Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001227.5
Sequence Length
2344 nt
GC Content
0.4279
AGACCCUUGCUGCGGAGCGACGGAGAGAGACUGUGCCAGUCCCAGCCGCCCUACCGCCGUGGGAACGAUGGCAGAUGAUCAGGGCUGUAUUGAAGAGCAGGGGGUUGAGGAUUCAGCAAAUGAAGAUUCAGUGGAUGCUAAGCCAGACCGGUCCUCGUUUGUACCGUCCCUCUUCAGUAAGAAGAAGAAAAAUGUCACCAUGCGAUCCAUCAAGACCACCCGGGACCGAGUGCCUACAUAUCAGUACAACAUGAAUUUUGAAAAGCUGGGCAAAUGCAUCAUAAUAAACAACAAGAACUUUGAUAAAGUGACAGGUAUGGGCGUUCGAAACGGAACAGACAAAGAUGCCGAGGCGCUCUUCAAGUGCUUCCGAAGCCUGGGUUUUGACGUGAUUGUCUAUAAUGACUGCUCUUGUGCCAAGAUGCAAGAUCUGCUUAAAAAAGCUUCUGAAGAGGACCAUACAAAUGCCGCCUGCUUCGCCUGCAUCCUCUUAAGCCAUGGAGAAGAAAAUGUAAUUUAUGGGAAAGAUGGUGUCACACCAAUAAAGGAUUUGACAGCCCACUUUAGGGGGGAUAGAUGCAAAACCCUUUUAGAGAAACCCAAACUCUUCUUCAUUCAGGCUUGCCGAGGGACCGAGCUUGAUGAUGGCAUCCAGGCCGACUCGGGGCCCAUCAAUGACACAGAUGCUAAUCCUCGAUACAAGAUCCCAGUGGAAGCUGACUUCCUCUUCGCCUAUUCCACGGUUCCAGGCUAUUACUCGUGGAGGAGCCCAGGAAGAGGCUCCUGGUUUGUGCAAGCCCUCUGCUCCAUCCUGGAGGAGCACGGAAAAGACCUGGAAAUCAUGCAGAUCCUCACCAGGGUGAAUGACAGAGUUGCCAGGCACUUUGAGUCUCAGUCUGAUGACCCACACUUCCAUGAGAAGAAGCAGAUCCCCUGUGUGGUCUCCAUGCUCACCAAGGAACUCUACUUCAGUCAAUAGCCAUAUCAGGGGUACAUUCUAGCUGAGAAGCAAUGGGUCACUCAUUAAUGAAUCACAUUUUUUUAUGCUCUUGAAAUAUUCAGAAAUUCUCCAGGAUUUUAAUUUCAGGAAAAUGUAUUGAUUCAACAGGGAAGAAACUUUCUGGUGCUGUCUUUUGUUCUCUGAAUUUUCAGAGACUUUUUUUAUAAUGUUAUUCAUUUGGUGACUGUGUAACUUUCUCUUAAGAUUAAUUUUCUCUUUGUAUGUCUGUUACCUUGUUAAUAGACUUAAUACAUGCAACAGAAGUGACUUCUGGAGAAAGCUCAUGGCUGUGUCCACUGCAAUUGGUGGUAACAGUGGUAGAGUCAUGUUUGCACUUGGCAAAAAGAAUCCCAAUGUUUGACAAAACACAGCCAAGGGGAUAUUUACUGCUCUUUAUUGCAGAAUGUGGGUAUUGAGUGUGAUUUGAAUGAUUUUUCAUUGGCUUAGGGCAGAUUUUCAUGCAAAAGUUCUCAUAUGAGUUAGAGGAGAAAAAGCUUAAUGAUUCUGAUAUGUAUCCAUCAGGAUCCAGUCUGGAAAACAGAAACCAUUCUAGGUGUUUCAACAGAGGGAGUUUAAUACAGGAAAUUGACUUACAUAGAUGAUAAAAGAGAAGCCAAACAGCAAGAAGCUGUUACCACACCCAGGGCUAUGAGGAUAAUGGGAAGAGGUUUGGUUUCCUGUGUCCAGUAGUGGGAUCAUCCAGAGGAGCUGGAACCAUGGUGGGGGCUGCCUAGUGGGAGUUAGGACCACCAAUGGAUUGUGGAAAAUGGAGCCAUGACAAGAACAAAGCCACUGACUGAGAUGGAGUGAGCUGAGACAGAUAAGAGAAUACCUUGGUCUCACCUAUCCUGCCCUCACAUCUUCCACCAGCACCUUACUGCCCAGGCCUAUCUGGAAGCCACCUCACCAAGGACCUUGGAAGAGCAAGGGACAGUGAGGCAGGAGAAGAACAAGAAAUGGAUGUAAGCCUGGCCCAUAAUGUGAACAUAAGUAAUCACUAAUGCUCAACAAUUUAUCCAUUCAAUCAUUUAUUCAUUGGGUUGUCAGAUAGUCUAUGUAUGUGUAAAACAAUCUGUUUUGGCUUUAUGUGCAAAAUCUGUUAUAGCUUUAAAAUAUAUCUGGAACUUUUUAGAUUAUUCCAAGCCUUAUUUUGAGUAAAUAUUUGUUACUUUUAGUUCUAUAAGUGAGGAAGAGUUUAUGGCAAAGAUUUUUGGCACUUUGUUUUCAAGAUGGUGUUAUCUUUUGAAUUCUUGAUAAAUGACUGUUUUUUUCUGCCUAAUAGUAACUGGUUAAAAAACAAAUGUUCAUAUUUAUUGAUUAAAAAUGUGGUUGCUUAAUUCCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-667.