Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001214902.1
Sequence Length
2407 nt
GC Content
0.4848
CCAUUAUACUUGCCCACGAAUCUUUGAGAACAUUAUAAUGACCUUUGUGCCUCUUCUUGCAAGGUGUUUUCUCAGCUGUUAUCUCAAGACAUGGAUAUAAAAAACUCACCAUCUAGCCUUAAUUCUCCUUCCUCCUACAACUGCAGUCAAUCCAUCUUACCCCUGGAGCACGGCUCCAUAUACAUACCUUCCUCCUAUGUAGACAGCCACCAUGAAUAUCCAGCCAUGACAUUCUAUAGCCCUGCUGUGAUGAAUUACAGCAUUCCCAGCAAUGUCACUAACUUGGAAGGUGGGCCUGGUCGGCAGACCACAAGCCCAAAUGUGUUGUGGCCAACACCUGGGCACCUUUCUCCUUUAGUGGUCCAUCGCCAGUUAUCACAUCUGUAUGCGGAACCUCAAAAGAGUCCCUGGUGUGAAGCAAGAUCGCUAGAACACACCUUACCUGUAAACAGAGAGACACUGAAAAGGAAGGUUAGUGGGAACCGUUGCGCCAGCCCUGUUACUGGUCCAGGUUCAAAGAGGGAUGCUCACUUCUGCGCUGUCUGCAGCGAUUACGCAUCGGGAUAUCACUAUGGAGUCUGGUCGUGUGAAGGAUGUAAGGCCUUUUUUAAAAGAAGCAUUCAAGGACAUAAUGAUUAUAUUUGUCCAGCUACAAAUCAGUGUACAAUCGAUAAAAACCGGCGCAAGAGCUGCCAGGCCUGCCGACUUCGGAAGUGUUACGAAGUGGGAAUGGUGAAGUGUGGCUCCCGGAGAGAGAGAUGUGGGUACCGCCUUGUGCGGAGACAGAGAAGUGCCGACGAGCAGCUGCACUGUGCCGGCAAGGCCAAGAGAAGUGGCGGCCACGCGCCCCGAGUGCGGGAGCUGCUGCUGGACGCCCUGAGCCCCGAGCAGCUAGUGCUCACCCUCCUGGAGGCUGAGCCGCCCCAUGUGCUGAUCAGCCGCCCCAGUGCGCCCUUCACCGAGGCCUCCAUGAUGAUGUCCCUGACCAAGUUGGCCGACAAGGAGUUGGUACACAUGAUCAGCUGGGCCAAGAAGAUUCCCGGCUUUGUGGAGCUCAGCCUGUUCGACCAAGUGCGGCUCUUGGAGAGCUGUUGGAUGGAGGUGUUAAUGAUGGGGCUGAUGUGGCGCUCAAUUGACCACCCCGGCAAGCUCAUCUUUGCUCCAGAUCUUGUUCUGGACAGGGAUGAGGGGAAAUGCGUAGAAGGAAUUCUGGAAAUCUUUGACAUGCUCCUGGCAACUACUUCAAGGUUUCGAGAGUUAAAACUCCAACACAAAGAAUAUCUCUGUGUCAAGGCCAUGAUCCUGCUCAAUUCCAGUAUGUACCCUCUGGUCACAGCGACCCAGGAUGCUGACAGCAGCCGGAAGCUGGCUCACUUGCUGAACGCCGUGACCGAUGCUUUGGUUUGGGUGAUUGCCAAGAGCGGCAUCUCCUCCCAGCAGCAAUCCAUGCGCCUGGCUAACCUCCUGAUGCUCCUGUCCCACGUCAGGCAUGCGAGAUGGGGAGAAAAGCAAUUCAUUCAUUUGAAGUUAUCUUAGUGCCAAGAGUCAUGUGAAAAUGUCCCUUGCAUGUGGGCAAUGAAAGAUUUGCAGACGAUAUAAAACCCAGACUACCUCAUAAAAGAGUUUUGGGAAUACACUGAGCUUUGAGUGAAAGAAGCUGCAGUGGCCUCCCUGGAGAUGGGGAGCAAACCAGCUUAAAGGCCCUUAUCCUGAGGAAGAGACAAAAAUUGACAUGCACAAUAUUAAGCUUUGAAAUGCAGACCACACUUCCUUUCACUGCAACUUUGACUUGUCCCGCAUCUCUACUUAAGGGCAGAAAAGGCCUCUCAAACACUCACCUCAUUUGGAAUGAAGAUGGAGACUCUUUUGCCUGAAGCAACGAUGGAGCAGUGACCCUCUAAUCAACUCGGUGGCCUAAAGAAAAAUCUUGGGUAACAUUUUCACUUCAGUUUCCCUCUGGGAUCAUUGUAAUCCAUGAAAAAAAUAAUUUUAAAGAAAGAGUUAAAAUACUUUGAAGUUAGUUAUGUGGUUAAAAACCACCUUCCUUUCUAUUAUCAAUCCAACAAUUUGAUAACUGUAAACGCUAAAGUGAAGACGGAUUCUCUUCAGAUGGUCUCCUUAACUGCCCAGGGCUUGCAGAUGUCUCACCCAUGAGGGGCACCAAUGUAGAAAGCUGAGGCUUCAUCUACUGAUGAGCUUCACUGGUUUCCCCUGAGGUUUGUGCUUUGGCAGAGAAGGGGAGGAGGGGACUGGGAUUGUGUGGUCAGCUGUGCCUGCCAACAGAUGCAGGUUAGGAACUGUGUUCAGUAUCUUCCAAUAAGAAAGGGGAAAUGCCGAUGCCUAUCCUCUUUGUUUAGGUAGAAAGUAAAAUGCUACUGGACUUAAAUGGGCAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-777.