Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001204864.2
Sequence Length
1889 nt
GC Content
0.3669
CAGACGGAAGUGAGCGACACACUCUGCGUCCUCGCCUCACCAGAUGGAGAGGAGAAAACCUAUGGUGGCUGUGAAGGACCUGAUGCCAUGUAUGUCAAAUUGAUAUCAUCUGAUGGCCAUGAAUUUAUUGUAAAAAGAGAACAUGCAUUAACAUCAGGCACGAUAAAAGCCAUGUUGAGUGGCCCAGGUCAGUUUGCUGAGAACGAAACCAAUGAGGUCAAUUUUAGAGAGAUACCUUCACAUGUGCUAUCGAAAGUAUGCAUGUAUUUUACGUACAAGGUUCGCUACACUAACAGCUCCACCGAGAUUCCUGAAUUCCCAAUUGCACCUGAAAUUGCACUGGAACUGCUGAUGGCUGCGAACUUCUUAGAUUGUUAAAUAAAAUAAAUUAUAAUAAACUGUUAACUCUUUUCAGUAUUUAAUACCUGUAGUUCAGUUAGUAACUUUUUCAUAUAUAGCAUGUUGCCUGUAUGCAGUUGAACUAUAUAAAGUUCAUUGCAAAGCAGAUUAUCUUGUUUUUUUGCAUAGCAAUCAAAGUUGAAAUUUGUUUGCUACAUCAACAAAUUAAGGACAUUUUCACAAACUGAGAAAUAAACAAAUAUGCCAAUUCGUAGGUGGUUUUGCCUUAUCCUUUGAAUGUGACUUAAAAUCAGCAAUGAUGAUAUAGUAAAUACUGAAAUUUAGGUGUAAAUCAAUACGUUCUACAGGGAAAUAAUGAGGCUAAGUAUUUUUAUGUUUUUAGUGGUUUUUUAGAAACCUAAUCUUAUAGCCGCCAUUAGCAUUACUAGAGUUAUGCAAAUAAUUGCAUUAUAAACAUGUUUAUAACUUAGCCAAAACAUUGAUUUUUAUAACUCUCCAAGUAUGAGUUGAAAUUUCUUAUGUCUUUUGAUAAACUGCAGUAUUCUUUAAGUGUACUUUGUCCUUUUGUUUAUUGCUACAAUUUAAGAACUUUAUUUAAAAACAAUUUUGGAAGGUUACUAGGUACAGCUUUUGCAGAAGAAACUGAACUGUAGCCAGAUGGUCAGCAAGUAAACUACAUGACUUAGAGUUCUUGUGCAUUAUACAUUUUGGGUAAUUCAAAGUACUGUAUUUGCAUUGACUAUAAAGCGUCGUUUGCAAUAUUUAUUCUUCCUUCAUAGUCCCUUGUUGUGAUUAUACUUCCAGUUGUUUAAAUGUAUUUUAAAAGACUCACUAUUAACUUUAUUCAGAUCUUAAAAGCUACACCUUUUUGAACUAUUCCAGUCUUUCUCCAUCCAAUUAGAAUGUUAUGGAAUAACAUGUGAAGAGAUACAGUGAAAAUCAUAUUAUAAUGCAUUGAAGAUAUCCUACAUGAAUUAUCUUCUAUUAAAAUAUGUCCCAAUAAAUAUACCCAUAAUCAGUGGGUCUUCUACUGAAAUCAAGCUCAUUCAGCUUUUCUAUUAAGCAGCCAAAAAAUUUUUUGAAAAAAUAUGACAGCAUCAUUCCUUAUGCAUGGGGAAAGAAGCACUGGAGAUGGGUUUAGUAUUGUCUUUAUCUCAGAGGUGGAACAAAGUUGUCAUUAUAGGGUCUAUAAACUUAAGUCUCCAGCUUAUUUGAGACUGGCUUAAUAUGGCUGAGCCCGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUCAGAGGACGAGGCGGGUAGAUCACUUGAGGCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCACCAUGGCAAAACCCCAUCUCUACCAAAAAUGCAAAAAUUAGCUAGGCCAUGGUGGCACACGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGUGAGGCUGAGGCAUGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGUGGAGGUGGCAGUGAGCCGAGAUCGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCGAGACUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-469.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -508.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 533.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.(((((((((.((.((.(((((((((.((((....)).)).)))))..........((((((((((((((.(((((((..((((((((..........((.(((....((.(((....))).))....)))))))))))))...)))))))...(((....(((((.....)))))....))).((((.((((((.....(((.....)))...))))))..)))).))))))))...)))))).(((((((....))))))).))))..))))))))).))))..((.(((((((.(((((((((.....(((..((((........)))).))).((((((((..((((((............(((((((((..........(((((...)))))...........)))))))))..)))))))))).))))................(((((((..((((.((((((.(((((......)))))))))))..)))).....((((.(((.(((..((((((.((((.......)))).))))))...))).))).))))....((((((.....)))))).......)))))))....((.((((((((((((((((.(((((((((.(((.......((((....))))((((.((..(((((((((....((((((((.(((..(((......(((((....((((((((((((((...(((((((.