Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001199853.2
Sequence Length
4025 nt
GC Content
0.3801
ACACACUCUUUUACGUUAUUUAUAAAAGAGUCUCACUCAAUGGAAGCUGGAUUUCCUCUCCUGUAAAAUGAGAAAUUGGCGUGUUAGCCAAGGCUUUCAUUGACCAAGGGAAACUCAUCCCAGAUGAUGUCAUGACUCGGCUGGCCCUUCAUGAGCUGAAAAAUCUCACCCAGUAUAGCUGGCUGUUGGAUGGUUUUCCAAGGACACUUCCACAGGCAGAAGCCCUAGAUAGAGCUUAUCAGAUCGACACAGUGAUUAACCUGAAUGUGCCCUUUGAGGUCAUUAAACAACGCCUUACUGCUCGCUGGAUUCAUCCCGCCAGUGGCCGAGUCUAUAACAUUGAAUUCAACCCUCCCAAAACUGUGGGCAUUGAUGACCUGACUGGGGAGCCUCUCAUUCAGCGUGAGGAUGAUAAACCAGAGACGGUUAUCAAGAGACUAAAGGCUUAUGAAGACCAAACAAAGCCAGUCCUGGAAUAUUACCAGAAAAAAGGGGUGCUGGAAACAUUCUCCGGAACAGAAACCAACAAGAUUUGGCCCUAUGUAUAUGCUUUCCUACAAACUAAAGUUCCACAAAGAAGCCAGAAAGCUUCAGUUACUCCAUGAGGAGAAAUGUGUGUAACUAUUAAUAGUAAGAUGGGCAAACCUCCUAGUCCUUGCAUUUAGAAGCUGCUUUUCCUAAGACUUCUAGUAUGUAUGAAUUCUUUGAAAAUUAUAUUACUUUUAUUUCUACUGAUUUUAUUUUGGAUACUAAGGAUGUGCCAAAUGAUUCGGAUACUAAGAUGCAUCGUUUGAAAUCAUCUAGUGUGUUGUAUGCAGUUAUCCUCAAAAACAUCAGCGAUGUCUGAACCUUUAAAACAUCUGUUAGAGCAAAAUUAAAAGAGCAUUUGGUAGUAAUCUAACUUUUUGUUCAGUUAAUAAGUGGUUGAUAAAGUUUCCAUAUUUUUCUGGAAAAGUUAAAAAAAGUUACAUGUCAUUUGGAGAAAAUACGUAAUCAGAAAUUUGUGCAUAGAUUGAUGCCAAAAAAGACAUUUCCAGCAUUGUGGAACAUGGUGAGACACUAUAUAAAAUUCCAGAAAGAAAGCAACUGGAUUUACAGAUUUAUUGUGAGACACAAAUUCACUGCUGCCUUUACACUAAGAAAUGUAUAUGUUAACCAUAUAUGCUGUAUUUAUUUUGUCGUUAAGCAUACUUUCAGUUUACUCAGAAUUUUCAAUUUGCUAUAAAGAUGUAUCAAUUAGCAUAUAGAAAAAUAUUACUUUAAGAUGACUUGUUUCCUUUGAAAAUACCUGUGUACUGAGGGUUAUGAUUUGUGUCAAAAAUUGACAUAAGUGCUUUUACAAGCACCAAAGUUGAAUGAAUUUUCAACAAAAUGUAAUUAAAGUCUAUGUUUUCAGUUAUGACUCAGGUUAAGAAAUGUGUUUUAGGAUCUACUUGCUGGUUUUUCUUUUUGAUCCAAAUGUGUGAUCUGCCCUGAUAAAUAACAAGUUAUAGUACCAUCUCCCCCGCCAAUAAAAAAGAGAAGAAAAAAGAGAAACCCGUGGCACUAUGUAAAUAAAGUAAGCAUACUUUGUUGUUAGUAAAUAGAUGAGGCAUGCCUGGGAAAUGCUCCCUUGGCAUAAAUAGCAAUCAAUCAUAAUUAGUAAACAGGUGUACCAAUAAAAAGAAUUUACAUGAUAGGUUAACAAGGACCAGGAAAGUGAGUUUCCUGAAGGAGUUCUUUGUUCCUGAUCAAAGAAAUUGAUACCUGUUAGCAUUCACUGCCACCAUAUUUUAAGGAGAAAGAACUCUAUUGGUGUCGUCUGAGCAGCCAUUUAAAAAUUGGAAUCUAAAGGAUGGUUGCUGAUGUACUGUGUGGUCUGGUAGAAGUGGGGAAAUAUGAGAGAUGGAGGAAAAACUUGAUUAUGUCUUCCAUGGCAUAUUUACUCUUACUUUACUUCGUGCCAAAUCAAAUGAAACAAGCCGUCUUACAAGUCGUUAUUGCCUUUAAAAAUCUGUUCCGUUUUUUUCCCAGGUACUUAAAAUACAAGUGCCAGUAAGUGGUUCUUAUGUGUUUUGGGGGGAAAAUUUUAUUUCCCUUUUCUUCUGAUAUUUAAAAAAUUCAUCGAUCUUUCAAGAUGAACCAAGGUUUUUUAAAAGAAAUAUAGGAAACACUUCAUUCUUUAUAAAACUUUCUAUAAUGCCUUAUUUGAAUGUUAAUCUUAUGUGCUUUCUAAAAAAUGUUGUGAAAUACCAAACUUAUGGAUUAUCACUAGGUUAUCAAGCAUAUAUUAGUCUUUAUCAGAAUAAAAUGAAAUUUCAUAACUGUGGCUAUUACUUUGUUCUUGGUCCUUCACAGGGCCUGCUCCAUCCCACCUUCCUUUCUGCUGCCUGAUGUCUCAAUGGCUUCUGAAUGACUGUUCUAAUAAAUGAUCUUAAAACAGUCCAUAGGCUGGUUUCAGUUUAUGCAAUACUUCAUCUCCUGCUAUGGUAGCCAUACCGGCCUUCAUAAUACCCUUAGGGGAUUUGGAAAUCAAAGUGAGCAGUGGAAGAACAUGGCUAUGAGAAUUAAGACUCUUAUUUCCUGUGACCAUUCCCUCCCCACCCGCAAACACUUAGCCCAAAGUUUUGCACAUACAUUCAUUACUUUAGGAAUGAAUAUGACUGUAAUACAACUUUUUUCUUUAUUUUUUUUUAGACAGGGCCUCACUCUGUUGCCCAGACUAGAGUGCAGUGGCAUAAUUGGGUCACUGUAACGUUGAACUCCUGGGCUCACGCAAUUCUUCUACCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGAAACUACAGGUAUGUACCACCAUGCCUGGCUAAUUUUAUUUUUUUGUAGAGACGGCGUCUCGAUAUGUUGCCCAGGCUAGUCUCCUGGCCUCAAACAGUCUUCCUGAUUCAGCUUCCCAAGUGCUGAGAUUACAGGUGUAAGCCACUGCCCCCACCCAAAAAAAUAAUUCUGUAAUGACCAUCAUUAAGAUUUAUGUACCACAUGGAAAUACAUGUAUGGAGCUGAAUGCCAUGGCUAGGAGAAACUACUAUACUUUUGUUAAAAGCCAAUGAGAGGCCGGGCGCGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAAAAAAAAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGCGGGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGUUGAGGCAGGAGAAUGGUGUGAAUCCGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGGGAGACUCCGUCUCAAAAAAAAAAGCCAGGGAGAACAGCACCUCAACUGAUUUAUUUUAUAGAGUAAAAGUUAUUUUGCUAUACCUUUUGUAAGCAGCGUGUACUGUGGGAAAUGCAAACUAGCAGUUGUUAGCACCAUCCAGAAAUUUCUGUCAGUUCCAUUUCAAAUAGUUUAAAUACUGGCUCAAAUCUCUAAACCCCACCCUAUGGCUACUUUUCCCCCAGCUAUAUAUAAUGGCAUUCUAGCAAGAUAUUUUGGAUCCUCAUAACUUGUGACAAAACUGCCCUAUACUAACAACAAAUCAUUGUAAUUAUAGAUCUCAAAUUAUGUUAAAUUGCUAUAGUUGCAACCAACAGCAAGAAUUUGUAUUUUAGAAUAUGUUGUGUCUUCUCAUUGACCAAAAAAUAAAAAUAAAAAUAAAAAUAAAUCCUCAGGCCCUGAUAAACUGUAGAAAUAGCUUUUCUAUCUUUGCAGUUAAAGAUUUUCAUCUUGGAAGUUAUGGUUAAAAAAUUUUUAAACAGUUAAAAUAGUGUAGCUGUGCUUAAAGCUUCUGGUAAAAGCCAGUAUGCUUUGUAGAGCCCUUAUCCCCCUCCUGCUUUUUAUUUGUUUUUAGCUCACUAAAUAAUAUAAACACUGAUUUUUCCAUAUAUAGCACUGAAUAAACUGUCAUGCCUAAGUGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1171.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1247.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 999.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((.........))))))))).....((((((((((((((....))((((.(.....).))))..(((((......)))))))))))))))))....((((......)))).......(.((((((..(((((((.(((((((((((......((((.((((((....(((.((((.(((.((((((...))))).).))))))).)))((((.((....)).))))..((((..(.((((..............)))))..))))((((((((((.....(((..((((...((.(((....))).))))))))).((((.((......)).))))......((((......))))..)))))))))).))))))...((((.(.......).)))).((((((.((......)))))))).)))).....)))))))))))..........)))))))((((.......)))).....((((((.(((((.......))))).)).....((((......))))))))........((((((.............................))))))((((((..((..(((.((((((((..((((...(((((.