Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001204858.2

Sequence Length

2158 nt

GC Content

0.3939

CUUUCGACUGCCCCGGAACCCACCGGAGCAGGCAGCUGGGGGUGGGGGGGCGGCCCUGGGAUAGGGGCUGUGGCAGUACGCGGGGACCCGGCUGCGGUGGCUGCGGGACUGACGAACAGAGUCUUGCUGUGUGGCCCAGGCUGGAGUGCCCGGCUGGUCUCAAAUUCCUGACCUCAAGUGAUCUCCCUCCCAAAGUGUUGCGAUUGCAGGUGUGAGCCACUGCACCUGGCUGCUGAGAAAUCUUUGCCUACAGUGAGGGAAACUACUAAAGUUCCUGGGGAAGCAAAGUAGAAUUUCAUAAGAACAAAAUGGAUGGAGAGGAGAAAACCUAUGGUGGCUGUGAAGGACCUGAUGCCAUGUAUGUCAAAUUGAUAUCAUCUGAUGGCCAUGAAUUUAUUGUAAAAAGAGAACAUGCAUUAACAUCAGGCACGAUAAAAGCCAUGUUGAGUGGCCCAGGUCAGUUUGCUGAGAACGAAACCAAUGAGGUCAAUUUUAGAGAGAUACCUUCACAUGUGCUAUCGAAAGUAUGCAUGUAUUUUACGUACAAGGUUCGCUACACUAACAGCUCCACCGAGAUUCCUGAAUUCCCAAUUGCACCUGAAAUUGCACUGGAACUGCUGAUGGCUGCGAACUUCUUAGAUUGUUAAAUAAAAUAAAUUAUAAUAAACUGUUAACUCUUUUCAGUAUUUAAUACCUGUAGUUCAGUUAGUAACUUUUUCAUAUAUAGCAUGUUGCCUGUAUGCAGUUGAACUAUAUAAAGUUCAUUGCAAAGCAGAUUAUCUUGUUUUUUUGCAUAGCAAUCAAAGUUGAAAUUUGUUUGCUACAUCAACAAAUUAAGGACAUUUUCACAAACUGAGAAAUAAACAAAUAUGCCAAUUCGUAGGUGGUUUUGCCUUAUCCUUUGAAUGUGACUUAAAAUCAGCAAUGAUGAUAUAGUAAAUACUGAAAUUUAGGUGUAAAUCAAUACGUUCUACAGGGAAAUAAUGAGGCUAAGUAUUUUUAUGUUUUUAGUGGUUUUUUAGAAACCUAAUCUUAUAGCCGCCAUUAGCAUUACUAGAGUUAUGCAAAUAAUUGCAUUAUAAACAUGUUUAUAACUUAGCCAAAACAUUGAUUUUUAUAACUCUCCAAGUAUGAGUUGAAAUUUCUUAUGUCUUUUGAUAAACUGCAGUAUUCUUUAAGUGUACUUUGUCCUUUUGUUUAUUGCUACAAUUUAAGAACUUUAUUUAAAAACAAUUUUGGAAGGUUACUAGGUACAGCUUUUGCAGAAGAAACUGAACUGUAGCCAGAUGGUCAGCAAGUAAACUACAUGACUUAGAGUUCUUGUGCAUUAUACAUUUUGGGUAAUUCAAAGUACUGUAUUUGCAUUGACUAUAAAGCGUCGUUUGCAAUAUUUAUUCUUCCUUCAUAGUCCCUUGUUGUGAUUAUACUUCCAGUUGUUUAAAUGUAUUUUAAAAGACUCACUAUUAACUUUAUUCAGAUCUUAAAAGCUACACCUUUUUGAACUAUUCCAGUCUUUCUCCAUCCAAUUAGAAUGUUAUGGAAUAACAUGUGAAGAGAUACAGUGAAAAUCAUAUUAUAAUGCAUUGAAGAUAUCCUACAUGAAUUAUCUUCUAUUAAAAUAUGUCCCAAUAAAUAUACCCAUAAUCAGUGGGUCUUCUACUGAAAUCAAGCUCAUUCAGCUUUUCUAUUAAGCAGCCAAAAAAUUUUUUGAAAAAAUAUGACAGCAUCAUUCCUUAUGCAUGGGGAAAGAAGCACUGGAGAUGGGUUUAGUAUUGUCUUUAUCUCAGAGGUGGAACAAAGUUGUCAUUAUAGGGUCUAUAAACUUAAGUCUCCAGCUUAUUUGAGACUGGCUUAAUAUGGCUGAGCCCGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUCAGAGGACGAGGCGGGUAGAUCACUUGAGGCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCACCAUGGCAAAACCCCAUCUCUACCAAAAAUGCAAAAAUUAGCUAGGCCAUGGUGGCACACGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGUGAGGCUGAGGCAUGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGUGGAGGUGGCAGUGAGCCGAGAUCGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCGAGACUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-648.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -696.37

