Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001182.5
Sequence Length
4765 nt
GC Content
0.4497
AUCCCGAGUCCCGGGCUCAGUAUGUGGCGCCUUCCUCGCGCGCUGUGUGUGCACGCUGCAAAGACCAGCAAGCUCUCUGGACCUUGGAGCAGGCCUGCCGCCUUCAUGUCCACUCUCCUCAUCAAUCAGCCCCAGUAUGCGUGGCUGAAAGAGCUGGGGCUCCGCGAGGAAAACGAGGGCGUGUAUAAUGGAAGCUGGGGAGGCCGGGGAGAGGUUAUUACGACCUAUUGCCCUGCUAACAACGAGCCAAUAGCAAGAGUCCGACAGGCCAGUGUGGCAGACUAUGAAGAAACUGUAAAGAAAGCAAGAGAAGCAUGGAAAAUCUGGGCAGAUAUUCCUGCUCCAAAACGAGGAGAAAUAGUAAGACAGAUUGGCGAUGCCUUGCGGGAGAAGAUCCAAGUACUAGGAAGCUUGGUGUCUUUGGAGAUGGGGAAAAUCUUAGUGGAAGGUGUGGGUGAAGUUCAGGAGUAUGUGGAUAUCUGUGACUAUGCUGUUGGUUUAUCAAGGAUGAUUGGAGGACCUAUCUUGCCUUCUGAAAGAUCUGGCCAUGCACUGAUUGAGCAGUGGAAUCCCGUAGGCCUGGUUGGAAUCAUCACGGCAUUCAAUUUCCCUGUGGCAGUGUAUGGUUGGAACAACGCCAUCGCCAUGAUCUGUGGAAAUGUCUGCCUCUGGAAAGGAGCUCCAACCACUUCCCUCAUUAGUGUGGCUGUCACAAAGAUAAUAGCCAAGGUUCUGGAGGACAACAAGCUGCCUGGUGCAAUUUGUUCCUUGACUUGUGGUGGAGCAGAUAUUGGCACAGCAAUGGCCAAAGAUGAACGAGUGAACCUGCUGUCCUUCACUGGGAGCACUCAGGUGGGAAAACAGGUGGGCCUGAUGGUGCAGGAGAGGUUUGGGAGAAGUCUGUUGGAACUUGGAGGAAACAAUGCCAUUAUUGCCUUUGAAGAUGCAGACCUCAGCUUAGUUGUUCCAUCAGCUCUCUUCGCUGCUGUGGGAACAGCUGGCCAGAGGUGUACCACUGCGAGGCGACUGUUUAUACAUGAAAGCAUCCAUGAUGAGGUUGUAAACAGACUUAAAAAGGCCUAUGCACAGAUCCGAGUUGGGAACCCAUGGGACCCUAAUGUUCUCUAUGGGCCACUCCACACCAAGCAGGCAGUGAGCAUGUUUCUUGGAGCAGUGGAAGAAGCAAAGAAAGAAGGUGGCACAGUGGUCUAUGGGGGCAAGGUUAUGGAUCGCCCUGGAAAUUAUGUAGAACCGACAAUUGUGACAGGUCUUGGCCACGAUGCGUCCAUUGCACACACAGAGACUUUUGCUCCGAUUCUCUAUGUCUUUAAAUUCAAGAAUGAAGAAGAGGUCUUUGCAUGGAAUAAUGAAGUAAAACAGGGACUUUCAAGUAGCAUCUUUACCAAAGAUCUGGGCAGAAUCUUUCGCUGGCUUGGACCUAAAGGAUCAGACUGUGGCAUUGUAAAUGUCAACAUUCCAACAAGUGGGGCUGAGAUUGGAGGUGCCUUUGGAGGAGAAAAGCACACUGGUGGUGGCAGGGAGUCUGGCAGUGAUGCCUGGAAACAGUACAUGAGAAGGUCUACUUGUACUAUCAACUACAGUAAAGACCUUCCUCUGGCCCAAGGAAUCAAGUUUCAGUAAAGGUGUUUUAGAUGAACAUCCCUUAAUUUGAGGUGUUCCAGCAGCUGUUUUUGGAGAAGACAAAGAAAAUUAAAGUUUUCCCUGAAUAAAUGCAUUAUUAUGACUGUGACAGUGACUAAUCCCCCUAUGACCCCAAAGCCCUGAUUAAAUCAAGAGAUUCCUUUUUUAAAAAUCAAAAUAAAAUUGUUACAACAUAGCCAUAGUUACUAAAAGAUGAGUUAGGUGGAUUUUUAUUAUGUCAACUAGUUGUACAUGGCUUUUUAAAAGUUAAUGAUUAUUUUGUAAUUAGAAAAAAAUAGUACGUACCAGGGUAGGAAUUUGGGAAAAUACAGAACCGAGGAGAAAACAGAAGUCUUUGCAGUAGAUACAGGGUGUCUCCUGACCAAGUGAAGGAUUCAGGGGCGGGGGGUGAAUAUUGCUUGACAUUACCCACCUAUGGCAUGUGUUGGAUGUCGUGUGAUUGAAAGGGGGAUGCAUUCCCCUGUAUGCUUGGACCACAGUUCAGUAUUCAUGUGGAAUAACUUGCAGUGCUUAAAAUGACAACAGGCAUUCAUCACAGUUAUGGCUCUUGCUUAUGAAGGCUGUGUCAACUUGGAAGAGAUUUCUGGGGUAGACAGAUUUUGUUCCUGUGCUGGAGUCUGCCACCUGCUGGAGGACUCUGAGGCCAAAAUUGCCCGUGCAGAGUUGUAUAGAAAAUGCGUCUGGAGGCUGGGCAAGGUGGCUUACGