Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001185056.2

Sequence Length

2445 nt

GC Content

0.4262

AGUCCUCUGUCCCUAUCUUUUGGUGUCCGGACAUGGCCUUGGCACUGUAGCAUGUGGACAGCCAGUGCCAUGGAUUUCAGAACCUGCAUUGCCAGUUGACUGCCUGCUUUGUGCUACGUGCAGGCCUGCCGCGCCCUGAUGAUUGCUGCCUCGGUCCUGGGUCUGCCGGCCAUUUUACUGCUGCUGACUGUUCUUCCCUGCAUCCGGAUGGGCCAGGAGCCCGGUGUGGCUAAGUACAGGCGGGCCCAGCUGGCUGGUGUUUUGCUCAUUCUGCUGGCUCUCUGCGCCCUUGUUGCCACCAUCUGGUUCCCUGUGUGCGCCCACCGUGAGACCACCAUCGUGAGCUUUGGCUACUCCCUGUAUGCAGGCUGGAUUGGUGCUGUGCUGUGCCUCGUGGGUGGCUGUGUCAUCCUCUGCUGCGCUGGAGAUGCCCAGGCCUUUGGUGAAAACCGUUUCUACUACACUGCGGGCUCUAGCUCCCCGACUCAUGCGAAGAGUGCCCACGUAUAAGAGGGCUGCCCGGCUGCCCACAGAGGUGCUGUAGAUGCUGGGCCCAGGGCCCUAGGUUUGCUCGUCACAGUGUGGGGAAGCCCAUUCCUCUGCCAGGCUCUAAAGCCAAAGGUCUAGAAAAGCAUCCUGUCUGGCAUUUUGUAGUCUUAACUUCUCCCCAUUUCCCCCAUCUUUUGGUUGCCUUAAAAGAAAUCUCUAGCUCAGAUAAUGCCCAGACAUUUUUUUCCCUUGGUGUUGCCCCUAUUAGCUCUUUUCUUGGGCAUUCUUUUGCUGUUUAUUAAAAAUAUAUUAUAUAUAUUUUGUUUCUUUAAAUUUCAAAUGUUUUGCAAACAUCACUGAGUUAGGUGGGGGUGGGGAAGAGAAAUACAAGAUACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAUAGGGCCUCACUCUGUUGCUCAGGCUGGAGUGCGGUGGUGUGAUCUCGGCUCAUGUAGCCUCAACCUCCCCGGCUCAAGUGAUCCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCGUUCACUACUACACCCAGCUAAUUUUUAAGUUUUUUAUAGAGAUGAGGGCUCCCUAUGUUGCCCAGGUUGGUCUCGAACUCCUGGACUCAAAGUAUCCUCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGUUGGGAUUAUAGGAGUGAGCCACCACACCGGCCAAGAUGCUUUUCAAACUGAUACAGAUGACAAUGGGAGCCUCAUAAAGAUGGCUUUUGUUUCUUCCCUUCAAGGUCAUUUACUUGUACGAGACAGAAAAAGAUAGCAUUGGGGACAUGGGAUGGGGGAGGGAGGGCAAUAGUGGAACGAACUUUCCAUGGGAAACUUUCCCUUUUGUAAGUUGAGGGCCAGGGGUAGGGAUAUUUUUUAGUUUGUGAUUUUACAUUUAUCUGUACAUACUUUUUCAAGAUUGAUCAUUUUUAUAACCAUGGUUUUCCUGAAAUCCUCAAUUCAUCAAUAUGAAGGAAAUGAACCACAUAGACUUUAUGCAAUAAAUAACAGUGCAAGUGAGUAUAACUCUAACUGAUGUUCCACAAAACAUUUUUGAUUUCAGGUUUGUAUGAUGUAGUUUUUAAUCGUACAUUUUCAUAUGCUUCAAACUAACACAUUUUUAAAGCUUUCCCCCACUUUUCUCUCUAUUUGUAUUGUUAGCCAUCUUGAAGUGAUGUUGUUUAACAUAAAUUGUACUGUUGAAUUUGGCUUUACGGGUGUAAACACUGAUGGUAUAUCAGUAUCUGAGACCCCAAACUCUCCAAAUACUGAUGGUGCAUUUUAUUCUUGAAGUGAAAUCUGUGCAAUAAAAUAACAGACUGUCUGCAAAACUGGCCUUCAAUCUUCUGUUGUAUCCAGAGGUAUCAUUAUUGAUUUAAAAAAAUCUCAUUAAUCUCUACUGGUAAUUUAUAGGGAAUCUGAUCAGUGAUUCAAGAACAAGUAAUUCUGCAUUGCCUUGAAUAAUUAAAAAGUUAUAUUUUAUUCACGGUAUUGCAGUGGUAAUUUGUGGUCAUGAAAGCAUAACCUCAGUGCUCUCUAGGUUUCUUAAGUGGGGUGACUUUAUGGCAUCUUUAAUCAUCGAUCAAUGGGCAGCAAUCAGAAACAAAGUUCUCAGCAUUAUGCAGUUAAUGUCCUUCAUCUACUUCUAACACUUAGUAAAGGAAUUGAUUGGCUAGGUAUAAAAAGAGAAUUAACGAAACCUAUUUUAUUGGAUCUUUAAGUAAUAAUAUCUAAAUACAUUUCGUUCAAACAUACAUAUGUAGCUGUUUGGACAUUUUGGACAAAGACACAUUGAGUUGAUUUUUAUUUGUUUUUCUGUUCCAGAAACUUCAUCAAGUUACGGGCCUGGUCUAAGAAAACACAUUGCAAUCUAUUUUGGCAGACUUCUUUCAAAUAAAAUACUAAUUUCAUUAGCUGAUAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-719.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -761.71

