Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001242890.2
Sequence Length
1389 nt
GC Content
0.5551
AACUGUCACUGUGGAGAGGAGAGAGAGAGGACAGAGAGCAAGUCACUCCCGGCUGCCUUUUUCACCUCUGACAGAGCCCAGACACCAUGAACGCAAGUGAAUUCCGAAGGAGAGGGAAGGAGAUGGUGGAUUACAUGGCCAACUACAUGGAAGGCAUUGAGGGACGCCAGGUCUACCCUGACGUGGAGCCCGGGUACCUGCGGCCGCUGAUCCCUGCCGCUGCCCCUCAGGAGCCAGACACGUUUGAGGACAUCAUCAACGACGUUGAGAAGAUAAUCAUGCCUGGGGUGACGCACUGGCACAGCCCCUACUUCUUCGCCUACUUCCCCACUGCCAGCUCGUACCCGGCCAUGCUUGCGGACAUGCUGUGCGGGGCCAUUGGCUGCAUCGGCUUCUCCUGGGCGGCAAGCCCAGCAUGCACAGAGCUGGAGACUGUGAUGAUGGACUGGCUCGGGAAGAUGCUGGAACUACCAAAGGCAUUUUUGAAUGAGAAAGCUGGAGAAGGGGGAGGAGUGAUCCAGGGAAGUGCCAGUGAAGCCACCCUGGUGGCCCUGCUGGCCGCUCGGACCAAAGUGAUCCAUCGGCUGCAGGCAGCGUCCCCAGAGCUCACACAGGCCGCUAUCAUGGAGAAGCUGGUGGCUUACUCAUCCGAUCAGGCACACUCCUCAGUGGAAAGAGCUGGGUUAAUUGGUGGAGUGAAAUUAAAAGCCAUCCCCUCAGAUGGCAACUUCGCCAUGCGUGCGUCUGCCCUGCAGGAAGCCCUGGAGAGAGACAAAGCGGCUGGCCUGAUUCCUUUCUUUAUGGUUGCCACCCUGGGGACCACAACAUGCUGCUCCUUUGACAAUCUCUUAGAAGUCGGUCCUAUCUGCAACAAGGAAGACAUAUGGCUGCACGUUGAUGCAGCCUACGCAGGCAGUGCAUUCAUCUGCCCUGAGUUCCGGCACCUUCUGAAUGGAGUGGAGUUUGCAGAUUCAUUCAACUUUAAUCCCCACAAAUGGCUAUUGGUGAAUUUUGACUGUUCUGCCAUGUGGUCCAGACAACCAGUGCGUAUGUUAAGGCUGAAGAAAACCUGCUUAGUCAGUGCGGUGGUGAGAAGGAGUUGAGCCUUUCGGGACGUGGAGUGCCUGCCGCAGAGCUGAUGCCCCGAGGCUGCCGCAGACGCUGCAGAGCUGAUGCCAGCAAGUUGGCGGCUGUGCGCUCAUCUCUCCCGGACAACUCUUCCCCGGCGCUCGGGGUUCAGUUCAGCCACCAGCCUGUGAGGGGAAAUUUGACAAAGUGGAGGUGAUGUAGGGAAGAGACACAGGACACACAGGGAUGAGGCCAGGCCAUUUGGAAAAGGCCAUUUGGAAAAUUUCCUUGUAGAAGGAAUUAAACGUAAGCCCUAAGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-505.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -530.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 381.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.((((..(((((...((((((((.(((.(((.......)))....))))))))))).))))).))))(((((((.((((((.............((((.........))))....)))))).....((((........))))...(((.(((.(((((((((((.....)))).(((.(..((((((((...(((((.((........)).))))).(((((((.(.......).)))))))...((.(((((...))))))).........)))))))).).)))(((((((((...((((......((((...(((((((....((((((.....((((((((..((((((.(..(((((((((((((..((....))..))))))..((((((.....))))))...))))..)))..)...))))))..)))).))))((((.(((((((((((.....))...)))))))))...))))..))))))....)))))))..))))...))))..)))))))))..(((((....)))))(((((.(((((...(((.((...)).)))..))))))))))..)))))))))).))).....(((((((((.(........).))))))))).(((.((((...(((......)))...))))..))))))))))...(((((((((..........((((((......)))))).)))))))))..(((..((((.(.((.((((....)))).)).)))))...))).(((((((.((((((((((((.(((((.(((...))).)))))..(((((((.((.(((((.(((((((((....(((..((((..........)))).)))....(((((((......)))))))..(((((((.((((........(((((((((.((((.......((((((((.((.......))..))))))))..........(((((..((((...((((........))))....)))))))))........((((.((((..((...((((.(........).))))...)).)))).))))....((((((((.....(((((((....(((((((.(((((..((((...(((....)))(((.((....)).)))..((((....)))).)))).))))).).)))))).....)))))))))))))))..)))).)))))))))........).)))..)))))))))))))...))).))))).)).))).))))...)))))).............)))))).))))))).(((..(((......)))..))).....((((((....)))))).................))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((.((((..(((((...((((((((.(((.(((.......)))....))))))))))).))))).))))(((((((.({((((...{....,,...((((........,))),....}}}))).....((((.,,.....)))),..(((.(((.(((((((((((.....)))){(.({{..,|||,||.{{{((((({(.,({{{.{,||{||,||{{,,((((.({{,....|{|||||,,...{{.|||{{...))}}|,.......}},.}|||{(((((.,.(((((((((..{((,{......((((,,.(((((((.{,.((((((....,((((((((,{{(({((.{..{(((({(({((((..((,..,}}.,)))}||,|((((((.,,..}}|||}||,}|||||.}}..}...)))))).,}))).))))||||,|{((((((({{.....))}..}))))))}}...,)))..)))))),,.,)))))))},))))...,)))..)))))))))..|,}))))}})))))||||,.}||,|}.,||,,,..,}.)}))},.))))))))))..)))))))))).))).....{((((((((.(........}.))))))))).(((.((((...(((......)))...))))..))))))))))...(((((((((..........((((((......)))))).))))))))).{({{..((((.(.((.((((....)))).)).)))))...))}.(((((((.((((((,{{{,,.(((((.(({...})).)))))..,,,{{{(.,(((({((.{{{((((({....(((..((((..........)))).)))....(((((((......)))))))...{(.(((((.((((((..,,{{(({((((({((((.(((((({,,,(((.(({{{,,..,,..,,}}}))}}}}}},.}}}(((({..((((...((((.,....,.)))}....)))))))))........((((.((((..((,{,((((.{........}.)))),}.)).)))).)))).)))))).))))}},..|||))).,}..)))))))))))||.(((((((.(((((((({({(({(,,({.{|.||{.{(((,..{{{{|,...})})))))),}))))}}.....,..,|||.....,.}}},))))}))))))))))))))).}||||,.,},}}))}}))),...))),)}}},.))}))).,}}}.},))}})),,,.,},,.....)))))).))))))).(((..(((......)))..))).....((((((....)))))).................)))}
Back