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGAGAGGCCGAGGCGGGUGGAUCAGUAGAGGCUAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCGAUAUCGUGAAACCCCGUCUUUACCAAAAAAUACAAAAAUUAGCCCAGUGUGGUGGCAGGCACCUGUAAUCCCAGCUAUUAGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGUGUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCUAGAUUGUGCCACUGCCUGGGCAACAGUGAGAUCCUGUCUACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGUGCAUCUGGAUUUUUUUAUACAACCUUAGACCACCUUCUUUAGCUUUAGGCGUCUGCGGUUGCCCUUGGAUCUGUUCUCAAUCCUCAGUGUGUGUGGCAGCAUGUGGUCAUAGAGAGCUGGGCAAAGUUCACUUUCUCUUUGCUGACAGUCUCACCUUUUCUCACUGGGAAGCUGCACAGGAGCCUUUGGGCUGGUUCAGCCCAGAGGCCCCUGUUCUCCUGCCUUCCUGGCAUUCUCUGCUCCCCUUCUGCAUGGCACCCCUCUACUCCUGCCAGGUUAGAAUGGAGCAGAGGCCUUUGAACAAGAUGACAUUUGUAGACAACCUGAUCCAUCAGGAUGUGGAGAGAUCUGGACAAAUGGCAAAUAAUUUGGGGUUGAAUUAUGGCCCAGAGAAGUAAGCAAAUGAAAAACUAAACAAUUAUAAAUGUAUCUGGGAAGCAAAGGUAUUCAUAAUAUGUCCCAUGGCCAGCUGCGAGCAGUAUUUAACUAGACAUGCUGUUGUCAAUAUUGAACAUGAAUCAAGCCAAAUACUGAUAUAGCUAUUGAGAGAAGGUUGGCAGGAAGAAAUCAUGGGUGAGGGUAUGUGGGAGUGAUAAUCUUAGCUAUAGAUUUUAGGUAAAACUGAUUCUGAAAGCUUUCUUUGAAACAAAUUUAUAAUUUUUCUUCUACAUGUUUCUAGCACAAGGACUCAAUUUUUUUUGGUUAUAAUGUUCAUUAAAACAUAUGCCUUCAAUUUGUUCCUCUUUGUUCUUUUUUGCUGAUUUAGCAGAUAUAAAUCACUUGUUAGUAUUUUUAACUAUCCAAGUUAAAAUGUACAUUUGUAAGUGUUAUUACUGGUCUUAUAUUUGAAGGUGCAAGGGGUCUUGUGCUGCUCAUUACUGGUUAUCUUGAGCAUUUCAUAACUGCUGCCUCCUCCUAAAUCCUGUGUUCCAACCGCUACUGCUGGCAAUGCCCAGCCUCCAUUGUGGAUGCGGGGAAUUGUGUUCAGCAUGCUUGCUUCUGCCACGGCACUAAAGCCUAACUUGCUUAGGAUCUUGCUGUACUUGGAGAGAGCAUCCAUUCGCUGAGCCUAGCAGCCAGGCUCUUGUGACUCCCUGGGAAGUGGGUGAAGACCUGGCUCCUGGCUGCAGCAGUGAGGAGGCAGGCCCUCCAGGUGAAGACUUCUCACAAUGGAGGGAAGGCAGUUUUCUCAAAGGAAAUUGAGUGCUAUUAUGUACUCUGCUUCCUACUUUCUCUUUCAGGGUGGGAAUCUGUUAAGCCUCCUCUCUCUCUUGCUCUGCAACCACAGAACACUUCUUUUUUUUUGGUGUCUCAGUUUUGCCCACACUGGAGUGCAGUGGUGCAAUAGUGGCUCACUGCAGCCUCCAACUCCUGGGCUCAAUCUAUCCUUCCACCUCAUGCUCCCCAGUAGCUGGGACUACAGGUGCAUGCCACUGUGCCCAGCUGAUUAUUAUUUUUUUUUGUAAAGAUUGGGUCAUACUACAUUGCUCAUGCUCGUCUUGAACUUGUGGCCUCAAGCGAUCCUCCUGCCUCAGCCUCUUGAGUUGUUGGGAUUACAGGAGUGUGCCACCAUGCCCAGCUCUGUGGAAAAUUCUCUGUGGCAUUCUGUCUCCUGAAAAUGCUGAAGGGACCAAGAGGGCUCUGUGUCCUUCCUCUUCUCUUCCCUGGCACUUUCAGACCAUUUUCUUGUUGCCUUCAUUCUAACAAAGGUUGCAGAUUGGAAAGCUGAUUUGGAAUGCUUUUUAAGUGUUUUCAGUUUCAAUAUUUUUAUGAAAUUCCUAUGGUCUCCAACAAACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUACACCUGGAGCUUAUCCUGCAGAAGCUUCCUGCCAAUGAUUGUUUUGGAGGAAAUUAAAAGAAAACCAAACGAAACCUCUCCUAUCCAAGGGGAAGAACUUUAUCCCCAUAUUGAUUGAAUAUAGGAUUCUAGAUUUAAAAUGUUGUAGGCAGUUAGAGUUUGCUCUUUUUUUUUUUCUAUUGGAAAGGUCCACAAAUGUUUUAUUGACAUUUUUGUCUUUAAUCCAUUUGGAUUUGGGGUACAUGUUACGAUUUGUCUACGUUAAUUUCCCUUUUAAAAAUAAAAAUAAUUCCUCAACUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1638.