Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001178076.2
Sequence Length
2077 nt
GC Content
0.4271
AAGCUGUCCACAUCCCUGGCCUCAGCCCGCCACAUCACCCUGACCUGCUUACGCCCAGAUGCAACAGCAUUUUGAAUUUGAAUACCAGACCAAAGUGGAUGGUGAGAUAAUCCUUCAUCUUUAUGACAAAGGAGGAAUUGAGCAAACAAUUUGUAUGUUGGAUGGUGUGUUUGCAUUUGUUUUACUGGAUACUGCCAAUAAGAAAGUGUUCCUGGGUAGAGAUACAUAUGGAGUCAGACCUUUGUUUAAAGCAAUGACAGAAGAUGGAUUUUUGGCUGUAUGUUCAGAAGCUAAAGGUCUUGUUACAUUGAAGCACUCCGCGACUCCCUUUUUAAAAGUGGAGCCUUUUCUUCCUGGACACUAUGAAGUUUUGGAUUUAAAGCCAAAUGGCAAAGUUGCAUCCGUGGAAAUGGUUAAAUAUCAUCACUGUCGGGAUGUACCCCUGCACGCCCUCUAUGACAAUGUGGAGAAACUCUUUCCAGGUUUUGAGAUAGAAACUGUGAAGAACAACCUCAGGAUCCUUUUUAAUAAUGCUGUAAAGAAACGUUUGAUGACAGACAGAAGGAUUGGCUGCCUUUUAUCAGGGGGCUUGGACUCCAGCUUGGUUGCUGCCACUCUGUUGAAGCAGCUGAAAGAAGCCCAAGUACAGUAUCCUCUCCAGACAUUUGCAAUUGGCAUGGAAGACAGCCCCGAUUUACUGGCUGCUAGAAAGGUGGCAGAUCAUAUUGGAAGUGAACAUUAUGAAGUCCUUUUUAACUCUGAGGAAGGCAUUCAGGCUCUGGAUGAAGUCAUAUUUUCCUUGGAAACUUAUGACAUUACAACAGUUCGUGCUUCAGUAGGUAUGUAUUUAAUUUCCAAGUAUAUUCGGAAGAACACAGAUAGCGUGGUGAUCUUCUCUGGAGAAGGAUCAGAUGAACUUACGCAGGGUUACAUAUAUUUUCACAAGGCUCCUUCUCCUGAAAAAGCCGAGGAGGAGAGUGAGAGGCUUCUGAGGGAACUCUAUUUGUUUGAUGUUCUCCGCGCAGAUCGAACUACUGCUGCCCAUGGUCUUGAACUGAGAGUCCCAUUUCUAGAUCAUCGAUUUUCUUCCUAUUACUUGUCUCUGCCACCAGAAAUGAGAAUUCCAAAGAAUGGGAUAGAAAAACAUCUCCUGAGAGAGACGUUUGAGGAUUCCAAUCUGAUACCCAAAGAGAUUCUCUGGCGACCAAAAGAAGCCUUCAGUGAUGGAAUAACUUCAGUUAAGAAUUCCUGGUUUAAGAUUUUACAGGAAUACGUUGAACAUCAGGUUGAUGAUGCAAUGAUGGCAAAUGCAGCCCAGAAAUUUCCCUUCAAUACUCCUAAAACCAAAGAAGGAUAUUACUACCGUCAAGUCUUUGAACGCCAUUACCCAGGCCGGGCUGACUGGCUGAGCCAUUACUGGAUGCCCAAGUGGAUCAAUGCCACUGACCCUUCUGCCCGCACGCUGACCCACUACAAGUCAGCUGUCAAAGCUUAGGUGGUCUUUAUGCUGUAAUGUGAAAGCAAAUAUUUCUUCGUGUUGGAUGGGGACUGUGGGUAGAUAGGGGAACAAUGAGAGUCAACUCAGGCUAACUUGGGUGUGAAAAAAAUAAAAGUCCUAAAUCUAAACCAUUGCUGUAGUCAUUUAUGUUCAUGCAGUCUCUUCAUAAGAGGUAACUAGAACUGUUUUGCUGUAUCACAGUAAAGUGGAGGGUAAGCUAGGAAAAGGGAAAAUGAUCAGAUGUCUGCAAGAACUCACAGCCCUCUCCUGGCAGAGCUGCUUUAGAUGACAUUUGCAUCUUGUGCCCGUGUGGCUUCCUUCCAGUCCUUGCCUCAUCUUAGGGACGUCAUCAAAGGACUACACUAUUUUUGUUCUGCCUACAUUCCUAACAGCUGCCUAGGCAGACUCAGACUUGAAUCUUCUAUAGGAGUUCAUCACAGCUCUAUUUUGCAAGAUAGUAGUUCAUUUUUUUCUCUUUUAUGUUGAGCCAAAGCCACUUCUGGAGACUUGUCCUAGAGCAGGGGUCAGGCUUUUUUUGAAUUUUUAAUUUGUUUUUAAUAAAGAGCCAGAUAGUAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-587.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -627.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 582.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.(((((((((((........))))........(((((......(((...((((((((.((..((((..(((((((.((((((((.((((..(((.((((...(((((..((.....))..)))))...(((.((((.(((...))).)))).)))(((.((.((.(((.((((((((((((((((..(.....)..)))))))...))))))...))).))).)).)).)))((((((.........))))))....((((((((((((...........)))))))))))).........((((..((((((................)))))).)))))))).)))..)))).))..).))))))))))))..))))..))...)))))))).))).....)))))...............)))))))((((((((......((((.((((((.((((((.....)))))).)).((((((..((..(((.(.........).)))..))..))))))..((((((((.......(((((....))))).......((((((((..((((.((((((((...((((.......))))...))).))))).))))))))))))............))))))))..((((((((..((((...((((((((((((((((((..........))))).......((((((((((((((.((........)).)))))..(((((.........)))))...(((((((...)))))))..((((((.((((....))))..))))))........(((.(((((((....))))))).))).......((((((.....(((((((......((((((((((((((.(..