Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001195794.1

Sequence Length

2398 nt

GC Content

0.4112

AGGAGAUACUUGAAGGCAGUUUGAAAGACUUGUUUUACAGAUUCUUAGUCCAAAGAUUUCCAAUUAGGGAGAAGAAGCAGCAGAAAAGGAGAAAAGCCAAGUAUGAGUGAUGAUGAGGCCUUCAUCUACUGACAUUUAACCUGGCGAGAACCGUCGAUGGUGAAGUUGCCUUUUCAGCUGGGAGCUGUCCGUUCAGCUUCCGUAAUAAAUGCAGUCAAAGAGGCAGUCCCUUCCCAUUGCUCACAAAGGUCUUGUUUUUGAACCUCGCCCUCACAGAAGCCGUUUCUCAUCAUGCCAAGCCAACAGAAGAAAAUCAUUUUUUGCAUGGCCGGAGUGUUCAGUUUUGCAUGUGCCCUCGGAGUUGUGACAGCCUUGGGGACACCGUUGUGGAUCAAAGCCACUGUCCUCUGCAAAACGGGAGCUCUGCUCGUCAAUGCCUCAGGGCAGGAGCUGGACAAGUUUAUGGGUGAAAUGCAGUACGGGCUUUUCCACGGAGAGGGUGUGAGGCAGUGUGGGUUGGGAGCAAGGCCCUUUCGGUUCUCAUUUUUUCCAGAUUUGCUCAAAGCAAUCCCAGUGAGCAUCCACGUCAAUGUCAUUCUCUUCUCUGCCAUCCUUAUUGUGUUAACCAUGGUGGGGACAGCCUUCUUCAUGUACAAUGCUUUUGGAAAACCUUUUGAAACUCUGCAUGGUCCCCUAGGGCUGUACCUUUUGAGCUUCAUUUCAGUUGCCCUUUGGCUGCCAGCUACCAGGCACCAGGCUCAAGGCUCCUGUGGCUGUCUUGUCAUGAUAUUGUUUGCCUCUGAAGUGAAAAUCCAUCACCUCUCAGAAAAAAUUGCAAAUUAUAAAGAAGGGACUUAUGUCUACAAAACGCAAAGUGAAAAAUAUACCACCUCAUUCUGGGUCAUUUUCUUUUGCUUUUUUGUUCAUUUUCUGAAUGGGCUCCUAAUACGACUUGCUGGAUUUCAGUUCCCUUUUGCAAAAUCUAAAGACGCAGAAACAACUAAUGUAGCUGCAGAUCUAAUGUACUGAAAGGCAAACCUUUCUAUAAUUUUACAAGGGAGUAGACUUGCUUUGGUCACUUUUAGAUGUGGUUAAUUUUGCAUAUCCUUUUAGUCUGCAUAUAUUAAAGCAUCAGGACCCUUCGUGACAAUGUUUACAAAUUACGUACUAAGGAUACAGGCUGGAAAGUAAGGGAAGCAGAAGGAAGGCUUUGAAAAGUUGUUUUAUCUGGUGGGAAAUUGCUUGACCCAGGUAGUCAAAGGCAGUUGACUAGAAUCGACAAAUUGUUACUCCAUAUAUAUAUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAAGAUGUCUUCCUAUCAAAAAGAUAUCAAAGGCACAUGGAAUAUAUUUUAAUAAAAACAAAUAAUAUCUCUAAUAUAUCCACACAUUUGUUGCCAGAUUUCAGAAAACUGAGCUGCAAUCGCUUUCCUAAAACAGUAGUGUAUUAAAUGAACAUCUAUAAAAUGUAUCAACACACAUUUUAAAAAAUUUGUUUAAAGUAUACUCUUAGGCCAGGCGUGGUGACUCACACCUGUAAUUCCAGCACUUCAGGAGGCCAAGGUGGGAAGAUCAUUUGAGUUCAGGAGUUCGAGUUACAGCCUGGGCAAUAAAGUGAGACCCUGUCACUAACAAAAUUAAAAAAUAAAAUAAAUAUAAAAUAUAGGCUUUAAAAAAGCAUAGUCUUAUUAACCAUGUCUGUUGGUCAAAAUCUGCAAACUCUAAAAGAAGAAAAGAAGAAAAAACCAAGCUUAGGGUAUUUUUCCUCCCGUGCCUGAGUCCCAAUUACAUUCACGACAGUACUUUCAAUGAACAUAAUUGUUAGGACCACUGAGGAAUCAUGAAAAAUGAUCUCUGCUUAGUACAUUUGAUGCAAAAUGACUUAUUAGGGGCUGUUUUUCUAGCUAUAGUGUCUCGAGUACUAAUAUGCAAUUAUGAAAAUUAUAUUAAAUCUGGGAUUAUGACGGUAUCACUGUAUCAUCUUGGUCUUGUUCUGGCUGUCACCAAGCAUGACCCAGGUCAACUUUUUUUUUCCCCUGAAUUACCCAUCAAAUUGAUCUGCAGCUGACUAAAGGCCACAGCUGAGCCUGGAACUGACCCUUCCUUCAUCCUCAACCUGCUGUCCUCCAGAAAGCACCAAGGAAAAAGCAGAGAAUGACAGCAAACAGAUCACUAGGCCUCUGACCACAGGUGCUGAGUACUCAGCAGCCCUCAUAUAAUAGGUUUGAAAGUACUCCUUAAAAUAAAACACUGUUUCCCUUUGGAACUAUUUACAAGGAUGAAACAACCGUAUACCUGAGAAAUAACUUGCUCUGGUGUCAAUUCGCUAUUCGCCAGCAGACAUCAGAACACACCGAGUUUCCAGAUGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-654.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -700.79

