Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001226.4
Sequence Length
1634 nt
GC Content
0.4278
GUGGCUUCAGGAAGAGGAGGGCAAGGUGUCUGGCUGCGCGUUUGGCUGCAAUGAGCUCGGCCUCGGGGCUCCGCAGGGGGCACCCGGCAGGUGGGGAAGAAAACAUGACAGAAACAGAUGCCUUCUAUAAAAGAGAAAUGUUUGAUCCGGCAGAAAAGUACAAAAUGGACCACAGGAGGAGAGGAAUUGCUUUAAUCUUCAAUCAUGAGAGGUUCUUUUGGCACUUAACACUGCCAGAAAGGCGGGGCACCUGCGCAGAUAGAGACAAUCUUACCCGCAGGUUUUCAGAUCUAGGAUUUGAAGUGAAAUGCUUUAAUGAUCUUAAAGCAGAAGAACUACUGCUCAAAAUUCAUGAGGUGUCAACUGUUAGCCACGCAGAUGCCGAUUGCUUUGUGUGUGUCUUCCUGAGCCAUGGCGAAGGCAAUCACAUUUAUGCAUAUGAUGCUAAAAUCGAAAUUCAGACAUUAACUGGCUUGUUCAAAGGAGACAAGUGUCACAGCCUGGUUGGAAAACCCAAGAUAUUUAUCAUUCAGGCAUGUCGGGGAAACCAGCACGAUGUGCCAGUCAUUCCUUUGGAUGUAGUAGAUAAUCAGACAGAGAAGUUGGACACCAACAUAACUGAGGUGGAUGCAGCCUCCGUUUACACGCUGCCUGCUGGAGCUGACUUCCUCAUGUGUUACUCUGUUGCAGAAGGAUAUUAUUCUCACCGGGAAACUGUGAACGGCUCAUGGUACAUUCAAGAUUUGUGUGAGAUGUUGGGAAAAUAUGGCUCCUCCUUAGAGUUCACAGAACUCCUCACACUGGUGAACAGGAAAGUUUCUCAGCGCCGAGUGGACUUUUGCAAAGACCCAAGUGCAAUUGGAAAGAAGCAGGUUCCCUGUUUUGCCUCAAUGCUAACUAAAAAGCUGCAUUUCUUUCCAAAAUCUAAUUAAUUAAUAGAGGCUAUCUAAUUUUACACUCUGUAUUGAAAAUGGCUUUCUCAGCCAGGCGUGGUUACUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGUCCAAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGUCGGGAGUUCGAGACCAGCCUGACCAACAUGGAGAAGCCCCGUCUCUACUAAAAAUGCAAAAAAAAAUUUAGCUAGGCAUGGCGGCGCAUGCCUGCAAUCCCAGCUACUUGGAAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCCAGGAGGUGGAGGCUGCGGUGAGCCGAGAUUGCGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACGAGUGAAACUCCGUCUCAAAAAAAAGAAAAUGUCUUUCUCUUCCUUUUAUAUAAAUAUCGUUAGGGUGAAGCAUUAUGGUCUAAUGAUUCAAAUGUUUUAAAGUUUAAUGCCUAGCAGAGAACUGCCUUAAAAAAAAAAAAAAAAAGUUCAUGUUGGCCAUGGUGAAAGGGUUUGAUAUGGAGAAACAAAAUCCUCAGGAAAUUAGAUAAAUAAAAAUUUAUAAGCAUUUGUAUUAUUUUUUAAUAAACUGCAGGGUUACACAAAAAUCUAGCUGAUUUAACUUGUAUUUUGUCACUUUUUUAUAAAAGUUUAUUGUUUGAUGUUUUUAAAGGUUUUUGAAAUCCAGGAAUUAAAUCAUCCCUUAAUAAAAUAUUCGAAAUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-482.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -515.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 408.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((..((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((((......))))(.(((((((((((((....))))).))))..)))).)......)))).)).)))...)))))))))(((.....)))...........((.(((((..((((.(((((.(((((.((.(((((((..((.....))..)))))..)).))...))))))))))..))))....))))).)).((((((((((((((((.....(((.....)))....)))))))..(((((((...)))))))(((....((((((((.....)))))))).....)))...........((((((((((((.....((.(((((((((((((..(((((((((((.((..((.....))..))..)).))))))))).))))..)))....(((......)))......(((.......)))(((((((.......)))))))......(((((((((((((.((.....((((((((((((((((((((((((....))....)))))))))...........))))))..))))))).((((((((((..