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1721.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 1053.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((((.(((((((.((...((((((((((((.((...((((.(((((((((((.......))))..(((((((((((..(((((..((....))..))))).)))))...(((((.......(((((((((................)))))))))....)))))....)))))))))))))))))..)).))))))))(((((..(((((.....)))))....)))))..........))))...))..)))))))....((((...)))).))))....................(((((....((((.(..((((((......((((.((.(((......))).)).))))......))))))..).)))))))))))))((((((((((((........)))))).))))))((((.(((((((..((((..((((((((((((((....(((((..((.....((((....((((......))))...))))....))..)))))..))))))...)))))))).))))(((((((((((((((.....((((.((((........(((((((.(....))))).))).......))))))))..))))))))))))))).......(((((((((...(((((..(((((((((((((.....)))).((((.((((..............(((((((..........)))))))(((((...(((((..(((((.(((.....))).))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))..)))))....)))).........(((((...((((.(.(((((....)))))).))))...)))))((((((..(((...(((((((((((.((((((((.((((((((((...(((((...(((....(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((((((((..((((..........))))..))))))))))))..))))).).(((((((...((((((..((((.((((........))))))))))))))...............((((((((...(((.....((((((..((....))..))))))..))).))))))))........(((((.(((((.......)))))))))).)))))))(((((((..((((.((((((((((.((((((((((((((((((((((.((..(.((((((((((((.(((((....(((.((((((.((.....))..))))))..)))..)))))....(((((((((((((((((((((((((.((((((......((((.((.....(((((((((((((......)))........)))))))))).......))))))....)))))).)))..)))))).(((.(((.(((((((((((...(((.(((((((((..(((...(((.((((...........((((((....((((((((((.(((........))))))).))(((.((((..(((((((.((((....))))((...(((((.((((((((((((((((.(((........))))))..))))))))...........((((.((..((((((..(((((((((.....)))))..))))...)))))))))))).(((..(((((..((.((((((.............)))))))).)))))..)))....))))))))))..))..)))...)))).)))).)))))))))))))((((.....(((((....))))).....))))..........))))))))))..))))))))).......)))...)))))).((((((((..(.((((((.....))...)))).)..)))))))).(((((((((((...........)))))))).))).))))).)))))).((((............))))))))....))))))))))))(((.((((((...)))))).))).((((((((((..((((.(((((((((((((.............))))))..(((((((.((((.((((((((((((.(((..((((((((.....)))))((((.(.(((..(((((............)))))