Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001206940.2
Sequence Length
1375 nt
GC Content
0.5804
AGACAGAGCCAGGACCCUGGAAGGAAGCAGGAUGGCUGCCGGAACAGCAGUUGGAGCCUGGGUGCUGGUCCUCAGUCUGUGGGGGGCAGUAGUAGGUGCUCAAAACAUCACAGCCCGGAUUGGCGAGCCACUGGUGCUGAAGUGUAAGGGGGCCCCCAAGAAACCACCCCAGCGGCUGGAAUGGAAACUGAACACAGGCCGGACAGAAGCUUGGAAGGUCCUGUCUCCCCAGGGAGGAGGCCCCUGGGACAGUGUGGCUCGUGUCCUUCCCAACGGCUCCCUCUUCCUUCCGGCUGUCGGGAUCCAGGAUGAGGGGAUUUUCCGGUGCCAGGCAAUGAACAGGAAUGGAAAGGAGACCAAGUCCAACUACCGAGUCCGUGUCUACCAGAUUCCUGGGAAGCCAGAAAUUGUAGAUUCUGCCUCUGAACUCACGGCUGGUGUUCCCAAUAAGGUGGGGACAUGUGUGUCAGAGGGAAGCUACCCUGCAGGGACUCUUAGCUGGCACUUGGAUGGGAAGCCCCUGGUGCCUAAUGAGAAGGGAGUAUCUGUGAAGGAACAGACCAGGAGACACCCUGAGACAGGGCUCUUCACACUGCAGUCGGAGCUAAUGGUGACCCCAGCCCGGGGAGGAGAUCCCCGUCCCACCUUCUCCUGUAGCUUCAGCCCAGGCCUUCCCCGACACCGGGCCUUGCGCACAGCCCCCAUCCAGCCCCGUGUCUGGGAGCCUGUGCCUCUGGAGGAGGUCCAAUUGGUGGUGGAGCCAGAAGGUGGAGCAGUAGCUCCUGGUGGAACCGUAACCCUGACCUGUGAAGUCCCUGCCCAGCCCUCUCCUCAAAUCCACUGGAUGAAGGAUGGUGUGCCCUUGCCCCUUCCCCCCAGCCCUGUGCUGAUCCUCCCUGAGAUAGGGCCUCAGGACCAGGGAACCUACAGCUGUGUGGCCACCCAUUCCAGCCACGGGCCCCAGGAAAGCCGUGCUGUCAGCAUCAGCAUCAUCGAACCAGGCGAGGAGGGGCCAACUGCAGGUGAGGGGUUUGAUAAAGUCAGGGAAGCAGAAGAUAGCCCCCAACACAUGUGACUGGGGGGAUGGUCAACAAGAAAGGAAUGGAAGGCCCCAGAAAACCAGGAGGAAGAGGAGGAGCGUGCAGAACUGAAUCAGUCGGAGGAACCUGAGGCAGGCGAGAGUAGUACUGGAGGGCCUUGAGGGGCCCACAGACAGAUCCCAUCCAUCAGCUCCCUUUUCUUUUUCCCUUGAACUGUUCUGGCCUCAGACCAACUCUCUCCUGUAUAAUCUCUCUCCUGUAUAACCCCACCUUGCCAAGCUUUCUUCUACAACCAGAGCCCCCCACAAUGAUGAUUAAACACCUGACACAUCUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-545.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -568.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 278.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((.((((....(((...(((....((((......))))..)))...))))))).))))..))).))))(((((((((.((.((((.........((((..((((((((..(((....))))))).))))..))))...(((((((................(.(((((((((((....((....))(((((.((((...(((((.((((((((((((...((((((((((((..(((((.((...(((....))))))))))..))))(((((.(((((((........)))...)))).)))))........(((((((((.......((....)).........(((((((((.(((..(((((((.((((((..((((.((((....)))).)))))))))).)(.(((((((.(.(((.....(((((((((......)))))))))))).)))))))).).((......))..)))))).))).))).))))))..((....)))))))))))......((((((.((((((((......)))))..(((..((((((((.(.(((((..(((((((.....(((((.(...(((((..((((((..((((((.....))))))..(((((((((......((((((.(((((((..((((.(((((.((((..((.((...))...))....)))).))))).)))))))((.((((((...)))))).))..))).).)))))).)))))))))(((....))).)))).)).)))))...)))))).))))))).)))))).))).....((((...((((...))))..)))).)))))..))))))))))))....((((.....)))).)))))))))))))))))))).....)))))..........)))).)))))..))))))))))).))))))))((((((((.((((((.......))))))..........(((((((.((((.....((((((.((((((((..(((.((((((((..((........)).)))........)))))((((((((((((.............((..(((((..((((...((((.(((((((((((((........((((...)))).((((....((((((..((.((.....((.(((..((((((....)))))).)))))...))))..)).))))))))))))))))))))))))).....))))))))))))))))..))))))))))..)))))))).))))))...)))).)))))))..)))))))))))).))....)))))))))...((((.(((......)))..))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((.(((((((.((((....{({...(({....((((......))))..)))...))))))).)))),.))).)))|(((((((((.((.(({{.,,,.....((((..((((((((..(((....))))))).))))..))))...(((((((................(.(((((((((((....{(....)}(((((.((((...(((((.((((((((((({..,((((((((((({,{((((,,{{.,.(({,,.,}||{{|||||..,||{(((((,(({(((((,...,)))))...||||,}||||{.,{{(((((((((((,,........{|..||{...,,...|||{{|||{.{{{..((((((,,((((((..((((.((((....)))).)))))))))}.}{.(((((({,(.(((,....(((((((((......)))))))))))).)))))))).).({......)),.)))))).}}),)))})))}}}.,||}}}})))))})),))}...|,|{||||,||,,{||{,,,,,,))))),}(((,{(,,,{(((.(.(((((..(((((((.....(((((.(.,.(((((..((((((..((((((.....))))))..{((((((((..,,..((((((.(((((((..((((.(((((.((((..,(.{,...}}...}}....)))).))))).))))))))}.||{{{{,..)))))){|,..,)).).))))))}))))))))|(((....))),)))).)).)))))..,,))))).))))))).)))))},)))...}}||||...,{{{...)}}}{{|||,.||||,..,,,)))))))))..,,|||{...,.)))}.)))))))))))))))))))).....))}}}..........)))).)))))..))))))))))).)))))))),(((((((.((((((.......))))))..........(((((((.((((.....((((((.((((((((..(({.{(((((((..((........)),))}........))}})((((((((((((..,..........|,,.{((({.,((((...((((.((((((((((((({,.{,.,..(((..(({({{,..,},..||||..}}}{,,,,....((.(((..((((((....)))))).)))))...}},,..},.,},))))}))))))))))))))))).....)))))))))}.)))))..))))))))))..)))))))).))))))...)))).)))))))..)))))))}}}}}.}}....))))))))),..((((.{{,......}},..))))...
Back