Frequency: 0.0000

Diversity: 573.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.(((((.((((((((((...)))).)))))).((((..((((((.....(((((.......((((........((((((...((((((((((((.((.((((((..(((((.....)))))......)))))))).))))((((((((.((((((.(((((((((((((..(((((((((((......))))))))(((.....))))))..)))))))))...))))))))))........((((((((((((.((((((((((((((....(((.(((((...........((((.(((((((......)))))))..)))).((((.((((.((.((((((.(((((..(((.((((..((((((.(((((((.....((((.......)))))))))))..........((((...)))).....((((....)))))).)))).)))).)))..)))))..)))))).))))))..))))..))))).)))))))))..))).)))))))))))))))))....)))))))).))))))))...))))))........)))).(((......)))((...(((((((((((...((....(((((...(((((.....(((..((((((((.........(((((..(((((.((...(((................)))..)).))))))))))....(((((((.......(.((((...(((((...)))))...)))).))))))))((((((((((((((.....(((....(((.((((((.(((((.((((.......))))...))))).......)))))).))).....((((((...((((((((...((((((.(((((.....(((........)))....)))))))))))......((((((((...))))))))............))).)))))...)))))).((((((.............))))))(((.....)))(((((((((((.........((((((....))))))(((((((((.((.((((((.((((......)))))))))).((((((..........))))))....((((.(((((((....((((((((.((....)).)))...))))).........(((((..((((((.(((((((((...((((((((.((..(..(((((.......(((....(((((((((..(((((((((((.......))))..)))))))..)))....(((((((((((.....(((((((((((((......))))))))))))).((((((.(..((((((((.........))))))))..).))))))(((.((((((........................)))))))))))).))))))))))))))..)))......))))).)..))))))))))..((((((((((((((...((((((....((((((((........)))))))).......)))))).))))))))((((((((((((((((((((((.(((((....((((.........))))....))))).).)).))......(((((((.((.......))..))))))).....(((((.......))))).............................((((.(((((............))))))))).))))))))))(((((.....(((......(((......))).....)))....)))))))))))).......(((((..((((((((....((((((..((((.((........))..))))..)))))))))))..))).)))))(((((.....)))))(((((...(((.(((((......))))))))...))))))))))))))))))))...))))))..)))))..))))))))))))))))))))))........((((..(.((.(((....(((..((((((((((...((....))....)))))).))))..)))....))).)).)..)))).(((........)))....))))))))))))))....))))))))..))))))(((..(((........)))))).......)))))))))))...))))).)))))...)).)))))))))))....)))))))))))))..))))......(.((((((....)))))).)(((........))).....)))))))))).............((((((.(((((..........)))))..))))))...((((..(((.(((((....((.(((((((((.....((.....)).....))))))))).))