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -821.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 555.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((..........(((((((..........(((((((........)))))))))))))).((((((.(((((........)))))..........(((((.((((((....((.(((((((((..((.(((.((..(((((.((((....((..(((.(((((((((....((((((((.(((..((((((((((((...(((.(((((..(..(((((((((.......((((((((....)))))))).....)).))))))).(((((.((..(((((((((((((....)))))...(((((...((((((....)))))).)))))................)))))))).))))))).....(((((.(((((...(((....))).....((((((.(((......)))....))))))....))))).)))))....((((((.........)))))).(((((..((.(((((........))))).)))))))...)..))))).)))....)).))))))))))(((....)))...(((((((((.(((((((.((..(((.(((((((.((((.((((((...................(((((.............)))))...((((......)))).............((((((((..(((((((..(((..((.((((((.........)))))).))...))).(((.((((..((((.(........).))))..)))))))((.(((..((......)).)))))).))))))....)))))))).))))))......((.((((.((((((((((((....)))).)).)).).))).))))))(((....(((((.....)))))...)))((((.((((((.(.((.......)).).))))))...)))))))).)))))))))))).))))))).)))))))))......(.((((.(((...((.((((((.((((.....(((((((...........))))))).))))..)).))))))..))).)))).)((((((((...)))))))).))).)))))))).....)))))))))..((((((......)).))))(((......((((((((((.((((((......)))))))))))))))))))......((((((((((.((((.((((((((.((((((((.(((((.((((((((((.....((((((....))))..(((((.(((...))).)))))..((((((((...(((........)))............((((((.(((...(((....))).((((((((((...))))).....)))))..))).))))))((((((((((...(((.(((.(((......)))))).))).)))).))).))))))).)))).(((...(((((.((.((((((((........)))).).))))).)))))...)))...)).....))))))))......))))))).))).))))).....((((((......).)))))...)))))))).))))....................(((......)))....((((...(((((((((((........)))))).)))))...))))((((((((((((.(((..(((((....))).(((.(((...))).))).((((..((((.((.....)).))))..))))...(((((................)))))....))..))))))).))))))))(((..((((((((.((..(((.((.....(((((......))..)))...))))).)).)))))))).))).....(((((((((((((((.......((((.((((((((((.((....))))))))........))))..)))).......))).)))))))..)))))........(((((((((((..............))))))))))).....((((((...)))))).)))).))))))((((((.........)))))).........)))..))..)))).)))))..)).))).))....((((..(((((.(((((..((((((.((.........(((((.((((.........(.(((((((.((((....))))))))))))))))..))))))).))))))))))))))))..)))))))))))))))..))).))).))))))))))).((((((........))))))..(((((((....))))....)))......((((((((...