Frequency: 0.0000

Diversity: 404.26

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((...(((((.((((....))))...))))).(((((..((((.((((((((.((.(((.((((....(((....(((...))).....)))....)))).))))).))))))))))))))))).((((.((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((...((((((.(((...((((.(((........))).))))))).)))..))))))))).......)))))))))))..))))).......((.......))..((.....))((((((.((.((.((((((.(((((((..(((((((..(.(((((.(..((((.((((.((((((((....((((...(((((..(((.(((.(((.....((((((((((((((((((.((..((((((..((((((((......))))((...((((((((....)))).))))....))((((....((((..((.(....)))..)))))))).))))..))))))..)).))))))))))).))))))).((((((...(((((...)))))...))))))((.((((...)))).)))))))).))))))))))))......)))))))).))..((((((((((.((.((((.((((((((.......(((.((((((...((((((((((((((.....)))))))......(((((((((..((((((((((..............(((...)))..............)).))))))))...(((..(((((...(((((((((...))))))))).......)))))..)))((((((...))))))..)))))))))))))))))))))).)))...))))))))..................................(((((((((((((((((......((((((.(((.(((((((.......((.((((..((((...........))))...)))).))...(((((.....(((((......)))))....)))))..))))))).)))))))))................)))))).)))))...))))))........(((.((.(((..(((((((((.........)))....((....)).((((((....))))))....))))))))))))))...)))).)).))))))))))...(((...)))...)).))))..).)))))...)..)))(((((((((.......((((........))))...))))))))).......)))).))))).)).)))))))).)).))))))....((((((......))))))(((((...)))))........((((((((((((..(((((.........((((((((.((((((........((((((.....((((((((.................((.((....))))...((((....((((....))))))))..(((((.((((..((((((.........((((((((((((((((...........((((.((....(((((...))))))).))))...((((((((..........)))))))).........((((.(((..........))).))))................))).))))))))))))).......)))))).)))).)))))..(((((.((((((((((.((((((......((((.(....(((((((...))))))).....).))))........)))))).).))))))))).))))))))))))).......)))))).)))))).)))))))))))))....))))))))))))((((((.......))))))..........(((((....))))).......((((((.(((....)))))))))...(((((.((((((.((((((((((.((((((((.((((.(((((((...............))))))).)))).))))).))).)))))).((((((((..(...((((((.(.................).)))))))..)))))))).)))).)))))).)))))..)))))))))))).......(((((((....(((((((((((((.(((((....((((..........)))))))))....)))))))..))))))...)))))))(((((((..((((....(((((.((........)).)))))))))..))))))).............((((((...((((..(((((((((((((((...((((......))))..))))))..)).)))))))..))))...)))))))))).))))..............(((((......)).)))))))..............