Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001229.5
Sequence Length
2808 nt
GC Content
0.5228
AGUUGGCUACUCGCCAUGGACGAAGCGGAUCGGCGGCUCCUGCGGCGGUGCCGGCUGCGGCUGGUGGAAGAGCUGCAGGUGGACCAGCUCUGGGACGCCCUGCUGAGCCGCGAGCUGUUCAGGCCCCAUAUGAUCGAGGACAUCCAGCGGGCAGGCUCUGGAUCUCGGCGGGAUCAGGCCAGGCAGCUGAUCAUAGAUCUGGAGACUCGAGGGAGUCAGGCUCUUCCUUUGUUCAUCUCCUGCUUAGAGGACACAGGCCAGGACAUGCUGGCUUCGUUUCUGCGAACUAACAGGCAAGCAGCAAAGUUGUCGAAGCCAACCCUAGAAAACCUUACCCCAGUGGUGCUCAGACCAGAGAUUCGCAAACCAGAGGUUCUCAGACCGGAAACACCCAGACCAGUGGACAUUGGUUCUGGAGGAUUUGGUGAUGUCGGUGCUCUUGAGAGUUUGAGGGGAAAUGCAGAUUUGGCUUACAUCCUGAGCAUGGAGCCCUGUGGCCACUGCCUCAUUAUCAACAAUGUGAACUUCUGCCGUGAGUCCGGGCUCCGCACCCGCACUGGCUCCAACAUCGACUGUGAGAAGUUGCGGCGUCGCUUCUCCUCGCUGCAUUUCAUGGUGGAGGUGAAGGGCGACCUGACUGCCAAGAAAAUGGUGCUGGCUUUGCUGGAGCUGGCGCAGCAGGACCACGGUGCUCUGGACUGCUGCGUGGUGGUCAUUCUCUCUCACGGCUGUCAGGCCAGCCACCUGCAGUUCCCAGGGGCUGUCUACGGCACAGAUGGAUGCCCUGUGUCGGUCGAGAAGAUUGUGAACAUCUUCAAUGGGACCAGCUGCCCCAGCCUGGGAGGGAAGCCCAAGCUCUUUUUCAUCCAGGCCUGUGGUGGGGAGCAGAAAGACCAUGGGUUUGAGGUGGCCUCCACUUCCCCUGAAGACGAGUCCCCUGGCAGUAACCCCGAGCCAGAUGCCACCCCGUUCCAGGAAGGUUUGAGGACCUUCGACCAGCUGGACGCCAUAUCUAGUUUGCCCACACCCAGUGACAUCUUUGUGUCCUACUCUACUUUCCCAGGUUUUGUUUCCUGGAGGGACCCCAAGAGUGGCUCCUGGUACGUUGAGACCCUGGACGACAUCUUUGAGCAGUGGGCUCACUCUGAAGACCUGCAGUCCCUCCUGCUUAGGGUCGCUAAUGCUGUUUCGGUGAAAGGGAUUUAUAAACAGAUGCCUGGUUGCUUUAAUUUCCUCCGGAAAAAACUUUUCUUUAAAACAUCAUAAGGCCAGGGCCCCUCACCCUGCCUUAUCUUGCACCCCAAAGCUUUCCUGCCCCAGGCCUGAAAGAGGCUGAGGCCUGGACUUUCCUGCAACUCAAGGACUUUGCAGCCGGCACAGGGUCUGCUCUUUCUCUGCCAGUGACAGACAGGCUCUUAGCAGCUUCCAGAUUGACGACAAGUGCUGAACAGUGGAGGAAGAGGGACAGAUGAAUGCCGUGGAUUGCACGUGGCCUCUUGAGCAGUGGCUGGUCCAGGGCUAGUGACUUGUGUCCCAUGAUCCCUGUGUUGUCUCUAGAGCAGGGAUUAACCUCUGCACUACUGACAUGUGGGGCCAGGUCACCCUUUGCUGUGAGGCUGUCCUGUACAUUGUGGGAUGUUCAGCACUGUCCCUUGCCUCAAUGCCAGUAACGCGUCUUCCUGAGUGGUGCCAAACAAAAAGGUUCUCAGGUGUUGCCAAAUAUGUCCUGGGGUAUAAAACUUUCCUCGCCUGACAACCACUGGUCUGUAGGGAUUUUUGGCUACACACAAACCAGUAUCGCUCAUAGAUCAGCAAACCGGGGCCUACUAGAGUCUGAACAGCUGUAAUCUAUGAAUUCUAAGUGAAAUUUUAAAAAUUGUUAAUUUUUCCUAUAUUGCAUUAAUUUUAAAAAAUAAAUCUGAGGCAAAUAUGGACUCUCUUUUGCCUAUUUCUUCCCUCAUUUUGCUCCAACUCUUUCUUCUUCCUUACAAAAGAGACUUUUGCUUUUUUCGAAACAUUUCCCCAUGUUUUUCUGGGGUCUCGCUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGGGCUCAAGUGACCCUCCCAAGUAGCUCUUACUACAGGCGUGCACCAUUGCACCCAGCCCCAUUUAUUCAUGUCUUAUUUCACUUGAUCCUUAUCCCAUCCCAGGAAGGCAACAAGGGUGAGAACCCUGUGCUCAGGGAGGUUAGGUCUCUUGUCCAAGGGAAAACGAUUAUCCAGAGAAGAGACCUGGCCAGAACCUGGGUCCCCUGAGUCCUAGCCAUGCUUCCCAUGUGCCUUACUUGCUGAAGCACCCCCGGACUGCAGUGUGAACGUGCUGUGCAAUAGUGACACGCUGGGCUUCCCCACAAGGCUCCACCCUGAGGUCUUUUAAGCUGUCCUUAUGCCAGCCUAUUUCUUGUUUUUUGGGCCUUUUUUUUUGGAGAUAGGGUCUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGACGCAAUCUUGGCUUAUUGCAGUCUCGACCUCCUGGGCUCAAGAGAUCCUUCCACCUCAGCCACCUGAGUAGCUUGGACUACAGGUGUGCACCACCUCUCCCAGUUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGAGUUAUGCCAUGUUACUCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGGACUCAAGCGAUCAGCCUGCCUUAGCCUCCCAAAGUGCAGGGGUUACAGGCUUGAGCCAUUGCGCCUGACCUAUUUCUGGUUCUUAGGGCCCUGGAUGUUAGGAUGGAUUUCUGAAUUAAUAAUAAUAAUAAAACCCUCAUCAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1004.29 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1051.