Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001202521.1
Sequence Length
3304 nt
GC Content
0.5965
AGAUGCUGCCCCCACCCCCUUAGGCCCGAGGGAUCAGGAGCUAUGGGACCAGAGGCCCUGUCAUCUUUACUGCUGCUGCUCUUGGUGGCAAGUGGAGAUGCUGACAUGAAGGGACAUUUUGAUCCUGCCAAGUGCCGCUAUGCCCUGGGCAUGCAGGACCGGACCAUCCCAGACAGUGACAUCUCUGCUUCCAGCUCCUGGUCAGAUUCCACUGCCGCCCGCCACAGCAGGUUGGAGAGCAGUGACGGGGAUGGGGCCUGGUGCCCCGCAGGGUCGGUGUUUCCCAAGGAGGAGGAGUACUUGCAGGUGGAUCUACAACGACUGCACCUGGUGGCUCUGGUGGGCACCCAGGGACGGCAUGCCGGGGGCCUGGGCAAGGAGUUCUCCCGGAGCUACCGGCUGCGUUACUCCCGGGAUGGUCGCCGCUGGAUGGGCUGGAAGGACCGCUGGGGUCAGGAGGUGAUCUCAGGCAAUGAGGACCCUGAGGGAGUGGUGCUGAAGGACCUUGGGCCCCCCAUGGUUGCCCGACUGGUUCGCUUCUACCCCCGGGCUGACCGGGUCAUGAGCGUCUGUCUGCGGGUAGAGCUCUAUGGCUGCCUCUGGAGGGAUGGACUCCUGUCUUACACCGCCCCUGUGGGGCAGACAAUGUAUUUAUCUGAGGCCGUGUACCUCAACGACUCCACCUAUGACGGACAUACCGUGGGCGGACUGCAGUAUGGGGGUCUGGGCCAGCUGGCAGAUGGUGUGGUGGGGCUGGAUGACUUUAGGAAGAGUCAGGAGCUGCGGGUCUGGCCAGGCUAUGACUAUGUGGGAUGGAGCAACCACAGCUUCUCCAGUGGCUAUGUGGAGAUGGAGUUUGAGUUUGACCGGCUGAGGGCCUUCCAGGCUAUGCAGGUCCACUGUAACAACAUGCACACGCUGGGAGCCCGUCUGCCUGGCGGGGUGGAAUGUCGCUUCCGGCGUGGCCCUGCCAUGGCCUGGGAGGGGGAGCCCAUGCGCCACAACCUAGGGGGCAACCUGGGGGACCCCAGAGCCCGGGCUGUCUCAGUGCCCCUUGGCGGCCGUGUGGCUCGCUUUCUGCAGUGCCGCUUCCUCUUUGCGGGGCCCUGGUUACUCUUCAGCGAAAUCUCCUUCAUCUCUGAUGUGGUGAACAAUUCCUCUCCGGCACUGGGAGGCACCUUCCCGCCAGCCCCCUGGUGGCCGCCUGGCCCACCUCCCACCAACUUCAGCAGCUUGGAGCUGGAGCCCAGAGGCCAGCAGCCCGUGGCCAAGGCCGAGGGGAGCCCGACCGCCAUCCUCAUCGGCUGCCUGGUGGCCAUCAUCCUGCUCCUGCUGCUCAUCAUUGCCCUCAUGCUCUGGCGGCUGCACUGGCGCAGGCUCCUCAGCAAGGCUGAACGGAGGGUGUUGGAAGAGGAGCUGACGGUUCACCUCUCUGUCCCUGGGGACACUAUCCUCAUCAACAACCGCCCAGGUCCUAGAGAGCCACCCCCGUACCAGGAGCCCCGGCCUCGUGGGAAUCCGCCCCACUCCGCUCCCUGUGUCCCCAAUGGCUCUGGUGCACCUGUGUGAGGUCGACAGCCCUCAAGAUCUGGUUAGUCUUGAUUUCCCCCUUAAUGUGCGUAAGGGACACCCUUUGCUGGUAGCUGUCAAGAUCUUACGGCCAGAUGCCACCAAGAAUGCCAGGAAUGAUUUCCUGAAAGAGGUGAAGAUCAUGUCGAGGCUCAAGGACCCAAACAUCAUUCGGCUGCUGGGCGUGUGUGUGCAGGACGACCCCCUCUGCAUGAUUACUGACUACAUGGAGAACGGCGACCUCAACCAGUUCCUCAGUGCCCACCAGCUGGAGGACAAGGCAGCCGAGGGGGCCCCUGGGGACGGGCAGGCUGCGCAGGGGCCCACCAUCAGCUACCCAAUGCUGCUGCAUGUGGCAGCCCAGAUCGCCUCCGGCAUGCGCUAUCUGGCCACACUCAACUUUGUACAUCGGGACCUGGCCACGCGGAACUGCCUAGUUGGGGAAAAUUUCACCAUCAAAAUCGCAGACUUUGGCAUGAGCCGGAACCUCUAUGCUGGGGACUAUUACCGUGUGCAGGGCCGGGCAGUGCUGCCCAUCCGCUGGAUGGCCUGGGAGUGCAUCCUCAUGGGGAAGUUCACGACUGCGAGUGACGUGUGGGCCUUUGGUGUGACCCUGUGGGAGGUGCUGAUGCUCUGUAGGGCCCAGCCCUUUGGGCAGCUCACCGACGAGCAGGUCAUCGAGAACGCGGGGGAGUUCUUCCGGGACCAGGGCCGGCAGGUGUACCUGUCCCGGCCGCCUGCCUGCCCGCAGGGCCUAUAUGAGCUGAUGCUUCGGUGCUGGAGCCGGGAGUCUGAGCAGCGACCACCCUUUUCCCAGCUGCAUCGGUUCCUGGCAGAGGAUGCACUCAACACGGUGUGAAUCACACAUCCAGCUGCCCCUCCCUCAGGGAGCGAUCCAGGGGAAGCCAGUGACACUAAAACAAGAGGACACAAUGGCACCUCUGCCCUUCCCCUCCCGACAGCCCAUCACCUCUAAUAGAGGCAGUGAGACUGCAGGUGGGCUGGGCCCACCCAGGGAGCUGAUGCCCCUUCUCCCCUUCCUGGACACACUCUCAUGUCCCCUUCCUGUUCUUCCUUCCUAGAAGCCCCUGUCGCCCACCCAGCUGGUCCUGUGGAUGGGAUCCUCUCCACCCUCCUCUAGCCAUCCCUUGGGGAAGGGUGGGGAGAAAUAUAGGAUAGACACUGGACAUGGCCCAUUGGAGCACCUGGGCCCCACUGGACAACACUGAUUCCUGGAGAGGUGGCUGCGCCCCCAGCUUCUCUCUCCCUGUCACACACUGGACCCCACUGGCUGAGAAUCUGGGGGUGAGGAGGACAAGAAGGAGAGGAAAAUGUUUCCUUGUGCCUGCUCCUGUACUUGUCCUCAGCUUGGGCUUCUUCCUCCUCCAUCACCUGAAACACUGGACCUGGGGGUAGCCCCGCCCCAGCCCUCAGUCACCCCCACUUCCCACUUGCAGUCUUGUAGCUAGAACUUCUCUAAGCCUAUACGUUUCUGUGGAGUAAAUAUUGGGAUUGGGGGGAAAGAGGGAGCAACGGCCCAUAGCCUUGGGGUUGGACAUCUCUAGUGUAGCUGCCACAUUGAUUUUUCUAUAAUCACUUGGGGUUUGUACAUUUUUGGGGGGAGAGACACAGAUUUUUACACUAAUAUAUGGACCUAGCUUGAGGCAAUUUUAAUCCCCUGCACUAGGCAGGUAAUAAUAAAGGUUGAGUUUUCCACAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1431.