Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001178010.2
Sequence Length
2094 nt
GC Content
0.5143
AAAGAAAGGAAGGCUGGGAACUAAGAAGCUAUUGGUUGGUGAUCCCUGGACCAAUCGGAGGAGCCGUGAUUUGGCGGGAGUCUUGACCGCCGCCGGGCUCUUGGUACCUCAGCGCGAGCGCCAGGCGUCCGGCCGCCGUGGCUAUGUUCGUGUCCGAUUUCCGCAAAGAGUUCUACGAGGUGGUCCAGAGCCAGAGGGUCCUUCUCUUCGUGGCCUCGGACGUGGAUGCUCUGUGUGCGUGCAAGAUCCUUCAGGCCUUGUUCCAGUGUGACCACGUGCAAUAUACGCUGGUUCCAGUUUCUGGGUGGCAAGAACUUGAAACUGCAUUUCUUGAGCAUAAAGAACAGUUUCAUUAUUUUAUUCUCAUAAACUGUGGAGCUAAUGUAGACCUAUUGGAUAUUCUUCAACCUGAUGAAGACACUAUAUUCUUUGUGUGUGACACCCAUAGGCCAGUCAAUGUCGUCAAUGUAUACAACGAUACCCAGAUCAAAUUACUCAUUAAACAAGAUGAUGACCUUGAAGUUCCCGCCUAUGAAGACAUCUUCAGGGAUGAAGAGGAGGAUGAAGAGCAUUCAGGAAAUGACAGUGAUGGGUCAGAGCCUUCUGAGAAGCGCACACGGUUAGAAGAGGAGAUAGUGGAGCAAACCAUGCGGAGGAGGCAGCGGCGAGAGUGGGAGGCCCGGAGUGGCUCUGGGAGUGAACCUGUGGCCGCUGCAUUGGAGAAGAGCUCCAGGUUGUUCGCCGGUCCCAUGAGUGACAGGACAGCCCCAAGGUCUCCCAGAAGAGACAUCCUCUUUGACUACGAGCAGUAUGAAUAUCAUGGGACAUCGUCAGCCAUGGUGAUGUUUGAGCUGGCUUGGAUGCUGUCCAAGGACCUGAAUGACAUGCUGUGGUGGGCCAUCGUUGGACUAACAGACCAGUGGGUGCAAGACAAGAUCACUCAAAUGAAAUACGUGACUGAUGUUGGUGUCCUGCAGCGCCACGUUUCCCGCCACAACCACCGGAACGAGGAUGAGGAGAACACACUCUCCGUGGACUGCACACGGAUCUCCUUUGAGUAUGACCUCCGCCUGGUGCUCUACCAGCACUGGUCCCUCCAUGACAGCCUGUGCAACACCAGCUAUACCGCAGCCAGGUUCAAGCUGUGGUCUGUGCAUGGACAGAAGCGGCUCCAGGAGUUCCUUGCAGACAUGGGUCUUCCCCUGAAGCAGGUGAAGCAGAAGUUCCAGGCCAUGGACAUCUCCUUGAAGGAGAAUUUGCGGGAAAUGAUUGAAGAGUCUGCAAAUAAAUUUGGGAUGAAGGACAUGCGCGUGCAGACUUUCAGCAUUCAUUUUGGGUUCAAGCACAAGUUUCUGGCCAGCGACGUGGUCUUUGCCACCAUGUCUUUGAUGGAGAGCCCCGAGAAGGAUGGCUCAGGGACAGAUCACUUCAUCCAGGCUCUGGACAGCCUCUCCAGGAGUAACCUGGACAAGCUGUACCAUGGCCUGGAACUCGCCAAGAAGCAGCUGCGAGCCACCCAGCAGACCAUUGCCAGCUGCCUUUGCACCAACCUCGUCAUCUCCCAGGGGCCUUUCCUGUACUGCUCUCUCAUGGAGGGCACUCCAGAUGUCAUGCUGUUCUCUAGGCCGGCAUCCCUAAGCCUGCUCAGCAAACACCUGCUCAAGUCCUUUGUGUGUUCGACAAAGAACCGGCGCUGCAAACUGCUGCCCCUGGUGAUGGCUGCCCCCCUGAGCAUGGAGCAUGGCACAGUGACCGUGGUGGGCAUCCCCCCAGAGACCGACAGCUCGGACAGGAAGAACUUUUUUGGGAGGGCGUUUGAGAAGGCAGCGGAAAGCACCAGCUCCCGGAUGCUGCACAACCAUUUUGACCUCUCAGUAAUUGAGCUGAAAGCUGAGGAUCGGAGCAAGUUUCUGGACGCACUUAUUUCCCUCCUGUCCUAGGAAUUUGAUUCUUCCAGAAUGACCUUCUUAUUUAUGUAACUGGCUUUCAUUUAGAUUGUAAGUUAUGGACAUGAUUUGAGAUGUAGAAGCCAUUUUUUAUUAAAUAAAAUGCUUAUUUUAGGCUCCGUCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-736.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -771.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 541.02
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((..((.((((..(((((((((...((((((((.........))))))))((((.((((.((((((((((..((....))..)))))))).)).)))).)))).((((((((((((((((......)))).))))...)))))))).......(((.((((((((((....(((((.(((..(((((.((((.(((((((((.(((((..(.((((((..((.(((.(.(((.((..((....))..))..))).)))).))..)))))).)....((((.((((((((((((.((((....((((...((((((((...(((((.......)))))))))))))...))))...)))).))))..)))))))).))))((((((((((((.(((((((.(((...(((((........)))))((((...)))).(((((((...((((.((((((((((........(((......)))........))).........))))))).)))).......)))))))......((((((....))))))..))).))))))).))))).............)))))))...((((((...)))).))....))))))))))))))...((((......))))((((.....((((((.((....(((((((((.(.(((((((.((((......)))).))))))).)..(((((.....)))))((((((((..((.((....)).))...))))))))....)))))))))((((((.....))))))((((..(((((((((((...))))).((((((((((....))))))))))(((((.(((((((((((((.((.(((((....(((((((.(((.(((((((((....))).))