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 939.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.....(((.((((((..((((.(((((((((((((.((((((.(((.((((((((........)))))))).)))))).))).))))).)))..))))).))))....)))))))))...........(((((((.((((((((((((((..(((.(((((.((((((((((((((.((((((((...)))).(((((..((((((((........))))))))....))))).......((((((((((((((......))))))((((....)))).......(((..(((((...)))))....)))....((.((.((((((......((((..(((......)))..))))......)))))).))))((((((..(..((((((((((....))))).)))))..).))))))(((((((((((((....))).....(((.((((..((((.((((...........((..(((((((.(.((((((.((.......(((......)))......)).))).)))))))))))))....((((((((((........(((((.((....(((((((...........))))))).((((.((.(((((((..((((.((((((((((((..........(((((((((...)))))))))(((((((..(((........))).))))))).)))))))).((((((((((.(((((...((((((((.((((.......))))))))).....(((((((.........)))))))((((..((((((.......)))))).....))))....))).)))))))))))))))(((((.(.(((((((..(((..(((...)))..)))..))))))).).)))))...)))).)))).)))))))))))))..........)).)))))......))))))).)))........((((((((((((....)))))))......))))).)))).)))).)))).))).))))....))))))..))))))))(((((..(((((((((........))))).)))).....))))))))))))))..((((.((...)).))))...((((((((((..(((((((((((...(((((((((......))))...)))))((....))((((((((.((((((((((((((......((((.((((((.....(((((...)))))................((..(((((((.((((.......)))))))))))..)).........((......)).((((((((.(.......).))))))))....((((........))))....)))))))))).((((((((.(((.((.((...)).)).)))))))))))..((((((..((((((((((.....(((((..((...((((..(((((((((.((...(((.((((((((.((..(((....).))..)))).)))))).)))..((((((((.((((((((..........((((..(((.((((((......)))))).)))..))))))))))))))))))))((((......)))).....(((.(((((....))))).)))))))))))))).))))..)).)))))...))))...((.(((((.(((.........((((.(((((((........((((.((...))))))..........))))))).)))).(((((((((((.(((..((((...........)))).))).)).)))))))))........))))))))))))))))...))))))....))))))))).....((((..((((......))))..))))(((((((((.(((..((((.....))))..))).)).)))))))..(((((((((............................................)))))))))......))))).))))))))........((((((((((((((...........(((((((..(((.....))))))))))((((((((.........((((......)))).((((((((....)))))...)))....................))))))))..........))))))))))))))...))))))))..)))..))))))))))(((((((((((((.((...(((.((....)).))).)).)))))))))))))....))).)))))))))))))).)))).)))).....(((..((...((((...(((((...((.((....)).))...)))))..)))).))..)))))))))((((......((((((.((...)).))))))..)))))))))))..)))))).....(((((......(((((.........)).((((((((...))))))))((((((((.(((.((((((((.((.......)))))))))).))).)....)))))))(((.(((((((.(((......((((((((((((((.(((...(((((((.....))))).............(((((.((((....)))))))))))....))).)))))))))).))))....(((((((((.(((((((......((((((((.........))).)))))