((((.((..((((..........)))).((((((((((((((..........)).))))))).)))))........................((((((((...((((..((((((.((.(((.......))))))))))).))))((((((.((((..((....))...))))))))))(((((((((((((....(((...(((((...))))).)))...(((((((.(((((((((((....(((((..(((((...(((((....)).)))...)))))..)))))..((((............))))........((((((((..((((((((((((.(((((..(((((.............(((.....((((((((((((.(((.....(((((((..(((((....((((...((((.((..................((((..((((.(((......))).......(((((.......)))))))))..)))).....((((...(((((((((((((...((((((..................))))))............(((((((((((.((.(((((...............))))).)).))))).....(((((((((((.((((((((.(((((..((((((((.(((((((((((((((((((((((((...)))))))))((((((....))))))....((((((......))))))((((((((.........))))))))..))))))))))(((((..((((....))))..)))))....((((((((((((((((((((((....)).))))(((..((((.........))))..)))...((((................))))...)))))))))))))...)))((((....(((((((((....)))))))))..)))).....(((((.(((((((.((((.....))))..))))).....))..)).)))....)))))).))))))))....................((((((((...(((....(((((((.....)))))))......(((((((........))))))).)))..))))))))(((.....))).(((((((.....((((......))))...((((.((((..(((((((((((.................)))))))))))))))))))))))))).(((((((((((((((((((((....((((((((..............))))))))..))))))).......))))))))).)))))..))))).)))))))).))))))).))))......(((((..(((((.(......).)))))....)))))(((((((((((((.((((.....)))).))..)))))))))))((((((......)))))).....))))))...........((((((..........))))))..((.((((((((((((..((((((((((((.((((....(((((........))))).........))))))))..)))))))).)))).)))))))).))(((((((.(((......)))))).))))..)))))....))))))))...))))....((((((((.(((....((((....))))...))).)))))))).((((((....)))))).......)).))))))))....)))))...)))))))....(((((.((...(((((((.(((.........))).))))))))).)))))))).))))))))))))....))).))))).(((..((((....))))))).(((..(((.(((....))))))..)))......(((.(.((.((((..(((.((..((((((........))))))..))))).....)))))).).)))..(((((.((((......)))))))))......(((((((........)))))))))))))))).....)))))))).....(((((((((((((.(((.(((.(((((((((((((.((.((((((((((((((..((((.((((((((((.((...((((((((.((((((.((((((((.((((((((((((.((((((((..(((((((((.(.(.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((.(((...(((((.(((((((.(((((((((((((.....((((.((((..((.(((((((((((((((.((((((((((((.(((((((((.(((..((......((((.(((.((((((...))))))))).))))...(((((((......)))))..)).((.....))(((((((..((.(((..........))).))...)))).)))...))..))).))))))))).)))))))))))).)))))).))))))))).))