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -714.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 735.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((..((((((.(.(((...(.(((((...))))))...)))).)).))))(((....))).(((.(((((...(((((.........(((((((((((((((((((.((((..((.........(((((((((..(.((..((((((.((((((((..((((.(((((((................((((....(((((((.(((((...(((((((..((..(((((((...((((.............))))...).))))))...(((((........((((....(((((...))))).....)).))...((((......)))).......))))).((((((((.....))))))))))...)))))))))))).).))))))......))))((((((((...))))).)))......((((....))))..)))))))))))..)))))))).....(((.......)))..(((.((((((((((((((((............((((......(((((((..((......))...))))).))..(((((((((((............)))))))))))...))))...))))))))))...))))))..)))))))))..)).)....)))))))))((((.......))))...........))..)))))))))))(.((((((...((((.(((((....))))).....((((.((((..((((((...((((.....)))).))))))..)))).))))..))))))))))).))))))))))))(((((((((((((((..((.............)).)))...))))..)))))))).....((((((.((...)))))))).(((((((((((((((((((..((((((.....((((......(((((((((((.((....(((....(((........))).)))....))))))).))))))....))))...)).))))...))))))).)))....((((((((((((........(((((((((.....(((((((....))))))).)))))))))))))))...))))))...((((((...))))))(((..(((.(((((((((((((....)))))).(((((.((((.((((...(((.((.....((((((((((((((((((((.....((((((((((((((((((((..(((.(((((((.(((((((((..(((.((((((...))))))......((((((.(((((..(((((......)))))..))))).)).))))....(((((.....)))))....(((((..((.(((........))).))..))))).....((((........))))..)))..))))))))).))...((((......)))))))))..))))))))....))))))).....(((....)))..)))))))).....))))..(((((((((........)))))))))...((((.....)))).(((......)))........))))))))))..))))))..)).)))...))))..)))).)))))........((((((.....)))))).((((((((...(((((..(((((.(((((((........)))))))))))).))))))))....(((((.....))))).(((((((((..(((.((....)).))).....))))).))))..)))))...(((....)))))))))))))..)))...)))))))))(((..(.(.((((((...((((.......))))))))))))..))).)))))..))))).)))...(((......)))((((......))))...((.((((((...(..(((((......)))))..).))))))..)).......))))....(((..(((((..((((((((((((((((((.((((........)))).....(((((((....(((..(((((((((..(((((....((((((((((((((((((((((((...)))))))....))))))))...((((.((((.........)))).).)))......)))))))))...))))).....)))))))))..)))((((((.((....)).))))))..(((((((((....((((((....(((((((((....)))...))))))))))))))))))))))))))))...