Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001228.5
Sequence Length
2889 nt
GC Content
0.4327
CUGUUUCACCUUGUGUCUGAGCUGGUCUGAAGGCUGGUUGUUCAGACUGAGCUUCCUGCCUGCCUGUACCCCGCCAACAGCUUCAGAAGAAGGUGACUGGUGGCUGCCUGAGGAAUACCAGUGGGCAAGAGAAUUAGCAUUUCUGGAGCAUCUGCUGUCUGAGCAGCCCCUGGGUGCGUCCACUUUCUGGGCACGUGAGGUUGGGCCUUGGCCGCCUGAGCCCUUGAGUUGGUCACUUGAACCUUGGGAAUAUUGAGAUUAUAUUCUCCUGCCUUUUAAAAAGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGUUCCACUUCUGCCGCAUGAGCUGGGCUGAAGCAAACAGCCAGUGCCAGACACAGUCUGUACCUUUCUGGCGGAGGGUCGAUCAUCUAUUAAUAAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGGGGAGGAGUUGUGUGGGGUAAUGACAAUCUCGGACUCUCCAAGAGAACAGGAUAGUGAAUCACAGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-930.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -984.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 689.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.(.((((((((((((...((((.((..(((((...)))))..)).))))....).)))........))).)))))).))))))(((((((....((...))..)))))))(((((((((((..((((.((((((((((((((((.....))))).(((.(((((.(.((((((...((((...(.((((..(((....))))))).)))))..))).))).).)....)))).)))......((((......))))..(((.........(((...(((((((((...((((..((((.(((((........((((((.......((..((((((((...((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).))))))..)))......)))))..))....))))))...((((.((((((((((((....(((((((((..........(((((((((.((......((((((((((((((.(((((((....))).....(((((((((((.......))))))))...))))))))))))...((((..((((.((....))...))))..))))(((((...)))))..))))))))).)).)))).))))))))))))))))))).)).))))).))))(((((....)))))..((((((.....((.(((...(((((.(((((((((((...(((....)))...)))...((((..((((((.....(((.((...((((((....))))))....)))))))))))))))..)))))))).)))))...))).))....)))))).)))))))))..))))..)))))))))...))).........((((.((..(((((.(((((((((..((.((((((.......)))))).)).))))....(((((((((((((.((((((((....((((((.((((.................((((((((((((..(((.........(((........))).(((((((((((........)))....(((.(((((..(((((((((..((.....))))))......(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((((((..((((((((((((...)))))).(((.....)))..........)))))).)))....))))))))..(((((((...)))))...))))))))))...(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........))))))..)))))))))))))........))))))))...((((((((.((((.(((.((..((((.....))))))))).)))).)...(((((.((..((..(((((..((((((.(.........((((((((..((.((....)).))..))))).)))))))))).)))))...))..)).)))))......(((((.....))))).((((((((.((..((((.....)))))).))))).)))))))))).)))..).)))))))))))........((((...((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))...)))).....(((((.........)))))......((((.......)))).)))))))))).....))))..))))..)))))))))))))(((((((((((((...((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).))))))))))))...........)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))....)))))..))..)))).....((...((((...))))...))..)))...........((.....)).....))))))))))).......((((....)))).))))..))).))).))))).((((......)))).....(((..(((.((.(((........))))).)))..)))..))))).........(((.((((......)))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{({{{((((((.(.((((((((({{{.,.((((.((..(((({...}))))..)).))))....,.}},..,,...})))}}))))}.)))))){((((((.,{.{{...}|..}))))))|{(|{(({{((,,((((.,((((((((({{((((,....}))))|(((.(((({.(,((({((,..((((...{.((((.,(((...,})))))).}))))..})).})).).,....)))).))),,,,,.{{{{..,,,,)))),,,{{|,,....,,|{|}}.(((((((((...((((..((((.(((((.,,..,,,((((((.......((..((((((((...(((((((((((((({{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}})))))..)))......)))))..))....))))))...((((.((((({((((((....(((((((((...,,...,.{{{{{,{{{.((,...,.(((((((((.({{{,(((((,{(({{({{......,,((((((((.......})))))))..|)))))).|))}||||((((..((((.((....}}...)))),.))))(((((...)))))..))))))))).)},)))).))))})))))))))})))),},.))))).)))){((((....}}}}}||{|((((|....,{.{||,,,||||{.|||||{(((((...(((....)))...))))}.,,|||{||||||.,|,,(({.{{...{{(((({{{.||}}))},,|}}|}}})))}|||,,..,,)))},,,))}}},,,))}.,,...,))}))).)))))))))..))))..)))))))))...,||........,(({{.{|,,|{{{{.{((({{{{{|||{.{{({{|.......}})))),)),||||.,|}|{(((((((((({.((((((((....(((({{{((((.......,.....,...(((((((((((.{{({(({{........}}}.......||,{(((((({(((.....,,.)}}..,,{((.(((((..(((((,(((..{{.....||||||{,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))...}}))))))))...{({{{{{{{{{...{{..,})})))))..((((((((....))))))))..,,.....)))))),,))))))))))}}}..,,,...))))))}}..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))}}}}},}.)))))))))))..{,|...{{{{...((((((...{{..((..(((....)))..))..}}))))))...}}}}...,,|((((.........))))}......{{((.......}}},.}))))))))).....))))..))))..,)))))))))))}{||{{((((((((,,,((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))},}))))))....}))))..}},,)))),},}}||,,.||||,.,|},,...||,{{||...........||.....)),,,..})))))))))),......((((....)))).)))).,))),))),)}))},((((......}}}}...,,(((.,(((.{{.{{(......,,)))}}.)))..}}}..}},,,..,,,,,,.||,.,,|,.....,,}}},}},..
Back