..)))).))))...)))))))))))))..)).....))))).)))))...))).)).))))))))))...............))))))).))))))))))))))))))))).).).)))))))))..)))))))).)))))))))))).)))))))).)))))).))))))))...)).)))))))))).))))....)))))))))))))).)).))))))))))))).))).))).)))).)))))))))((((((((....(((........))).(((((((....)))))))((((((.(((((.(((.....)))))))).))).)))(((((...(((.(((........))).)))......(((.((((..((((((.....................))))))..)))).)))....)))))))).)))))))))))))....(((((.....))))).))))))).)))).)))))))...(((((...)))))...))))))...)))).))).........((((((((((((.....................))))))))))))...((((((...((((........)))).))))))(((........)))....)))))))).(((((((((..(((((....((((....(((((((((((((.((((.....)))).)))))))))...((((((((...))))))))....((((((...))))))(((((((........)))))))(((((((((..(((((....)))))...)))))...))))...)))).....))))...)))))))))))))).)).))))..)))))...))))..)))))))).)))..)).))))))......)))))).)...))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((.,.....,.))))))))).....((((((((((((((....))((((.{.....,.))))..(((((......)))))))))))))))))....((((......|))}.,|||,.{,{{{((({.(((((({.(((((((((((......((((.,(((((....(((.((({{(((.((({{{,..,}))}.).))))))).)))((((.((....)).)))).,{{((,{{.{,,,.,}},,..,||||,||}}{{{|,|,((((((((((.....(((..{(((,..((.(({....})).))))))))).((((,,{......|}.,}})......{{{{.....,})))..)))))))))).),,))),..{,{{.|||,,,,.)})))}.(((({{{((......)))))))).)))).....))))))))))).,,.......)))))))((((.......))))......(((((,(((((.......}}}}),,......{{{,...,,,||||{(({,,(((((((((...,((((((.,,,((((.((((..(((((......))))).,,,.((((....)))).,}},})}).))))....((((((((((((({..........}}}}.((((((((((((((..........)).))))))).))))).,,..,....,,..........((((((({{{(({((((..(((,(((((.(((.......))))))))})).))))(((((,,((((.,({....)}...))))))))))(((((((((((((({..,{,...{{{((.,.|||||.|}|....,,,..||,,,.|}},{{{{{..,,,,,,,(((((...(((((,...}}||||,,,|}}|},,,||||,,|{|||||||{{.,{{((((.......,)))))}.,}},.....,{{{{{{,{{,{{(({{,{{|||,|{|,,,.,,{,..{{((.((((,,,,,,|}|||}},..,{{{,|{||{{{{{.,|}||||.{(((({.{,||,|||.,.....{{,{({{{{..{{{{.|||||,,,.|||.....,{(((,..}}}}}.,}}},))}}..}}}}.....,||,..,|||||||||.|||}}||||||{,.,,,.,.,,|||.,,,||||}},.....,|,,,...,,}}}|{{{{.{{.{((({....||....,,...))))).)).))}}|,,,..(((((((((((.((((((((.(((((..((((((((.((((({,{(((((((((((((((({...})))))))}((((((....))))))....((((((......)))))).,,,,,((,,,..{{{{,|||,,,,..,,))))))),,||||,.,,....,,||||,.,||||,.,{(({(((((((((((((((((((....)).)))),,,..{{{{.........,})}..},,.,.((((................)))).,.))))))))))))).,,|||{{{{.,..