........))))))))))....((((((((.......))))....))))...))).))).))).))))))))))...................)))....)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((({..,,(((.((((((..((((.(((((((((((((.((((((.(((.((((((((........)))))))).)))))).))).))))).)))..))))).)))).,,,|||}}}|||,.....{((({{{{(,,{(((((,{,,{.{{|.||||||{||.,.}}}})}})))).||}|})}({((...}}}},{{{(({{({{{{|||}}.,,..,,}}||}||,,,.}}|||{{,,{,{||||.,,{((((((......))))))|{||,}||||},.,,....|||..|{|||,..)}})}}},)))))}}..((((({.((,,,(,((((.(((.((.(((((((((({{(((,..((((.(((((..(((((((...,..((((((((((....)))))}})))).{{.,.,{{{(..{.,((..(((((({({{{,{({((((({,{((((..{((((,,,.,,{{{{{({,,(((((((.(.((((((.((..,,,..{{,.....}})}......)).))).)))})))))))|,.,,,||{{{|||||,,...{{.((((({(({...(((((((..{.....,..)))))))}}))}}||},||((((.,((({{{,{{{{{{{{({,,,..,{{{,((((((({..,,|||||}|||(((((((..(((.,.....,))).)))))))})|||||}||,{{{{{{{{|.(((((,.{{{|{{(((.((((,,.....)}}}}}}}}||..{(((((((..{{...}})))))))|{{{..((((((.{....,))))))...,{|}||.|,,|||,|||||||||||||{((({{{.|||{|||||,.{{{,,(((,,.|||,{|||{{|||||||.|.}|||},.{{(({((||||}}||||,,,,}}}}..}}}....||{||||,.....,|}))))).,))}}}},{|||||||(((((((....))))))|,,,.,|||||{,|||||.|||}},,,||||.|,,,.{(.(((((....)))))}},,,........(((((........))))),||||,..,.|||||||||||{|||.{|||,{{..}))})))),,.,,,.{||||||.||||,||}||,...|,..}},|)}}}},,))))))))))).||,,,.,)||||||((,(((((((({{{,,,....{,((((.((((((.....{{(((...)))}}....,,,,,.......((..(((((({{((((.......)))))))))))..)).........{{......)).((((((((.,.......).))))))))....((((........))))....)))))))))),{(((((((.(((.((.{{...}).)).)))))))))))..((((((..((((({((((.,...(((((..({...((((..(((((((((.{({{,(((.((((({{{,{,,{(((.,..}.|}||,}}),}))))).)))..((((((((.((((((((..........((((..(((.((((((......)))))).)))..)))))))))))))))))))){{,{,|||..}}))|.{{{(({,{,,.,.,)))))))))),,,))))))))).))))..)).)))))...))))...{{,{((((,|((.........((({.(((((((..{,,.....,,,{{,{{||,,,........},.))))))).)))).(((((((((((.(((..((((...........)))).))).)).)))))))))......,|})))})))))})))))...))))))..,,}}}}},,,,..,,.((((..((((......}}))..)))}{{{{{((((.{{{..(({{.....})))..))}.))|||))}))..|||||}}})))........,}}}},....,,.....,,,,.............,|||||}}.,....}}}}}}.,,||||||,.....,)))))}},}|(((({.{{(((.((..(((((((..({{.....,),))))))).)})))))..,.,,,..((((......)))).((|(((((....|)))),}.||}.,,......,|,|,......,,)},))}.,,,..,,,..,,,}})))})}|,{{,{((((,,,.}||||||{((((((..(((((((((((((.((...(((,,,....,}.))).)).)))))))))))))....))))))),,,{{|(((((..|...((((((.((.(({...})).))..))))))..,,.))))),))).},},,.|.||||,|||,,{|,|{||,|||{((||||}},..,{||||,|,.,,}}})))}}....})))))))),.}))))))|,,..,,,,,.....})))}||,,.....,})}||||||||},})))))}},(((((((,.(((.((((((((.{(,....,,}})))))))).))).}....)))))))}))))))..)).,})))),,.,)),((((((((((.(((.,...(((((.....)))))........{{{,{(((((.(((,....))),)))))))}}..))).))))))))))))))))).))))).)))).,||,,}})},,,,((((((((.{.....,.}}).))}))|||,.{{{||,|||},..,}),)}}}}}||.}}})))))}})}.)).)))))))..}}.|}}|.}}.}))))).....................,,,,..,....
Back