..)))).))))...)))..))).)).)).)))))))).)))))))))))..))))))).))))..))...)).))))))....)))))))))))))..)))))))))))))))))..(((((((.(((.....))).)))))))..(((.......)))...(((((((..((((((.(((...((((.((((((((((.((((((.(((.(((.(((((((((((.((((((((((.((((((((.(((((..(.(((((((.(((((((((((.(((.(((.((((...(((..((((.((((((((.((((((......(((((((...(((((((((((.(((((((((.(((((((((((.(((((..(((((..((((.((.(..(((.((((((((...((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.(.((((((........((((((((((.....((((((((.(....).))))))))...(((((.(((((..(((...........))).))))).))))).....((((.((....))))))..(((((.(((((..(((.((((....((((((..((((((((..........))))))(((((((((((((((........(((((((((((((((.((((((((((((...)))))))))))).))))).....((((.....))))..(((((((((..((((((.(((((............))))).).))))).)))))))))(((((((..((.(((....(((....(((.(((((....))))).)))...))))))))..)))).)))......((((((.(........).))))))........((((((.((.((((((((.((((((((((((.(((((.......(....)........)))))((((....((..((((((((..........))))))))..))...((((.......))))))))((((((((((.(((....(((((((.(..((.(((((.((((......((((((((((((..(((((..((...((((.((((..((((......)))).))))..))))......((((((......................))))))((((.((((((........))))))))))..))..)))))....)))))))))))))))).))))))).).)))))))..)))((((((.......))))))...))))))))))(((((((.....)))))))..)))))))))))).)))).....)))).)).))))))..((((((((....))))))))(((((.............)))))............((((((((((((.......(((.......)))....(((((((((.(((.((.((((...)))).)).))).)))))...))))((((((.((((....((((((......(((((.....)))))....))))))....)))).))))))......((((((((.((.(((((((.((((...((((.((....)).)))).))))))))))).)))))).)))))).)))))))))).(((((((.((((.......))))..)))))))...))))))))))...(((((...((((((......))))))...)))))............)))))))))..))))))..))..))))))...))))..)))..)))))..)))))..))))))))))..)))))).).)))))).......)).)))))))))))))...))))))))))))))))...)))))))).)))..).)).))))..)))))..))))).))))))))))).))))))))).)))))))))))...)))))))......)))))).)))))))).))))..)))...)))).))).))).))))))))))).))))))).)..))))).)))))))).)))))))))).))))))))))).))).))).)))))).)))))))).)).))))..))).))))))..)))))))....(((((.(((((((((((....((((((.....)))))).....)))))))...)))).))))))))))))....)))))))))).)))).......(((.((((((((....)))))))).))))))))))..))))))))))...)))))....)))....)))))..))).))))))).)))))))(((((((((..((((((....(((((((..(((..((((.......))))....))).)))))))))))))..))))))))).....).)))))))))))..))).(((((.........)))))....((((((..(((((.(((.((....)).))).)))))..))))))