Frequency: 0.0000

Diversity: 460.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((.(((((....((((((....(((....)))..)))))))))))((((((......)))))).(.(((((.(((((........)))))...))))).)..(((.....)))(((((((((.(((.((((((((((((((....(((((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((....((((((((.((((...(((.(((......))).)))(((((....((((...))))....))))).(((((((((.(......(((((((((((.(((........((.(((((((((((((((((((..((((((((..........((.(((....((.(((....))).))....)))))))))))))...)))))))..((((...((((((((.(((((((((((((..((((.....))))...)))..)).)))))...............))).))))).))))))).....(((((.((((((.........(((..(((........)))...)))........(((((((((((.............(((((.((((((((((((.(((..(((.(((((((((((((((((((((.............((((...........)))).....(((((((...((((((.....(((...((((.....(((((((..((((.((((((.(((((......)))))))))))..)))).....((((.(((.(((..((((((.((((.......)))).))))))...))).))).))))....((((((.....)))))).......))))))).....(((.(.((((((((..((((.........))))..)))))))).).)))))))...)))....))))))...)))))))...(((.....((((....))))....)))((((((((((...(((((((.((((((((....(((.......)))...))))))(.((((.....)))).)..((((((....)))))))).)))))))...)).))))))))...((((.((..(((.((((((.........)))))))))..))..)))).....((((((.((((.(........).)))).)))))).))))))))).....)))))))))))).))).(((((((....))))))).((((((..(((.(((.((((.....)))).))).))))))))))).).))))))((((..........))))..)))))).))))).........))))).)))))))))))))))))(((((.((((........))))..)))))..........)))))))))))))).....((((...........(((.((((((.....)))))).)))))))...........((((((..................)))))).........)))))))))))))).......).)))))))))............(((.(((((((...((((((.(((((....(((((((............)))))))))))).)))))).............((((((.....)))))).))).))))..)))(((((.....)))))))))....))))))))....((((((...))))))((((((((....((((.......((((((((((...((((((......))))))....))))).))))).....))))....))))))))(((((...)))))......((((((..........))))))((((((.......))))))))))))))))))))))))))).)))))))))........).)).))).))))))))))))).)))))))))))))))))))(((((((((((((.......................((........))...))))))))))).))(((((.((.((((((...(..((((..((.(....).))..))))..)...))))))..)).)))))((((((...((....))...)))))))))))))))))))).))).)))))))))))).....................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....({({(((((....((((((..,,(,,...,))}..)))))))))))||((((......))))||{(.{((((.({(({,..{(({.,..))).,,))))).,}))).,..})}}(((((((((.(((.(((((((((((((({,..(((((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((....((((((((,{{{,..{{((,({{......}||,|},(((({...,{(((...))))....))))).(((((((((.{...,{.(((((((((((((({...,....((.((((((((((((..,,{,((((((,((((({...}))))),,,...})))}.,,({{{{,.{((((...{(({.((((((((...,.||.((({({.,....(((((.....}))))..,(((..((((.....})))...})}..,|,|||,.,{{{|...})}},}}))},,.,})})))...},..,,)))))))).)))}...))))}|||}}(({........})|,,....,}}.....(((((((((((.......,,,...(((((.(((((({((((((((((({,,.{(((((((((((..(((((({{({{.........((((..{.....,..)))).,{{.(((((((...((((((...,.(((...(({{.,,,.(({,{{|},{{{{.(((((,{(((((......)))))))))))..||||,....{{{{,|{,,{{|,.{(((((.((((.......)))).)))))},,,|||.}}}.||||{.,,,{{(((,....}|}|}}.....{,||,,|||,..,||,,,|}}||.,,})}}}}}..,}}}),,))}},......,|||,}.,))))))...)))....))))))...))))))),,,{{{.,,..((((...,)))}....))}((((((((((...(((((({.{,((((((....(({.......}}}...))))))..,{{(,....},},.},.{(((({....})))))}}.}))))))...)),})))))))...((((.((..(((.((((((.........)))))))))..))..)))).....((((((.((((.(........).)))).))))))..})))))))}}...)))))))))))},||,.{((((({....}))))))||||,.|..{((.(((.((((.....}))).))).)))))))))}....|||}}},{({...,,...,,}}}},,)))))).))))),}...,,..))))).)))))).{{|,..{{{,{((((.((((........))))..)))))}}}.,,,...))))))))))))))..|,,{{{,..........{(((.((((((.....)))))}.)))),..............,,{|,,,..,{{{{......,,}))}))}},.......)))))))))))))).}}....}.))))))))).,{.{{({......}}}|||{.....((((((.(((((....(((((((,.......,...)))))))))))).)))))).............{(((((.....)))))}.,}},}}})}....{((((.....)))))})),....))))))))....,{{{{,...,}}}},{(((((((.,..((((...,...((((((((((...((((((......))))))....))))).)))))...,,))))..,.)))))))}{{(((,..}}}}}..,,,.((((((.{,.....}.))))))((((((.......))))))))))))))))))))))))))).))))))))).....,..,.)).))).))))))))))))).))))))))))))))))))),{(((((((((((.......................{{........)}...))))))))))).},(((((.((.((((((...(..((((..((.{....}.))..))))..)...))))))..)).))))){{((((.{,,{....))}..)))))))))))))))))))).))).)))))))))})}.....................