Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001203248.2
Sequence Length
2612 nt
GC Content
0.4483
GUUUGGCGCUCGGUCCGGUCGCGUCCGACACCCGGUGGGACUCAGAAGGCAGUGGAGCCCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCGCGGGGGCGACGCGCGGGAACAACGCGAGUCGGCGCGCGGGACGAAGAAUAAUCAUGGGCCAGACUGGGAAGAAAUCUGAGAAGGGACCAGUUUGUUGGCGGAAGCGUGUAAAAUCAGAGUACAUGCGACUGAGACAGCUCAAGAGGUUCAGACGAGCUGAUGAAGUAAAGAGUAUGUUUAGUUCCAAUCGUCAGAAAAUUUUGGAAAGAACGGAAAUCUUAAACCAAGAAUGGAAACAGCGAAGGAUACAGCCUGUGCACAUCCUGACUUCUUGUUCGGUGACCAGUGACUUGGAUUUUCCAACACAAGUCAUCCCAUUAAAGACUCUGAAUGCAGUUGCUUCAGUACCCAUAAUGUAUUCUUGGUCUCCCCUACAGCAGAAUUUUAUGGUGGAAGAUGAAACUGUUUUACAUAACAUUCCUUAUAUGGGAGAUGAAGUUUUAGAUCAGGAUGGUACUUUCAUUGAAGAACUAAUAAAAAAUUAUGAUGGGAAAGUACACGGGGAUAGAGAAUGUGGGUUUAUAAAUGAUGAAAUUUUUGUGGAGUUGGUGAAUGCCCUUGGUCAAUAUAAUGAUGAUGACGAUGAUGAUGAUGGAGACGAUCCUGAAGAAAGAGAAGAAAAGCAGAAAGAUCUGGAGGAUCACCGAGAUGAUAAAGAAAGCCGCCCACCUCGGAAAUUUCCUUCUGAUAAAAUUUUUGAAGCCAUUUCCUCAAUGUUUCCAGAUAAGGGCACAGCAGAAGAACUAAAGGAAAAAUAUAAAGAACUCACCGAACAGCAGCUCCCAGGCGCACUUCCUCCUGAAUGUACCCCCAACAUAGAUGGACCAAAUGCUAAAUCUGUUCAGAGAGAGCAAAGCUUACACUCCUUUCAUACGCUUUUCUGUAGGCGAUGUUUUAAAUAUGACUGCUUCCUACAUCCUUUUCAUGCAACACCCAACACUUAUAAGCGGAAGAACACAGAAACAGCUCUAGACAACAAACCUUGUGGACCACAGUGUUACCAGCAUUUGGAGGGAGCAAAGGAGUUUGCUGCUGCUCUCACCGCUGAGCGGAUAAAGACCCCACCAAAACGUCCAGGAGGCCGCAGAAGAGGACGGCUUCCCAAUAACAGUAGCAGGCCCAGCACCCCCACCAUUAAUGUGCUGGAAUCAAAGGAUACAGACAGUGAUAGGGAAGCAGGGACUGAAACGGGGGGAGAGAACAAUGAUAAAGAAGAAGAAGAGAAGAAAGAUGAAACUUCGAGCUCCUCUGAAGCAAAUUCUCGGUGUCAAACACCAAUAAAGAUGAAGCCAAAUAUUGAACCUCCUGAGAAUGUGGAGUGGAGUGGUGCUGAAGCCUCAAUGUUUAGAGUCCUCAUUGGCACUUACUAUGACAAUUUCUGUGCCAUUGCUAGGUUAAUUGGGACCAAAACAUGUAGACAGGUGUAUGAGUUUAGAGUCAAAGAAUCUAGCAUCAUAGCUCCAGCUCCCGCUGAGGAUGUGGAUACUCCUCCAAGGAAAAAGAAGAGGAAACACCGGUUGUGGGCUGCACACUGCAGAAAGAUACAGCUGAAAAAGGACGGCUCCUCUAACCAUGUUUACAACUAUCAACCCUGUGAUCAUCCACGGCAGCCUUGUGACAGUUCGUGCCCUUGUGUGAUAGCACAAAAUUUUUGUGAAAAGUUUUGUCAAUGUAGUUCAGAGUGUCAAAACCGCUUUCCGGGAUGCCGCUGCAAAGCACAGUGCAACACCAAGCAGUGCCCGUGCUACCUGGCUGUCCGAGAGUGUGACCCUGACCUCUGUCUUACUUGUGGAGCCGCUGACCAUUGGGACAGUAAAAAUGUGUCCUGCAAGAACUGCAGUAUUCAGCGGGGCUCCAAAAAGCAUCUAUUGCUGGCACCAUCUGACGUGGCAGGCUGGGGGAUUUUUAUCAAAGAUCCUGUGCAGAAAAAUGAAUUCAUCUCAGAAUACUGUGGAGAGAUUAUUUCUCAAGAUGAAGCUGACAGAAGAGGGAAAGUGUAUGAUAAAUACAUGUGCAGCUUUCUGUUCAACUUGAACAAUGAUUUUGUGGUGGAUGCAACCCGCAAGGGUAACAAAAUUCGUUUUGCAAAUCAUUCGGUAAAUCCAAACUGCUAUGCAAAAGUUAUGAUGGUUAACGGUGAUCACAGGAUAGGUAUUUUUGCCAAGAGAGCCAUCCAGACUGGCGAAGAGCUGUUUUUUGAUUACAGAUACAGCCAGGCUGAUGCCCUGAAGUAUGUCGGCAUCGAAAGAGAAAUGGAAAUCCCUUGACAUCUGCUACCUCCUCCCCCCUCCUCUGAAACAGCUGCCUUAGCUUCAGGAACCUCGAGUACUGUGGGCAAUUUAGAAAAAGAACAUGCAGUUUGAAAUUCUGAAUUUGCAAAGUACUGUAAGAAUAAUUUAUAGUAAUGAGUUUAAAAAUCAACUUUUUAUUGCCUUCUCACCAGCUGCAAAGUGUUUUGUACCAGUGAAUUUUUGCAAUAAUGCAGUAUGGUACAUUUUUCAACUUUGAAUAAAGAAUACUUGAACUUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-750.