Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001242889.2
Sequence Length
1670 nt
GC Content
0.4850
AACUGUCACUGUGGAGAGGAGAGAGAGAGGACAGAGAGCAAGUCACUCCCGGCUGCCUUUUUCACCUCUGACAGAGCCCAGACACCAUGAACGCAAGUGAAUUCCGAAGGAGAGGGAAGGAGAUGGUGGAUUACAUGGCCAACUACAUGGAAGGCAUUGAGGGACGCCAGGUCUACCCUGACGUGGAGCCCGGGUACCUGCGGCCGCUGAUCCCUGCCGCUGCCCCUCAGGAGCCAGACACGUUUGAGGACAUCAUCAACGACGUUGAGAAGAUAAUCAUGCCUGGGGUGACGCACUGGCACAGCCCCUACUUCUUCGCCUACUUCCCCACUGCCAGCUCGUACCCGGCCAUGCUUGCGGACAUGCUGUGCGGGGCCAUUGGCUGCAUCGGCUUCUCCUGGGCGGCAAGCCCAGCAUGCACAGAGCUGGAGACUGUGAUGAUGGACUGGCUCGGGAAGAUGCUGGAACUACCAAAGGCAUUUUUGAAUGAGAAAGCUGGAGAAGGGGGAGGAGUGAUCCAGAUGGUUGCCACCCUGGGGACCACAACAUGCUGCUCCUUUGACAAUCUCUUAGAAGUCGGUCCUAUCUGCAACAAGGAAGACAUAUGGCUGCACGUUGAUGCAGCCUACGCAGGCAGUGCAUUCAUCUGCCCUGAGUUCCGGCACCUUCUGAAUGGAGUGGAGUUUGCAGAUUCAUUCAACUUUAAUCCCCACAAAUGGCUAUUGGUGAAUUUUGACUGUUCUGCCAUGUGGGUGAAAAAGAGAACAGACUUAACGGGAGCCUUUAGACUGGACCCCACUUACCUGAAGCACAGCCAUCAGGAUUCAGGGCUUAUCACUGACUACCGGCAUUGGCAGAUACCACUGGGCAGAAGAUUUCGCUCUUUGAAAAUGUGGUUUGUAUUUAGGAUGUAUGGAGUCAAAGGACUGCAGGCUUAUAUCCGCAAGCAUGUCCAGCUGUCCCAUGAGUUUGAGUCACUGGUGCGCCAGGAUCCCCGCUUUGAAAUCUGUGUGGAAGUCAUUCUGGGGCUUGUCUGCUUUCGGCUAAAGGGUUCCAACAAAGUGAAUGAAGCUCUUCUGCAAAGAAUAAACAGUGCCAAAAAAAUCCACUUGGUUCCAUGUCACCUCAGGGACAAGUUUGUCCUGCGCUUUGCCAUCUGUUCUCGCACGGUGGAAUCUGCCCAUGUGCAGCGGGCCUGGGAACACAUCAAAGAGCUGGCGGCCGACGUGCUGCGAGCAGAGAGGGAGUAGGAGUGAAGCCAGCUGCAGGAAUCAAAAAUUGAAGAGAGAUAUAUCUGAAAACUGGAAUAAGAAGCAAAUAAAUAUCAUCCUGCCUUCAUGGAACUCAGCUGUCUGUGGCUUCCCAUGUCUUUCUCCAAAGUUAUCCAGAGGGUUGUGAUUUUGUCUGCUUAGUAUCUCAUCAACAAAGAAAUAUUAUUUGCUAAUUAAAAAGUUAAUCUUCAUGGCCAUAGCUUUUAUUCAUUAGCUGUGAUUUUUGUUGAUUAAAACAUUAUAGAUUUUCAUGUUCUUGCAGUCAUCAGAAGUGGUAGGAAAGCCUCACUGAUAUAUUUUCCAGGGCAAUCAAUGUUCACGCAACUUGAAAUUAUAUCUGUGGUCUUCAAAUUGUCUUUUGUCAUGUGGCUAAAUGCCUAAUAAACAAUUCAAGUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-534.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -564.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 481.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((..(((((((((..((.(.((((((.........))).))).)..))..)))))))))...))))))(((((((((((((((..(((.......((((.........)))).......))).....)))))(((......)))..(((.(((((((((.((.(((((((......))))).)).))))....(((((.((........)).))))))))))))..)))(((((.((((((((((.((.(((((...)))))))..............(((((...((....))...)))))..((((....(((((((((.(.((((((((((((.(((((((.((((.(((((((((.(((((((((((..((....))..))))))..((((((.....))))))...)))))(((((((...((((....)))).))))))).(((((.((((((((((......(((.(((((.....))))))))(((((..(.((((((((........(((((.(((...))).))))).........))))))))..)..))))).....(((..((((..........)))).)))....(((((((......)))))))....(((((((((....)).))).)))))))))))))).)))))((((.(((((((.