Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001178120.2
Sequence Length
3425 nt
GC Content
0.3758
GGUUUGUAUCCGGGCUGUGAGGUGCUCGGAGCCUCGGCGGACCUUGCUGCCUCUGUCUCUUUAACGCGAGAGGAAGCGAUGCAGAGGGGUGGAAAAUGGCAGAGCUGCAGAUGUUACUAGAGGAGGAGAUCCCGUCUGGCAAGAGGGCGCUGAUCGAGAGUUACCAGAACCUGACUCGGGUGGCAGACUACUGUGAAAACAACUACAUACAGGCUACAGACAAGAGAAAAGCUUUAGAGGAGACCAAAGCCUAUACAACCCAAUCUCUAGCUAGUGUUGCUUAUCAAAUAAAUGCAUUGGCCAACAAUGUACUCCAGUUGCUGGAUAUCCAAGCCUCUCAGCUUCGGAGAAUGGAGUCUUCCAUCAAUCAUAUCUCACAGACUGUGGAUAUUCAUAAGGAGAAAGUGGCACGAAGAGAGAUUGGUAUUUUGACAACAAAUAAGAAUACAUCAAGAACUCACAAAAUAAUAGCACCUGCGAAUAUGGAGCGCCCUGUAAGGUAUAUUCGGAAACCUAUCGAUUACACAGUUCUGGAUGAUGUGGGCCAUGGUGUCAAGUGGCUAAAAGCCAAGCAUGGAAAUAACCAGCCUGCAAGAACUGGCACACUGUCGAGAACAAAUCCUCCUACUCAGAAACCGCCAAGUCCUCCCAUGUCAGGCCGGGGAACACUGGGACGGAAUACUCCUUAUAAAACCCUGGAACCUGUUAAACCCCCAACAGUUCCUAAUGACUAUAUGACCAGUCCUGCUAGGCUUGGAAGUCAGCAUAGUCCAGGCAGGACAGCAUCUUUAAAUCAGAGACCAAGGACACACAGUGGAAGUAGUGGAGGAAGUGGAAGUCGAGAAAACAGUGGUAGCAGUAGUAUUGGCAUUCCCAUUGCUGUGCCUACACCUUCGCCACCCACUAUUGGACCAGCCCCGGGCUCAGCUCCUGGUUCCCAGUAUGGCACAAUGACCAGGCAGAUAUCUCGACACAACUCUACUACUUCUUCGACAUCUUCUGGUGGAUACAGACGAACUCCCUCUGUGACUGCUCAAUUUUCUGCUCAGCCUCAUGUUAAUGGAGGUCCACUUUAUUCUCAAAAUUCAAUUGCUGAUAGUCCAACUCCACCGCCACCACCUCCACCAGAUGACAUUCCCAUGUUUGAUGACUCUCCACCUCCCCCACCACCACCACCAGUGGAUUAUGAAGAUGAGGAGGCUGCAGUAGUUCAGUAUAAUGAUCCAUAUGCAGAUGGGGAUCCUGCUUGGGCCCCCAAGAAUUAUAUUGAGAAAGUUGUUGCAAUAUAUGAUUAUACAAAAGACAAGGAUGAUGAGCUGUCAUUUAUGGAGGGUGCAAUCAUUUAUGUUAUAAAGAAGAAUGAUGAUGGCUGGUAUGAAGGAGUCUGCAAUCGAGUGACUGGUCUGUUCCCUGGGAACUAUGUUGAAUCAAUCAUGCACUAUACUGAUUAAUUUUUUUUUUUCUUUUGAAGUAGAUUCUUAUUACUCAGUCAUACUGUGGGACUAUUAUGGUUAACAGAACUGUCUUAAUAUGUUUUAAAAUGUGCCCAUAUUUUCAGAACAUGCUGUUUUAUUGGUAAAUUGAAUGUCUACCUGUAAGCAUAAAUCUUUGAGGCAGUUUAUGUAUUGCUGAAUAGCAAUUUAUACAAGAAGCUGUCCAUAACUGAUUAUGCUUAUGUACUUACUUACACAUUUUUAACUUUAUGACCAGCCUAAAUAUUCUGGGGGAAGUGGGGUAUAAUAUUUAACGAAUCAUGAUUCAGAUUGUACCAUUACAUGUUUCAGUGCAGCAUGGUUACUAACGCUAUGUCAGACUAAUAUUAAAAUCAGAAAAUUUAAAUGCUGGUGCUGGUCAGACUUUUUUUGUUAGAUUCUCUCAUUUAAAAAAAAUACUGUUUGUUUAAAGCAUGCAUAAAAAUUUAUGUAUUGAAAUAUACUUAAAAAUUCAAGAUGCUUCCCAUUUGUGUAAUAUUUACCUGGAGGACUCGUACUUAGGUGUCUUAACGUGAAUUGAGUCUCCAAGGUCUCCAUGUGAAACAAGCAAAAAGAGAAUUAUCUGUAAUGUUGUAAUUUGUACCUAAGUUUUUUAAUGAGUGAAAUUUGCAUUAUAAACUUUUUCCAUUCAUAAAUACAUAAGUGAACCAAAGGUUUUUGUCCUUUCCUUCACUGAUUUGCUUUAAAAAAAAUAAAAGAUAAUGAUUUAUUGCAGAAUUAUGAUUCUAUUUUCUCAAUAUGUUAACUUGGAAAAAAAUUUUAGCCUUAUCUUAAUCUGUCCCAACAGCAAUGUGACGGAUUUUUGCAGAUUCAAAAUCUGCAAUGGUUAUUUACAAGUCAAUCUACUGAAUUCCUUUUUUAAAUAAUCUUUUGAAACUAAGAAAAUGUGUCAAAUUGUGUGCAUUCAUUCUGUAGGUAAAAUUCUUAAGGAUUGCCAUGUCAGUCCUUCAGUUGUACAGUGAACUGUUGUACACUGGUUCAAUGAAAGGAAGUUAAAAGUACCUUUUACAUAUUGUAAAAGUGGAUACAGUUGAUUUGUGAGUAGGCACUCUUUAAUCCAUUACCUGGCACUAGCAACAUUAGAAUUUUAAAAUAAAAUAAUUGGGAAAGAAGGUGGGUCAUGUAUUAAUCAGUGAACAGAGAUUUACCUAACCAACAGACUUGGAUUGUCUUUUGACAUAAUCAAAAUGCAACACAUGCACUUUGUGUGUCUCCUCUUAAUUGAAGGGAGGGCUGAGGGAUGUUUUCUCUUCUUGUCUUGUGUAUAAUUCUCUAUUGCUUAGGAUAUUAAAGUAGAGCACUCAAGUGUGGGUUUCUGUGUUAUUGAGGAUUUGUUUGGAAUUCAAAUUACAGUUAUGUACUGGAUGCUACAGACUUAUAACAGCAUAGUGAAUGGUAAGACUAGUGCAAAACAGUUAUUUCUGAAAAUUAAAGACCAUUAUUGCUACCAAAUCAAUGUGACUAUUUCAUAUGCAUUUUGCCUUUGUUAAUUUUAAACAAACAAAGUAUCAUUAGUGAUCAGCUAGCUACCUUCUACUUUCCAUUUUUCAAGUGGAUUGUUCUCUUAAUUUGUAUAUAACCUGUUGUCUAAAUUUUAUGUACAGUCUUUUAUAAUAAACCAUUCUCCUAUAUGAAAUUUUGGAUACUGUUAAAAUAUAACUCAUGUGGACUUCAAUGCAGACUUCACAUUUUUCUGACCUUUACUCCUACGGUAAAUCAAGACAAACCAUUUGAAUUUUAACAUUGGUUAUUUAUUUGUGUAAUGGCCUUACAUGUGGAUAUUAACAGUGUAAACAAUACCACAUAUAACCAUCAAGAUACCUUGAUUAUAAUUUAUAGGACUAGAAUGACAGAUUCAGGUGGUUUAUUAAUUACAUUUAAAAAGUUUUCUGAAAAAACUUUUGCAAUAAAAAAAAAUAAAUUGCCCAUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-875.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -945.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 911.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((...(((((((.((((...)))).)))).)))))))))(((((.(((((..(........)..))))).)))))....((.((((((((((((...((((((((((.((..(((((.(.((....))).)))))..((((((.((((((((.((((((........)))))).(((((((......(((....))).........(((((..............))))).....((.((((..(((((((....(((((((((.....(((((((((.((.......(((((((.....))))))).(((((...)))))..(((((((......)))).)))..(((((....))))).....(((((.((((...))))))))).......))..)))))))))....)))))))))((((((...........))))))((((.((((((.........((((....(.(((((((.....(((......)))))))))).)...)))).........)))))).)))).)))))))..)))).))...(((((...))))).....((((((((((((..(((........)))..)))((..((((((((((((..((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((......((((.(.....))))).......))))))...(((((........))))).((((................((((((((.((((((........)).))))..))))))))....(((((.....)))))...))))......((((..((.((((.(((.(((((.(((((((....((((((((.(((.((.((((((.......)))(.(((((........((((.....(((((((((((....((((...)))))))))..)))))))))).........))))).).....))).)).))))))))))))).))))).((.(((((((((.(((((.(.....).)))))(((((.............(((((....((..(((((((.....)))))))..))..........))))))))))...................))))))))).))......(((.....)))....))))).))).)))).))..)))).(((((((((..(((((((((.((((..(((((...........(((((.(((....))).))))))))))..)))).(((((...((((((((((((((((((....((((((((((((((((.((((.(((((((..(((.((.......)).)))...))))))).)))).......((((((.....((((((((((((((((((((((((((((((..((((..(((((...)))))............))))..))))....)))))...........(((....)))))))))))........((((...))))((((((.....((.....)).....)))))).(((((((((((((((....))))))).))))))))