Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001185.4
Sequence Length
1181 nt
GC Content
0.5385
AAGCAGACACAAUGGUAAGAAUGGUGCCUGUCCUGCUGUCUCUGCUGCUGCUUCUGGGUCCUGCUGUCCCCCAGGAGAACCAAGAUGGUCGUUACUCUCUGACCUAUAUCUACACUGGGCUGUCCAAGCAUGUUGAAGACGUCCCCGCGUUUCAGGCCCUUGGCUCACUCAAUGACCUCCAGUUCUUUAGAUACAACAGUAAAGACAGGAAGUCUCAGCCCAUGGGACUCUGGAGACAGGUGGAAGGAAUGGAGGAUUGGAAGCAGGACAGCCAACUUCAGAAGGCCAGGGAGGACAUCUUUAUGGAGACCCUGAAAGACAUCGUGGAGUAUUACAACGACAGUAACGGGUCUCACGUAUUGCAGGGAAGGUUUGGUUGUGAGAUCGAGAAUAACAGAAGCAGCGGAGCAUUCUGGAAAUAUUACUAUGAUGGAAAGGACUACAUUGAAUUCAACAAAGAAAUCCCAGCCUGGGUCCCCUUCGACCCAGCAGCCCAGAUAACCAAGCAGAAGUGGGAGGCAGAACCAGUCUACGUGCAGCGGGCCAAGGCUUACCUGGAGGAGGAGUGCCCUGCGACUCUGCGGAAAUACCUGAAAUACAGCAAAAAUAUCCUGGACCGGCAAGAUCCUCCCUCUGUGGUGGUCACCAGCCACCAGGCCCCAGGAGAAAAGAAGAAACUGAAGUGCCUGGCCUACGACUUCUACCCAGGGAAAAUUGAUGUGCACUGGACUCGGGCCGGCGAGGUGCAGGAGCCUGAGUUACGGGGAGAUGUUCUUCACAAUGGAAAUGGCACUUACCAGUCCUGGGUGGUGGUGGCAGUGCCCCCGCAGGACACAGCCCCCUACUCCUGCCACGUGCAGCACAGCAGCCUGGCCCAGCCCCUCGUGGUGCCCUGGGAGGCCAGCUAGGAAGCAAGGGUUGGAGGCAAUGUGGGAUCUCAGACCCAGUAGCUGCCCUUCCUGCCUGAUGUGGGAGCUGAACCACAGAAAUCACAGUCAAUGGAUCCACAAGGCCUGAGGAGCAGUGUGGGGGGACAGACAGGAGGUGGAUUUGGAGACCGAAGACUGGGAUGCCUGUCUUGAGUAGACUUGGACCCAAAAAAUCAUCUCACCUUGAGCCCACCCCCACCCCAUUGUCUAAUCUGUAGAAGCUAAUAAAUAAUCAUCCCUCCUUGCCUAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-402.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -420.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 251.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(((((((.......((((....(((((((((((((.((((((((((((((((((.(((.....))).)).((((...)))).....(((((((.(((...(((......((((((((..((....(((.(((((....))))))))((((...))))...(((((..((((((.((((((...(((....))).........(((((((.....)))))))(((....)))...)))))).)))))))))))..)).))))))))......)))))).)))))))((..(((((..((....))..)))))..))(((((...((((.......))))(((.((((((((...(((((((.(((((((.(.(((((((........(((((((......)).)))))........................((((((((..((((((.......(((.((((((((((......)))))))...((((................)))).(((....((((.(((((.(..((((((((.((((...(((((((((.(...(((((.(((((...((.....((((.................(((.(.(((((..((((((((((..((((.((((...((...(((((((.(((..............)))..).)))))).))..)))).))))..)))))...............))).))..)))))).)))..))))..)).))))).)))))...).)))))).....(((..(((......))).))).((((((.((.(((.(((((......)).))).)))))))))))((((.....))))..))).)))))))))).))..).)))))....))))...))).))).))).......))))))..))))))))))))))).).)))).....))).)))))))...)))))))).)))..(((..((........))..))).)))))..))))).)))))))))).).)))))))).)))))(((((.(((((...)))))...((((...((.((((.....))))..)).)))).........((((...)))).)))))..)))))))))))....)))))....((((.......................)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((.(((((((.......((((....(((((((((((((.({((((((((({((,(((,,((((...{{{(.,..(((,{{||||,,{,.(((((((.(((...(((......((((((((..((....(({((((((....))))))))((((...)))}...{((((..((((((.((((((...{{(....{{.....{{{..(((((((.....)))))))|||...,),,}}}}))))).)))))))))))..)).))))))))......)))))).))))))))))}||||{.}||....))}},,,))}},}((({{....,,{..,,,..)),.(((.((((((((...(((((((.(((((((.(.(((((((........(((((((......)).)))))......,,.,,.....,.......((((((((..((((((.......(((.((({((((((......))))))|{..(((({....,...{{{{.,{||||.(((....{{,{,{{{{(,{..(({((({.,{{||..}||||{((((((.(((((((({....}))))......{{{.....|||..........,,}....))))...)))))),||{{(((.((.({{..((((((({{{{,{(((.....{{......}},..,,,}}}}}||}...,.,.((((((((({.....{{,.((((.(((((((((((((.((,...,))..).))))))))).)))(((({...)))))...........,))))}},.,,,)))))))))),)))))).)))}),))))))}.....}}}.}}}}}).))})...,,||,,,.},},}}}}}|||}}.))..}.}}))),,,,)))))..)),.))).))).......))))))..))))))))))))))).).)))).....))).)))))))...)))))))).)))..(((..((........))..))).)}}}).}))))).)))))))))}.).)))))))).)))))(((((.(((((,{,|}||,...((((.,.({.((((.....))))..)),))))........,|||,...}))}.)))))..)))))))))))....)))))....((((...................,...)))).
Back