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1485.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 657.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((.((((((......(((((((.((((((((((((((..((((.((((((.(((((((((((((((((((((......)))))).)))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.(........)))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).)))))))))))))))......(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((((......((((((.(((......)).).))))))..(((...(((((.(((((.((((..(((.(((((.((((((((..((.....))))))).))).)))))))).....))))))).)).))))))))...((((..((((((((....((((.(((((((((((((..(((...((((.((..(((((((((((((((.((((....(((.((((((.((((((((..((((((.((((((((((.(((((.((((.........).))).))))).))))))))(((((.((...))..)))))(.((((.(((((((((......(((((...)))))))))..........(((..(((((.((..((((..((((((((((((.((((.....))))...((((((.(......).))))))(((((.((((.(((.(.(((((((.((((...(((((((....)))))))..)))).).((((((((...)))).)))).(((........))))))))).).))))))))))))..)))).).)))))))))))....)))))))..)))((((((((((((((((((.....(((....))).((.((((((((((((.(((((((((....)))))).)))..)))))))))))))))))).))))))))))))))))))).)))).)))...)))).)).)))))))))))))).)))..((((((((((((((............))))))).)).)))))...)))).))))))))))))))).....(((((((((((.......((((.........((((((........))))))....(((((((((((((((((.(((............))))))(((((((((((.(((..............(((((((........)))))))......(((((........)))))..(((((((((((((......))..))))).))))))))).))))))))))).(((((.(((((.((.(.(((..((......))..))).))).)))..)).)))))(((((((((...)))))..)))))))))))).))))))))))((((.....(((((((..((((((.......................))))))...)))))))......)))))))))).)))))))))))(((((.......)))))((.(((.(((.(((((((..(((((((((((((.((((((((((((((((((..(((((((.......))))))).....((((((.......))))))....((......))..))))))..)))))))))..))).)).)))).)))..)))).(((((((.((((((..((.((((...)))).)).....)).)))).......)))))))(((((.((((((((((.((..(((.((.((...(((.((((...........)))).)))..)))).)))..))))......)).)))))).))))))).)))))))).))).))(((((((((((.(..(((.....)))).))))))))).))....(((((...((((....))))))))).))).)))))))))))((((.(((((.(((((((..........(((((((.(((...(((((((.((.(((((((....((((((.........)).))))....))))..))).)).)).)))))..((((......)))).......))))))))))))))))).)))))))))(((((...)))))...((((((((..(((....(((((...((((........)))).(.(((((((...(((((..(((((.((((((.((....((((((((((.(((.((((...)))).((((......)))).((((.((((((((.(....).)))))..))))))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).)))..))((((((((...(((.(.((........))).)))...((((....)))))))))))).....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).)((((.((....))))))..))))).....)))..)))))))))).)))).....))))))))..))))(((((((..(((((((.((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))).))))))))))).....((((((((....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...)))..)))))((((((.(((((......))))).).))))))))))).))))..))))).....))))).......)))))))..(((((((((.((((((((...(........)...))).)))))...))))))))).))..))))))))))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))).)))...))))...)))).)))).......)))).))))))))..)))))......(((.....))).((((((((.((.......)).))))).)))...(((((.......)))))))).)))))))