(((((...))))).....(((((.(((.((.....(((((((((.(...((((.(((((.(((..((((..((((.........))))..))))..)))))).)).))))...))))))))))..((((.....(((((.((((.....)))).)))))....))))))))).)))))((((((...)))))).((.((((((((...((((....))))...)))).))))))...(((((..........)))))((((((((((((((.((....(((..((......)).)))....)).))))..))))))))))...............((((.....))))........)))))).))))....)).)))).)))))))))))))))))..))))))((.((((...((((((((....))))))))...)))).))....(((((((.(((...)))...)))))))..))))))...)))))))))...........((.(((.....))).)).(((((((......)))))))((..(((.((...)).)))..))((((((.((((..(((((((..((((((...(((((..(((((((.((((....)).)))))))))))))).))))))...)))))))..))))))))))............)))))))))))))))...............(((((((((((((((..((((....))))..))))))))..(((((..(((...)))..))))))))))))........................))))))((.((...((((((((.((((....(((((.(((..((((((..((..((((((..((((((((((....(((((.....)))))...)))(((((.(((((((((((.....)))))...)))).....)).))))).)))))))..))))))..))...))))))..))).)))))...))))...)))))))).))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{({{,..((((((((((((((((((((((((.(((((.((((,{({......}}||(.(((((((((((((....))))).))))..}))).)},....}))).)).)))...))))))))){({.....},},..........{{.(((((..((((.(((((.(((((.((.(({{((({,(,.....})..)))))..)).))...))))))))))..))))....))))).}}.((((((((((((((((.....(((.....)))....))))))).{(((((((...)))))))|{{....{{{{{{{{{{{..||,.(((((........)))))..,,..|||||||||{|...,,{,{(((((((((((((..((((((((((({((,,((,,...)),.))},)))))))))))).)))},.,||,...{{|,,....}}}......{{(,,.....}}}{(((((({....}}}}))))),,|...(((((((((({((.,({,.{{(,{{,|||,,,,,((((((((({(....}}..,.))))))))).,.,..,.,{{||}}||..,}}}}},.|||,{|{{||..(((((...)))))....,(((((.(({..{,({{,(((((((((.{...((((.{((((.(((..((((..((({.......,.})))..))))..)))))),)).))))...}))))))))){|{{{|.,,,,{{{{{.,,,||||}|))||,||}|,....}}}}))))).)))}}((((((...)))))).|{.({((((((...{(((....})))...))))}))))}}}},|{({{..........)))}}((((((((((((((.((....(((..((......)).)))....)).))))..)))))))))).......,,,,,..{(((({..{{,,,,....}}..)))))).}))}...})).)))}.))))))))))))))))}..}|||||,..,((({{.,,,,||||}}..}}}))))),,.})}}}}}}}..(((((((.(({...}))...)))))))..}},)},...)))))))))...........,,.........}}}.}|.(((((((......)))))))||..{{(,((...,},))}..))((((((.((((..(((((((..((((((...(((((..(((((((.((({....,).)))))))))))))).))))))...)))))))..))))))))))............))))))))))))))).........,,,,.{(((((((((((((((.,((((....)))}..))))))))}.,,{{{.,{({,,{|||..|||||...,,,...............}}})).}},,)))))),|.|,,,,((((((((.((((....(((((.(((..((((((((((({({((((..((((((((,,..,,{{(((.....}))))},.|||(((({,({(...(((((.....)))))...,)))},}}))}.},,,.,)))))))..))))))))))))}.)))))..))).)))))...))))...)))))))).,))))},,,.................
Back