(((((((..((((((((((.......((((((.......((((((.(((.(((((((((((..........)))))))).....))).))).)))))))))))).)))))))))).))))))).).)))))..))))).)))).(.(((((((.(((.((.......)).))).))))))).)...)))))))...))))))..)))))))))(((((((((.((((((.....))))))....((((.((((......)))).))))((((((((...((((((((((((((((...))))(((...........)))(((((((((((......((((((((...(((((((.............))))))).(((((..(((((......))))))))))..........((((((.........(((((..................)))))............((((....))))..(((........))).))))))..))))))))))))))))))).(((..(((((.......)))))..(((((((((((((..((((((.........))))))...............(((((((((.(....(((.((((.......))))..)))...).)))))))))))))))))).))))......((((......)))))))....))))))))...(((((((..((((((..............((((((..............))))))(((((...))))).............(((((((((...)))))))))(((((((.((((((......(((.....(((((((((((...((((.(((...(((.......))).))).).))).....)))))))).))).....)))...)))))))))))))(((((((........)))))))........))))))....)))))))..((((((((.................))))))))..))))...))))))))....((((((......))))))...((((......)))))))))))))...)))))))))))))..))))......))))))))..)))).))))))))))))..(((((((((((((.............))))).)))))))).)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((.(((((((((((........))))........{((((...,,.(({...((((((((.((..((((..(((((((.((((((((.((((..{((.((({...{{(((|,|{.....},..,|||||||(((.((((.(((...})).)))).)))(((.((.{(.(((.((((((((((((((((..{.....}..)))))})}..))))))...))).))).)|.)).))){{((((,...,{{,{|||||,..,.((((((((((((...........))))))))))))}}},.,.,,,,}|},|{||||..{{{{{{{,...,}}),)))).,.,.))))}))}..)))).))..)}))))))))))))..))))..))...)))))))).)))}....))))}.....,.........)))))))((((((((......((((.(((((.,((((((....,}||}||({((((({({{{({..((({{{.{{{{..(((||(((,|,,{{,,....,{{{({{,.,|...,.((((,{{{|}}||||.,,..{((({((({{((((,,(((((((,.,((({.({{{.{||{|{{{||,.}||,,..)),))))),......,{(({,,{|,|{|||{{{((((((({,,,,{({...,{||{{{{{((,(((((..,.....,.)))})||,....(({((({{{(((((.((........)).)))))..,(((({{,......}))))}}}(((((((...)))))))..((((((.((((....))))..))))))........,{{.((((((,....})))))).}},.......((({{{.,,..(((((({..,.{.{{{{{{{||{{|||,|,,|||||{{}|||{{{(((({,,,....{|||||.,.....{((((({,,,.(((((((((((.....,,..})))))))).}}}}))).}}},))}}}||||}}}.}}}))))))}.))))))).}.}}}}}..}}}}),))}},,.(((((((.(((.((.{....,)).))).))))))).}...|||}|||,|||}}|||,.||}}}}}}).,....||||{{{,||.,,|,||||||.,,.{(((.((((......)))).)))){{{{||||,|.|||{{,,,,,,.,{{{|||)))|(((..{,....,..||}(((((((((((......((((((({...(((((((.............))))))).(((({..(((((....,.}},}}))))),,,...,,,}((((((.{.,,..,.(((((..................))))),.,,,......{((({....)))}.,(((........))).)))))).,))))))))))))))))))).||,..(((((.......))))),.((((((((((((((.((((((.........)))))),,,....||..,}}.||||{|{{(|(|...,{{.{{{|,,,....}}}},,|}}..,),)))))))))))))))))}.})))......,|||,,||.,||||||,...))))))),},,.,,,,,,,..{{||||...,,,.,}}}}..||||,|}}|......|,...,}))))|||||.,,)))))}}}.}}}}..}},|{(((((((...)))))))},(((((((.((((((......(((.....(((((((((((...{((..(((...(((.......))).))).),))}.....)))))))).))).....)))...)))))))))))))(((((((........)))))))}}}}}}}}),)}))....}}}}|||{.((((((((.....,....,}..,..))))))))..)))).,,))}}}})),..,||,||}}.}}}})),)))}}}},||,,,,},}}}|||||,,,....,|||.,,,,|}}},||}}}}))},..,,}))))}.})))).))))))))))))..(((((((((((((.............))))).)))))))).)))))).....
Back