..........((((.((.....)).)))).((((((((((.((..((.((((((((.(((((((((....))))....)))))..)))))))))).....))))))))))))(((......)))..........)))))).)))))))....))))))..(((((((..((((((((.......((((....))))..)))))))).....((((((((((((((((((((.......))))))).....................((((((..((((..(((((...(((((..(((((.((((((......)))))).)))))....))))).....)))))))))..)))))).))))))))))))).................))))))).))))))))))....((((((((.(((((...(((.((......)).)))..))))))))).))))...)))))).....)))).....((((((((((((((((.....(((..........(((((((((((((((((................))).))))))).........((((((..(((((.......)))))..)))))).........)))))))..........)))....)))))))))....)))))))))))))))))))))....))))).............)))))))))((((((((...(((....))))))))))).(((((((((...)))))))))((.((((((((((((((((...........((((((((((......)))))))..)))....((((((.....(((.(((...(((((..(((......)))..))))))))))).....(((((..((((..(((((.((....)).)))))...))))..)))))...........(((((((((...)))))))).))))))))))))))))))))))).)).....))))))))).)))))))((((.....)))).((((((...))))))...)))))....(((((((((.(((.(((.....))))))..)))))))))........))))))).((((.((((((.....)))))).)))).....((((((.(.(((.(((..(((....(((((((((((........))))))))))).(((((((.(((...........))).)))))))...)))..)))))).))))))).)))))))).))....)))))))))))).))............(((.((((((((.(((((...(((...........)))...)))))...)))))))).))).)))))))))...................)))))))......((((((.....))))))(((...)))(((((((...........))))))).........))))))))......))))))((..(((((((...)))))))..)).........((((((((((...(((.....))).))))))))))......................((((((((.(((((((......))))))).....)))))))))).))..))))).)))..))))))))(((..((((((.....)))))))))....(((((((((((((((...(((((((((((.........)))))))(((.((((((.((((....((....)))))))))))).)))..((((((....))))))..................))))..)))))))))))))))..............(((((((((.....)))))))))....................)))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((...(((((((.((((...)))).)))).))))))))),,(((.(((((..{........)..))))).)))||,{.,{{{(({{((((((((...(((((((({{.(({.(((((.(.((....))).)))))..(((((({((((((({.((((((........)))))).(((((((,.....((({....,...,.,...{{((((.......,,,{....,))}}....((.((((..(((((((....(((((((((.....(((((((((.{{.......(((((((.....))))))).(((((...})))}..(((((((......)))).))){,(((((....))))),....(((((.((({...))))))))),,.....)}},)))))))))....))))))))){{{(((,....,,,...}}}}},((((.((((((.......,.((((....{.((((((({....{{{......}})))))))).}...))))...,.....)))))).)))).)))))))..)))).))...(((((...)))))..,.,((......|}}|}}||,......,{|||...}}||..((((((((((((..((.((((((((.{{,(((((((((.{(((,,(((((({......((((.(.....})))).......))),(((({{((((........)))))))))....(((({{.{{{{.,{{((,{{,.