((((((((((((((((.((((..((((((((..((((...((((........))))....)))))))))).))....(((......)))...((((.(((((((.((((((((((.....((...((((((...(((((((((..(((.(((((.(((((.....(((.(((((......((((((((((((......))))).........((((((.....(((((((((.((((....)))).))....))))))))))))).)))))))))).)).)))......))))).))))).))).))))))......)))...))))))...))......)))))..........)))))))))))).))))...)))))))))))).....)))))))).....................))))))).))))))))))......((((((....))))))(((..((.((((((((....))).)))))))..))).....))))))))))).))).))........))))))(((((......)))))..)))).).)))))))))...))))...((((((((((.((.....(((((((((((((.((((.....)))).....(((((.(((((.(((((...((((((.(((((((..(..(.....(((.......)))...)..)..)))..)))))))))).)))))))))).))))).)))))))(((((((((((....((((..((((((..((((((((.((.....))...))))))))....)))))).)))))))))))))))..............)))))))))))))))))).((((....))))(((....)))(((.((((((.((((.((.((.............))..)).)))).)))))).))))))))))))))))))..)))).)).))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,((({{,((((((((...((((((((,({(.{{{...,,,.)))....))})))))))).)))))|||||({{{{{{{(((((({..(,{...,...((((.........)))}....,},))).....||||}{{,....,,))}..(((.(((((((.{.(({,(((,,,...}}},))).}}),||||....(((((.({........)).))))))))))))..)))(((((.((((((((((.((.(((((...)))))},.,,...,,.{,,{,({({(...{|...}))...||}||{{(({({{(.(((((((((.{.((((((((((((.(((((((.((({,((({({{(((((((((((({(..(({{,,||.,||||||,.((((((.....))))))...}|,|||{(({{(,,.{{(({,{{||||.|||||||{(((((.((((((((((..,...(((.{{{{(,...|}}}}.}}|(((((.{({(((({((({.....,.(((((.(({...})).))))).....},}),)))))))..)..))))}.....(((..((((..........)))).)))....(((((((......)))))))....((((((({{....}}.)))))})))))))))))).))))|((((,(({((({.,{{{|{{{||||||||.((((..((((((({..((((...((((.,....,.))))....)))))))))).))..,,|,{......}}}...((({,(({{{{{.{.||.{|||{....,||,..||{|||,,,||{(({{{{..{{{.{{{{{.{((((.|,||{,{,(({{({,,,,,((({(({(((((......}}}}}......,},{{{(((.....(((((((((.((((....)))).))....))))))))))))),}))))})}))})}})}},,...,))))).))))).))),)}}}))..,,..}}}...||}|||||,||,,,,,,|||||||,,,,,{{{,,,))).,}}))})))),..,}}}}))))))}.....))))))}},........,.,.........}}}}})),))}),,||},..,.,,|{{(({....))))))},|}...}}||,,|||}}},)))})))}}..,}})),},,}})))))))))).))).))........))))))||||{......))})}..)))).).))))))))).,,|},}...((((((((((,{{.,,,,({{{{{(((((((.{{{......|}},.....(((((.(((((.(((((...((((((.(((({{{..{..,...{{((,...,,},},}...,.....)))..)))))))))).)))))))))).))))).)))))))(((((((((({...,((((..((((((.,((((((((.,(,....))...))))))))....)))))).)))))))))))))))............,,))))}}})))))))))))..,|}},,)})))|||....)},(((.((((((.((((.((.((.............))..)).)))).)))))).)))))))))))))))))).,)))).}}.|||,....}}}...........,},}}})}..
Back