(((....)))........((((....)))))))))).((((((..(((..((((....))))..)))..)))))).....((((...((((.((.....))..)))).....))))(((((....)))))....))))))).))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.,{{{.(((((((.{{.,.((((((((((((.((...((((.(((((((((((.......))))..(((((((((((..(((((..((....)),.))))).)))))...(((((.......(((((((((...,............)))))))))....)))))....)))))))))))))))))..)).)))))))){((((,.(((((.....)))))..,.)))))..........)))).,,}}..))))))).,.,((({...}))).,,}}.........||,........(((((....((((.(..((((((......((((.((.(((......))).)).))))......))))))..).))))))))))))),(((((((((((........)))))).)))))|((((.(((((((.,((((..,(((((((({((((,.,,(((((.,(({{,,.{{{{....,{{|,|,,,,.}}|||{|}||{,..,}..)))),,,)))})),..))))))),.})))|((((((((((((((.....((((.((((........(((((({,(....))))).))).......))))))))..))))))))))))))}....{{{(((((((((...(((((..(((((((((((((.....)))),(((,{((((...,,,,.......(((((((,.....,.,.})))))){{{{{...{{{{{.,(((((.(((.....))).))))))))}}})}},)))))))))))))))))..)))))..)))))....}}}}...{.{{..(((((...((((.(.(((((....)))))).))))...))))),.|||.},})))},(((((((((((.((((((((.((((((((((...(((((.,.{({....(((((...(((((((((({.(((((.(({{(((((((((..((((..........))))..))))))))))))..))))).}.(((((((,{{{{,.(((((((({{(({....,,,,}}})}}}..}}))))))))).,.......((((((({...{({.....({{(((..((,,.|||.,}},}}},.))),)))))))).,}}....(((((.(((((.......)))))))))).)))))))(((((((,.((((.((((((((((.(((((((({({((((({{((((.{{..|,||||{(({{{{{.{((,,....{{{.{(((({.(({,,,|||{.}}}|||,,}||,,}}||}....((((((((((({(((({((({({{.({({{{{...{{{{||||||,||,,}}||})}}||{,({{{{{{.{,{{{{.....{{{{|,.{{{{..,{{|{{{{{{{|.,,,||||||{||||{,(((({{{,,{((,,,,((({..,|,.||{(,.(((((((({...})))))},)}.|{{,.,,,,)}))}}})),,)),,|||||||..}||||||,,...(({({(((,{{(.{((..,,.|||}|,||}}}.)))|((....))}.....{.(((((((((({{(((........))))))..))))))))|})}||}}},.|{{{|,...|}}|.}}}}}||||||,.,..}))),,))))),.,})),},,))))))}|||..|||||},||,||||||,.,},.,,,,...||||||||.|}||}..}}}....,{{{,(((({,,||}},|.,|||{{.{{{,....{{{{,,{{{{((,,..,{{{,,,,|}},.,||||{{{,..,,|{{{{{{,.{{(({,,......((((((.{{,{{,...,{,{{{,,||||,||,,,.}}}},.,}))}.})}}},)))}}}}|||,.....,,}}))}}|{|||||||}...,}}}}}}),,,,,}}.,.,..)))))).,,..}}})))...,,.,,,...,.,||||....|||||||||||}(((.{(((((,..}}}}|},|||.(({{{{{{,|,.{|||,|||{(((((((((.............)))))).,{((((((.((((.(((((((({(((.(((..,{(((({{,,,,{|||}}|(,((((,,({{(,,,,}}}}}}}}}.}},)|)),,...,.}))).},)}}..))).))},}.)))))))).)))))))))))..}}}))),.})))..)),,,)).)))))).,,,))))))))|||||..}}|}}}}}}})}})}}}.,(((((((.(((.....))).)))))))