((((((((...(((...........))).)))))))).)))))))))))............))).)))))))))..)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((({{{{||,|,{||...(.(((((...)))))},.,|}||||}.||||{{({{,..,{,{{({({,{{,,,(((((({{,,...,(({((((((((((((((((.((((..((.....,,,.(((((((((..,,((..((((({.((((((((..(({(((((((((.,,,............((((..{,(((((((.(((((,..{((((((..{{,,((((({{.,.((((,............}))}...}.}}}}},...||,{|,..........,....{((({...,})))..,.,}}}}}}||{{||,...,,|}}|.......|}}}},((((((((.....))))))))}}...)))))))))))).).))))))..,,..)))){(((((((...))))).)))......((({....}))),,)))))))))))..))))))))..,,.{((...,,..))}.,(((.((((((((((((((((..........,.((((......(((((((.,((......)).,.))))).)),.(((((((((((............)))))))))))...))))...))))))))))...))))))..))))))))).,)),).,..)))))))))((((.......)))).......,...}}..)))))))))))},|,{,,,..,{{((.(((((....))))).},..((((.((((..((((((...({{{.....)))).))))))..)))).)))),})))}}))))}}.})))))||||||(,{,,{{||||||||.{(,...,,{|{{{,,.{{,|,|{,{{|||{{{{||||||,.,{,(((((,,((,,,}||||}}}.|{{{{{{||{(((((((((..(((({,...,,{(((......((((((((((({,{...,({{....{{(,.......}}}.)))....,)))))).))))))....))))..})}.))))...))))))).))}....((((((((((((........(((((((((.....(((((((....))))))).)))))))))))))),..,)))))).,,((((({...})))))|{{,,{{{,((((({(((((((....))))))}{{{{{.{{{{.{{{(.,.(((,{{,,{,,(((((((((((((((({{((.....((((((((((((((((((((,.(({.{{{|||{.(((((((((.,(({.((((((...))))))......((((((.(((((..(((((......)))))..))))).)).))))....(((((.....))))}.,,.(((((..((.(((........))).))..))))).,,,.((((........))))..))),.))))))))).}}...,{(({{{...,)))))})}..})))))))....))))))},....({{....)))..,)))))))},}..})))..(((((((((........)))))))))...((((.....)))).(((......))).,......)))))))))}..))))))..,,.}}}.,.))})..)))),}))))},,,},,.((((((.....)))))).{{,{|{{{..,|{{{|,.||||,.||{{{{|,,,.,,..)))))})))))}.}}}}))))....(((((.....))))).{{{{{((((,|{({.((....)).}}||....})))}||})}..|||||...{{{,,,|||,|||}}}},,,..}}}|,,}}}}}}|||{{||||{({((((((...{{,{.......)))))))))),}}.}}||}}}}}},},}}}|||,.,,|{,,,,...}}}{{{({.,,,|||||.,|{{.{{{{,(..,(..{||||,....,))))),.).))))))|||||,,{|,.((,,.((((((((......(((,..,,..,((((,({{.{{|..,,))}.})).))}.,....}}}))),,,..,||||||||..}}|||||{||||||||,,|.,|||{{||,{{,|{{.,,))))}))}}},)))|||||,{{{||||||||||{{,..{{{{.{((((((....})))))}}})),,,,,{{{{{{{{,||{{{{{,.,,,.{{{{{|.||...,},.))))))})|||||||||}}}}|,|||},},,|||||||{{|,,{|||{{,}}}},}}))},,)))}}))}}}}}}}}}}}.||||||||,,,|||,...,,,,,,,}}}.,},}}}}}..,}}}|||}}}}}}}}.......,})))))}})),,,,,,,,..
Back