((((..{{((.((((((...,,,,((((((.{...(((..,.(((((...(((((((...{{.,{(((((.....((.((((...)))).})..)))))))}..))))))).))},)}..}}.,|||.}.}}}}}}.|||{{{|}||..{{{{|{{{{{{{{{{|{{{|{|.||,|||}},.,..||||.}}.}}}}))),....,}},}}}.|||,|||||..,{{|.|}}}...))}})))))).||....|||..,||,..,{|||.....)))))..))))))))))).)))))).,,.,{,,{{{{{{,{{.|{(((((,...,))))|||,.,..}})}})))))..,.))))).)).)))|((((..((((((((.((((((((.(.(((((..{..{{.(((((((({,.((((((((........)).)))))))))))))))..})..}..))...)))}))}}}))))...)))...))))).))))...(((((.......)))))......{(((((((((((((((,,{{(((((.....((((..(((...((((((..((((.(((.((.....)).))).,.|{(((((((((.((((....((((((.(((........))).))))))...,,{{{{{.,.,{{{,,||})),(((((((((((||((.(((..((((((((,(((..((....))..))).,..((({({,(((((..((((((({{{{(.((((..(((((((.((.((....}).)).)))).))).}})).)).....))}..}}}}..{({((......))))|(((.(((((((.((((((((..((...))..)))))))))))},))).)))|((((((((((((.(((..{({(((((((((((..(((((......)}}))).))))))(((((((((((.(......).))))),....}))))).(((((((((((,{(.((.((.((((((...((((((((((....((((....)))).,..))},.}))))))....)))))))).))))))))))))))).))))).})})))))))).))))))))}))..))})).}})))))).....,.......}))))))),.{.{((((((.{.(({{{{(.(((((((((((,.((((((((((.(((((((..(,...,,.)))))))...)))))))))),(((((((...({{.{((,,.(({{.,.......,,))))...,}).))).))))))).........))))))).,))))...)))))),})))))))}.,...,,))))))))))))).))))))))))))))))).)}))))..)))))).)))..)))))))))..))..))))))))....)))))}})),(((((...))))).}))))))..))..))))).))(((((((((..(.(((({{....}}..)))).)..).)))))))),,{,,{,...,}}))),)))))))}),))})}))|)}.}}}.|}.}}....,{(({{,{{,..(((((((((.((((...((((...,..((..(((...(((((((((.(((((((.(((.(((((......)))))..(((({(((((.(((((.(((({....})))).)))))..)))))},,}}}}((((((((.(({{{((.......)))),))).))))))))......(((((....))))).........|||.....{,...(((((((...((((,(((......,}))}.)))))))))))......||||.{{{{...)))).}},....))))))).)))..)))))).)))..))..,...)))))))).))))))))),,}}))}||||{.((((((.....)))))).)))}}|((((({....))))))}.......