(((((((((....)))))))))..}))),..,,|||||.||(((((.((((.....))))..))))).....}}..}},)))}}}})))))).)))))))).,,,.,........,,,...,{{,,{({{,,,,,,|||(((((((.....))))))}..{{{{{{{{{{,|||||.{{{{{.....))))).},}|}},||{.....|||,{{{{,,,....,||||,,}}}}))))..,{(((.((((..(((((((((((.................))))))))))))))))))}},}}|||.{((({((((((((((((((((....((((((((..............))))))))..))))))).)})},})))))))}},})))}..))))).)))))))).))))))).)))).,.,,,|{,,,..,,,,,}}}},,.}),,}))}},||)))}.(((((((((((((.((((.....)))).))..)))))))))))((((((......)))))).,,,.||||||{{.........{(((((..........)))))}..((,((((({((((((,,{({{(({{,,,,,|,{{}}},|||,|,,,,,,,.,}}}}.,.......})))}))}..}}}|||||,|||}.}}}}}}}|.},{((({({.(((......)))}}}.)))).,,}))}..}}}))))))},,,,,,.,}}}||||,|||{(((....}|||...,}}))|}}})},}|)))))),((((((....))))))}}}}}........{{{{{...{|{|||,{,{|,|||,....}}},|,,|...(((((((.(({.........))).)))))))(((((((((....)))))))))......,,,{{{{((({.,,,(({{(((.....)))..,|..,.},||,.}})))))},,})},..,...|||}}}||.||||}.{((,((..((((((........))))))..)))))}..,.},,,,,...,,,..(((((.((((......)))))))))......(((((({.{....},)))))))))))))))}})))))).,{{{{{{...(((((((({((((.(((.(((.(((((((((((((.((.((((((((((((((..((((.((((((((((.((...((((((((.((((((.((((((((.((((((((((((.((((((((..(((((((((.(.(.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((.(((...(((((.(((((((.(((((((((((((.....((((.((((.,((.(((((((((((((((.((((((((((((.(((((((((,(({.,({......((((.(((.((((((...))))))))).))))...(((((((......))))}.,)).{{.....}}{(((((({{,{,{{..........}})).}}...))))},)).,.))..))).))))))))).)))))))))))).))))))}}}))))))).)),.)))).))))...)))))))))))))..)).....))))).)))))...))).)).))))))))))...............})))))).))))))))))))))))))))).}.).)))))))))..)))))))).)))))))))))).)))))))).)))))).))))))))...)).)))))))))).))))..,.)))))))))))))).)).))))))))))))).))).))).)))).}))))))))},.,}))))))}|||...,,,..}})..........}})))))))))).})))))))))....}))))).}.))))))))).}}))|{,,(({.{{{,.||,{,,|||,|,.......{((.{{{{,,|{{(({...|||,,.....|,......)))))).,)))),)}}..,,,}}....{{{(({{...........}||||||{{{.,,((((,,.,.((({{.{{{,,{({,...|||||.}}))),,......}}}}.,,,,.,,||||,......||||{{{{{{{|.,..,||,,,.,}}},...}}))))}}}||}},...,|,|||,..,{{{||,,||||},,}.},|||,(((........))),,,..........{{{{{{{,,,{{{{{{....((((....{{({(((((((((.((((.....)))).))))))))}...(((((({{,,.})))}}}}..,,{{{{{,...}}))},(((((((........)))))))(((((((((.,(((((....))))).,.)))))}.,})))...}))}.....))))...})))))}}}}}}||,....}}}},..,,,,,,,...,|,.,,.,,,}}}}}}}}},.{|,.......}))))),....))))...
Back