(((((...(((.....))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,({{...(((((.((((....))))...))))}.(((((..((((.((((((((.((.(((.((((....(((....(((...))).....)))....)))).))))).))))))))))))))))).((((.((((,..((((((((((((((((((((((((((((((((((...{({(((.(((...((((.(((........))).))))))).)))..})})))))).......)))))))))))..))))}{,,....({.,.....}},|||.....}}((((((.((.((.((((((.(((((((,.(((((((..,.(((((.(..((((.((((.((((((((....((((...(((((..(((.(((.(((.....((((((((((((((((((.(,{{((((((..((((,((({{{.{{||,|({...((((((({....}))).))))....}}||||}}}.((((..((.(....)))..)))),,))}))))..)))))).})).))))))))))).))))))).((((((...(((((...)))))...))))))((.((((...)))).)))))))).))))))))))))......)))))))).))..((((((((((.((.((((.((((((((.{{{,..{{{.((((((...((((((((((((((.....}))))))}....,(((((((((..((((((((((.,............((|,..|}}..............}},})))))))...{((..(((((...(((((((((...))))))))).......)))))..}}}{(((({...}))))}..)))))))))))))))))))))),)))}..))))))))..................................(((((((((((((((((.,....((((((.(((.(((((((.,.....((.((((..((((...........))))...)))).))...,((((.,,..(((((......)))))....))))}..))))))).)))))))))........,,,.....)))))).)))))...))))))........(({,((.(((..{(((((({{......}..}}}....((....)).((((({....})))))....))))))))))))))...)))).)).))))))))))...(((...)))...)).))))..).)))))...}..)))(((((((((.......((((........))))...))))))))).......)))).))))).)).)))))))).)).))))))....((((((......))))))(((({...}))))........((((((((((((..(((((.........((((((((.((((({......,.((((((...,,((((((((..{({{{{..........|}||}}.,|||}...{{{{,..,{{{,....}))}))))..(((((.((((..((((((.,.......((((((((((((((((....,,,,...,,(({(({......|}}}}},,}},..,}}},..((((((((..........)))))))).........((((.{{{..........}},.))))................}}}.))))))))))))).....,.)))))).)))).)))))..(((((.((((((((((.((((((......((((.(....(((((({...})))))).....).))))........)))))).}.))))))))).))))))))))))).,.....)))))),)))))).)))))))))))))....)))))))))))}((((((.......)))))}.,,,,....,(({{{....,}}}}.......{{{{{{.|||....,})))))))...(((((.((((((.((((((((((.((,(((((.((((.(((((((...............))))))).)))).))))).})).)))))).((((((((,{{...((((((.{.......,|,...,...).))))))}.})))))))).)))).)))))).)))))..)))))))))))).......(((((((....(((((((((((((.(((((....((((..........))))))))),,..)))))))..))))))...))))))){((((((..((((,..,(((((.{(.......,)).)))))))))..))))))}.............((((((...((((..(((((((((((((((.{.{(((......))})..)))))),.)),}))))))..))))...)))))))))).))))....{{,......,((({{......}},}))),,,..,,}}........,{(((,,.,,|,,,,.,)))}),,