....(((((((((.((((.(((((.((((.(((...........))).)))).)...)))).)))).).((.((((((..............)))))).))....((((..((.((((((((((.......))))))........)))).))..))))..((((((...))))))))))))))(((((((((.(((..(((((...(((((((.((((((((.........)))))))).)).)).)))...((((.((((((.((((((((((((...((.(((....))).))..))))).)))(((((.((....(((.((((...((((((...)))))).((((((((((((((.((.((((((((((..........(.(((.....))).)...))))))))))...)).))))))..(((((..(((...(((((((((.((.((.(((((((.(.((.((((.......)))).(((((((.....))..))))).)).).))))))).)).((((((((.((((((((...((((((.....))))))...))))).))).)))))))).)).))).))))))...)))))))).))).))))))))).)))....)).)))))..............))))..)))))))))).))))).)))...))))))))).)))).))))))))))...)))))...)).))))))))..))))).)))))........)))))).))))((((((.......))))))...)).))))))...)))).)))))))))..))))))))((.((((((......(((((((...)).)))))((.((..((......))..)).)).))))))...)).)))))))))))))((((((((((..((((((((((...(((....)))......)))))).......(((((((((((((((......))))).....)))).))))))((((((((((((((...............))))).)))))))))...))))..))))).)))))(((((((...((.(((((((....((.(((.((((((((....)))))))).))).))))))))).)).....)))))))...)))..))))))..)))).))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((..(({{(((..(({{,{{{{..,{((((((,...,,{{{{||||,||(((((,(((,.({{{((((((..((....})..)))))}||,||,||||.||||.((((((((((((((((......)))).))))...))))))))..((.{((......))).))..})),,))}}))))})))|{,{{(((((((((((((((((((.({(({(({,{((.{{{.{.|||,{|,.|{,,,.}},,)),.}}}.}}}|,|},.}}}}}}.}....{(((.((((((((((((.((((.,..{(((...((((((((...(((((.......)))))))))))))...)))}.,.)))).))))},,))))))).}))}..({,,..)|.,.,((((((......}))))|{{{.{||,....,)))}}},.,.,,|{{||||,..((((.(((((((,{(,.,.....{{|......}}}........|}},........))))))).))))...,,,.}}}},||{{{....)))))))}}))))))))))))){{{{,,({(((,({{{.,.,,,.{{{.{(({((({(((((((.(((.((.((((((((((............((,{.((...(((((({{,((.((((((.{{.....(((((((((.(.(((((((.{(((......)))).))))))).)..(((((.....)))))((((((((..((.((....)).)).,.))))))))....)))))))))((((((.....))))))((((..((((((,,,,...,|||||((((,,,|||,.}}}))))),||||(((((.(((((((((((((.((.(((((..,.(((((((.,((((((((((((....))).,....,{{{,,(((({((((.(((({.((((.(((..,,.......))).)))).}...)))).)))).).))))}|,,))))))))}..,,{{{|...{,||..(((((((........((((((.......))))))))))))}.,,|,.,..,))),,.|||||{,,..,},))),|||||((((((((((.(((,.(((((...{((({,,.((((((((.........)))))))),}},)).))),,,((((.((((((.(((({{((((((...((.(((....))).))..))))).))}(((((.((..,.(((.((((...((((((...)))))).{((((((({(((((,((,{(((((((((........{{{.(((.....))).).}}))))))))))}}}}}.)))))}..(((((.,(({...(((((((((.((.((.(((((((.(.((.((((.......)))).(((((((.....))..))))).)).).))))))).)).((((((((.((((((((.,.((((((.....))))))...))))).))).)))))))).)).)))}}))))).},)}}))))).))).))))})))).))).}..)).)))))..............))))..))))))}))),)))}).)))...)))))))))).,..})))))))))).,.)))))...)).))))))))..))))).)))))},,.....)))))).))))((((((.......)))))).(((((.((.(({...})).)).}),)))..}.))))))}}))}..)))))).)).}.}),,..)))))))},)).))..(((((((((((((((....))))..,,......,,)))))))).)))..))).))))))).((,,..,||..{,||,.,.,,..)))}.........|}||||||{|||{|..,,..}))))..}}}}}||,,,|({{((((((((((((({...............})))).))))))))).))))))).)))}).,)))){((((((.{.{{.(((((({,,{{((,(((,({{((({{..,,)))))))},))),}})))))))..,.,,,,})))))}...}}},.,})))),})))}})))}......................
Back