((((((((....(((.......)))...))))))(.((((.....)))).)..((((((....)))))))).)))))))...)).))))))))........((..(((.((((((.........)))))))))..))...((((....)))).(((..((....))...)))(((((((((((...(((.((.(((.(((.....((((((((((((((((....))))))).((((((..(((.(((.((((.....)))).))).)))))))))....(((((...((....))...)))))))))))))))))))).)).)))....))).....)))))))).....(((((.((((........))))..)))))..............))))..))))))))..)))))))))))..((((.((((((.....)))))).))))..............((((((..................))))))((((((((((((((((((((.((....(((((...((..(((.....(((((((...(((((((...((((((.(((((....(((((((............)))))))))))).)))))).............((((((.....)))))).))).))))........))).))))((((.......))))...(((((....)))))......)))..))....)))))....)).)))))))))))....))))).)))).)))))))))..)).))))((((((.((((((.(((((.....(((((...))))))))))..)).)))).)))...)))..((((..(.(((.(((((((((....)))))).)))))).)..))))))).))))))))).))))))...)))))))))).)).)))))))))...((..((.(((((((((((((.......................((........))...))))))))))).)).))..))..((((((...(..((((..((.(....).))..))))..)...))))))))))))).))((((((...((....))...)))))).(((..(((((.....))).))))).))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((((.,(((,{.{,,.||,}.}}|}))|{{{(((({(({{.{(({{{{(......}||.,((((({(((((,((,((({(((,,((({(((({,...|}}}}||,|...}}}||.||,..,,,.,{||,...||||.||||||||...}}}}}||,,{,,,....(((((.....})))}.,,{||,.((((.{{{{||,,...|||...,,|||...||||,,.})}},,))))}}}},||))),,,,,.,||||}}}})),}}}}..,)))}}|}|||(((.{{((..((.(((((((.(((((((((..,,,(({..((((........)))).}))}{{(((((({{((((({,,,,.,,{{{,{(((({{{{{....,,....,,,,,.{{((..{,....,..}}})|},,,}}}.,})}))}}}})}}}}|,,,.............(({{|||},((((.(((((,{(((((......)))))))))))..))))....,{(({.{{{.{((..((((((.((((.......)))).))))))...))).))}.}}))}...{(((((.....)))))}.......,,}}})},...{(.{(((((((((((((((.(((((((((.(((.,,....((((....)))){{{{.{{,.(((((((({....{((((({{{(((..(((..,.,.(((((....{(({((((((((((...(((((({.{,((((((....(({.......}}}...))))))..,{{(,....},},.},.{(((({....})))))}}.}))))))...)),})))))))...{{{{.((..(((.((((((.........)))))))))..))..}}||,....||||.({(,,({,...,,...}}}(((((((({((...(((.((.(((.(({....,((((((((((((((({....})))))).((((((..(((.(((.((((.....)))).))).)))))))))....(((((...((....))...)))))))))))))))))))).)).)))....))).....)))))))).{{{,{((((.((((........))))..)))))}},.......,,,,)))),,))))})))..))))))))))}..{(((.{(((((.....)))))}.)))}..............,,,{{,....,,{{{......}},))})),((((((((((((((((((((.({....(((((,,{((..|||,}}|,({{{{{{,{.{{{((,,...((((((.(((((....(((((((........,...)))))))))))).)))))).............{(((((.....)))))).,}},)))),..,...,||}.,,,}((({.......))))...(((({....}))))......,}}..,,.,,,))))}....)).))))))))))}...,)))))}}))),)))))))))..)).)}||{{{(((.(((({{.{((({....{(((((...))))))))}}..}}.)))).)}}..,))))}((((..{.{({.(((((((((....)))))).)))})).}..))))))).))))))))).))))))}..,))))))))).)},)))))))))...,,{,((.(((((((((((((.......................{{........}}...))))))))))).)).)),}),..((((((.,.{..((((..((.{....}.))..))))..}.,.))))))))))))).)).,||||}}},|...,))},,)))))}.))))).,))))))},,,),)))),.)))))}....................
Back