{||{,|},.,}}}.,)}))))..))),,)))}...{{(({.....|||||....((((((((((,(((((((((((((...(({...(((((((.....(((({{({({(((({.(((.....)}).))))))|||}}}......((({...,.({{{(((((((....((((...))))))))),,}})))})))}.....}.,,}))},,...)))))))))..))))))))))))}.},,,.,..(((((((((.(((((.(.....,,)))))|,{{{{.,.......,|,,((((....{{..,{(((((.....}}}}||}..||.........,)}}))}))}....,,,,............))))))))).((((.({{{(.((((({(({{,,.{({{(({,{{{{...,..{,,,.{((((((((.,(((((((((.,,(((((,,.{.(((......))).|..,.))))).,{(((.(((.....))))))|((((...((((((((((((((,,{{{{{{(({((,(((((,{{,,.{{({.(((((((,.{{{,||,,,,.,,)),))),|.|||||||.}}||....,.,{|||||,|.{,((((((((,{{{({(((({((,.,,|{|{{,.|{||,.(((({...))))).,,|,|||,..,||}}.,,,,,..,{|||,|,{|....,,.,{((....))))})))}}},,,,)),,)))),}},||}|||{((,.,..||}}}.,}}|||,,}|||||.{((((((((((((((....))))))).)))))))|,{{,,,,{,.((((.{{.....}}.)))).{((((((({{,((.,((.((((((((.(((((((((....))))},..,))))..))))))))),,,,..))))))))))))|{,......||||||.......}}}}}},.||||}}....,,,,))}}(((((((,.((((((((..,....{{{,....}}}}..)))))))).....((((((((((((((((((((.......))))))).....................((((((..((((..(((((...(((((..(((((.((((((......)))))).)))))....))))).....))))}))))..)))))).))))))))))))).,,,........,,,.,))))))).,})))))))}....((((((({{(((((...(((.((......)).)))..))))))))),,)))...}}}))},,}},}})}....,({{{{{{|||{{{{{{,,||,||{{||.,,,,,{{{,,{{,((((((({({..,........,,...}}},})))))),,,..,...((((((..(((((.......)))))..))))))..,,,,,,||..........,,,}}}))).}}.))))))))|....}}})))}})))))))))))))....))))}..........,..))))))))}((((((((.,.{{{....))})))))))).(((((((((...)))))))))((.(((((((((((((({{.,{{({..{(((({(((((((......}}}))}|{,,{{{,,,{(({,{{....,||||||},..||||.|||{......,||.,{|||||||,.,..}}}|||||.,((((..(((((.((....)).)))))...)))),,))))),.,....,|,,,((((((({...}))))))).}},,.)})))))))))))))))).)).....)))))))},..}))),.{{{|.....,}}}.{{{{{{...}}}}}}...))))...}.|||||||||}|{{........,||||,,..},))))),,......))))),)))}.|||}{(((((.....)))))}{({{.....}))},.,))))))))}.,}||...,,}}|))))))))),,{{{,.,,,|}}}}|},.(((((((.(((........,,.))).)))))))...}}).,)))|||.,..,,))})))))))).))....)))))))))))).},..,,,.,,.,|.(((.((((((((.(((((...(((.,,......,,)))...)))))...)))))))).})).)),})}}})}.................,)))))))......((((((.....)))))){{{,,.||}(((((((...........))))))).........})))))))..,...,}}}}}{{..(((((({...}))))))..))}},},,...{(((((.((((..({{((((((((((((((((.{{............,......,,..)))))))))}}}})))))).))))..)))))},,,..}}}))).})..))))).)))..))))))))|,,}}||{(({.....)))}},....,,.(((((((((((((((...((((((((({,,{,.,,,{{|}||},,{((,((((({.{{{{..,.||,,,..))})))))))},))},,((((((....)))))).,,....,,,,.......})))..))))))))))))))).,,...........(((((((((.....))))))))){{{{{............})))),)}))..
Back