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -802.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 569.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((.(((..((((.((.(((.....))))).)))).((((((((((((((((((.(((((.((....)).)).))).)))))(((.((((.......)))).))).((.(((((...............(((.((...((.(((.....))).))...)).)))...((((..(((..(((((((.........)))))))..))).))))((((..(((((((.(((((..((..(((.((((.......)))).))))).)))))......((((((.((((.......))))...)))))).((....))(((.(((......))).))).((((((((..(((.....((((((..(((..(((((...))))))))..)))))).(((((......(((((.((....)))))))......)))))....(((.(((((((........((((.(((((.(((((.(......).)))))))))).)))).......))))))).)))....)))))))))))((.((((....)))).))...........((((.((((...(((((((((...((.(((.(((.((..................(((.(((((((.((..((((((((((((.(((....))).))))...........((((((((....(((.((((..(..(((((........(((.((((((...(((((.((...............)).))))).....)))))).)))....)))))....)..)))).))).))))))))..))))))))................((..................))...)).)))))))))))).))))))))))))..))))).)))).))))..(((((......((..((((((((((.(((((((.(((....(((((((.(((.(((((......)))))))).............((((((((......(((((.(((..................)))))))).(((((......................)))))..(((.((((((...))))))))))))))))))))))))..)))..)))))))....))))))))))..)).............)))))(((((((((.......).))))))))........((..(((.(((.((..(((...(((...(((.(((..(((....))).)))))))))...)))..)).))).)))..))((((((((.((...............................(((..((((.((((((((((...((.(((((((((((...)))))..............(((...)))........)))))).))...))))).)).)))))))..)))((((((.(.(((((((.((((((.................)))))).))...........)))))).))))))((((.(((((((((((..(((((.((...)).)))))..))))...((((..(((......)))..))))...(((((.............))))).....((((((((..(((((...))))).....)))))))).....(((.(((((.(((......................(((((((((((...((..(((((((((((......((((((((((.(.....(((((((((((...)))))))))))(((.((((..(((((.((((...((((((((.(((..((((..(((..((((..(((........)))))))...)))....))))..)))))))))).)....)))))))))..)))))))((((((((((((.....((((((.........))))))(((.....))).....)))))..)))))))....(((((((((.(((.(((........))).)))((.(.(((((((((...))))))))).)))....((((((.(((.((.(((....))).)).))).)))))).(((((.(((.....(((((((...(...((((((.....))))))...)...)))))))))).)))))((((.....)))))))))))))...)))))))))))..........(((((((...((((.((.....)).)).))...)))))))))))))).))))..)))))))))))))...((((....)))).)))))))).)))...(((((......((((.........)))).....)))))..(((((((..((......))))))))).(((.((........)).))).))))))))))).))))))))))....((((...(((((...)))))))))))))))))))).))))).))(((((((((...((((.....))))....))))))))).......(((((((((.....)))))))))..(((((........)))))))))))))))))).)))))).)).