........)))))).)).........................((((...(((((((.......(((....(((((.....)))))...)))......))))))).))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((.((((((.,{{,.,(((({{,{{(((((((((((,.,((((.((((((.{((((((((((((((((((((,.....))))))}}))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.{........}))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).)))))))))))))))......(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((((....{((((,{(.........},,)))))(((((,{(({{.,,,|||}.,|||||....(((((((((((((((((((..((((((((...)))))).))((((((.((.,((((,({.((((.(.((((((..(((((((.(((..((((((((.(((((((((({((((({,,,,.(((.,||(((((((({,,((((({(((({{..((({((({({.(((((((({...(((,.,,..,,|||,.|||||.|||}|||....{{{{|,|.|||||{|||},|||({.(({(((((((..{((,,(.((((.(((((((((......(((((...))))))))),.........{((..(((((.((..((((,.{(((((((((((.{(((.....|))},,,(({{{{,|..,,,,).))))))(((({,((((.(((.(.(((((((.((((...(((((((....)))))))..)))).).((((((((...)))).)))).{{(........})})))))).).))))))))))))..}))).}.)))))))))))....)))))))..))}((((((((((((((((((.,,..{((,....,.,||,{(((((((((((.(((((((((....))))))},))..)))))))))))))}))))}})))))))))))))})))).)))).),)},.,,,,.{{{|||||,,||||||,{,||{.,,,,,,}||,|,||}}}}}}}}})),)))))))})).)))))....)))}))),)})))))}}},...,.))))})),}))}..,}}}}}}}}....}}}}||||||.|...,}.}}}}}},,.,((((((((((((({((({((,..}}}}}}{{{{{,,,,)||||(((({{{.|||,..,,,,,......{{{{(((,,,..{{{||}|||}......(((((.,,,,,..}|||,..(((((((((((((......))..))))).))))))))),))))))),}},,||{||,||,||,||},.{((..((,.....||,.}||.|}|,||,..}}.))))}|{||{{|||..,)))))..)))))))))))),,)))))))))}.}}.})))))).))).))).((((......(((((({..(({.,((((((((((((..,(((((,.....{,(((((((((...((....(((((.......))))).)))))}}})).)},.....}|||||(((((((.((((((((((((((((((,,(((((({,......))))))).....,,,,,,....,,{||||||...,|}}}}}}.))..))))))..))))))))}..))).))}}))),.},..||({((((....})))}}...((.((({...)))).))..))))).)))))}............},.,,,)))))).))}}))).)))).,..)))}(((.((((...........)))).))).))))).)))...))))))).)))))).).)))).))}).))}.)).)))))){{(((((((((((.(.,(({.....))}).))))))))).)).}}.(((((...((((....))))))))).))))))...))))))))))))),,,.}}}))}}.},}........}}.},,,|||..(((((((.((.(((((((....{((((({....,}}.)),.)}}....))))..))).)).)).)))))..}|{(((.(((((((((.........((((((((.((((((.....{,((((((...))))))}.((((((((..(((....(((((.,.((((........)))),{.(((((((..,(({((..(((((.((((((.((....((((((((((((((.((((...)))).((((......)))).((((.{{((((((.{....}.))))),.}}})))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).))}..)){(((((((...(((.{.((......,,}}}.)))...((({....)))))))))))}.....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).,((((.((....))))))..))))).....)))..)))))))).....(((((.(({{(((((((.......(((((({...{.((.((((..(((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))),})))))))))).....{((((,{{....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...}},..))))|((((((.(((((......))))),)))))))))}))).))))..)))))...)))).)).).....)))))))))))))))).))))).(((((({...})))))}.)))))).))))))))..))))))))).)))}....}))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))),,)).,,))})...)))),})),......})))).))))))))..)))))......||{,,...)))},)))}|{{{{,...,,,||{({{...{{{.{{.(((((.......))))),,)},))),,,}}}}}...)))))).)).........,{{,,...........{{{(,,,{(((({,,{(...........(((((.....)))))..,,...,,,,)))))))).)))}...................
Back