|.{|{,,....})))}..(((((({.,((((((.{((...((((.((((((((((.((((((.(((.(((.(((((((((((.((((((((((.((((((((.(((((.,(.(((((((.(((((((((((.(((.(((.((((...(((..((((.((((((((.((((((...,,.(((((((...(({{(((((((.(((((((((.(((((((((((.(((((..(((((..((((.{{.(..(((.((((((((...((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.(.((((((.{......{{((((((((,....((((((((.(....).))))))))...(((((.(((((..(((...........))).))))).))))).....((((.((....))))))..(((((.(((((..(((.{.((,.,.((((((..((((((((..........))))))(((((((((((((({.......((((((((((((((((.((((((((((((...)))))))))))).)))))...((((((,,(((,((...(((((((((..((((((.(((((............))))).),})))).)))))))))(((((((..(,{(((..,.(((.,..(((.(((((....))))).))),,},},)))))..)))).)))......,(((((.(........).))))}|((((((((((..,,....,,,,((((.((((((((((((.(((((..,....{,..........,.))))){(((.,{.{(..{{((((((,,.....||,|}}}}}})},}}...|||{.......}},,)))}{(((((((((.{({....(((((((.{..((.(((((.((((......((((((((((((..(((((..{{...((((.((((..((((......)))).))))..)))}......((((((......................)))))),{{{.{{{{((........}}})))))))..})..)))))....)))))))))))))))).))))))).}.)))))))..}}|((((((.......)))))),..)))))))))|(((((((.....))))))),.)))))))))))).)))).....|||}.,,,,|||||.{((.(({{(.(({..((,|.((((((.............))))))...))..))).)))},,))},,,,,.....|||......,}},...{(((((((({.(((.((.((({...}))).)).))).}))))..,))))}})))))))))}.,.((((((......(((({.....)))))....))))))...{|{|,..,,,,)))}...((((((((.((.(((((((.((((...{({({({....}).)))}.))))))))))).)))))).)))).)).))))))))))(((((((.((((.{....}))))..)))))))...)))))))))))}.(((((...((((((......))))))...)))))............)))))))))..))))))..}}.,),))))}}.,,))},)))..)))))..)))))..))))))))))).)))))).).))))))}......,).)))))))))))))...))))))))))))))))...)))))))).)))..).}}.))))..)))))..))))).))))))))))).))))))))).)))))))}}))...))))))).,}...)))))).)))))))).))))..)))...)))).))).))).))))))))))).))))))).,,,))))).)))))))).)))))))))).))))))))))).))).))).)))))).)))))))).)).))))..))).)))))),,)))))))},}||{{{{.{{{{{{(((({....((((({.....)))))}},..,))))))),..)))),))))))))))))....)))))))))).)))).......{((.((((((((....)))))))).))))))))))..))))))))))...)))))....})),...)))))..))).))))))).))))))),((((((((,.{(((((....{.(((((,.,{{..{{{|,,,,,,|}}}|{{{.,,..,,,))))})))))..))))))))}.....).)))))))))))..,,,.(((((.,,...,,.)))))....{(((((..(((((.(((.{{....)).))).)))))..)))))|(((....))),......,{{{{....)))}||{{{{{,,((((..(((..((((....))))..)))..)))))))))},{(((...{{{{.{{{....}}..))))...,.})))|{{,,....,,,,,....))))))).))))}.
Back