......)))))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((((.(((((.{(((((((({...}})}}|}))}}.|{{{.,((({{{....,||{{{,......((((......,.((((((...((((((({((((.((,((((((,,(({({.....))))).,,,..)))}},)).))))((((((((.((((((.(((((((((((((..(((((((((((......)))))))){{,.....,}))))..)))))))))...)))))))))).....,{,((((((((((((.(((({(((((((((,...{((.(((((......,,,,.((((.{((((((......))))))),.)))).((((.((((.((.((((((.{((((..(((.((((..((((((.(((((((.....((((.......)))))))))))........{,((((...)))).}...{(((....)))))).)))).)))).)))..)))),..)))))).))))))..))))..))))).)))))))))..))).)))))}))))))))))).}},)))))))).})))))))...))))))........)))).(((,.....}}}{{...(((((({{{{{,{{(({{..(((((...(((({.....{{{.,((((((((.,,...,,,(((,,..{{{{{,((,,.,,,...|||,.,.,.,}},)||,,,,.})))))))}}....{|||.,,,...{{{({((((...,|||({{{.,,,,...))))(((((((({,({{,.{(((((((.....(((..,,{,{,((((((.(((((.((((.......))))...))))).......||||},......,{{((((({...||||{{({,,.((((((.(((((.....(((........))),,..))))))))))).,,,,,{((({(({..,))}}))}}............,}).))))).},)}}})}}}}||||,,........,,.)})}}.,,,.....,}|(((((((((((.,,,.,,..((((((....)))))),,||,,,,,....((((((.((((......))))))))}}.(((({(,,,{{,,,,,|||||}....,{{,.((((({{....{(((((((.((....)).)))...))))).........(((((..((((((.((((((((,...((((((((.((..(..(((((.....{{((,,,,.(((((((((..(((((((((((.......))))..)))))))..))}....{(((((({{({.{{..(((((((((((({....))))))))))))),),{(((((.(..((((((((.........))))))))..}.)))))}(({,((((((........................)))))))))}}),))))))))))))))..,}},.}})}))))).)..)))))))))).,((((((((((((((...((((((....((((((((........)))))))).......)))))).))))))))((((((((((((((((({,((({{,{(({{{{(((,.,.,{{{{.,|||.,,.|||||{.....})}}}}}.|||},|},}}..)))))))})}}))))).....(((((.,...,.)))))..............................,,,,,,((({{...,}})}..}}}}}}}},.}))))))))){((((.....(((......(((......))).....)))....))))}))))))),.....,(((((..((({{{{{,,,,((((((..((((.((........}}..))))..))))))}}})),}))).))))){((((.....))))}(((((...(((.(((((......))))))))...))))))))))))))))))))...))))))..))))),,))))))),,},,||}}|,}},,....,{{,((({,.{,{(((((...})))).|,{{(({((({.{((,.,{|,....,))))))),))))}))}}..,......,..}},},,}},,,,,,,,}}...,.))))))))))))))....))))))))})))))))))}))))}........,,,..........)))))))}))),..))))).)))))...})})))))))))))....,,,}}))))}}}},,|}}}.....,||((((((....)))))),}},|........,})}}),.)))))))))).............((((((.(((((..........)))))..))))))...((({..(((.(((({....((.(((((((((...,.((.....)).,,..))))))))).},......))))))))}))).