((....))...))))))))((((((((....((((......))))..))))))))))))))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........(((((({.......,{(((((({.......,{((((((((........}))))))})))}}}.||{{{|.{{({||,.....,)))}}.......,,.(((((.((((((....(({(((((((((..((.(((.((..(((((.((((....((,,(((.(((((((((.,..((((((((.(((..((((((((((((...(((.(((((..,..(((((((({...,...((((((((....)))))))).....}).))))))).,((((((({.(((((({{((((({{,.,,||{{..(((((...((((((....)))))).))))){(((({((..{(((((||||,.,,.,,,|,...,...(((((.(((((...(((....))),.,..((((((.(((......)))....))))))....}}))).))))),.}}}))))}}.))))))))..)))),,,||},||.|||||}}}....})),,)))))))),...}..))))).)))....)).))))))))))(((....)))..,(((((((((.(((((((.({..(((.(((((((.((((.((((((,.......||,....,,..(((((.{{{,....,}}}))))).,.((({......})}}.............((((((((..(((((({.,(((,.((.((((((.........)))))).))...))).{((.((((..((((.(........).))))..))))}||((.(((..((......)).)))})}.))))))....)))))))).))))))......,(,(((({({,,(((({{{{.,,,))}).|||||{|{|{(..{{,....}}.,,{||||}}..,}||||,.,|||{{{|,||{|||,|.{{,....},)).}.}}}))),,,}}}})))).)))))))))))).))))))).))))))))).||.,,,.{{{({((({..{{.||||||.|||{||,,,(((((((.......,...)))))))|}||}{,||.,,,},}}}))},)})}.,((((((((...)))))))).))).))))))))..,,.}))))))))..(((({{......}).)))){{{,,,...((((((((((.((((((......)))))))))))))))))))....,,((((((((((.((((.((((((((.((((((((.(((({,((((((((((,....{,((((....))))..(((((.(((...))).)))))..((((((((,,.((({,......|||||,......,..((((((.(((...(((...,))).((((((((((...)))))}....,))))..))).))))))|{{{{{||||...(((.((,{(((......)))))).))}.)))),))),,},)))).)))),({{...{((((.((,(({{({((,,..,.,.)},}.},}}))).))))}...)))...}}.....}))))))}.....,))))))).))).))))).,...((((((......}.)))))...}))))))).))))..........{{{{{{....(((......))),}}}|||{...(((((((((((........)))))).)))))...}}}}(((((((({(({{((,..,{({(,,,,|},{(((,...,}})),.|,|.,.,...{((...,...}}}}.,,,,,|,}||...{(|((......,,.,.,,,..}}))}.,}})},,))))))).)))))))}{({..((((((({.{(,.{(({{......{{{((......))..})}.,.}})))})).)))))))).})).....(((((((((((((((.......((((.(((((((({({((....))))))))........))))..)))).......))).)))))))..)))))........(((((((((((..............))))))))))).,,..((((((...)))))).})))}}})))|((((((.........)))))),........}}}..}),})))).)))))..)).))).))....((((..((((({(((((..((((((.((.,.......(((((.((({.........{.(((((({{((((....)))))))))))}))))..))))))).))))))))))))))))..)))))))))))))))..))).))).)))))}))||}.((((((........))))))..||,{(((....)))}.|||,||...,,.((((((((.,.((....)).,.)))))))),||{{||{,,,.((({......)))),,))})}},)))))))..............
Back