(((((((((((((((........(((((....)))))..))))))....((((....))))...))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.((,,((((.(.((((.(((((.,{(,.,}}}.{{,....,{,.(((..(((((.(((((.((....)).)).))).)))))..)}|(((.......)))}.)))))))))).))))},........,..).))))))){{(.........((((((((..{{{{.,,{||,,(((..(((((((.........)))))))..))).|||||}}|..(((((((.{{{((,,((,.({(.({((,{...|,|||}.|||||,}}}}}......,{||||,|{||,,,....))))...||||||.{{{,..,,{{,.(((......))),|||.((((((((,,||,.,...((((((..(((..(((((...))))))))..)))))).(((((..,...(((((.((....)))))))...,..))))).,..(((.(((((((.{{.,,..((((.(((({,(((((.(......).)))))))))).)))).,..}}.))))))).)))..,.|},}})}}}}|||,|{{{,...},,).},,,........,((((.((((...((((({((({..,(.(((.(((.(({,...,,,......,,,,{{(.(((((((.((..((((((({((({.{{{....||}.}}}}.,,.,,.,,..((((((({....(((.((((..{..,,{{{.,,,,,..(((.((((((...(((((.((...............)).))))).....)))))).)))....})))),...}..)))).))).))))))))..))))))))...........,,...{,...............,,.,,...)).)))))))))))).))))))))))))..))))).)))).)))),.(((((....,,((..((((((((((.(((((((.(((....(((((((,{{{.(((((......)))))}}|,,........,,.{(((((((......(((((.(((..................))}))))}....(({......}}}...,........}}}}},.{{{.{{{{||...}))))}))))))))))))))))))..)))..)))))))....))))))))))..)).......,.....))))}(((((((({.......}.))))))))........((..(((.(((.((..(((...,(({..(((.(((..(((....))).))))))})),}.)))..)).))).)))..))(((((((({(,.................,..,,{.,,...,..,...||||..,||||}||,...{,..|||||(((((...)))))........,,....|,....||,..|.{{||,||,,|{,|{{||||||{||{|}|||}|,,||.,{{{{{.|,|{|{||{.((((((.....,,..........)))))).||,,{{{{|..|,}}||||.||||}|(((,.,,,{|,||||,}}||,|,,}}...,}}))))))}}))}.}}||||,||||,})).}))).})|}}...(((((.............))))).....((((((((..(((({...})))).....)))))))).....(((.(((({{(((......,...............(((((((((((,..{(..(((((((((((.....(((((,{((((,....}}||(((((((({...}))))))))}}{{{.((((..(((((.((((...{(((((((,(((..((((..(((..((((..(((........)))))))...)))....))))..)))))))))).)....)))))))))..))))}}}((((((((((((.....{(((((.........)))))|(((.....)))},...)))))..)))))))...{(((,,,,,}}|||}|||....{{.{|||{|||.,{({(((((((({...})))))))).|{|{{,.,,{(((,((({((.(((,,,.}}},}|{|{{{,,,}))}||,,{.{{({{.{((((((((..,....((((((.....)))))).,.)..)))))))}})).)))})|||,.,}}}))),))))))}}}.{{{|,,,,))))..,....,,,,|||||||.,,{,...||,....))}..)))})})))),,.))))))).))))..)))))))))))))...((((....)))).)))))))).))).,.(((((......((((.........)))).....))))).}|((((((..,,......,})))))),..,{,,,...({....,}}}}.,}))))}}},,})))))))))),,,,{{{{,..{|||{..,)))))))}}))))))).{|{{||.,..(((((((((((...((((.....))))....))))))))))))..}}||||{{{{,.....,}}}|||||{.(((((........))))).))))),))))))))}}},,..{,(((((((((((((((........(((((....)))))..))))))}...{(({....)))}...,)))))))).........
Back